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The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome
Carol Moraga
,
Catarina Branco
,
Quentin Rougemont
,
Paris Veltsos
,
Pavel Jedlička
et al.
Article dans une revue
hal-04293712
v1
|
|
Response to “On the impact of incomplete taxon sampling on the relative timing of gene transfer events”
Théo Tricou
,
Eric Tannier
,
Damien de Vienne
Article dans une revue
hal-04515190
v1
|
|
Se réapproprier la production de connaissance
Alexandre Monnin
,
Eric Tannier
,
Maël Thomas
Analyse Opinion Critique, 2023, https://aoc.media/opinion/2023/05/17/se-reapproprier-la-production-de-connaissance/
Article dans une revue
hal-04102099
v1
|
|
Host-symbiont-gene phylogenetic reconciliation
Hugo Menet
,
Alexia Nguyen Trung
,
Vincent Daubin
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-03781023
v2
|
|
PhylteR: Efficient Identification of Outlier Sequences in Phylogenomic Datasets
Aurore Comte
,
Théo Tricou
,
Eric Tannier
,
Julien Joseph
,
Aurélie Siberchicot
et al.
Article dans une revue
hal-03995366
v3
|
|
Ghost lineages can invalidate or even reverse findings regarding gene flow
Théo Tricou
,
Eric Tannier
,
Damien M. de Vienne
Article dans une revue
hal-03781025
v2
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|
The crisis of the scientific mind : an investigation, a tragedy and a collective redistribution of roles
Eric Tannier
,
Vincent Daubin
,
Sophie Quinton
Article dans une revue
hal-03714886
v1
|
|
Phylogenetic reconciliation
Hugo Menet
,
Vincent Daubin
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-03258402
v2
|
|
A hapless mathematical contribution to biology
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-03153696
v3
|
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Long-range promoter–enhancer contacts are conserved during evolution and contribute to gene expression robustness
Alexandre Laverré
,
Eric Tannier
,
Anamaria Necsulea
Article dans une revue
hal-03559410
v1
|
|
Thirdkind: displaying phylogenetic encounters beyond 2-level reconciliation
Simon Penel
,
Hugo Menet
,
Théo Tricou
,
Vincent Daubin
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-03563666
v1
|
|
Ghost lineages highly influence the interpretation of introgression tests
Théo Tricou
,
Eric Tannier
,
Damien M. de Vienne
Article dans une revue
hal-03455377
v2
|
|
L'informatique les pieds sur Terre
Eric Tannier
Interstices, 2020
Article dans une revue
hal-02953016
v1
|
|
Evolutionary superscaffolding and chromosome anchoring to improve Anopheles genome assemblies
Robert Waterhouse
,
Sergey Aganezov
,
Yoann Anselmetti
,
Jiyoung Lee
,
Livio Ruzzante
et al.
Article dans une revue
hal-02455139
v1
|
|
Treerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.
Nicolas Comte
,
Benoît Morel
,
Damir Hasic
,
Laurent Guéguen
,
Bastien Boussau
et al.
Article dans une revue
hal-02883386
v1
|
|
Zombi: A phylogenetic simulator of trees, genomes and sequences that accounts for dead lineages
Adrian A Davin
,
Theo Tricou
,
Eric Tannier
,
Damien M. de Vienne
,
Gergely J Szöllosi
Article dans une revue
hal-02302010
v1
|
|
Quand les branches de l’arbre du vivant s’entremêlent
Eric Tannier
,
Bastien Boussau
,
Vincent Daubin
Article dans une revue
hal-02414245
v1
|
|
Gene tree species tree reconciliation with gene conversion
Damir Hasic
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-01495707
v2
|
|
Gene tree reconciliation including transfers with replacement is NP-hard and FPT
Damir Hasic
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-02301454
v1
|
|
Phylogenetic signal from rearrangements in 18 Anopheles species by joint scaffolding extant and ancestral genomes
Yoann Anselmetti
,
Wandrille Duchemin
,
Eric Tannier
,
Cedric Chauve
,
Sèverine Bérard
Article dans une revue
hal-01791884
v1
|
|
Gene transfers can date the tree of life
Adrián Davín
,
Eric Tannier
,
Tom A Williams
,
Bastien Boussau
,
Vincent Daubin
et al.
Article dans une revue
hal-01913812
v1
|
|
RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees
Wandrille Duchemin
,
Guillaume Gence
,
Anne-Muriel Arigon Chifolleau
,
Lars Arvestad
,
Mukul Bansal
et al.
Article dans une revue
lirmm-01800296
v1
|
|
Algorithms for computing the double cut and join distance on both gene order and intergenic sizes
Guillaume Fertin
,
Géraldine Jean
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-01533200
v1
|
|
Resolution and reconciliation of non-binary gene trees with transfers, duplications and losses
Edwin Jacox
,
Mathias Weller
,
Eric Tannier
,
Celine Scornavacca
Article dans une revue
hal-01526643
v1
|
|
DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies
Wandrille Duchemin
,
Yoann Anselmetti
,
Murray Patterson
,
Yann Ponty
,
Sèverine Bérard
et al.
Article dans une revue
hal-01503766
v2
|
|
Efficient gene tree correction guided by genome evolution
Emmanuel Noutahi
,
Magali Semeria
,
Manuel Lafond
,
Jonathan Seguin
,
Bastien Boussau
et al.
Article dans une revue
hal-01162963
v4
|
|
Genome rearrangements with indels in intergenes restrict the scenario space
Laurent Bulteau
,
Guillaume Fertin
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-01396842
v1
|
|
Francisella IglG protein and the DUF4280 proteins: PAAR-like proteins in non-canonical Type VI secretion systems?
Claire Lays
,
Eric Tannier
,
Thomas Henry
Article dans une revue
hal-01394403
v2
|
|
Breaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation
Priscila Biller
,
Laurent Guéguen
,
Carole Knibbe
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-01334923
v1
|
|
Karyotype and Gene Order Evolution from ReconstructedExtinct Ancestors Highlight Contrasts in Genome Plasticity ofModern Rosid Crops
Florent Murat
,
Rongzhi R. Zhang
,
Sébastien Guizard
,
Haris Gavranovic
,
Raphael Flores
et al.
Article dans une revue
hal-01133906
v1
|
|
Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding
Yoann Anselmetti
,
Vincent Berry
,
Cedric Chauve
,
Annie Chateau
,
Eric Tannier
et al.
Article dans une revue
hal-01180303
v2
|
|
Genome-scale phylogenetic analysis finds extensive gene transfer among fungi
G.J. Szollosi
,
Adrián Arellano Davin
,
Eric Tannier
,
Vincent Daubin
,
Bastien Boussau
Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990), 2015, 370, 20140335 (11 p.). ⟨10.1098/rstb.2014.0335⟩
Article dans une revue
hal-01218565
v1
|
|
Probabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies
Magali Semeria
,
Eric Tannier
,
Laurent Guéguen
Article dans une revue
hal-01179596
v2
|
|
Moments of genome evolution by Double Cut-and-Join
Priscila Biller
,
Laurent Guéguen
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-01179597
v2
|
|
Reconstruction of an ancestral Yersinia pestis genome and comparison with an ancient sequence
Wandrille Duchemin
,
Vincent Daubin
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-01179197
v3
|
|
The inference of gene trees with species trees
Gergely Szöllősi
,
Eric Tannier
,
Vincent Daubin
,
Bastien Boussau
Systematic Biology, 2015, Special Issue: Mathematical and Computational Evolutionary Biology (2013), 64 (1), pp.e42-e62. ⟨10.1093/sysbio/syu048⟩
Article dans une revue
hal-00915301
v1
|
|
Counting and sampling SCJ small parsimony solutions
István Miklós
,
Sándor Z. Kiss
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-01077270
v1
|
|
FPSAC: Fast Phylogenetic Scaffolding of Ancient Contigs
Ashok Rajaraman
,
Eric Tannier
,
Cedric Chauve
Article dans une revue
hal-00859185
v1
|
|
Gene tree correction guided by orthology
Manuel Lafond
,
Magali Semeria
,
Krister M. Swenson
,
Eric Tannier
,
Nadia El-Mabrouk
BMC Bioinformatics, 2013, 14 (Suppl 15), pp.S5
Article dans une revue
hal-00873235
v1
|
|
Efficient Exploration of the Space of Reconciled Gene Trees.
Gergely J Szöllosi
,
Wojciech Rosikiewicz
,
Bastien Boussau
,
Eric Tannier
,
Vincent Daubin
Article dans une revue
hal-00856826
v1
|
|
L'ADN, mémoire numérique du vivant
Vincent Daubin
,
Simon Penel
,
Eric Tannier
Pour la science, 2013, pp.102-108
Article dans une revue
hal-00878875
v1
|
|
Lateral Gene Transfer from the Dead.
Gergely J Szöllosi
,
Eric Tannier
,
Nicolas Lartillot
,
Vincent Daubin
Article dans une revue
hal-00784662
v1
|
|
Lateral gene transfer, rearrangement, reconciliation
Murray Patterson
,
Gergely Szöllősi
,
Vincent Daubin
,
Eric Tannier
BMC Bioinformatics, 2013, 14 (Suppl 15), pp.S4
Article dans une revue
hal-00873233
v1
|
|
Genome-scale coestimation of species and gene trees.
Bastien Boussau
,
Gergely J Szöllosi
,
L. Duret
,
Manolo Gouy
,
Eric Tannier
et al.
Article dans une revue
hal-00750148
v1
|
|
ANGES: reconstructing ANcestral GEnomeS maps.
Bradley R Jones
,
Ashok Rajaraman
,
Eric Tannier
,
Cedric Chauve
Article dans une revue
hal-00733180
v1
|
|
Linearization of ancestral multichromosomal genomes
Ján Maňuch
,
Murray Patterson
,
Roland Wittler
,
Cedric Chauve
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-00773071
v1
|
|
Approximating the number of Double Cut-and-Join scenarios
Istvan Miklos
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-00699567
v1
|
|
Lateral gene transfer as a support for the tree of life.
Sophie S Abby
,
Eric Tannier
,
Manolo Gouy
,
Vincent Daubin
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (13), pp.4962-4967. ⟨10.1073/pnas.1116871109⟩
Article dans une revue
hal-00752055
v1
|
|
Phylogenetic modeling of lateral gene transfer reconstructs the pattern and relative timing of speciations.
Gergely J Szöllosi
,
Bastien Boussau
,
Sophie S Abby
,
Eric Tannier
,
Vincent Daubin
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (43), pp.17513-17518. ⟨10.1073/pnas.1202997109⟩
Article dans une revue
hal-00740292
v1
|
|
Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies
Sèverine Bérard
,
Coralie Gallien
,
Bastien Boussau
,
Gergely J Szöllosi
,
Vincent Daubin
et al.
Article dans une revue
hal-00733178
v1
|
|
Preface : Satellite Workshop on Comparative Genomics Research in Computational Molecular Biology (RECOMB-CG 2010)
Eric Tannier
Journal of Computational Biology, 2011, 18(9), pp.1-3
Article dans une revue
hal-00698246
v1
|
|
Mapping ancestral genomes with massive gene loss: a matrix sandwich problem.
Haris Gavranović
,
Cedric Chauve
,
Jérôme Salse
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-00680540
v1
|
|
L'époque romantique contre la peine de mort
Eric Tannier
incollection, 2011, --, pp.54-56
Article dans une revue
hal-00698248
v1
|
|
Reconstructing the architecture of the ancestral amniote genome.
Aïda Ouangraoua
,
Eric Tannier
,
Cedric Chauve
Article dans une revue
inria-00635016
v1
|
|
HDR - Evolution combinatoire Algorithmique des chromosomes
Eric Tannier
incollection, 2011, --, pp.54-56
Article dans une revue
hal-00698247
v1
|
|
Comparative Genomics
Eric Tannier
incollection, 2010, 6938, pp.1-12
Article dans une revue
hal-00539254
v1
|
|
Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.
Christian Baudet
,
Claire Lemaitre
,
Zanoni Dias
,
Christian Gautier
,
Eric Tannier
et al.
Article dans une revue
hal-00681095
v1
|
|
Bayesian sampling of genomic rearrangement scenarios via double cut and join.
István Miklós
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-00680633
v1
|
|
Ancestral grass karyotype reconstruction unravels new mechanisms of genome shuffling as a source of plant evolution.
Florent Murat
,
Jian-Hong Xu
,
Eric Tannier
,
Michael Abrouk
,
Nicolas Guilhot
et al.
Article dans une revue
hal-00680636
v1
|
|
Detecting lateral gene transfers by statistical reconciliation of phylogenetic forests
Sophie S. Abby
,
Eric Tannier
,
Manolo Gouy
,
Vincent Daubin
Article dans une revue
inria-00527151
v1
|
|
Yeast ancestral genome reconstructions: the possibilities of computational methods II.
Cedric Chauve
,
Haris Gavranovic
,
Aida Ouangraoua
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-00681091
v1
|
|
Palaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors.
Michael Abrouk
,
Florent Murat
,
Caroline Pont
,
Joachim Messing
,
Scott Jackson
et al.
Article dans une revue
istex
hal-00681093
v1
|
|
Le génome aux ordres des mathématiciens
Eric Tannier
La Recherche, 2010, 439, pp.54-56
Article dans une revue
hal-00539457
v1
|
|
Multichromosomal median and halving problems under different genomic distances
Eric Tannier
,
Chunfang Zheng
,
David Sankoff
Article dans une revue
hal-00784456
v1
|
|
Computation of Perfect DCJ Rearrangement Scenarios with Linear and Circular Chromosomes
Sèverine Bérard
,
Annie Chateau
,
Cedric Chauve
,
Christophe Paul
,
Eric Tannier
Article dans une revue
lirmm-00432670
v1
|
|
Footprints of Inversions at Present and Past Pseudoautosomal Boundaries in Human Sex Chromosomes
Claire Lemaitre
,
Marília D.V. Braga
,
Christian Gautier
,
M.-F. Sagot
,
Eric Tannier
et al.
Genome Biology and Evolution, 2009, 1(1), pp.56-66
Article dans une revue
hal-00428362
v1
|
|
Analysis of fine-scale mammalian evolutionary breakpoints provides new insight into their relation to genome organisation
Claire Lemaitre
,
Lamia Zaghloul
,
Marie-France Sagot
,
Christian Gautier
,
Alain Arneodo
et al.
Article dans une revue
hal-00784451
v1
|
|
A Methodological Framework for the Reconstruction of Contiguous Regions of Ancestral Genomes and Its Application to Mammalian Genomes
C. Chauve
,
Eric Tannier
PLoS Computational Biology, 2008, 4, pp.391-410
Article dans une revue
hal-00428245
v1
|
|
Exploring the Solution Space of Sorting by Reversals, with Experiments and an Application to Evolution
Marília D.V. Braga
,
Marie-France Sagot
,
Celine Scornavacca
,
Eric Tannier
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2008, 5 (3), pp.348-356. ⟨10.1109/TCBB.2008.16⟩
Article dans une revue
hal-00428206
v1
|
|
Precise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes
Claire Lemaitre
,
Eric Tannier
,
Christian Gautier
,
Marie-France Sagot
Article dans une revue
hal-00784460
v1
|
|
Sorting Signed Permutations by Reversal (Reversal Sequence) 2004; Tannier Sagot
Eric Tannier
incollection, 2008, --, pp.860-863
Article dans une revue
hal-00428183
v1
|
|
Evolution under Reversals: Parsimony and Conservation of Common Intervals
Y. Diekmann
,
M.-F. Sagot
,
Eric Tannier
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2007, 4, pp.301-309
Article dans une revue
hal-00434588
v1
|
|
Advances on sorting by reversals
Eric Tannier
,
A. Bergeron
,
M.-F. Sagot
Discrete Applied Mathematics, 2007, 155, pp.881-888
Article dans une revue
hal-00434657
v1
|
|
On Metric Generators of Graphs
András Sebő
,
Eric Tannier
Mathematics of Operations Research, 2004, 29, pp.383-393
Article dans une revue
hal-00427651
v1
|
|
On a modular domination game
S. Gravier
,
M. Mhalla
,
Eric Tannier
Theoretical Computer Science, 2003, 306, pp.291-303
Article dans une revue
hal-00427433
v1
|