Estelle Chaix

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Mitigating COVID-19 in meat processing plants: what have we learned from cluster investigations?

Pauline Kooh , Yvonnick Guillois , Michel Federighi , Mathilde Pivette , Anne-Laure Maillard et al.
Frontiers in Public Health, 2024, 12, pp.1432332. ⟨10.3389/fpubh.2024.1432332⟩
Article dans une revue anses-04690827 v1
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Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats and phenotypes using a comprehensive text mining and data fusion approach

Sandra Dérozier , Robert Bossy , Louise Deléger , Mouhamadou Ba , Estelle Chaix et al.
PLoS ONE, 2023, 18 (1), pp.e0272473. ⟨10.1371/journal.pone.0272473⟩
Article dans une revue hal-03984703 v1

Persistance du SARS-CoV-2, responsable de la COVID-19, sur les aliments et les surfaces des ateliers en industries agroalimentaires

Estelle Chaix , Ngoc-Du Martin Luong , Sandra Martin-Latil
Industries Alimentaires et Agricoles, 2023, pp.23-27
Article dans une revue anses-04143993 v1
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An agent-based model to simulate SARS-CoV-2 contamination of surfaces and meat cuts in processing plants

Ngoc-Du Martin Luong , Laurent Guillier , Michel Federighi , Yvonnick Guillois , Pauline Kooh et al.
International Journal of Food Microbiology, 2023, 404, pp.110321. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2023.110321⟩
Article dans une revue anses-04169721 v1

Vente de produits en vrac : comment la mettre en place en toute sécurité ?

Estelle Chaix , Elissa Khamisse , Stéphane Leconte , Pauline Kooh , Cécilia Solal et al.
The Conversation France, 2022
Article dans une revue anses-03564720 v1
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Risk of Monkeypox virus (MPXV) transmission through the handling and consumption of food

Estelle Chaix , Mickaël Boni , Laurent Guillier , Stéphane Bertagnoli , Alexandra Mailles et al.
Microbial Risk Analysis, 2022, 22, pp.100237. ⟨10.1016/j.mran.2022.100237⟩
Article dans une revue anses-03898801 v1
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Database of SARS-CoV-2 and coronaviruses kinetics relevant for assessing persistence in food processing plants

Ngoc-Du Martin Luong , Laurent Guillier , Sandra Martin-Latil , Christophe Batejat , India Leclercq et al.
Scientific Data , 2022, 9 (1), pp.654. ⟨10.1038/s41597-022-01763-y⟩
Article dans une revue anses-03832274 v1
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Guidance Level for Brevetoxins in French Shellfish

Nathalie Arnich , Eric Abadie , Zouher Amzil , Marie-Yasmine Dechraoui Bottein , Katia Comte et al.
Marine drugs, 2021, 19 (9), pp.520. ⟨10.3390/md19090520⟩
Article dans une revue anses-03350437 v1
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Modelling the inactivation of viruses from the Coronaviridae family in response to temperature and relative humidity in suspensions or surfaces.

Laurent Guillier , Sandra Martin-Latil , Estelle Chaix , Anne Thébault , Nicole Pavio et al.
Applied and Environmental Microbiology, 2020, 86 (18), pp.e01244-20. ⟨10.1128/AEM.01244-20⟩
Article dans une revue pasteur-02908234 v1
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Text-mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food

Estelle Chaix , Louise Deleger , Robert Bossy , Claire Nédellec
Food Microbiology, 2019, 81, pp.63-75. ⟨10.1016/j.fm.2018.04.011⟩
Article dans une revue hal-02628265 v1
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CO2 and O2 solubility and diffusivity data in food products stored in data warehouse structured by ontology

Valérie V. Guillard , Patrice Buche , Juliette Dibie-Barthelemy , Stéphane Dervaux , Filippo Acerbi et al.
Data in Brief, 2016, 7, pp.1556-1559. ⟨10.1016/j.dib.2016.04.044⟩
Article dans une revue (data paper) hal-01357730 v1

Validation of a predictive model coupling gas transfer and microbial growth in fresh food packed under modified atmosphere

Valérie Guillard , Olivier Couvert , Valérie Stahl , Aurélie Hanin , Catherine Denis et al.
Food Microbiology, 2016, 58, pp.43-55. ⟨10.1016/j.fm.2016.03.011⟩
Article dans une revue hal-01607135 v1

Performance of a non-invasive methodology for assessing oxygen diffusion in liquid and solid food products

Estelle Chaix , Carole Guillaume , Nathalie Gontard , Valérie Guillard
Journal of Food Engineering, 2016, 171, pp.87-94. ⟨10.1016/j.jfoodeng.2015.10.014⟩
Article dans une revue hal-01269384 v1

Diffusivity and solubility of CO2 in dense solid food products

Estelle Chaix , Carole Guillaume , Nathalie Gontard , Valérie Guillard
Journal of Food Engineering, 2015, 166, pp.1-9. ⟨10.1016/j.jfoodeng.2015.05.023⟩
Article dans une revue hal-01269248 v1

Mechanistic model coupling gas exchange dynamics and Listeria monocytogenes growth in modified atmosphere packaging of non respiring food

Estelle Chaix , Bertrand Broyart , O. Couvert , Carole Guillaume , Nathalie Gontard et al.
Food Microbiology, 2015, 51, pp.192-205. ⟨10.1016/j.fm.2015.05.017⟩
Article dans une revue hal-01269206 v1
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Conception assistée d’emballage sous atmosphère modifiée

Dominique Thuault , Estelle Chaix , Rim Touhami , Véronique Huchet , Patrice Buche et al.
Industries Alimentaires et Agricoles, 2015, Dossier Emballage (sept-oct), pp.18-24
Article dans une revue (article de synthèse) hal-01231247 v1

Predictive microbiology coupled with gas (O2/CO2) transfer in food/packaging systems: how to develop an efficient decision support tool for food packaging dimensioning

Estelle Chaix , Olivier Couvert , Carole Guillaume , Nathalie N. Gontard , Valérie Guillard
Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety, 2015, 14 (1), pp.1-21. ⟨10.1111/1541-4337.12117⟩
Article dans une revue hal-02632580 v1

Oxygen and Carbon Dioxide Solubility and Diffusivity in Solid Food Matrices: A Review of Past and Current Knowledge

Estelle Chaix , Carole Guillaume , Valérie Guillard
Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety, 2014, 13 (3), pp.261 - 286. ⟨10.1111/1541-4337.12058⟩
Article dans une revue hal-01268528 v1

Avis de l'Anses relatif à la fièvre hémorragique de Crimée-Congo

Nadia Haddad , Stéphane Bertagnoli , Julie Figoni , Vincent Legros , Yves Millemann et al.
Saisine n°2023-SA-0194, Anses. 2024, 39 p
Rapport (rapport d’expertise collective) anses-04509655 v1

Avis de l’Anses relatif aux « projet de décret relatif aux eaux réutilisées dans les entreprises du secteur alimentaire et portant diverses dispositions relatives à la sécurité sanitaire des eaux destinées à la consommation humaine et projet d’arrêté relatif à l’autorisation de production et d’utilisation d’eau réutilisée en vue de la préparation et de la conservation dans les entreprises alimentaires de toutes denrées et marchandises destinées à l’alimentation humaine »

Gilles Bornert , Jean-François Humbert , Anne Togola , Jean Baron , Jean-Luc Boudenne et al.
Saisine n°2023-SA-0088, Anses. 2023, 63 p
Rapport (rapport d’expertise collective) anses-04651838 v1
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Avis de l'Anses relatif à un document d’appui aux lignes directrices de l’arrêté du 7 mars 2011 relatives à l’évaluation de l'efficacité antimicrobienne des auxiliaires technologiques utilisés comme agents de décontamination des denrées d’origine végétale

Régine Talon , Michel Baccaunaud , Frédéric Borges , Gilles Bornert , Catherine Chubilleau et al.
Saisine n°2022-SA-0136, Anses. 2023, 55 p
Rapport (rapport d’expertise collective) anses-04453336 v1
Image document

Avis de l'Anses relatif aux modalités de maîtrise du risque lié à la présence de dangers microbiologiques dans les fromages et autres produits laitiers fabriqués à partir de lait cru

Florence Dubois-Brissonnet , Frédéric Auvray , Olivier Cerf , Céline Delbès , Philippe Fravalo et al.
Saisine n°2019-SA-0033, Anses. 2022, 126 p
Rapport (rapport d’expertise collective) anses-03889040 v1
Image document

Avis de l’Anses portant sur des « recommandations relatives à la réduction du risque de transmission du virus Monkeypox (MPXV) lié à la manipulation et la consommation des denrées alimentaires

Nadia Haddad , Stéphane Bertagnoli , Mickaël Boni , Olivier Ferraris , Alexandra Mailles et al.
Saisine n° 2022-SA-0110, Anses. 2022, 33 p
Rapport (rapport d’expertise collective) anses-04026519 v1

Les brévétoxines dans les coquillages, données de toxicité, d’occurrence et microalgues productrices

Raphaële Le Garrec , Eric Abadie , Zouher Amzil , Marie-Yasmine Bottein , Katia Comte et al.
[0] Saisine n° 2020-SA-0020, Anses. 2021, pp.180
Rapport (rapport d’expertise collective) anses-03338904 v1
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Note d’appui scientifique et technique de l'Anses relative à un projet de décret prévoyant une liste d’exceptions à l’obligation de vente en vrac prévue à l’art. L. 120-1 du Code de la consommation pour des raisons de santé publique

Alain Aymard , Corine Bayourthe , Bernard Caron , Catherine Chubilleau , Isabelle Desportes et al.
Saisine n°2021-SA-0051, Anses. 2021, 71 p
Rapport (rapport d’expertise collective) anses-04372502 v1

Note d’appui scientifique et technique de l’Anses relatif au traitement thermique des coquillages contaminés par des norovirus

Laurent Guillier , Nathalie Arnich , Estelle Chaix , Moez Sanaa , Anne Thebault
Saisine n°2020-SA-0128, Anses. 2020, 8 p
Rapport (rapport technique) anses-04509967 v1

Sale of food products without packaging: the consumer as a key player in food safety

Estelle Chaix , Nathalie Arnich , Bernard Caron , Catherine Chubilleau , Alain Gonthier et al.
SafeConsume International Conference, Jun 2022, Bucharest, Romania
Communication dans un congrès hal-03719766 v1

MPV : Réservoirs animaux, risques de transmission aux animaux autochtones hors d’Afrique

Nadia Haddad , Christophe Cordevant , Estelle Chaix , Florence Etoré , Catherine Collignon
42ème réunion interdisciplinaire de Chimiothérapie anti-infectieuse (RICAI), ACAI, Dec 2022, Paris Palais des congrès, France
Communication dans un congrès hal-04533392 v1
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Bacteria Biotope at BioNLP Open Shared Tasks 2019

Robert Bossy , Louise Deleger , Estelle Chaix , Mouhamadou Ba , Claire Nédellec
5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJCNLP 2019, Association for Computational Linguistics, Jin-Dong Kim; Claire Nédellec; Robert Bossy; Louise Deléger, Nov 2019, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. ⟨10.18653/v1/D19-5719⟩
Communication dans un congrès hal-02437609 v1

Recovering the complexity in scientific knowledge: towards automatically reconstructing the maize floral transition gene regulatory network

Adrienne Ressayre , Natalia Conde E Silva , Catherine Damerval , Fabien Chardon , Yves Deveaux et al.
International Conférence on Ecological Science, Oct 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04420441 v1

A text mining approach to enhance knowledge of food microorganisms

Estelle Chaix , Robert R. Bossy , Louise Deleger , Claire Nédellec
Next Generation Challenges in Food Microbiology, FoodMicro, Aug 2018, Athens, Greece
Communication dans un congrès hal-04420417 v1
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L'ontologie OntoBiotope pour l'étude de la biodiversité microbienne

Claire Nédellec , Estelle Chaix , Robert Bossy , Louise Deleger , Sandra Derozier et al.
EGC'2018: 18èmes Conférence Internationale sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02737399 v1

Reconstruction and visualisation of gene regulatory networks from different provenances : application at Arabidopsis thaliana

Estelle Chaix , Robert Bossy , Claire Nédellec
BLAH4, Jan 2018, Tokyo, Japan. 2 p
Communication dans un congrès hal-02786388 v1

Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest

Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin et al.
2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01607327 v1
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Text-mining and ontologies: new approaches to knowledge discovery of microbial diversity

Claire Nédellec , Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger
4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy
Communication dans un congrès hal-02736151 v1

Integration of Alvis within the OpenMinTeD platform as Galaxy utilities

Jean-Baptiste Bohuon , Mouhamadou Ba , Estelle Chaix , Robert Bossy , Claire Nédellec
Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France. pp.1, ⟨10.5281/zenodo.200370⟩
Communication dans un congrès hal-01556276 v1
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Text-mining needs of the food microbiology research community

Estelle Chaix , Sophie Aubin , Louise Deleger , Claire Nédellec
2017 EFITA WCCA Congress, Jul 2017, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-01580677 v1
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Text mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food

Estelle Chaix , Louise Deleger , Robert Bossy , Claire Nédellec
Microbial Spoilers in Food 2017, Association pour le Développement de la Recherche Appliquée aux Industries Agricoles et Alimentaires (ADRIA). FRA., Jun 2017, Quimper, France. pp.95
Communication dans un congrès hal-01602552 v1

Overview of the bacteria biotope task at BioNLP shared task

Louise Deleger , Robert Bossy , Estelle Chaix , Mouhamadou Ba , Arnaud Ferré et al.
BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.101
Communication dans un congrès hal-01455857 v1

Shared Task SeeDev : Extraction de régulations impliquées dans le développement de la graine d’Arabidopsis thaliana à partir de publications scientifiques

Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Louise Deleger et al.
Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-01455855 v1
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OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes.

Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger , Arnaud Ferré , Mouhamadou Ba et al.
Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-01455856 v1
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Overview of the regulatory network of plant seed development (SeeDev) task at the BioNLP shared task 2016

Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Abdelhak Fatihi , Dialekti Valsamou , Robert Bossy et al.
BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.113
Communication dans un congrès hal-01455854 v1

Information extraction challenge Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana (GRNA)

Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Robert Bossy et al.
Paris-Saclay Center for Data Science: Open Software Initiative (OSI), Oct 2015, Orsay, France. pp.14 slides, ⟨10.13140/RG.2.1.4286.6326⟩
Communication dans un congrès hal-01603453 v1
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Knowledge model of regulatory networks involved in Arabidopsis seed development for information extraction and integration from text

Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Robert Bossy et al.
BioCreative 5, Sep 2015, Madrid, Spain
Communication dans un congrès hal-01512197 v1

Information extraction from articles for the elaboration of the regulatory networks involved in Arabidopsis seed development

Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Estelle Chaix , Robert Bossy et al.
26th International Conference on Arabidopsis Research, Jul 2015, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01524850 v1
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Les gaz et l'aliment. Les éléments déterminant de l'efficacité des gaz vis-à-vis des microorganismes

Estelle Chaix
Efficacité des atmosphères modifiées sur la qualité microbiologique des aliments, Association pour le Développement de la Recherche Appliquée aux Industries Agricoles et Alimentaires (ADRIA). FRA., Sep 2015, Saint Pierre de Quiberon, France
Communication dans un congrès hal-01603755 v1
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CO2 kinetics in cheese matrix at 20°C position from interface (mm) A new methodology to monitor CO 2 transfer and determine its diffusivity and solubility in solid food

Estelle Chaix , Valérie Guillard
2012 EFFoST Annual Meeting - A Lunch Box for Tomorrow : An interactive combination of integrated analysis and specialized knowledge of food, Nov 2012, Montpellier, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-01601871 v1
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Evaluation of O2 transfer in the food/packaging system for a better shelf life evaluation of modified atmosphere food packaging.

Estelle Chaix , Valérie Guillard
2012 EFFoST Annual Meeting - A Lunch Box for Tomorrow : An interactive combination of integrated analysis and specialized knowledge of food, Nov 2012, Montpellier, France. pp.2
Communication dans un congrès hal-01601670 v1
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Risque de transmission du virus Monkeypox par la manipulation et la consommation d'aliments

Estelle Chaix , Mickaël Boni , Laurent Guillier , Stéphane Bertagnoli , Alexandra Mailles et al.
John Libbey Eurotext. XXVIes Journées francophones de virologie, Apr 2024, Bruxelles, Belgique. , Virologie, 28 (2), 2024
Poster de conférence anses-04574028 v1
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Une base de données pour évaluer la persistance du SARS-CoV-2 dans les ateliers de transformation des aliments

Ngoc-Du Martin Luong , Sandra Martin-Latil , Christophe Batéjat , India Leclercq , Christine Druesne et al.
John Libbey Eurotext. XXVIes Journées francophones de virologie, Apr 2024, Bruxelles, Belgique. , Virologie, 28 (2), 2024
Poster de conférence anses-04574016 v1

Pathobiome analyses in vegetable food products

Anne-Laure Boutigny , Quentin Pouderoux , Christine Tayeh , A. Fraisse , Jaime Aguayo et al.
12th International Congress of Plant Pathology, Aug 2023, LYON, France. , Poster
Poster de conférence anses-04450015 v1

An agent-based model to predict SARS-CoV-2 contamination of surfaces and meat cuts in processing plants

Ngoc-Du Martin Luong , Laurent Guillier , Estelle Chaix , Michel Federighi , Pauline Kooh et al.
FoodMicro2022, Aug 2022, Athene, Greece.
Poster de conférence anses-03903173 v1
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Omnicrobe : une base de données d’habitats et de phénotypes microbiens

Hélène Falentin , Olivier Harlé , Sandra Derozier , Louise Deléger , Estelle Chaix et al.
23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2022, Rennes, France. , 2022
Poster de conférence hal-03694214 v1

Project SACADA: SARS-CoV-2 transmission in meat processing plants

Estelle Chaix , Christophe Batéjat , Géraldine Boué , Steven Duret , Michel Federighi et al.
FoodMicro2022, Aug 2022, Athene, Greece.
Poster de conférence anses-03903141 v1
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Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats, phenotypes and uses extracted from text

Sandra Dérozier , Robert Bossy , Louise Deléger , Mouhamadou Ba , Estelle Chaix et al.
JOBIM 2022, Jul 2022, Rennes, France. , Proceedings Posters Demos, pp.42
Poster de conférence hal-04061565 v1
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Florilege, a database gathering microbial habitats, phenotypes and uses

Sandra Derozier , Louise Deleger , Estelle Chaix , Reda Mekdad , Mouhamadou Ba et al.
JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France
Poster de conférence hal-02904156 v1
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FLORILEGE: an integrative database using text mining and ontologies

Estelle Chaix , Sandra Derozier , Louise Deleger , Hélène Falentin , Jean-Baptiste Bohuon et al.
JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France. , 2018, ABSTRACTS JOBIM 2018
Poster de conférence hal-01827946 v1
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Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest

Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin et al.
4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017
Poster de conférence hal-01651302 v1
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A decision support tool to predict mass transfer and microorganism growth in modified atmosphere packagingof fresh food products

Estelle Chaix , Bertrand Broyart , Carole Guillaume , Olivier Couvert , Valérie Guillard
2012 EFFoST Annual Meeting - A Lunch Box for Tomorrow : An interactive combination of integrated analysis and specialized knowledge of food, Nov 2012, Montpellier, France. 2012
Poster de conférence hal-01628134 v1