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Transposable elements contribute to the evolution of host shift–related genes in cactophilic Drosophila species
Daniel Siqueira de Oliveira
,
Anaïs Larue
,
William Vilas Boas Nunes
,
Francois Sabot
,
Alejandra Bodelón
et al.
Article dans une revue
hal-05539944v1
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Defining biodiversity data
Eric Garnier
,
Dominique Pelletier
,
Philip Roche
,
Rodolphe Rougerie
,
Eve Afonso
et al.
Article dans une revue
hal-05230422v1
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Male sterility in Drosophila mojavensis × D. arizonae hybrids is not caused by gene movements in the Y chromosome
Thyago Vanderlinde
,
Fabiana Uno
,
Gabriel Goldstein
,
François Sabot
,
Claudia Carareto
et al.
Article dans une revue
hal-05245261v1
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DateBack, an evolving open-access repository of Phoenix archaeobotanical data supporting new perspectives on the history of date palm cultivation
Margot Besseiche
,
Elora Chambraud
,
Vladimir Dabrowski
,
Elisa Brandstatt
,
François Sabot
et al.
Article dans une revue
hal-05082078v1
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An INDEL genomic approach to explore population diversity of phytoplankton : Bathycoccus , a case study
Martine Devic
,
Louis Dennu
,
Jean-Claude Lozano
,
Cédric Mariac
,
Valérie Vergé
et al.
Article dans une revue
hal-04286658v2
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Identification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
Rita Rebollo
,
Pierre Gerenton
,
Eric Cumunel
,
Arnaud Mary
,
François Sabot
et al.
Article dans une revue
hal-04285238v1
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Genomic introgressions from African rice (Oryza glaberrima) in Asian rice (O. sativa) lead to the identification of key QTLs for panicle architecture
Hélène Adam
,
Andrés Gutiérrez
,
Marie Couderc
,
Francois Sabot
,
Fabrice Ntakirutimana
et al.
Article dans une revue
hal-04743156v1
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FrangiPANe, a tool for creating a panreference using left behind reads
Christine Tranchant-Dubreuil
,
Clothilde Chenal
,
Mathieu Blaison
,
Laurence Albar
,
Valentin Klein
et al.
Article dans une revue
hal-04049468v1
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TrEMOLO: accurate transposable element allele frequency estimation using long-read sequencing data combining assembly and mapping-based approaches
Mourdas Mohamed
,
François Sabot
,
Marion Varoqui
,
Bruno Mugat
,
Katell Audouin
et al.
Article dans une revue
hal-04291760v1
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CulebrONT : a streamlined long reads multi-assembler pipeline for prokaryotic and eukaryotic genomes
Julie Orjuela
,
Aurore Comte
,
Sébastien Ravel
,
Florian Charriat
,
Tram Vi
et al.
Article dans une revue
hal-04378943v1
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Rice farmers' perceptions and response to climate variability, and determinants of adaptation strategies in the Republic of Benin
C. D. S. J. Gbemavo
,
J. Toffa
,
C. Tchakpa
,
Y. L. E. Loko
,
G. Djedatin
et al.
Article dans une revue
hal-04389871v1
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Panache: a Web Browser-Based Viewer for Linearized Pangenomes
Éloi Durant
,
Francois Sabot
,
Matthieu Conte
,
Mathieu Rouard
Article dans une revue
hal-03378164v1
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Ten simple rules for switching from face-to-face to remote conference: An opportunity to estimate the reduction in GHG emissions
Valentin Guignon
,
Catherine Breton
,
Jérôme J. Mariette
,
Francois Sabot
,
Julien Fumey
et al.
Article dans une revue
lirmm-03385026v1
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On-farm management of rice diversity, varietal preference criteria, and farmers' perceptions of the African (Oryza glaberrima Steud.) versus Asian rice (Oryza sativa L.) in the Republic of Benin (West Africa): implications for breeding and conservation
Loko Laura Estelle Yêyinou
,
Ewedje Eben-Ezer
,
Orobiyi Azize
,
Djedatin Gustave
,
Toffa Joelle
et al.
Article dans une revue
hal-03169601v1
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A transposon story : from TE content to TE dynamic invasion of Drosophila genomes using the single-molecule sequencing technology from Oxford Nanopore
Mohamed Mourdas
,
Nguyet Thi-Minh Dang
,
Yuki Ogyama
,
Nelly Burlet
,
Bruno Mugat
et al.
Article dans une revue
hal-02905128v1
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Plant Pangenome: Impacts On Phenotypes And Evolution
Christine Tranchant-Dubreuil
,
Mathieu Rouard
,
Francois Sabot
Article dans une revue
hal-02053647v1
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MooSciTIC: Training of trainers in West African research and higher education
Ménonvè Atindehou
,
Kifouli Adeoti
,
Laura Estelle Yêyinou Loko
,
Thierry Beulé
,
Emmanuel Paradis
et al.
Article dans une revue
ird-02365690v1
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Long-fragment targeted capture for long-read sequencing of plastomes
Kevin Bethune
,
Cédric Mariac
,
Marie Couderc
,
Nora Scarcelli
,
Sylvain Santoni
et al.
Article dans une revue
hal-02620804v1
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Caractérisation phénotypique et génétique du riz africain (Oryza glaberrima Steud)
C. Gnacadja
,
Cécile Berthouly
,
S.N. Sall
,
Leila Zekraoui
,
Francois Sabot
et al.
Article dans une revue
hal-03070277v1
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Effects of Sodium Azide (NaN3) on Growth of Phyllanthus odontadenius M2 and Evaluation of in vitro Antiplasmodial Activity by Elisa HRP2
Rufin Kikakedimau Nakweti
,
Véronique Sinou
,
Sébastien Luyindula Ndiku
,
François Sabot
,
Claudine Franche
European Journal of Medicinal Plants, 2017, 18 (3), pp.1-10
Article dans une revue
hal-05393106v1
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Evolutionary forces affecting synonymous variations in plant genomes
Yves Clément
,
Sarah Gallien
,
Yan Holtz
,
Félix Homa
,
Stéphanie Pointet
et al.
Article dans une revue
hal-01608613v2
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A large set of 26 new reference transcriptomes dedicated to comparative population genomics in crops and wild relatives
Gautier Sarah
,
Félix Homa
,
Stéphanie Pointet
,
Sandy Contreras
,
François Sabot
et al.
Article dans une revue
hal-01930391v1
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De Novo Assemblies of Three Oryza glaberrima Accessions Provide First Insights about Pan-Genome of African Rices
Cécile Monat
,
Bérengère Pera
,
Marie-Noelle Ndjiondjop
,
Mounirou Sow
,
Christine Tranchant-Dubreuil
et al.
Article dans une revue
hal-03208675v1
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DuplicationDetector, a light weight tool for duplication detection using NGS data
G. Djedatin
,
C. Monat
,
S. Engelen
,
Francois Sabot
Article dans une revue
hal-03070294v1
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Fine mapping of RYMV3: a new resistance gene to Rice yellow mottle virus from Oryza glaberrima
Hélène Pidon
,
Alain Ghesquière
,
Sophie Chéron
,
Souley Issaka
,
Eugénie Hébrard
et al.
Article dans une revue
hal-01522297v1
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miR2118-triggered phased siRNAs are differentially expressed during the panicle development of wild and domesticated African rice species
K. N. Ta
,
F. Sabot
,
H. Adam
,
Y. Vigouroux
,
Stéphane de Mita
et al.
Article dans une revue
hal-01602248v1
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The South Green portal: a comprehensive resource for tropical and Mediterranean crop genomics
Valentin Guignon
,
Yann Hueber
,
Mathieu Rouard
,
Stéphanie Bocs
,
David Couvin
et al.
Article dans une revue
hal-02631148v1
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Intra-individual polymorphism in chloroplasts from NGS data: where does it come from and how to handle it?
N. Scarcelli
,
C. Mariac
,
T. L. P. Couvreur
,
A. Faye
,
D. Richard
et al.
Article dans une revue
hal-03216048v1
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La diversité génétique des plantes cultivées à l'heure de l'informatique génétique à haut débit: génomique comparative de la domestication
Jacques David
,
Sylvain Glémin
,
Gautier Sarah
,
Benoit Nabholz
,
Francois Sabot
et al.
Sélectionneur Français, 2016, 67, pp.3-13
Article dans une revue
(article de synthèse)
hal-01607736v1
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TOGGLE: toolbox for generic NGS analyses
Cécile Monat
,
Christine Tranchant-Dubreuil
,
Ayite Kougbeadjo
,
Cédric Farcy
,
Enrique Ortega-Abboud
et al.
Article dans une revue
hal-02638152v1
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A knowledge-based molecular screen uncovers a broad-spectrum OsSWEET14 resistance allele to bacterial blight from wild rice
Mathilde Hutin
,
Francois Sabot
,
Alain Ghesquière
,
Ralf Koebnik
,
Boris Szurek
Article dans une revue
hal-03219869v1
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An extensive analysis of the African rice genetic diversity through a global genotyping
Julie Orjuela
,
Francois Sabot
,
Sophie Chéron
,
Yves Vigouroux
,
Hélène Adam
et al.
Article dans une revue
hal-03208697v1
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DNA methylation and expression of the EgDEF1 gene and neighboring retrotransposons in mantled somaclonal variants of oil palm
Estelle Jaligot
,
Wei Yeng Hooi
,
Emilie Debladis
,
Frédérique Richaud
,
Thierry Beulé
et al.
Article dans une revue
hal-03200509v1
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Transcriptome population genomics reveals severe bottleneck and domestication cost in the African rice ( Oryza glaberrima )
Benoit Nabholz
,
Gautier Sarah
,
François Sabot
,
Manuel Ruiz
,
Hélène Adam
et al.
Article dans une revue
hal-01919691v1
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Cost-effective enrichment hybridization capture of chloroplast genomes at deep multiplexing levels for population genetics and phylogeography studies
Cédric Mariac
,
Nora Scarcelli
,
Juliette Pouzadoux
,
Adeline Barnaud
,
Claire Billot
et al.
Article dans une revue
istex
hal-02637033v1
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Tos17 rice element: incomplete but effective
Francois Sabot
Article dans une revue
hal-03221033v1
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Transposable elements are a major cause of somatic polymorphism in Vitis vinifera L.
Gregory Carrier
,
Loic Le Cunff
,
Alexis Dereeper
,
Delphine Legrand
,
François Sabot
et al.
Article dans une revue
hal-01267783v1
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Transpositional landscape of the rice genome revealed by paired-end mapping of high-throughput re-sequencing data
Francois Sabot
,
Nathalie Picault
,
Moaine El-Baidouri
,
Christel Llauro
,
Cristian Chaparro
et al.
Article dans une revue
hal-02114338v1
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The genome of Theobroma cacao.
Xavier Argout
,
Jerome Salse
,
Jean-Marc Aury
,
Mark J Guiltinan
,
Gaetan Droc
et al.
Article dans une revue
hal-00855922v1
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Whole genome surveys of rice, maize and sorghum reveal multiple horizontal transfers of the LTR-retrotransposon Route66 in Poaceae.
Anne Roulin
,
Benoit Piegu
,
Philippe M Fortune
,
François Sabot
,
Angélique d'Hont
et al.
Article dans une revue
hal-00693471v1
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Reply: A unified classification system for eukaryotic transposable elements should reflect their phylogeny
Thomas Wicker
,
Francois Sabot
,
Aurélie Hua-Van
,
Jeffrey L. Bennetzen
,
Pierre Capy
et al.
Article dans une revue
hal-01189545v1
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Identification of an active LTR retrotransposon in rice.
Nathalie Picault
,
Cristian Chaparro
,
Cristel Llauro
,
Benoit Piegu
,
Willfried Stenger
et al.
Article dans une revue
hal-00685656v1
|
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A unified classification system for eukaryotic transposable elements should reflect their phylogeny Reply.
T. Wicker
,
F. Sabot
,
A. Hua Van
,
J. L. Bennetzen
,
P. Capy
et al.
Nature Reviews Genetics, 2009, 10, pp.00-00
Article dans une revue
hal-00462118v1
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Diversity of the Ty-1 copia retrotransposon Tos17 in rice (Oryza sativa L.) and the AA genome of the Oryza genus.
Julie Petit
,
Emmanuelle Bourgeois
,
Wilfried Stenger
,
Martine Bès
,
Gaétan Droc
et al.
Article dans une revue
istex
hal-00693499v1
|
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Contrasted microcolinearity and gene evolution within a homoeologous region of wheat and barley species
Nathalie Chantret
,
Jerome Salse
,
François Sabot
,
Arnaud Bellec
,
Bastien Laubin
et al.
Article dans une revue
istex
hal-01189382v1
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A universal classification of eukaryotic transposable elements implemented in Repbase
Thomas Wicker
,
Francois Sabot
,
Aurélie Hua-Van
,
Jeffrey L. Bennetzen
,
Pierre Capy
et al.
Article dans une revue
hal-01189557v1
|
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|
A unified classification system for eukaryotic transposable elements.
T. Wicker
,
F. Sabot
,
A. Hua Van
,
J. L. Bennetzen
,
P. Capy
et al.
Nature Reviews Genetics, 2007, 8, pp.973-982
Article dans une revue
hal-00169819v1
|
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|
A unified classification system for eukaryotic transposable elements should reflect their phylogeny
Thomas Wicker
,
Francois Sabot
,
Aurélie Hua-Van
,
Jeffrey L. Bennetzen
,
Pierre Capy
et al.
Article dans une revue
hal-01189458v1
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Morgane, a new LTR retrotransposon group, and its subfamilies in wheats
François F. Sabot
,
Pierre Sourdille
,
Nathalie N. Chantret
,
Michel M. Bernard
Article dans une revue
istex
hal-00964272v1
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Updating of transposable element annotations from large wheat genomic sequences reveals diverse activities and gene associations
François F. Sabot
,
Romain R. Guyot
,
Thomas T. Wicker
,
Nathalie N. Chantret
,
Bastien B. Laubin
et al.
Article dans une revue
istex
hal-00964194v1
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Advent of a new retrotransposon structure: the long form of the Veju elements
François F. Sabot
,
Pierre Sourdille
,
Michel M. Bernard
Genetica, 2005, 125 (2-3), pp.325-332
Article dans une revue
hal-00964338v1
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Molecular basis of evolutionary events that shaped the Hardness locus in diploid and polyploid wheat species (Triticum and Aegilops)
Nathalie N. Chantret
,
Jerome J. Salse
,
François F. Sabot
,
Sadequr S. Rahman
,
Arnaud A. Bellec
et al.
Article dans une revue
hal-00964165v1
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Detection of specific repeated sequences in large and complex genomes using Representative Difference Analysis (RDA) and double-probe verification
Francois Sabot
,
Pierre Sourdille
,
Michel Bernard
Plant Molecular Biology Reporter, 2004, 22, pp.91-95
Article dans une revue
hal-02674456v1
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