Daniel Jacob
- Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA)
- BIBS - Plateforme Bioressources : Imagerie, Biochimie & Structure
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Compétences
Publications
Publications
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Usages d'AgroPortal dans des systèmes d'information à INRAE8. Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement (IN-OVIVE), adossé à la conférence Ingénierie des Connaissances @PFIA, AFIA- Association Française d’Intelligence Artificielle, Jul 2025, Dijon, France. 5p |
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Maggot, outil de catalogage des données de recherchePrintemps de la Donnée 2024, INRAE; Université Haute-Alsace; Université de Strasbourg; INSA; PNDB; AgroParisTech; Université de Lille; Sorbonne Université; Data Terra, Jun 2024, Bordeaux, France |
Combining phenotypic, metabolome and proteome data to study maize response to a mild nitrogen deficitJournées du Protéome Vert, Jun 2022, Gif-sur-Yette, France |
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RMN métabolomique, aliments et nutrition : quelques exemples de la plateforme Métabolome-MetaboHUB -BordeauxAnimation scientifique : La Résonance Magnétique Nucléaire dans tous ses états…., UR370 QuaPA et PF AgroResonance, INRAE, Jun 2021, distanciel, France |
Hyperpolarized NMR metabolomics at natural 13C abundanceHyp21, Sep 2021, Lyon, France |
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Hyperpolarized NMR Metabolomics at Natural 13C AbundanceGERM 2021, Apr 2021, En ligne, France |
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Hyperpolarized NMR metabolomics at natural 13C abundanceEuromar 2020, Dec 2020, Online due to Covid, France |
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An integrated fruit model toolkit: combining fruit biophysical processes with central carbon metabolismSymposium on Advanced Technologies and Management for Innovative Greenhouses: GreenSys2019, Jun 2019, Angers, France. pp.401-410, ⟨10.17660/ActaHortic.2020.1296.52⟩ |
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NMR-based metabolomics workflow for quality and effect assessment of alternative plant-based diets in rainbow trout.11èmes JS du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique, RFMF, May 2018, Liège, Belgium |
Hyperpolarized NMR Metabolomics at Natural 13C AbundanceJournées scientifiques du réseau francophone de métabolomique et fluxomique, Jun 2020, Online due to Covid, France |
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An overview of NMR applications in metabolite profiling of small molecules for plant metabolism studies2. International Plant Spectroscopy Conference (IPSC), Mar 2019, Berlin, Germany |
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NMR-based metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility: 4 short storiesA Franco-Israeli Symposium in Magnetic Resonance, Jan 2019, Rehovot, Israel |
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FAIR principles, an new opportunity to improve the data lifecycleado2019 : journée thématique sur les autorités de données, Pascal Dayre - CNRS ENSEEIHT-IRIT, Apr 2019, Toulouse, France |
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Integrative and predictive biology outside the plant: linking computational tools to fleshy fruit systemsColloque Biologie synthétique et systémique, BioSynSys, Jun 2016, Bordeaux, France |
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Leaf marker metabolites for low nitrogen stress in maizePlant Biology Europe EPSO/FESPB 2016, Jun 2016, Prague, Czech Republic |
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PeakForest: a spectral reference database made from metabolomic experts for metabolomic analyses9. Journées scientifiques du RFMF, Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF). FRA., Jun 2015, Lille, France |
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Development of metabolomics approaches for quality assessment of plant-based diet in rainbow troutAquaculture Europe 2015, European Aquaculture Society (EAS). BEL., Oct 2015, Rotterdam, Netherlands |
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La métabolomique : un outil de la génomique fonctionnelle au service de la biologie des systèmes8e Congrès Jeunes Chercheurs de la SFBV, Société Française de Biologie Végétale (SFBV). FRA., Jun 2014, Tours, France. 1 p |
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Using developmental and diurnal compositional changes of tomato to study metabolism8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p |
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Ontology usage in Omics Standards Initiatives: Pros and Cons of enriching XML data formats with controlled vocabulary termsODLS 2014 – Ontologies and Data in Life Sciences, Aug 2014, Freibourg, Germany |
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Deciphering ascorbic acid regulation in tomato fruit ripening18. EUCARPIA Meeting of the Tomato Working Group, Apr 2014, Avignon, France. 1 p |
Diurnal compositional changes of tomato fruit and leafMetabolomics 2013, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom. 1 p |
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ERVA: a novel method of binning, allowing chemical information to be highlighted, from 1H-NMR metabolics data7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France. 1 p |
MetaboHUB: une infrastructure nationale au service de la métabolomiqueSéance thématique "La métabolomique : son application en recherche pharmaceutique et diagnostique", Académie Nationale de Pharmacie. FRA., Feb 2013, Paris, France |
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MetaboHUB: a national infrastructure dedicated to metabolomics and fluxomics7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et de Fluxomique (RFMF), Jun 2013, Amiens, France |
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MetaboHUB: a french infrastructure dedicated to metabolomics and fluxomicsMetabolomics 2013 - 9. Annual conference of the Metabolomics Society, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom |
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Standardisation et stockage des données numériques de MetaboHub dans le contexte des initiatives européennes1. Journée scientifique de MétaboHUB, Oct 2012, Villevave d'Ornon, France |
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Peut-on faire confiance à la métabolomique: résultats de l'initiative MetaboRing6. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF), May 2012, Nantes, France |
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Can we trust untargeted metabolomics: results of the metabo-ring study2. African-European Conference on Chemometrics - Afrodata 2012, Nov 2012, Stellenbosch, South Africa |
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WP3 Bioinformatics Framework1. Journée scientifique de MétaboHUB, Oct 2012 |
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Tools and applications in plant metabolomics at Bordeaux Metabolome Fluxome Facility (PMFB; http://www.bordeaux.inra.fr/umr619/NMR.htm)5. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Labo/service de l'auteur, Ville service., May 2011, Paris, France |
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Développement d'outils informatiques pour le traitement et l'analyse des données en RMN-1H, dans un contexte d'expériences métabolomiques5. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Labo/service de l'auteur, Ville service., May 2011, Paris, France |
Applications and tools in plant metabolomics at Bordeaux Metabolome-Fluxome FacilityMetabolomics 2010, Jun 2010, Amsterdam, Netherlands |
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Mery-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant metabolomics profiles obtained by NMRMetabolomics 2010, Jun 2010, Amsterdam, Netherlands |
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Plant metabolomics at Bordeaux Metabolome-Fluxome Facility. Tools and applications at PMFB4. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, May 2010, Marseille, France |
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PROTIC workshop: A bioinformatics environment for proteome data validation, analysis and integrationPlant Genomics seminar 2010, Mar 2010, Pont Royal en Provence, France |
Mery-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant metabolomics profiles obtained by NMR4. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, May 2010, Marseille, France |
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Tools and applications in plant metabolomics at Bordeaux metabolome-fluxome facility (PMFB)Metabomeeting 2009, Jul 2009, Norwich, United Kingdom |
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Direct correlation of 1H-NMR and GC-EI-TOF-MS profiling data reveals significant spatial localisations and metabolite gradients in Charentais melon frMetabomeeting 2009, Jul 2009, Norwich, United Kingdom |
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Mery-B : management and analysis of plant metabolomics 1H-NMR profilesMetabomeeting 2009, Jul 2009, Norwich, United Kingdom |
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Mery-B : Base de Données Métabolomiques dédiée au végétal et outils d’intégration, de visualisation et de traitement statistique de profils RMN 1H2. Journée scientifique du réseau RMN aquitain, Apr 2009, Bordeaux, France |
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The genome sequence of Mycoplasma hominis and comparison with the minimal bacterial genomes of the human pathogens, M. genitalium and Ureaplasma parvum108. General meeting of the American Society for Microbiology, Jun 2008, Boston, United States |
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Insights into genome plasticity of the wine-making bacterium Oenococcus oeni strain ATCC BAA-1163 by decryption of its whole genome.9th Symposium on Lactic Acid Bacteria, Sep 2008, Egmond aan Zee, Netherlands. pp.A047 |
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Small but dynamic genomes: evidences for massive horizontal gene transfer between ruminant pathogenic mycoplasmasGenomes 2008, Apr 2008, Paris, France |
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Evolution des génomes de mollicutes : une histoire pleine de rebondissements7e Rencontre Francophone de Mycoplasmologie, 2007, Lyon, France. pp.Inconnu |
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Evolution des génomes de mollicutes : une histoire pleine de rebondissements7. Rencontre francophone de mycoplasmologie, Jul 2007, Lyon, France |
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The complete genome sequence of the human urogenital mycoplasma, Mycoplasma hominis16. International congress of the International Organization for Mycoplasmology, Jul 2006, Cambridge, United Kingdom |
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Bioinformatics resources for the study of plant metabolomics4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom |
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MétaboP: a French initiative supported by Génoplante for the development of analytical and bioinformatic tools for plant metabolomics4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom |
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The Metabolome pole of the Functional Genomics Platform of Bordeaux2. Journées, Dec 2006, Saint-Sauves-d'Auvergne, France |
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Metabolome-Fluxome facility at the Plant Systems Biology Institute in Bordeaux, France4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom |
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Mycoplasma agalactiae genome: evidence for massive horizontal gene transfer between pathogenic, ruminant mycoplasmas16. International congress of the International Organization for Mycoplasmology, Jul 2006, Cambridge, United Kingdom |
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Chemical fingerprinting for the evaluation of polar and non polar metabolite changes during fruit development in tomato (Solanum lycopersicum) by means of H NMR6. Colloque national de la SFBV, Apr 2005, Arcachon, France |
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Pôle Métabolome à l'IFR 103 Biologie Végétale Intégrative de BordeauxPremières journées scientifiques, Dec 2005, Toulouse, France |
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Un outil informatique générique pour le stockage et le data-mining de données de métabolome de plantesPremières journées scientifiques, Dec 2005, Toulouse, France |
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Pilotage d'une plate-forme de filtration tangentielle : le placement de pôles comme stratégie de mise au point des régulations4. Journées de la mesure, Oct 1996, Carry Le Rouet, France |
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Démonstration d'un exemple d'utilisation du logiciel Acsyde en vue de la synthèse de différents régulateurs4. Journées de la mesure, Oct 1996, Carry Le Rouet, France |
MeRy-B, a Metabolomic Database and Knowledge Base for Exploring Plant Primary Metabolism.Plant Metabolism : Methods and Protocols, 1083, Springer Science+Business Media, 2014, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-62703-661-0_1⟩ |
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High-resolution 1H-NMR spectroscopy and beyond to explore plant metabolomeMetabolomics Coming of Age with its Technological Diversity, 67 (1ère éd.), Elsevier Ltd, 693 p., 2013, Advances in Botanical Research, 978-0-12-397922-3. ⟨10.1016/B978-0-12-397922-3.00001-0⟩ |
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Gestion de métadonnées pour les espaces de stockages de donnéesINRAE. 2022, pp.6 |
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Gestion Automatique d'Environnement Virtuel (GAEV)[0] INRAE. 2021 |
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Modeling the growth of tomato fruits based on enzyme activity profiles.[Research Report] INRAE. 2020 |
jupyterhub-vmLogiciel hal-05527206v1 |
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Maggot-SSOLogiciel hal-05073888v1 |
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A web-based cross-polarization kinetics modelling toolLogiciel hal-05392587v2 |
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RnmrQuant1DLogiciel hal-04986265v2 |
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Metadata Management Tool for Data Storage spaces (Maggot)Logiciel hal-04589638v1 |
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ODAM - Open Data for Access and MiningLogiciel hal-03335186v1 |
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NMRProcFlowLogiciel hal-03318453v1 |
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Solid-State NMR Principles2025 |
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Tutorial / Documentation on the RnmrQuant1D package - v1.102025 |
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A Reproducible Workflow for Modelling of 1 H to 13 C Polarization Transfer Kinetics using Solid-State NMR2026 |
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Tutorial on using NMRProcFlow to produce the polarization transfer kinetics matrix in Solid-State NMR2025 |
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Document for adding numbered structures into PeakForest2021 |
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BioStatFlow -Statistical Analysis Workflow for "Omics" Data2020 |
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NMRProcFlow: A graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics2016 |