Elisabeth Hellec

Bioinformaticienne (2024 - aujourd'hui) - Unité VIP (Virologie immunologie Porcines) Anses de Ploufragan-Plouzané-Niort
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Dans le cadre du projet européen PIGIE (ERA-Net ICRAD), je mène des travaux visant à mieux comprendre les facteurs influençant les infections à virus influenza porcins (swIAV). Mon approche combine des analyses phylogénétiques, intégrant des séquences issues du projet et du réseau Résavip, avec des méthodes de Machine Learning appliquées à des données multi-échelles. Ces données incluent des séquences génomiques virales (NGS), des données immunologiques (anticorps maternels, tests HI), des paramètres cliniques (toux, éternuements), environnementaux (température, CO₂, NH₃, hygrométrie) ainsi que la localisation spatio-temporelle des porcelets en élevage. Cette approche intégrée vise à identifier les leviers de contrôle de la circulation virale dans les élevages présentant de la grippe persistante.

Domaines de recherche

Bio-informatique [q-bio.QM] Informatique et langage [cs.CL] Génomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN] Virologie Machine Learning [stat.ML]

Compétences

Bash Python Nextflow R Phylogénie Génomique Git Slurm/PBS

Publications

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