Fabrice Touzain

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Affiliations actuelles
  • Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES]
  • Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
  • Virologie Porcine, Innovation et Génomique (VIRPIG)

Présentation

Chercheur à l'ANSES, ma théamtique d'intérêt initiale était la prédiction des motifs ADN d'intérêt biologique (sites de fixation de facteurs de transcription ou motifs KOPS chez les bactéries, origines de réplications de la levure, etc...). Je travaille actuellement à l'analyse de données de séquençage haut débit, principalement en lien avec les bactéries et virus, et récemment sur la thématique de détection des OGM, les pangénomes et la définition d'espèce.


Compétences

bioinformatics DNA motifs prediction GM bacteria analysis viral NGS data analysis bacterial NGS data analysis

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Publications

vvv2_align_SE, vvv2_align_PE/vvv2_display: Galaxy-Based Workflows and Tool Designed to Perform, Summarize and Visualize Variant Calling and Annotation in Viral Genome Assemblies

Alexandre Flageul , Edouard Hirchaud , Céline Courtillon , Flora Carnet , Paul Brown et al.
Viruses, 2025, 17 (10), pp.1385. ⟨10.3390/v17101385⟩
Article dans une revue hal-05341123 v1

Genomic and virulence insights of Western European Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida and development of Galleria mellonella infection assay

Salomé Desmecht , Fabrice Touzain , Thibaut Olivier , Céline Antoine , Véronique Beven et al.
Journal of Applied Microbiology, 2025, 136 (8), ⟨10.1093/jambio/lxaf193⟩
Article dans une revue anses-05242066 v1

Identification of staphylococcal cassette chromosome mec in Staphylococcus aureus and non-aureus staphylococci from dairy cattle in Belgium: Comparison of multiplex PCR and whole genome sequencing

Cyrille Ngassam Tchamba , Fabrice Touzain , Marte Fergestad , Anneleen de Visscher , Trine l'Abee-Lund et al.
Research in Veterinary Science, 2023, 155, pp.150-155. ⟨10.1016/j.rvsc.2023.01.011⟩
Article dans une revue anses-04041119 v1

F74 plasmids are major vectors of virulence genes in bovine NTEC2

Charlotte Valat , Marisa Haenni , Youssef Arnaout , Antoine Drapeau , Edouard Hirchaud et al.
Letters in Applied Microbiology, 2022, 75 (2), pp.355-362. ⟨10.1111/lam.13733⟩
Article dans une revue anses-03715577 v1
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Identification of Five Serotypes of Enteropathogenic Escherichia coli from Diarrheic Calves and Healthy Cattle in Belgium and Comparative Genomics with Shigatoxigenic E. coli

Audrey Habets , Fabrice Touzain , Pierrick Lucas , Nguyen Thi Thu Huong , Atsushi Iguchi et al.
Veterinary Sciences, 2022, 9, pp.492. ⟨10.3390/vetsci9090492⟩
Article dans une revue anses-03922998 v1

Molecular characterization of encephalomyocarditis virus strains isolated from an African elephant and rats in a French zoo

Aurore Romey , Benjamin Lamglait , Yannick Blanchard , Fabrice Touzain , Helene Quenault et al.
Journal of Veterinary Diagnostic Investigation, 2021, 33 (2), pp.313-321. ⟨10.1177/1040638720978389⟩
Article dans une revue anses-03899563 v1

Viral variant visualizer (VVV): A novel bioinformatic tool for rapid and simple visualization of viral genetic diversity

Alexandre Flageul , Pierrick Lucas , Edouard Hirchaud , Fabrice Touzain , Yannick Blanchard et al.
Virus Research, 2021, 291, pp.198201. ⟨10.1016/j.virusres.2020.198201⟩
Article dans une revue anses-04419951 v1
Image document

Whole Genome Sequencing of Staphylococci Isolated From Bovine Milk Samples

Marte Ekeland Fergestad , Fabrice Touzain , Sarne De Vliegher , Anneleen de Visscher , Damien Thiry et al.
Frontiers in Microbiology, 2021, 12, pp.715851. ⟨10.3389/fmicb.2021.715851⟩
Article dans une revue anses-04419909 v1

Genomic relatedness of a canine Lactococcus garvieae to human, animal and environmental isolates

Damien Thiry , Frédéric Billen , Filip Boyen , Jean-Noël Duprez , Hélène Quenault et al.
Research in Veterinary Science, 2021, 137, pp.170-173. ⟨10.1016/j.rvsc.2021.04.032⟩
Article dans une revue anses-04424715 v1
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DUGMO: tool for the detection of unknown genetically modified organisms with high-throughput sequencing data for pure bacterial samples

Julie Hurel , Sophie S. Schbath , Stéphanie Bougeard , Mathieu Rolland , Mauro Petrillo et al.
BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), ⟨10.1186/s12859-020-03611-5⟩
Article dans une revue hal-02914869 v1

Overall changes in the transcriptome of Escherichia coli O26:H11 induced by a subinhibitory concentration of ciprofloxacin

C. Valat , E. Hirchaud , A. Drapeau , F. Touzain , C. Boisseson et al.
Journal of Applied Microbiology, 2020, 129 (6), pp.1577-1588. ⟨10.1111/jam.14741⟩
Article dans une revue anses-04146571 v1
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Genomic polymorphism of Mycoplasma flocculare revealed by a newly developed multilocus sequence typing scheme

Sarah Fourour , Pierrick Lucas , Fabrice Touzain , Véronique Tocqueville , Anne V. Gautier-Bouchardon et al.
Veterinary Microbiology, 2019, 237, pp.108422 -. ⟨10.1016/j.vetmic.2019.108422⟩
Article dans une revue hal-03487500 v1

Complete genome sequence of bluetongue virus serotype 4 that emerged on the French island of Corsica in December 2016

Corinne Sailleau , Emmanuel Breard , Cyril Viarouge , Axel Gorlier , Hélène Quenault et al.
Transboundary and emerging diseases, 2018, 65 (1), pp.e194-e197. ⟨10.1111/tbed.12660⟩
Article dans une revue hal-02627026 v1
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Characterization of plasmids harboring blaCTX-M and blaCMY genes in E. coli from French broilers

Fabrice Touzain , Laetitia Le Devendec , Claire de Boisseson , Sandrine Baron , Eric Jouy et al.
PLoS ONE, 2018, 13 (1), pp.e0188768. ⟨10.1371/journal.pone.0188768⟩
Article dans une revue anses-01773003 v1
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Ruminant and chicken: important sources of campylobacteriosis in France despite a variation of source attribution in 2009 and 2015

Amandine Thépault , Valérie Rose , Ségolène Quesne , Typhaine Poezevara , Véronique Béven et al.
Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.9305. ⟨10.1038/s41598-018-27558-z⟩
Article dans une revue anses-01931182 v1

Characterization of plasmids harboring blaCTX-M genes in Escherichia coli from French pigs

Pierrick Lucas , Eric Jouy , Laetitia Le Devendec , Claire de Boisseson , Agnès Perrin-Guyomard et al.
Veterinary Microbiology, 2018, 224, pp.100-106
Article dans une revue anses-01958100 v1
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Emerging highly pathogenic H5 avian influenza viruses in France during winter 2015/16: phylogenetic analyses and markers for zoonotic potential

François-Xavier Briand , Audrey Schmitz , Katell Ogor , Aurélie Le Prioux , Cécile Guillou-Cloarec et al.
Eurosurveillance, 2017, 22 (9), pii=30473. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2017.22.9.30473⟩
Article dans une revue pasteur-04097764 v1
Image document

Complete sequence of transferable IncHI2/ST4 plasmid carrying blaCTX-M-1 and mcr-1 from an enterohaemorrhagic Escherichia coli (EHEC) from bovine origin

Charlotte Valat , Méganne Billet , Pierrick Lucas , Edouard Hirchaud , Fabrice Touzain et al.
Journal of Microbiology and Antimicrobial Agents, 2017, 3 (2), pp.34-37
Article dans une revue hal-04669057 v1

A single amino acid change in the non-structural NV protein impacts the virulence phenotype of <em>viral hemorrhagic septicemia virus in trout</em>

Laury Baillon , Emilie Mérour , Joelle Cabon , Lénaïg Louboutin , Hélène Quenault et al.
Journal of General Virology, 2017, 98 (6), pp.1181-1184. ⟨10.1099/jgv.0.000830⟩
Article dans une revue hal-02625531 v1
Image document

Dual Emergence of Usutu Virus in Common Blackbirds, Eastern France, 2015

Sylvie Lecollinet , Yannick Blanchard , Christine Manson , Steeve Lowenski , Eve Laloy et al.
Emerging Infectious Diseases, 2016, 22 (12), pp.2225-2225. ⟨10.3201/eid2212.161272⟩
Article dans une revue hal-03904539 v1
Image document

Complete genome sequence of bluetongue virus serotype 8, which reemerged in France in August 2015

Emmanuel Bréard , Corinne Sailleau , Hélène Quenault , Pierrick Lucas , Cyril Viarouge et al.
Genome Announcements, 2016, 4 (2), pp.e-00163-16. ⟨10.1128/genomeA.00163-16⟩
Article dans une revue hal-01607216 v1
Image document

Impact of ceftiofur Injection on gut microbiota and <em>Escherichia coli</em> resistance in pigs

M. A. Fleury , G. Mourand , E. Jouy , F. Touzain , L. Le Devendec et al.
Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2015, 59 (9), pp.5171-5180. ⟨10.1128/AAC.00177-15⟩
Article dans une revue hal-02637864 v1

The Spatiotemporal Program of Replication in the Genome of Lachancea kluyveri

Nicolas Agier , Orso Maria Romano , Fabrice Touzain , Marco Cosentino Lagomarsino , Gilles Fischer
Genome Biology and Evolution, 2013, 5 (2), pp.370-388. ⟨10.1093/gbe/evt014⟩
Article dans une revue hal-01528417 v1

Co-evolution of segregation guide DNA motifs and the FtsK translocase in bacteria: identification of the atypical Lactococcus lactis KOPS mot

S. Nolivos , F. Touzain , C. Pages , M. Coddeville , P. Philippe Rousseau et al.
Nucleic Acids Research, 2012, 40, pp.5535-5545
Article dans une revue hal-00787677 v1
Image document

Co-evolution of segregation guide DNA motifs and the FtsK translocase in bacteria: identification of the atypical Lactococcus lactis KOPS motif

Sophie Nolivos , Fabrice Touzain , Carine Pages , Michele Coddeville , Philippe Rousseau et al.
Nucleic Acids Research, 2012, 40 (12), pp.5535 - 5545. ⟨10.1093/nar/gks171⟩
Article dans une revue hal-01003421 v1

DNA motifs that sculpt the bacterial chromosome

Fabrice Touzain , Marie Agnes Petit , Sophie Schbath , Meriem El Karoui
Nature Reviews Microbiology, 2011, 2011 (9), pp.15-26. ⟨10.1038/nrmicro2477⟩
Article dans une revue hal-01019344 v1
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Small variable segments constitute a major type of diversity of bacterial genomes at the species level.

Fabrice Touzain , Erick Denamur , Claudine Médigue , Valérie Barbe , Meriem El Karoui et al.
Genome Biology, 2010, 11 (4), pp.R45. ⟨10.1186/gb-2010-11-4-r45⟩
Article dans une revue inserm-00622573 v1
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SIGffRid: A tool to search for sigma factor binding sites in bacterial genomes using comparative approach and biologically driven statistics

Fabrice Touzain , Sophie Schbath , Isabelle Debled-Rennesson , Bertrand Aigle , Gregory Kucherov et al.
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (73), pp.on line. ⟨10.1186/1471-2105-9-73⟩
Article dans une revue inria-00580657 v1

Orbivirus : situation épidémiologique exceptionnelle en France en 2023, intérêt du séquençage de génomes viraux dans un contexte épizootique

Mathilde Gondard , Lydie Postic , Mathilde Turpaud , Fabrice Touzain , Yannick Blanchard et al.
XXVIes Journées francophones de virologie, Société Française de Virologie, Apr 2024, Bruxelles, Belgique
Communication dans un congrès anses-04572804 v1

Evolution of 14 Bluetongue and 3 epizootic hemorrhagic disease virus serotypes in French Guiana from 2011 to 2020

Emmanuel Bréard , Lydie Postic , Xavier Baudrimont , Fabrice Touzain , Pierrick Lucas et al.
14th Annual Meeting EPIZONE, May 2022, Barcelone (ES), Spain
Communication dans un congrès anses-04571111 v1

Amélioration des capacités de surveillance en virologie : Séquençage de génomes viraux d’intérêt vétérinaire

Mathilde Gondard , Souheyla Benfrid , Emmanuel Bréard , Fabrice Touzain , Yannick Blanchard et al.
Journées scientifiques et doctorales de l'Anses (JSDA), Anses, Oct 2022, Maisons-Alfort, France
Communication dans un congrès anses-04524015 v1

Development of a multi-locus sequence typing scheme for Cryptosporidium parvum

Umer Chaudhry , Martha Betson , Rune Stensvold Christen , Marco Lalle , Isabelle Villena et al.
15th International Congress of Parasitology (ICOPA), Oct 2022, Copenhagen, Denmark
Communication dans un congrès anses-04141410 v1

A large-scale comparative genomics study of human and ruminant strains of Cryptosporidium parvum from Europe

Greta Bellinzona , Tiago Nardi , Tiago Castelli , Tiina Autio , Yannick Blanchard et al.
15th International Congress of Parasitology (ICOPA), Oct 2022, Copenhagen, Denmark
Communication dans un congrès anses-04141507 v1

Interactomic high-throughput mapping for bluetongue virus in its natural hosts to identify new factors of pathogenicity and interspecies transmission

Grégory Caignard , Cindy Kundlacz , Aurore Fablet , Yves Jacob , Edouard Hirchaud et al.
11th Annual Meeting EPIZONE, Sep 2017, Paris ( France), France
Communication dans un congrès hal-04493467 v1
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Fine-tuning motif detection among ChIP on Chip DNA fragments

Fabrice Touzain , Théo Mozzanino , Sophie Schbath , Marie Agnes Petit
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM)", Jun 2011, Paris, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-01019510 v1
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Prediction of KOPS motifs involved in segregating of bacterial chromosomes in Lactocoques / Streptocoques

Fabrice Touzain , Sophie Nolivos , Sophie Schbath , Meriem El Karoui , François Cornet et al.
18th annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Jul 2010, Boston, United States. pp.1
Communication dans un congrès hal-01204256 v1
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SIGffRid : Programme de recherche des sites de fixation des facteurs de transcription par approche comparative

Fabrice Touzain , Sophie Schbath , Isabelle Debled-Rennesson , Bertrand Aigle , Pierre Leblond et al.
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM'05, Guy Perrière, Alain Guénoche et Christophe Geourjon, Jul 2005, Lyon, France. pp.417-425
Communication dans un congrès inria-00000191 v1

Identification of Transcription Factor Binding Sites in Streptomyces coelicolor A3(2) by Phylogenetic Comparison

Fabrice Touzain , Patricia Lavigne , Isabelle Debled-Rennesson , Bertrand Aigle , Pierre Leblond et al.
European Conference for Computer Biology - ECCB'2003, 2003, Paris, France
Communication dans un congrès inria-00099608 v1