Daniel Jacob

I am responsible for the design and/or adaptation of (bio)informatics tools facilitating the capture, storage and use of experimental data in the field of metabolomics and associated metadata. I am also responsible, through scientific monitoring of the field, for the development and/or adaptation of data processing methods (data processing & data mining), for the development and/or deployment of solutions allowing the exploration (data explorer), visualization (data visualization) and data accessibility (open data, FAIR).
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Affiliations actuelles
  • Biologie du fruit et pathologie (BFP)
  • MetaboHUB-Bordeaux
  • Plateforme Bordeaux Metabolome
  • Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA)
  • BIBS - Plateforme Bioressources : Imagerie, Biochimie & Structure
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Publications

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An ecosystem for producing and sharing metadata within the web of FAIR Data

Daniel Jacob , François Ehrenmann , Romain David , Joseph Tran , Cathleen Mirande-Ney et al.
GigaScience, 2025, 14, pp.1-8. ⟨10.1093/gigascience/giae111⟩
Article dans une revue hal-04873759 v1
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Identification of metabolic and protein markers representative of the impact of mild nitrogen deficit on agronomic performance of maize hybrids

Maria Urrutia , Mélisande Blein-Nicolas , Olivier Fernandez , Stéphane Bernillon , Mickaël Maucourt et al.
Metabolomics, 2024, 20 (6), pp.128. ⟨10.1007/s11306-024-02186-z⟩
Article dans une revue hal-04799829 v1
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Metabolite quantification data based on 1H-NMR profiling of eggplant or pepper fruit during its development

Léa Roch , Catherine Deborde , Daniel Jacob , Anaïs Clavé , Marguerite Batsale et al.
BMC Research Notes, 2024, 17 (1), pp.337. ⟨10.1186/s13104-024-06996-1⟩
Article dans une revue hal-04800078 v1
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NMR metabolite quantification of a synthetic urine sample: an inter-laboratory comparison of processing workflows

Cécile Canlet , Catherine Deborde , Edern Cahoreau , Grégory da Costa , Roselyne Gautier et al.
Metabolomics, 2023, 19 (7), pp.65. ⟨10.1007/s11306-023-02028-4⟩
Article dans une revue hal-04155487 v2

Towards a metabolomic characterization of the grapevine response to "flavescence dorée" infection by NMR and LC-MS profiling

Catherine Deborde , Stéphane Bernillon , Josep Valls Fonayet , Daniel Jacob , Sylvie Malembic-Maher et al.
Phytopathogenic Mollicutes, 2023, 13 (1), pp.17-18. ⟨10.5958/2249-4677.2023.00009.9⟩
Article dans une revue hal-04650467 v1
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Multi-omics quantitative data of tomato fruit unveils regulation modes of least variable metabolites

Annick Moing , Thierry Berton , Léa Roch , Salimata Diarrassouba , Stéphane Bernillon et al.
BMC Plant Biology, 2023, 23 (365), ⟨10.1186/s12870-023-04370-0⟩
Article dans une revue hal-04183193 v1
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Predictive metabolomics of multiple Atacama plant species unveils a core set of generic metabolites for extreme climate resilience

Thomas Dussarrat , Sylvain Prigent , Claudio Latorre , Stéphane Bernillon , Amélie Flandin et al.
New Phytologist, 2022, 234 (5), pp.1614-1628. ⟨10.1111/nph.18095⟩
Article dans une revue hal-03626433 v1
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Development, Validation, and Use of 1H-NMR Spectroscopy for Evaluating the Quality of Acerola-Based Food Supplements and Quantifying Ascorbic Acid

Asma Bourafai-Aziez , Daniel Jacob , Gwladys Charpentier , Emmanuel Cassin , Guillaume Rousselot et al.
Molecules, 2022, 27 (17), pp.5614. ⟨10.3390/molecules27175614⟩
Article dans une revue hal-03767989 v1
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PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management

Nils Paulhe , Cécile Canlet , Annelaure Damont , Lindsay Peyriga , Stéphanie Durand et al.
Metabolomics, 2022, 18 (6), pp.40. ⟨10.1007/s11306-022-01899-3⟩
Article dans une revue hal-03695453 v1
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Maize metabolome and proteome responses to controlled cold stress partly mimic early‐sowing effects in the field and differ from those of Arabidopsis

Maria Urrutia , Melisande Blein-Nicolas , Sylvain Prigent , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde et al.
Plant, Cell and Environment, 2021, 44 (5), pp.1504-1521. ⟨10.1111/pce.13993⟩
Article dans une revue hal-03107184 v1
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Leaf metabolomic data of eight sunflower lines and their sixteen hybrids under water deficit

Thierry Berton , Stéphane Bernillon , Olivier Fernandez , Harold Duruflé , Amélie Flandin et al.
OCL Oilseeds and fats crops and lipids, 2021, 28, 42 - 6 p. ⟨10.1051/ocl/2021029⟩
Article dans une revue (data paper) hal-03321074 v1
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Putative imbalanced amino acid metabolism in rainbow trout long term fed a plant-based diet as revealed by 1 H-NMR metabolomics

Catherine Deborde , Blandine Madji Hounoum , Annick Moing , Mickaël Maucourt , Daniel Jacob et al.
Journal of Nutritional Science, 2021, 10, pp.e13. ⟨10.1017/jns.2021.3⟩
Article dans une revue hal-03163223 v1
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FAIRness Literacy: The Achilles’ Heel of Applying FAIR Principles

Romain David , Laurence Mabile , Alison Specht , Sarah Stryeck , Mogens Thomsen et al.
CODATA Data Science Journal, 2020, 19 (32), pp.1-11. ⟨10.5334/dsj-2020-032⟩
Article dans une revue hal-02483307 v2
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Making experimental data tables in the life sciences more FAIR: a pragmatic approach

Daniel Jacob , Romain David , Sophie Aubin , Yves Gibon
GigaScience, 2020, 9 (12), pp.giaa144. ⟨10.1093/gigascience/giaa144⟩
Article dans une revue hal-02883355 v4
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Integrative Metabolomics for Assessing the Effect of Insect (Hermetia illucens) Protein Extract on Rainbow Trout Metabolism

Simon Roques , Catherine Deborde , Laurence Guimas , Yann Marchand , Nadege Richard et al.
Metabolites, 2020, 10 (3), pp.83. ⟨10.3390/metabo10030083⟩
Article dans une revue hal-02570723 v1
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Comparative Metabolomics and Molecular Phylogenetics of Melon (Cucumis melo, Cucurbitaceae) Biodiversity

Annick Moing , J. William Allwood , Asaph Aharoni , John Baker , Michael Beale et al.
Metabolites, 2020, 10 (3), pp.121. ⟨10.3390/metabo10030121⟩
Article dans une revue hal-02533195 v1
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Hyperpolarized NMR Metabolomics at Natural 13 C Abundance

Arnab Dey , Bénédicte Charrier , Estelle Martineau , Catherine Deborde , Elodie Gandriau et al.
Analytical Chemistry, 2020, 92 (22), pp.14867-14871. ⟨10.1021/acs.analchem.0c03510⟩
Article dans une revue hal-03035414 v1
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Biomass composition explains fruit relative growth rate and discriminates climacteric from non-climacteric species

Léa Roch , Sylvain Prigent , Holger Klose , Coffi-Belmys Cakpo , Bertrand Beauvoit et al.
Journal of Experimental Botany, 2020, 71 (19), pp.5823-5836. ⟨10.1093/jxb/eraa302⟩
Article dans une revue hal-02904041 v1
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NMR-Based Tissular and Developmental Metabolomics of Tomato Fruit

Martine Lemaire-Chamley , Fabien F. Mounet , Catherine Deborde , Mickael Maucourt , Daniel Jacob et al.
Metabolites, 2019, 9 (5), pp.93. ⟨10.3390/metabo9050093⟩
Article dans une revue hal-02621416 v1
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PhenoMeNal: processing and analysis of metabolomics data in the cloud

Kristian Peters , James Bradbury , Sven Bergmann , Marco Capuccini , Marta Cascante et al.
GigaScience, 2019, 8 (2), pp.giy149. ⟨10.1093/gigascience/giy149⟩
Article dans une revue hal-02627233 v1
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Optimizing 1D 1H-NMR profiling of plant samples for high throughput analysis: extract preparation, standardization, automation and spectra processing

Catherine Deborde , Jean-Xavier J.-X. Fontaine , Daniel Jacob , Adolfo Botana , Valerie Nicaise et al.
Metabolomics, 2019, 15 (3), pp.1-12. ⟨10.1007/s11306-019-1488-3⟩
Article dans une revue hal-02622523 v1
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Metabolomic characterization of sunflower leaf allows discriminating genotype groups or stress levels with a minimal set of metabolic markers

Olivier Fernandez , Maria Urrutia , Thierry Berton , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde et al.
Metabolomics, 2019, 15 (4), pp.56. ⟨10.1007/s11306-019-1515-4⟩
Article dans une revue hal-02487236 v1

Intestinal microbiota in rainbow trout, Oncorhynchus mykiss, fed diets with different levels of fish-based and plant ingredients: A correlative approach with some plasma metabolites

Francois Joël Gatesoupe , Benoit Fauconneau , Catherine Deborde , Blandine Madji Hounoum , Daniel Jacob et al.
Aquaculture Nutrition, 2018, 24 (5), pp.1563-1576. ⟨10.1111/anu.12793⟩
Article dans une revue hal-01901326 v1

Characterization of GMO or glyphosate effects on the composition of maize grain and maize-based diet for rat feeding

Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt , Catherine Deborde , Sylvain Chéreau , Daniel Jacob et al.
Metabolomics, 2018, 14 (36), pp.1-12. ⟨10.1007/s11306-018-1329-9⟩
Article dans une revue hal-02624451 v1
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Metabotyping of 30 maize hybrids under early-sowing conditions reveals potential marker-metabolites for breeding

Nadia Lamari , Vanessa Zhendre , Maria Urrutia , Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt et al.
Metabolomics, 2018, 14 (10), pp.132. ⟨10.1007/s11306-018-1427-8⟩
Article dans une revue hal-02539641 v1
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nmrML: a community supported open data standard for the description, storage, and exchange of NMR data.

Daniel Schober , Daniel Jacob , Michael Wilson , Joseph A Cruz , Ana Marcu et al.
Analytical Chemistry, 2018, 90 (1), pp.649-656. ⟨10.1021/acs.analchem.7b02795⟩
Article dans une revue hal-02621139 v1
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NMRProcFlow: a graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickael Maucourt , Annick Moing
Metabolomics, 2017, 13 (4), pp.36. ⟨10.1007/s11306-017-1178-y⟩
Article dans une revue hal-01606304 v1

Plant metabolism as studied by NMR spectroscopy

Catherine Deborde , Annick Moing , Léa Roch , Daniel Jacob , Dominique Rolin et al.
Progress in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy, 2017, 102-103, pp.61-97. ⟨10.1016/j.pnmrs.2017.05.001⟩
Article dans une revue hal-01602524 v1
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Highly Repeatable Dissolution Dynamic Nuclear Polarization for Heteronuclear NMR Metabolomics

Aurélien Bornet , Mickael Maucourt , Catherine Deborde , Daniel Jacob , Jonas Milani et al.
Analytical Chemistry, 2016, 88 (12), pp.6179-6183. ⟨10.1021/acs.analchem.6b01094⟩
Article dans une revue hal-01366193 v1
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Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics

Franck Giacomoni , Gildas Le Corguillé , Misharl Monsoor , Marion Landi , Pierre Pericard et al.
Bioinformatics, 2015, 31 (9), pp.1493-1495. ⟨10.1093/bioinformatics/btu813⟩
Article dans une revue hal-01123263 v1
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Erratum to: COordination of Standards in MetabOlomicS (COSMOS): facilitating integrated metabolomics data access

Reza Salek , Steffen Neumann , Daniel Schober , Jan Hummel , Kenny Billiau et al.
Metabolomics, 2015, 11 (6), pp.1598-1599. ⟨10.1007/s11306-015-0822-7⟩
Article dans une revue hal-02630736 v1
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Metabolomic profiling in tomato reveals diel compositional changes in fruit affected by source-sink relationships.

Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Sonia Osorio , Mickael M. Maucourt et al.
Journal of Experimental Botany, 2015, 66 (11), pp.3391-404. ⟨10.1093/jxb/erv151⟩
Article dans une revue hal-02641303 v1
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COordination of Standards in MetabOlomicS (COSMOS): facilitating integrated metabolomics data access

Reza M. Salek , Steffen Neumann , Daniel Schober , Jan Hummel , Kenny Billiau et al.
Metabolomics, 2015, 11 (6), pp.Journal no. 11306. ⟨10.1007/s11306-015-0810-y⟩
Article dans une revue hal-01165673 v1
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Can we Trust Untargeted Metabolomics: Results of the Metabo-ring Initiative, a Large-scale Multi-instruments Inter-laboratoire Study

Jean-Charles Martin , Mathieu Maillot , Gerard Mazerolles , Alexandre Verdu , Bernard Lyan et al.
Metabolomics, 2015, 11 (4), pp.807-821. ⟨10.1007/s11306-014-0740-0⟩
Article dans une revue hal-01123343 v1
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An efficient spectra processing method for metabolite identification from (1)H-NMR metabolomics data.

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Annick Moing
Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2013, 405, pp.5049-5061. ⟨10.1007/s00216-013-6852-y⟩
Article dans une revue istex hal-02648547 v1
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Complete Genome Sequence of Mycoplasma putrefaciens Strain 9231, One of the Agents of Contagious Agalactia in Goats

Virginie Dupuy , Pascal Sirand-Pugnet , Eric Baranowski , Aurélien Barré , Marc Breton et al.
Genome Announcements, 2013, 1 (3), pp.e00354-13. ⟨10.1128/genomeA.00354-13⟩
Article dans une revue (data paper) hal-00907450 v1
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Draft Genome Sequences of Mycoplasma auris and Mycoplasma yeatsii, Two Species of the Ear Canal of Caprinae

Emilie Dordet-Frisoni , Eric Baranowski , Aurélien Barré , Alain Blanchard , Marc Breton et al.
Genome Announcements, 2013, 1 (3), pp.e00280-13. ⟨10.1128/genomeA.00280-13⟩
Article dans une revue (data paper) hal-00907449 v1
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Draft Genome Sequences of Mycoplasma alkalescens, Mycoplasma arginini, and Mycoplasma bovigenitalium, Three Species with Equivocal Pathogenic Status for Cattle

Lucía Manso-Silván , Florence Tardy , Eric Baranowski , Aurélien Barré , Alain Blanchard et al.
Genome Announcements, 2013, 1 (3), pp.e00348-13. ⟨10.1128/genomeA.00348-13⟩
Article dans une revue (data paper) hal-00907454 v1
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Deciphering genetic diversity and inheritance of tomato fruit weight and composition through a systems biology approach

Laura Pascual-Banuls , Jiaxin Xu , Benoit Biais , Mickael Maucourt , Patricia Ballias et al.
Journal of Experimental Botany, 2013, 64 (18), pp.1-16. ⟨10.1093/jxb/ert349⟩
Article dans une revue hal-01208665 v1

Management and dissemination of MS proteomic data with PROTICdb: Example of a quantitative comparison between methods of protein extraction

Olivier Langella , Benoit B. Valot , Daniel Jacob , Thierry T. Balliau , Raphaël-Gauthier Flores et al.
Proteomics, 2013, 13 (9), pp.1457-1466. ⟨10.1002/pmic.201200564⟩
Article dans une revue istex hal-02651260 v1
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MetaBase-the wiki-database of biological databases

Dan M. Bolser , Pierre-Yves Chibon , Sungsam Gong , Daniel Jacob , Victoria Fabia Dominguez del Angel et al.
Nucleic Acids Research, 2012, 40 (1), pp.D1250-D1254. ⟨10.1093/nar/gkr1099⟩
Article dans une revue hal-02648461 v1

Toward interoperable bioscience data

Susanna-Assunta Sansone , Philippe Rocca-Serra , Dawn Field , Eamonn Maguire , Chris Taylor et al.
Nature Genetics, 2012, 44 (2), pp.121-126. ⟨10.1038/ng.1054⟩
Article dans une revue hal-00695792 v1
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Mycoplasma mycoides, from "mycoides Small Colony" to "capri". A microevolutionary perspective

François Thiaucourt , Lucía Manso-Silván , Woubit Salah , Valérie Barbe , Benoit Vacherie et al.
BMC Genomics, 2011, 12, pp.114 : 1-19. ⟨10.1186/1471-2164-12-114⟩
Article dans une revue hal-02643828 v1
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MeRy-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant NMR metabolomic profiles.

Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon et al.
BMC Plant Biology, 2011, 11, pp.104. ⟨10.1186/1471-2229-11-104⟩
Article dans une revue hal-00645944 v1

MeRy-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant 1H-NMR metabolomic profiles

Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon et al.
BMC Plant Biology, 2011, 11:104, pp.10.1186/1471-2229-11-104
Article dans une revue hal-00648167 v1
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Comparative genomic and proteomic analyses of two Mycoplasma agalactiae strains: clues to the macro- and micro-events that are shaping mycoplasma diversity

Laurent Xavier Nouvel , Pascal Sirand-Pugnet , Marc S. Marenda , Valérie Barbe , Sophie Mangenot et al.
BMC Genomics, 2010, 11, pp.86. ⟨10.1186/1471-2164-11-86⟩
Article dans une revue hal-02660112 v1

1H NMR, GC−EI-TOFMS, and data set correlation for fruit metabolomics: application to spatial metabolite analysis in melon

Benoit Biais , William Allwood , Catherine Deborde , Yun Xu , Mickael M. Maucourt et al.
Analytical Chemistry, 2009, 81 (8), pp.2884-2894. ⟨10.1021/ac9001996⟩
Article dans une revue hal-02662211 v1

Proton NMR quantitative profiling for quality assessment of greenhouse-grown tomato fruit

Catherine Deborde , Mickael M. Maucourt , Pierre Baldet , Stéphane Bernillon , Benoit Biais et al.
Metabolomics, 2009, 5 (2), pp.183-198. ⟨10.1007/s11306-008-0134-2⟩
Article dans une revue istex hal-02664640 v1

An integrative genomics approach for deciphering the complex interactions between ascorbate metabolism and fruit growth and composition in tomato

Virginie Garcia , Rebecca Stevens , Laurent Gil , Louise Gilbert , Noé Gest et al.
Comptes Rendus. Biologies, 2009, 332, pp.1007 - 1021. ⟨10.1016/j.crvi.2009.09.013⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-03371236 v1
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Life on arginine for Mycoplasma hominis: clues from its minimal genome and comparison with other human urogenital mycoplasmas.

Sabine Pereyre , Pascal Sirand-Pugnet , Laure Beven , Alain Charron , Hélène Renaudin et al.
PLoS Genetics, 2009, 5 (10), pp.e1000677. ⟨10.1371/journal.pgen.1000677⟩
Article dans une revue hal-00645937 v1
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Precision requirements for space-based data

C. Miller , D. Crisp , P. Decola , S. Olsen , J. Randerson et al.
Journal of Geophysical Research: Atmospheres, 2007, 112 (D10), ⟨10.1029/2006JD007659⟩
Article dans une revue hal-03191467 v1

Cleaning-in-place coupled with membrane regeneration for re-using caustic soda solutions

Geneviève Gésan-Guiziou , Nicolas Alvarez , Daniel Jacob , Georges Daufin
Separation and Purification Technology, 2007, 54 (3), pp.329-339. ⟨10.1016/j.seppur.2006.10.007⟩
Article dans une revue istex hal-01453993 v1
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Being pathogenic, plastic, and sexual while living with a nearly minimal bacterial genome

Pascal P. Sirand-Pugnet , Carole Lartigue Prat , Marc Marenda , Daniel Jacob , Aurélien Barré et al.
PLoS Genetics, 2007, 3 (5), pp.e75. ⟨10.1371/journal.pgen.0030075⟩
Article dans une revue hal-02663589 v1

Large-scale identification of human genes implicated in epidermal barrier function.

N. Mattiuzzo , E. Toulza , Mf Galliano , N. Jonca , C. Dossat et al.
Genome Biology, 2007, 8, pp.67-74
Article dans une revue hal-00306571 v1

Mapping the proteome of poplar and application to the discovery of drought-stress responsive proteins

Christophe Plomion , Céline C. Lalanne , Stéphane Claverol , Hakim Meddour , Annegret Kohler et al.
Proteomics, 2006, 6 (24), pp.6509-6527. ⟨10.1002/pmic.200600362⟩
Article dans une revue istex hal-02663888 v1
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Whole genome sequencing project of a dairy Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii genome: progress and first bioinformatic analysis

Guillaume Meurice , Daniel Jacob , Catherine Deborde , Stéphane Chaillou , Annette Rouault et al.
Le Lait, 2004, 84 (1-2), pp.15-24. ⟨10.1051/lait:2003041⟩
Article dans une revue hal-00895526 v1
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Whey drainage during soft cheese manufacture and properties of drained curd as modified by casein concentration, whey protein to casein ratio, and pasteurisation of milk

Célina Daviau , Alice Pierre , Marie-Hélène Famelart , Henri Goudédranche , Daniel Jacob et al.
Lait, 2000, 80 (6), pp.573 - 587. ⟨10.1051/lait:2000145⟩
Article dans une revue hal-02263108 v1
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Residual amount of water in a draining curd of camembert cheese and physicochemical characteristics of the drained curd as modified by the pH at renneting, the casein concentration and the ionic strength of milk

Célina Daviau , Alice Pierre , Marie-Hélène Famelart , Henri Goudédranche , Daniel Jacob et al.
Le Lait, 2000, 80 (6), pp.555-571. ⟨10.1051/lait:2000103⟩
Article dans une revue hal-00895451 v1

Residual amount of water in a draining curd of camembert cheese and physicochemical characteristics of the drained curd as modified by the pH at renneting, the casein concentration and the ionic strenght of milk

C. Daviau , A. Pierre , Marie-Hélène Famelart , H. Goudedranche , D. Jacob et al.
Lait, 2000, 80, pp.555-571
Article dans une revue hal-02693765 v1

Whey drainage during soft cheeses manufacture and properties of drained curd as modified by casein concentration, whey protein to casein ratio, and pasteurisation of milk

C. Daviau , A. Pierre , M.H. Famelard , H. Goudedranche , D. Jacob et al.
Lait, 2000, 80, pp.573-587
Article dans une revue hal-02696518 v1
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Whey drainage during soft cheese manufacture and properties of drained curd as modified by casein concentration, whey protein to casein ratio, and pasteurisation of milk

Célina Daviau , Alice Pierre , Marie-Hélène Famelart , Henri Goudédranche , Daniel Jacob et al.
Le Lait, 2000, 80 (6), pp.573-587. ⟨10.1051/lait:2000145⟩
Article dans une revue hal-00895445 v1
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Characterisation of whey drainage kinetics during soft cheese manufacture in relation with the physicochemical and technological factors, pH at renneting, casein concentration and ionic strength of milk

Célina Daviau , Alice Pierre , Marie-Hélène Famelart , Henri Goudédranche , Daniel Jacob et al.
Le Lait, 2000, 80 (4), pp.417-432. ⟨10.1051/lait:2000135⟩
Article dans une revue hal-00895428 v1

Characterization of whey drainage kinetics during soft cheese manufacture in relation with the physicochemical and technological factors, pH and renneting, casein concentration and ionic strength of milk

C. Daviau , A. Pierre , Marie-Hélène Famelart , H. Goudedranche , D. Jacob et al.
Lait, 2000, 80 (4), pp.417-432
Article dans une revue hal-02693972 v1

Mechanism of bovine trypsin inhibition by beta-casein N-terminal fragment

E. Le Guenic , Daniel Mollé , Joëlle Leonil , G. Henry , D. Jacob et al.
International Dairy Journal, 1998, 8 (5-6), pp.580
Article dans une revue hal-02687761 v1
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Maggot, outil de catalogage des données de recherche

Daniel Jacob , François Ehrenmann
Printemps de la Donnée 2024, INRAE; Université Haute-Alsace; Université de Strasbourg; INSA; PNDB; AgroParisTech; Université de Lille; Sorbonne Université; Data Terra, Jun 2024, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-04682198 v1

Combining phenotypic, metabolome and proteome data to study maize response to a mild nitrogen deficit

Maria Urrutia , Melisande Blein-Nicolas , Olivier Fernandez , Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt et al.
Journées du Protéome Vert, Jun 2022, Gif-sur-Yette, France
Communication dans un congrès hal-03878405 v1
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RMN métabolomique, aliments & nutrition : quelques exemples de la plateforme Métabolome-MetaboHUB -Bordeaux

Catherine Deborde , Blandine Madji Hounoum , Simon Roques , Daniel Jacob , Mickaël Maucourt et al.
Animation scientifique : La Résonance Magnétique Nucléaire dans tous ses états…., UR370 QuaPA et PF AgroResonance, INRAE, Jun 2021, distanciel, France
Communication dans un congrès hal-03728319 v1

Hyperpolarized NMR Metabolomics at Natural 13C Abundance

Arnab Dey , Benoit Charrier , Estelle Martineau , Catherine Deborde , Elodie Gandriau et al.
GERM 2021, Apr 2021, En ligne, France
Communication dans un congrès hal-04432708 v1

Hyperpolarized NMR metabolomics at natural 13C abundance

Arnab Dey , Benoit Charrier , Estelle Martineau , Catherine Deborde , Elodie Gandriau et al.
Hyp21, Sep 2021, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-04432581 v1

An integrated fruit model toolkit: combining fruit biophysical processes with central carbon metabolism

J.L. Chen , Bertrand Beauvoit , Sophie Colombie , Léa Roch , Coffi Belmys Cakpo et al.
Symposium on Advanced Technologies and Management for Innovative Greenhouses: GreenSys2019, Jun 2019, Angers, France. pp.401-410, ⟨10.17660/ActaHortic.2020.1296.52⟩
Communication dans un congrès hal-03125090 v1
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NMR-based metabolomics workflow for quality and effect assessment of alternative plant-based diets in rainbow trout.

Catherine Deborde , Blandine Madji Hounoum , Daniel Jacob , Mickael Maucourt , Simon Roques et al.
11èmes JS du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique, RFMF, May 2018, Liège, Belgium
Communication dans un congrès hal-03058513 v1

An overview of NMR applications in metabolite profiling of small molecules for plant metabolism studies

Catherine Deborde , Daniel Jacob , Jean-Xavier J.-X. Fontaine , R. Molinie , Léa Roch et al.
2. International Plant Spectroscopy Conference (IPSC), Mar 2019, Berlin, Germany
Communication dans un congrès hal-02786819 v1

NMR-based metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility: 4 short stories

Catherine Deborde , Daniel Jacob , Simon Roques , Léa Roch , Anaïs Clave et al.
A Franco-Israeli Symposium in Magnetic Resonance, Jan 2019, Rehovot, Israel
Communication dans un congrès hal-02786826 v1

FAIR principles, an new opportunity to improve the data lifecycle

Daniel Jacob
ado2019 : journée thématique sur les autorités de données, Pascal Dayre - CNRS ENSEEIHT-IRIT, Apr 2019, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02070883 v1

Integrative and predictive biology outside the plant: linking computational tools to fleshy fruit systems

Cecile Cabasson , Sophie Colombie , Bertrand Beauvoit , Christine Nazaret , Camille Benard et al.
Colloque Biologie synthétique et systémique, BioSynSys, Jun 2016, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02739719 v1

Leaf marker metabolites for low nitrogen stress in maize

Maria Urrutia Rosauro , Stéphane Bernillon , M. Maucourt , Catherine Deborde , Daniel Jacob et al.
Plant Biology Europe EPSO/FESPB 2016, Jun 2016, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-01605806 v1

Development of metabolomics approaches for quality assessment of plant-based diet in rainbow trout

Catherine Deborde , Annick Moing , Valentin Joubert , Blandine Madji Hounoum , Daniel Jacob et al.
Aquaculture Europe 2015, European Aquaculture Society (EAS). BEL., Oct 2015, Rotterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02740877 v1

PeakForest: a spectral reference database made from metabolomic experts for metabolomic analyses

Nils Paulhe , Pierrick Roger , Marie-Françoise Olivier , Marie Lefebvre , Christophe Duperier et al.
9. Journées scientifiques du RFMF, Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF). FRA., Jun 2015, Lille, France
Communication dans un congrès hal-02742965 v1

Using developmental and diurnal compositional changes of tomato to study metabolism

Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt et al.
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02793195 v1
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Deciphering ascorbic acid regulation in tomato fruit ripening

Celine Bournonville , Carine Ferrand , Daniel Just , Virginie V. Garcia , Daniel Jacob et al.
18. EUCARPIA Meeting of the Tomato Working Group, Apr 2014, Avignon, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02800985 v1

Ontology usage in Omics Standards Initiatives: Pros and Cons of enriching XML data formats with controlled vocabulary terms

Daniel Schober , Michael Wilson , Daniel Jacob , Annick Moing , Gerhard Mayer et al.
ODLS 2014 – Ontologies and Data in Life Sciences, Aug 2014, Freibourg, Germany
Communication dans un congrès hal-02797986 v1

La métabolomique : un outil de la génomique fonctionnelle au service de la biologie des systèmes

Dominique D. Rolin , Bertrand Beauvoit , Stéphane Bernillon , Camille Bénard , Patricia Ballias et al.
8e Congrès Jeunes Chercheurs de la SFBV, Société Française de Biologie Végétale (SFBV). FRA., Jun 2014, Tours, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02801036 v1

MetaboHUB: une infrastructure nationale au service de la métabolomique

Dominique D. Rolin , Alice A. Agasse , Justine Bertrand-Michel , R. R. Cole , B. B. Colsch et al.
Séance thématique "La métabolomique : son application en recherche pharmaceutique et diagnostique", Académie Nationale de Pharmacie. FRA., Feb 2013, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01002248 v1

MetaboHUB: a national infrastructure dedicated to metabolomics and fluxomics

Dominique D. Rolin , Alice A. Agasse , Justine Bertrand-Michel , R. R. Cole , B. B. Colsch et al.
7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et de Fluxomique (RFMF), Jun 2013, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-01002241 v1

MetaboHUB: a french infrastructure dedicated to metabolomics and fluxomics

Dominique D. Rolin , Alice A. Agasse , Justine Bertrand-Michel , R. R. Cole , Sophie S. Colombie et al.
Metabolomics 2013 - 9. Annual conference of the Metabolomics Society, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-01002247 v1

ERVA: a novel method of binning, allowing chemical information to be highlighted, from 1H-NMR metabolics data

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Annick Moing
7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02805015 v1

Diurnal compositional changes of tomato fruit and leaf

Camille Benard , Stéphane Bernillon , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt , Benoit Biais et al.
Metabolomics 2013, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom. 1 p
Communication dans un congrès hal-02803658 v1

Standardisation et stockage des données numériques de MetaboHub dans le contexte des initiatives européennes

Daniel Jacob
1. Journée scientifique de MétaboHUB, Oct 2012, Villevave d'Ornon, France
Communication dans un congrès hal-02802257 v1

Peut-on faire confiance à la métabolomique: résultats de l'initiative MetaboRing

Alexandre Verdu , Bernard Lyan , Carole Migné , Catherine Defoort , Cécile Canlet et al.
6. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF), May 2012, Nantes, France
Communication dans un congrès hal-01594993 v1

Can we trust untargeted metabolomics: results of the metabo-ring study

Alexandre Verdu , Bernard Lyan , Carole Migné , Catherine Defoort , Cécile Canlet et al.
2. African-European Conference on Chemometrics - Afrodata 2012, Nov 2012, Stellenbosch, South Africa
Communication dans un congrès hal-01595486 v1

WP3 Bioinformatics Framework

Daniel Jacob
1. Journée scientifique de MétaboHUB, Oct 2012
Communication dans un congrès hal-02802614 v1
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Tools and applications in plant metabolomics at Bordeaux Metabolome Fluxome Facility (PMFB; http://www.bordeaux.inra.fr/umr619/NMR.htm)

Catherine Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Benoit Biais et al.
5. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Labo/service de l'auteur, Ville service., May 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02749839 v1
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Développement d'outils informatiques pour le traitement et l'analyse des données en RMN-1H, dans un contexte d'expériences métabolomiques

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Stéphane Bernillon , Annick Moing
5. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Labo/service de l'auteur, Ville service., May 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02747402 v1

Mery-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant metabolomics profiles obtained by NMR

Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon et al.
Metabolomics 2010, Jun 2010, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02755793 v1
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PROTIC workshop: A bioinformatics environment for proteome data validation, analysis and integration

Renaud Flores , Johann J. Joets , Olivier Langella , Benoit B. Valot , Michel M. Zivy et al.
Plant Genomics seminar 2010, Mar 2010, Pont Royal en Provence, France
Communication dans un congrès hal-02758409 v1

Plant metabolomics at Bordeaux Metabolome-Fluxome Facility. Tools and applications at PMFB

Catherine Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Isabelle Quintana et al.
4. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, May 2010, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02756773 v1

Mery-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant metabolomics profiles obtained by NMR

Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon et al.
4. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, May 2010, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02756823 v1

Applications and tools in plant metabolomics at Bordeaux Metabolome-Fluxome Facility

Catherine Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Patricia Ballias et al.
Metabolomics 2010, Jun 2010, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02757642 v1

Direct correlation of 1H-NMR and GC-EI-TOF-MS profiling data reveals significant spatial localisations and metabolite gradients in Charentais melon fr

William Allwood , Benoit Biais , Catherine Deborde , Yun Xu , Mickael M. Maucourt et al.
Metabomeeting 2009, Jul 2009, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02755485 v1

Mery-B : management and analysis of plant metabolomics 1H-NMR profiles

Daniel Jacob , Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine Deborde , Stéphane Bernillon et al.
Metabomeeting 2009, Jul 2009, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02751144 v1

Mery-B : Base de Données Métabolomiques dédiée au végétal et outils d’intégration, de visualisation et de traitement statistique de profils RMN 1H

Catherine Deborde , Hélène Ferry-Dumazet , Cécile Cabasson , Mickael M. Maucourt , Laurent Gil et al.
2. Journée scientifique du réseau RMN aquitain, Apr 2009, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02752654 v1

Tools and applications in plant metabolomics at Bordeaux metabolome-fluxome facility (PMFB)

Stéphane Bernillon , Catherine Deborde , Mickael M. Maucourt , Benoit Biais , Karine Pardon et al.
Metabomeeting 2009, Jul 2009, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02753447 v1

Insights into genome plasticity of the wine-making bacterium Oenococcus oeni strain ATCC BAA-1163 by decryption of its whole genome.

Elisabeth Bon , Cosette Granvalet , Fabienne Remize , Diliana Dimova , Patrick Lucas et al.
9th Symposium on Lactic Acid Bacteria, Sep 2008, Egmond aan Zee, Netherlands. pp.A047
Communication dans un congrès inria-00340073 v1

Small but dynamic genomes: evidences for massive horizontal gene transfer between ruminant pathogenic mycoplasmas

Pascal P. Sirand-Pugnet , Marc Marenda , Daniel Jacob , Aurélien Barré , Valérie Barbe et al.
Genomes 2008, Apr 2008, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02751198 v1

The genome sequence of Mycoplasma hominis and comparison with the minimal bacterial genomes of the human pathogens, M. genitalium and Ureaplasma parvum

Sabine Pereyre , Pascal P. Sirand-Pugnet , A. Barre , A. Charron , P. Avenaud et al.
108. General meeting of the American Society for Microbiology, Jun 2008, Boston, United States
Communication dans un congrès hal-02752888 v1

Evolution des génomes de mollicutes : une histoire pleine de rebondissements

Pascal P. Sirand-Pugnet , Christine Citti , A Barre , D Jacob , Alain A. Blanchard
7e Rencontre Francophone de Mycoplasmologie, 2007, Lyon, France. pp.Inconnu
Communication dans un congrès hal-02813016 v1

Evolution des génomes de mollicutes : une histoire pleine de rebondissements

Pascal P. Sirand-Pugnet , Christine Citti , Aurélien Barré , Daniel Jacob , Alain A. Blanchard
7. Rencontre francophone de mycoplasmologie, Jul 2007, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-02755457 v1

The complete genome sequence of the human urogenital mycoplasma, Mycoplasma hominis

Sabine Pereyre , Philippe Avenaud , Alain Charron , Pascal P. Sirand-Pugnet , Daniel Jacob et al.
16. International congress of the International Organization for Mycoplasmology, Jul 2006, Cambridge, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02756026 v1

MétaboP: a French initiative supported by Génoplante for the development of analytical and bioinformatic tools for plant metabolomics

Annick Moing , Graham Noctor , Catherine Deborde , Mickael M. Maucourt , Christel Renaud et al.
4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02754317 v1

The Metabolome pole of the Functional Genomics Platform of Bordeaux

Catherine Deborde , Stéphane Bernillon , Cécile Cabasson , Mickaël Maucourt , Christel Renaud-Gentié et al.
2. Journées, Dec 2006, Saint-Sauves-d'Auvergne, France
Communication dans un congrès hal-02753989 v1

Bioinformatics resources for the study of plant metabolomics

H. Ferry-Dumazet , A. Barre , D. Jacob , A. de Daruvar , Annick Moing et al.
4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02754398 v1

Metabolome-Fluxome facility at the Plant Systems Biology Institute in Bordeaux, France

Catherine Deborde , Mickael M. Maucourt , Christel Renaud , Monique Gaudillère , Cécile Cabasson et al.
4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02754805 v1

Mycoplasma agalactiae genome: evidence for massive horizontal gene transfer between pathogenic, ruminant mycoplasmas

Pascal P. Sirand-Pugnet , Marc Marenda , Carole Lartigue Prat , Daniel Jacob , Valérie Barbe et al.
16. International congress of the International Organization for Mycoplasmology, Jul 2006, Cambridge, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02752179 v1

Pôle Métabolome à l'IFR 103 Biologie Végétale Intégrative de Bordeaux

Catherine Deborde , Cécile Cabasson , Mickael M. Maucourt , Christel Renaud , Monique Gaudillère et al.
Premières journées scientifiques, Dec 2005, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02764501 v1

Un outil informatique générique pour le stockage et le data-mining de données de métabolome de plantes

Hélène Ferry-Dumazet , Daniel Jacob , Aurélien Barré , Cécile Cabasson , Christel Renaud et al.
Premières journées scientifiques, Dec 2005, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02759485 v1

Chemical fingerprinting for the evaluation of polar and non polar metabolite changes during fruit development in tomato (Solanum lycopersicum) by means of H NMR

Catherine Deborde , G. Fourloubey , Daniel Jacob , Fabien F. Mounet , Cécile Cabasson et al.
6. Colloque national de la SFBV, Apr 2005, Arcachon, France
Communication dans un congrès hal-02762461 v1

Pilotage d'une plate-forme de filtration tangentielle : le placement de pôles comme stratégie de mise au point des régulations

D. Jacob , A. Lecomte , G. Daufin
4. Journées de la mesure, Oct 1996, Carry Le Rouet, France
Communication dans un congrès hal-02764605 v1

Démonstration d'un exemple d'utilisation du logiciel Acsyde en vue de la synthèse de différents régulateurs

D. Jacob , A. Lecomte
4. Journées de la mesure, Oct 1996, Carry Le Rouet, France
Communication dans un congrès hal-02768835 v1

MeRy-B, a Metabolomic Database and Knowledge Base for Exploring Plant Primary Metabolism.

Catherine Deborde , Daniel Jacob
Plant Metabolism : Methods and Protocols, 1083, Springer Science+Business Media, 2014, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-62703-661-0_1⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02793139 v1

High-resolution 1H-NMR spectroscopy and beyond to explore plant metabolome

Dominique D. Rolin , Catherine Deborde , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Florence Fauvelle et al.
Metabolomics Coming of Age with its Technological Diversity, 67 (1ère éd.), Elsevier Ltd, 693 p., 2013, Advances in Botanical Research, 978-0-12-397922-3. ⟨10.1016/B978-0-12-397922-3.00001-0⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02811296 v1
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Maggot : Designed to foster good data management, with « data sharing » in mind.

Daniel Jacob , François Ehrenmann , Philippe Chaumeil
Semantic Linked Data at INRAE, Oct 2023, Sète, France
Poster de conférence hal-04256711 v1
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NMR metabolomics to explore compositional changes in grape berry under heat stress

Marion Cariou , Catherine Deborde , Valentina Parisi , Annick Moing , Daniel Jacob et al.
Analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France
Poster de conférence hal-03728234 v1
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TOWARDS A METABOLOMIC CHARACTERISATION OF THE GRAPEVINE RESPONSE TO FLAVESCENCE DORÉE INFECTION BY NMR AND LC-MS PROFILING

Catherine Deborde , Stéphane Bernillon , Josep Valls Fonayet , Daniel Jacob , Sylvie Malembic-Maher et al.
Analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France
Poster de conférence hal-03728111 v1
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Preliminary results of a MetaboHUB 2.0 inter-laboratory test on 1D 1H NMR metabolite quantification of a synthetic urine.

Catherine Deborde , Patrick Giraudeau , Edern Cahoreau , Gregory da Costa , Roselyne Gautier et al.
Analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France
Poster de conférence hal-03728300 v1
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TOWARDS A METABOLOMIC CHARACTERISATION OF THE GRAPEVINE RESPONSE TO FLAVESCENCE DORÉE INFECTION BY NMR AND LC-MS PROFILING

Catherine Deborde , Stéphane Bernillon , Josep Valls Fonayet , Daniel Jacob , Sylvie Malembic-Maher et al.
3rd International Plant Spectroscopy Conference, Sep 2022, Nantes, France
Poster de conférence hal-03728068 v1

Hyperpolarized NMR metabolomics at natural 13C abundance

Arnab Dey , Benoit Charrier , Estelle Martineau , Catherine Deborde , Elodie Gandriau et al.
ENC 2021, Mar 2021, En ligne, United States
Poster de conférence hal-04433999 v1

Hyperpolarized NMR metabolomics at natural 13C abundance

Arnab Dey , Benoit Charrier , Estelle Martineau , Catherine Deborde , Elodie Gandriau et al.
GERM 2021, Apr 2021, En ligne, France
Poster de conférence hal-04433980 v1
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MetaboHUB-Bordeaux

Stéphane Bernillon , Cecile Cabasson , Cédric Cassan , Grégory da Costa , Catherine Deborde et al.
Journées Scientifiques INRA-BAP, Sep 2019, Hyères, France. , 2019
Poster de conférence hal-02570809 v1

NMRProcFLOW: A graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for plant NMR metabolomics

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Annick Moing
International Plant Spectroscopy Conference (IPSC), Mar 2019, Berlin, Germany. 2019
Poster de conférence hal-02556875 v1

Characterization of GMO or glyphosate effects on the composition of maize grain and maize-based diet for rat feeding

Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt , Sylvain Chéreau , Catherine Deborde , Daniel Jacob et al.
12. Journées Scientifiques du RFMF, May 2019, Clermont-Ferrand, France. pp.109 /P30, 2019, 12. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-02556668 v1

LC-MS and NMR metabolomics study of a tomato (Solanum lycopersicum L.) mutant affected in the fruit pericarp development

Constance Musseau , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde , Daniel Jacob , Joana Jorly et al.
12. Journées Scientifiques du RFMF, May 2019, Clermont-Ferrand, France. pp.128/P48, 2019, 12. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-02556782 v1

Precautions of a revisited protocol for 1D 1H-NMR profiling of plant samples from extract preparation to spectra processing. Preliminary results of an inter laboratory experiments.

Jean-Xavier J.-X. Fontaine , Roland Molinié , Catherine Deborde , Adolfo Botana , Francois Mesnard et al.
11. Journées Scientifiques du RFMF, May 2018, Liège, Belgium. pp.P34, 2018, 11. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-03125729 v1

Inter laboratory comparison of a revisited protocol for 1D 1H-NMR profiling of plant samples from extract preparation to spectra processing

Catherine Deborde , Roland Molinié , Jean-Xavier J.-X. Fontaine , Adolfo Botana , François Mesnard et al.
EUROMAR - European Magnetic Resonance Meeting, Jul 2018, Nantes, France. 2018
Poster de conférence hal-02737299 v1

Combined metabolomic and proteomic profiling of maize leaf to reveal metabolic responses to cold temperatures

Maria Urrutia , Melisande Blein-Nicolas , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde , Mickaël Maucourt et al.
11. Journées Scientifiques du RFMF, May 2018, Liège, Belgium. pp.P25, 2018, 11. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-03125712 v1

NMRProcFlow: A graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics.

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickael Maucourt , Annick Moing
EUROMAR - European Magnetic Resonance Meeting, Jul 2018, Nantes, France. 2018
Poster de conférence hal-02733608 v1

NMRProcFlow: An easy GUI tool dedicated to 1D NMR spectra processing (1H & 13C) for Metabolomics

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickaël Maucourt , Annick Moing
11. Journées Scientifiques du RFMF, May 2018, Liège, Belgium. pp.P24, 2018, 11. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-03125691 v1

NMR-based metabolomics workflow for characterization and effect assessment of alternative plant-based diets on plasma and microbiote in rainbow trout

Catherine Deborde , Blandine Madji Hounoum , Daniel Jacob , Mickael Maucourt , Simon Roques et al.
EUROMAR - European Magnetic Resonance Meeting, Jul 2018, Nantes, France. 2018
Poster de conférence hal-02160639 v1

EMERODE: nuclEAR MagnEtic Resonance prOfiles DatabasE

Marie Lefebvre , Mickael M. Maucourt , Annick Moing , Dominique D. Rolin , Daniel Jacob et al.
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence hal-02741930 v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton et al.
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence hal-02743906 v1

Searching for marker metabolites of crop performance

Annick Moing , Maria Urrutia , Olivier Fernandez , Vanessa Zhendre , Nadia Lamari et al.
Metabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Poster de conférence hal-02744241 v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton et al.
Metabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, Ireland. 2016
Poster de conférence hal-02741696 v1

Characterization of a plant cell suspension culture of Vitis vinifera: biomass composition assessment before C13-metabolic flux analysis

Angela Machado Vieira , Stéphanie Cluzet , Catherine Deborde , Ghislaine Hilbert , Annick Moing et al.
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence hal-02741756 v1

PeakForest: a spectral reference database made from metabolomic experts for metabolomic analyses

Nils Paulhe , Pierrick Roger , Marie-Françoise Olivier , Marie Lefebvre , Christophe Duperier et al.
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02742964 v1

Cold treatment affects the metabolite profiles of maize leaves

Nadia Lamari , Vanessa Zhendre , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Catherine Deborde et al.
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02742488 v1

Combining MS and proton NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to study environment effect on metabolism

Léa Roch , Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt , Catherine Deborde , Camille Benard et al.
12. Solanaceae Conference SOL 2015, Oct 2015, Bordeaux, France. 2015, SOL 2015 - Book of abstracts
Poster de conférence hal-01606414 v1
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New tools and workflows on W4M, the Galaxy metabolomic infrastructure

Marion Landi , Claire Lopez , Marie Tremblay-Franco , Cécile Canlet , Yann Guitton et al.
9e Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. , 2015
Poster de conférence hal-02743697 v1
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Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics

Mélanie Pétéra , Gildas Le Corguille , Marion Landi , Misharl Monsoor , Marie Tremblay-Franco et al.
JOBIM 2015 (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015, JOBIM (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ). ⟨10.1093/bioinformatics/btu813⟩
Poster de conférence hal-01214152 v1
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Vers une annotation RMN 1D et 2D ciblée à partir de matrices de référence

Marie Lefebvre , Julie Pinelli , Nils Paulhe , Vanessa Zhendre , Claire Lopez et al.
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02743576 v1

Combining MS and NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to study environment effect on metabolism

Léa Roch , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Catherine Deborde , Camille Bénard et al.
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02739251 v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications.

Annick Moing , Catherine Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon et al.
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02743630 v1

nmrML: an XML-based open standard for NMR data storage and exchange

Daniel Schober , Michael Wilson , Daniel Jacob , Annick Moing , Catherine Deborde et al.
Metabolomics 2014 - 10. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2014, Tsuruoka, Japan. 2014
Poster de conférence hal-02799345 v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB IA project. Tools and Applications

Annick Moing , Catherine Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon et al.
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02799366 v1
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Spectral Database: from data model to web interface

Nils Paulhe , Christophe Duperier , Daniel Jacob , Etienne Thévenot , Jean-Francois Martin et al.
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 2014
Poster de conférence hal-02742064 v1

Bibliothèques de spectres de RMN 1D et 2D de composés de référence pour la métabolomique végétale

Vanessa Zhendre , Mickael M. Maucourt , Daniel Jacob , Annick Moing , Dominique D. Rolin et al.
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02791990 v1

MetaboLights: Metabolomics data repository and the role of COSMOS

Reza M. Salek , Kenneth Haug , Pablo Conesa , Mark Williams , Steffen Neumann et al.
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02800369 v1

Construction and application of reference MS spectral database for metabolite profiling and matrix annotation of plant organisms

Nadia Lamari , Daniel Jacob , Catherine Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02798309 v1

Combining metabolite and enzymatic profiling during tomato fruit development

Mickael M. Maucourt , Camille Bénard , Benoit Biais , Patricia Ballias , Catherine Deborde et al.
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02793996 v1

ERVA method for 1H-NMR metabolomics data: a novel binning strategy highlighting chemical information

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Annick Moing
Metabolomics 2013, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom. 1 p., 2013
Poster de conférence hal-02805243 v1

On-going method developments in Bordeaux Metabolome Facility

Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Catherine Deborde , Laetitia Fouillen , Yvon Guntz et al.
Metabolomics 2013 - 9. Annual conference of the Metabolomics Society, Jun 2013, Glasgow, United Kingdom. 2013
Poster de conférence hal-02804388 v1

Influence of diurnal factor on compositional changes of tomato fruit and leaf

Camille Benard , Stéphane Bernillon , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt , Benoit Biais et al.
7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France. 2013
Poster de conférence hal-02805301 v1

Coordinated methodological developments for plant metabolomics at Bordeaux

Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Catherine Deborde , Laetitia Fouillen , Yvon Guntz et al.
7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et de Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France. 2013
Poster de conférence hal-02810760 v1

Can we trust untargeted metabolomics: first results of the metabo-ring study

Alexandre Verdu , Bernard Lyan , Carole Migné , Catherine Defoort , Cécile Canlet et al.
8. Annual International Meeting of the Metabolomics Society, Jun 2012, Washington, United States. , 2012
Poster de conférence hal-01595487 v1

Mery-B: a plant metabolomics database and knowledge base

Catherine Deborde , Annick Moing , Cécile Cabasson , Stéphane Bernillon , Dominique D. Rolin et al.
Metabolomics 2012, Jun 2012, Washington, United States. 1 p., 2012
Poster de conférence hal-02801976 v1

Evolution des profils métabolomiques au cours du développement du mésocarpe et de la graine du fruit de palmier à huile

Etienne Legrand , Mickael M. Maucourt , Catherine Deborde , Bertrand Beauvoit , Daniel Jacob et al.
6. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF), May 2012, Nantes, France. p. 89, 2012
Poster de conférence hal-02811510 v1

Mycoplasma agalactiae genome: evidence for massive horizontal gene transfer between pathogenic, ruminant mycoplasmas

Pascal P. Sirand-Pugnet , M Marenda , C Lartigue , D Jacob , V Barbe et al.
16th International Congress of the International Organization for Mycoplasmology, 2006, Cambridge, United Kingdom. pp.Inconnu, 2006
Poster de conférence hal-02815535 v1

Mycoplasma agalactiae Genome: Evidence for Massive Horizontal Gene Transfer Between Pathogenic, Ruminant Mycoplasmas

Pascal P. Sirand-Pugnet , M Marenda , C Lartigue , D Jacob , V Barbe et al.
16th IOM Congress, 2006, Cambridge, United Kingdom. pp.Inconnu, 2006
Poster de conférence hal-02814501 v1
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Combining genomic, proteomic, NMR and physiological study to understand salt stress response in Propionibacterium freudenreichii.

Guillaume Meurice , Pauline Leverrier , Annette Rouault , Marie-Bernadette Maillard , Anne Thierry et al.
Congrès RMN Biologique et les Enjeux du Vivant,, Mar 2003, Clermont-Ferrand, France
Poster de conférence hal-03822231 v1