Hélène Chiapello

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Présentation

Professional experience

• INRAE: research engineer in microbial bioinformatics at the Microbiology and the food chain (MICA) scientific division, MaIAGE (Applied Mathematics and Computer Science, from Genomes to Environment) research unit, INRAE Jouy-en-Josas, France

• SFBI (French Society of Bioinformatics): member of the board (2014-2020) and deputy president (2016-2020)

• IFB (French Institute of Bioinformatics): co-coordinator of Training (since 2017), member of the steering committee ( 2020-2023)

• DUBii (University Diploma in Integrative Bioinformatics): Co-head of the diploma (2018, 2019, 2020)

Education

• 2016: HDR - Paul Sabatier university (Toulouse 3)

• 1999: PhD - Pierre & Marie Curie university (Paris 6)

• 1990: Master in Biochemistry - Pierre & Marie Curie university (Paris 6)

Publications

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Publications

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Integration of metataxonomic data sets into microbial association networks highlights shared bacterial community dynamics in fermented vegetables

Romane Junker , Florence Valence , Michel-Yves Mistou , Stéphane Chaillou , Helene Chiapello
Microbiology Spectrum, 2024, 12 (6), pp.e00312-24. ⟨10.1128/spectrum.00312-24⟩
Article dans une revue hal-04581000 v1
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Comparative Genome Analysis of Enterococcus cecorum Reveals Intercontinental Spread of a Lineage of Clinical Poultry Isolates

Jeanne Laurentie , Valentin Loux , Christelle Hennequet-Antier , Emilie Chambellon , Julien Deschamps et al.
MSphere, 2023, 8 (2), pp.e0049522. ⟨10.1128/msphere.00495-22⟩
Article dans une revue hal-04004063 v1
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ICEscreen: a tool to detect Firmicute ICEs and IMEs, isolated or enclosed in composite structures

Julie Lao , Thomas Lacroix , Gérard Guédon , Charles Coluzzi , Sophie Payot et al.
NAR Genomics and Bioinformatics, 2022, 4 (4), pp.lqac079. ⟨10.1093/nargab/lqac079⟩
Article dans une revue hal-03832376 v1
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Intracellular Salmonella Paratyphi A is motile and differs in the expression of flagella-chemotaxis, SPI-1 and carbon utilization pathways in comparison to intracellular S. Typhimurium

Helit Cohen , Claire Hoede , Felix Scharte , Charles Coluzzi , Emiliano Cohen et al.
PLoS Pathogens, 2022, 18 (4), 35 p. ⟨10.1371/journal.ppat.1010425⟩
Article dans une revue hal-03690615 v1
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Gene co-expression network analysis of the human gut commensal bacterium Faecalibacterium prausnitzii in R-Shiny

Sandrine Auger , Virginie Mournetas , Hélène Chiapello , Valentin Loux , Philippe Langella et al.
PLoS ONE, 2022, 17 (11), pp. e0271847. ⟨10.1371/journal.pone.0271847⟩
Article dans une revue hal-04083924 v1
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Abundance, Diversity and Role of ICEs and IMEs in the Adaptation of Streptococcus salivarius to the Environment

Julie Lao , Gérard Guédon , Thomas Lacroix , Florence Charron-Bourgoin , Virginie Libante et al.
Article dans une revue hal-02922962 v1
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Unprecedented large inverted repeats at the replication terminus of circular bacterial chromosomes suggest a novel mode of chromosome rescue

Hela El Kafsi , Valentin Loux , Mahendra Mariadassou , Camille Blin , Hélène Chiapello et al.
Scientific Reports, 2017, 7, pp.1-11. ⟨10.1038/srep44331⟩
Article dans une revue hal-01509688 v1
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Listeriomics : an Interactive Web Platform for Systems Biology of Listeria

Christophe Bécavin , Mikael Koutero , Nicolas Tchitchek , Franck Cerutti , Pierre Lechat et al.
mSystems, 2017, 2 (2), pp.e00186-16. ⟨10.1128/mSystems.00186-16⟩
Article dans une revue pasteur-01574970 v1

PhylOligo: a package to identify contaminant or untargeted organism sequences in genome assemblies

Ludovic Mallet , Tristan Bitard-Feildel , Franck Cerutti , Hélène Chiapello
Bioinformatics, 2017, 33 (20), pp.3283 - 3285. ⟨10.1093/bioinformatics/btx396⟩
Article dans une revue hal-02625602 v1
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Unraveling the evolution and coevolution of small regulatory RNAs and coding genes in Listeria

Franck Cerutti , Ludovic Mallet , Anaïs Painset , Claire Hoede , Annick Moisan et al.
BMC Genomics, 2017, 18 (1), pp.882. ⟨10.1186/s12864-017-4242-0⟩
Article dans une revue pasteur-01740259 v1
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Genome-wide investigation of mRNA lifetime determinants in Escherichia coli cells cultured at different growth rates

Thomas Esquerre , Annick Moisan , Helene Chiapello , Liisa Arike , Raivo Vilu et al.
BMC Genomics, 2015, 16 (1), ⟨10.1186/s12864-015-1482-8⟩
Article dans une revue hal-01269038 v1
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Deciphering genome content and evolutionary relationships of isolates from the fungus Magnaporthe oryzae attacking different host plants

Helene Chiapello , Ludovic Mallet , Cyprien Guerin , Gabriela Aguileta , Joelle J. Amselem et al.
Genome Biology and Evolution, 2015, 7 (10), pp.2896-2912. ⟨10.1093/gbe/evv187⟩
Article dans une revue hal-01222884 v2
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YOC, A new strategy for pairwise alignment of collinear genomes

Raluca Uricaru , Célia Michotey , Hélène Chiapello , Eric Rivals
BMC Bioinformatics, 2015, 16 (1), pp.16:111. ⟨10.1186/s12859-015-0530-3⟩
Article dans une revue lirmm-01170968 v1
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Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii

Valentin Loux , Mahendra Mariadassou , Sintia Almeida , Hélène Chiapello , Amal Hammani et al.
BMC Genomics, 2015, 16 (1), pp.35. ⟨10.1186/s12864-015-1467-7⟩
Article dans une revue hal-01142363 v1
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Attenuated virulence and genomic reductive evolution in the entomopathogenic bacterial symbiont species, Xenorhabdus poinarii

Jean-Claude Ogier , Sylvie Pages , Gaelle Bisch , Helene Chiapello , Claudine Médigue et al.
Genome Biology and Evolution, 2014, 6, pp.1495-1513. ⟨10.1093/gbe/evu119⟩
Article dans une revue hal-01837258 v1

Genes under positive selection in a model plant pathogenic fungus, Botrytis

Gabriela G. Aguileta , Juliette J. Lengellé , Helene H. Chiapello , Tatiana T. Giraud , Muriel Viaud et al.
Infection, Genetics and Evolution, 2012, 12 (05), pp.987-996. ⟨10.1016/j.meegid.2012.02.012⟩
Article dans une revue istex hal-01000313 v1

Genome Sequence of the Invasive Salmonella enterica subsp. enterica Serotype Enteritidis Strain LA5

Olivier Grépinet , Aurore Rossignol , Valentin Loux , Helene Chiapello , Annie Gendrault et al.
Journal of Bacteriology, 2012, 194 (9), pp.2387-2388. ⟨10.1128/JB.00256-12⟩
Article dans une revue hal-03044203 v1

Genome sequence of the persistent Salmonella enterica subsp enterica Serotype Senftenberg Strain SS209

Olivier Grépinet , Zineb Boumart , Isabelle Virlogeux-Payant , Valentin Loux , Hélène Chiapello et al.
Journal of Bacteriology, 2012, 194 (9), pp.2385-2386. ⟨10.1128/JB.00255-12⟩
Article dans une revue hal-02643377 v1

Complete genome sequence of the clinical Streptococcus salivarius strain CCHSS3

Christine C. Delorme , Eric Guédon , Nicolas N. Pons , Corinne Cruaud , Arnaud A. Couloux et al.
Journal of Bacteriology, 2011, 193 (18), pp.5041-5042. ⟨10.1128/JB.05416-11⟩
Article dans une revue hal-01000176 v1
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CompaGB: An open framework for genome browsers comparison

Thomas Lacroix , Valentin Loux , Annie Gendrault-Jacquemard Gendrault , Jean-François Gibrat , Hélène Chiapello
BMC Research Notes, 2011, 4, pp.133. ⟨10.1186/1756-0500-4-133⟩
Article dans une revue hal-02644023 v1

Robustness assessment of whole bacterial genome segmentations

Hugo H. Devillers , Helene H. Chiapello , Sophie S. Schbath , Meriem M. El Karoui
Journal of Computational Biology, 2011, 18 (9), pp.1155-1165. ⟨10.1089/cmb.2011.0115⟩
Article dans une revue hal-00999893 v1
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Deciphering the molecular basis of wine yeast fermentation traits using a combined genetic and genomic approach

Chloé C. Ambroset , Maud Petit , Christian Brion , Isabelle Sanchez , Pierre Delobel et al.
G3, 2011, 1, pp.263-281. ⟨10.1534/G3.111.000422⟩
Article dans une revue hal-01487358 v1

Assessing the robustness of complete bacterial genome segmentations

Hugo Devillers , Hélène Chiapello , Sophie S. Schbath , Meriem El-Karoui
Lecture Notes in Computer Science, 2010, 6398, pp.173-187. ⟨10.1007/978-3-642-16181-0_15⟩
Article dans une revue istex hal-02654924 v1
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Que faire de nos biodéchets : production d'énergie ou production de compost ? État des connaissances et des techniques de traitement pour une valorisation optimale

L. Bletzacker , Hélène Chiapello , Morgane Delorme , P. Ferrand , A. Henaut et al.
Ingénieries eau-agriculture-territoires, 2009, 57-58, pp.89-100
Article dans une revue hal-02592224 v1
Image document

Organised genome dynamics in the Escherichia coli species results in highly diverse adaptive paths.

Marie Touchon , Claire Hoede , Olivier Tenaillon , Valérie Barbe , Simon Baeriswyl et al.
PLoS Genetics, 2009, 5 (1), pp.e1000344. ⟨10.1371/journal.pgen.1000344⟩
Article dans une revue hal-00390293 v1
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Expressed sequences tags of the anther smut fungus, Microbotryum violaceum, identify mating and pathogenicity genes

Roxana Yockteng , Sylvain Marthey , Hélène Chiapello , Annie Gendrault , Michael E Hood et al.
BMC Genomics, 2009, 8 (1), pp.272. ⟨10.1186/1471-2164-8-272⟩
Article dans une revue hal-02333218 v1

MOSAIC: an online database dedicated to the comparative genomics of bacterial strains at the intra-species level

Helene H. Chiapello , Annie A. Gendrault-Jacquemard , Christophe C. Caron , Jerome J. Blum , Marie Agnes M. A. Petit et al.
312, 2008, 9 (498), pp.on line
Article dans une revue hal-00490135 v1
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Amplification biases: possible differences among deviating gene expressions.

Séverine A Degrelle , Christelle Hennequet-Antier , Hélène Chiapello , Karine Piot-Kaminski , François Piumi et al.
BMC Genomics, 2008, 9 (46), pp.46. ⟨10.1186/1471-2164-9-46⟩
Article dans une revue cea-00307623 v1

Isolation of 60 polymorphic microsatellite loci in EST libraries of four sibling species of the phytopathogenic fungal complex Microbotryum

T. Giraud , R. Yockteng , Sylvain S. Marthey , Hélène Chiapello , Odile Jonot et al.
Molecular Ecology Resources, 2008, 8 (2), pp.387-392. ⟨10.1111/j.1471-8286.2007.01967.x⟩
Article dans une revue istex hal-02665569 v1
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FUNYBASE: the FUNGAL phYlogenomic database

Sylvain Marthey , Gabriela Aguileta , Francois Rodolphe , Annie Gendrault , Tatiana Giraud et al.
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (456), pp.1-10. ⟨10.1186/1471-2105-9-456⟩
Article dans une revue hal-01193636 v1

MOSAIC: an online database dedicated to the comparative genomics of bacterial strains at the intra-species level

Helene H. Chiapello , Annie A. Gendrault-Jacquemard , Christophe C. Caron , Jerome J. Blum , Marie Agnes M. A. Petit et al.
312, 2008, 9 (498), pp.on line
Article dans une revue hal-00487406 v1

MOSAIC: an online database dedicated to the comparative genomics of bacterial strains at the intra-species level

Helene H. Chiapello , Annie A. Gendrault-Jacquemard , Christophe C. Caron , Jerome J. Blum , Marie Agnes M. A. Petit et al.
312, 2008, 9 (498), pp.on line
Article dans une revue hal-00489678 v1
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MOSAIC: an online database dedicated to the comparative genomics of bacterial strains at the intra-species level

Hélène Chiapello , Annie Gendrault-Jacquemard Gendrault , Christophe C. Caron , Jerome Blum , Marie Agnes M. A. Petit et al.
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (498), pp.on line
Article dans une revue hal-02655905 v1

MOSAIC: an online database dedicated to the comparative genomics of bacterial strains at the intra-species level

Helene H. Chiapello , Annie A. Gendrault-Jacquemard , Christophe C. Caron , Jerome J. Blum , Marie Agnes M. A. Petit et al.
312, 2008, 9 (498), pp.on line
Article dans une revue hal-00490583 v1
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Identification of DNA Motifs Implicated in Maintenance of Bacterial Core Genomes by Predictive Modeling

David Halpern , Helene Chiapello , Sophie Schbath , Stephane Robin , Christelle Hennequet-Antier et al.
PLoS Genetics, 2007, 3 (9), pp.1614-1621;e153. ⟨10.1371/journal.pgen.0030153⟩
Article dans une revue hal-01197542 v1
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AnovArray: a set of SAS macros for the analysis of variance of gene expression data

Christelle Hennequet-Antier , Helene H. Chiapello , Karine Piot , Severine S. Degrelle , Isabelle Hue et al.
BMC Bioinformatics, 2005, 6, pp.150. ⟨10.1186/1471-2105-6-150⟩
Article dans une revue inserm-02440250 v1
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Systematic determination of the mosaic structure of bacterial genomes: species backbone versus strain-specific loops

Hélène Chiapello , Isabelle Bourgait , Frédéric Sourivong , Gaëlle Heuclin , Annie Gendrault-Jacquemard Gendrault et al.
BMC Bioinformatics, 2005, 6, pp.171. ⟨10.1186/1471-2105-6-171⟩
Article dans une revue hal-02683426 v1

Deciphering Arabidopsis thaliana gene neighborhoods through bibliographic co-citations

A. Louis , Hélène Chiapello , C. Fabry , E. Ollivier , A. Henaut
Computers and Chemistry, 2002, 26 (5), pp.511-519. ⟨10.1016/S0097-8485(02)00011-6⟩
Article dans une revue istex hal-02676436 v1

Tnt1 transposition events are induced by in vitro transformation of Arabidopsis thaliana, and transposed copies integrate into genes

Béatrice Courtial , F. Feuerbach , S. Eberhard , Laurence Rohmer , Hélène Chiapello et al.
Molecular Genetics and Genomics, 2001, 265, pp.32-42
Article dans une revue hal-02680720 v1

Codon usage and gene function are related in sequences of Arabidopsis thaliana

Hélène Chiapello , F. Lisacek , Michel M. Caboche , A. Henaut
Gene, 1998, 209, pp.GC1-GC38
Article dans une revue hal-02689970 v1

Further progress towards a catalogue of all Arabidopsis genes: analysis of a set of 5000 non-redundant ESTs

R. Cooke , Marc Raynal , M. Laudié , F. Grellet , Michel Delseny et al.
The Plant Journal, 1996, 9 (1), pp.101-124
Article dans une revue hal-02688410 v1

An inventory of 1152 expressed sequence tags obtained by partial sequencing of cDNAs from Arabidopsis thaliana

Herman Höfte , Thierry T. Desprez , J. Anselem , Hélène Chiapello , Michel M. Caboche et al.
The Plant Journal, 1993, 4 (6), pp.1051-1061
Article dans une revue hal-02715837 v1

Unveiling Integrative Conjugative Elements: detection and annotation in Bacillota genomes

Nathalie N. Leblond-Bourget , Hélène Chiapello
INTERNATIONAL CONFERENCE ON TYPE IV SECRETION SYSTEM, Feb 2025, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-04987987 v1
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IFB/ELIXIR-FR, the french node of ELIXIR

Anne-Françoise Adam-Blondon , Jacques van Helden , Gildas Le Corguillé , Christophe Blanchet , Hélène Chiapello et al.
ISMB ECCB 2023, International Society for Computational Biology, Jul 2023, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-04503051 v1

ICEscreen: a valuable tool for automatic detection of ICEs and IMEs in Firmicutes

Nathalie N. Leblond-Bourget , Julie Lao , Sophie Payot , Thomas Lacroix , Gérard Guédon et al.
Réunion du GDR3546 Eléments transposables, Dec 2022, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04232460 v1

Microbial transfers at the crossroads of agro-ecological transitions in dairy systems

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Anne-Laure Abraham , Annick Bernalier Donadille , Juliette Bloor , Matthieu Bouchon et al.
Carrefours de l’innovation agronomique (CIAG) Les indicateurs de qualité des sols et leur usage dans un contexte de transitions agricoles, Nov 2022, Orléans, France
Communication dans un congrès hal-04826247 v1

EMERGEN-BioInfo The digital platform for the French SARS-CoV-2 genomic surveillance and research program

Thomas Denecker , Imane Messak , Anliat Mohamed , Chiara Antoinat , Arthur Le Bars et al.
JOBIM 2022 - Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. ⟨10.5281/ZENODO.6778707⟩
Communication dans un congrès hal-04495542 v1

Mobile Genetic Elements transferring by conjugation in the human commensal bacterium Streptococcus salivarius: abundance, diversity and role in the adaptation to environment.

Julie Lao , Gérard Guédon , Thomas Lacroix , Florence Charron-Bourgoin , Virginie Libante et al.
Réunion du GDR3546 Eléments transposables, Dec 2021, Paris, France
Communication dans un congrès hal-03495840 v1

A workflow to build a relevant and reduced bacterial dataset from NCBI

Sandra Derozier , Sam Ah-Lone , Valentin Loux , Hélène Chiapello
JOBIM : Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Communication dans un congrès hal-02733948 v1

The ICE/IME Finder approach and its application to ICE/IME annotation in Streptococcus.

Charles Coluzzi , Julie Lao , Gérard Guédon , Marie-Dominique Devignes , Chloé Ambroset et al.
8th symposium on Antimicrobial Resistance in Animal and Environment, Jul 2019, Tours, France
Communication dans un congrès hal-02974531 v1

Evolution et co-évolution des petits ARNs régulateurs et des gènes codants chez les bactéries

Hélène Chiapello
ANSES - Séminaire DEBUG, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES). FRA., Jun 2018, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02790775 v1
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Integrating Tara oceans data sets using multiple kernels

Jérôme J. Mariette , Helene H. Chiapello , Nathalie N. Villa-Vialaneix
15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2016, The Hague, Netherlands. pp.3
Communication dans un congrès hal-02792439 v1
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Genome evolution of fungal pathogens from the Magnaporthe oryzae/grisea clade.

Hélène Chiapello , Ludovic Mallet , Cyprien Guérin , Gabriela Aguileta , François Rodolphe et al.
27th Fungal Genetics Conference - Asilomar Conference Grounds,, Mar 2013, Asilomar, United States. p.76
Communication dans un congrès hal-01001510 v1

Genomic comparison within Xenorhabdus genus: X. poinarii species characterized by a small genome and attenuated virulence toward insects

Jean-Claude Ogier , Sylvie Pages , Gaelle Bisch , Sebastien Carrere , Helene Chiapello et al.
5. Congress of European Microbiologists (FEMS 2013), Jul 2013, Leipzig, Allemagne
Communication dans un congrès hal-01837266 v1

Deciphering why <em>Salmonella</em> Gallinarum is less invasive in vitro than <em>Salmonella</em> Enteritidis

Aurore Rossignol , Sylvie Roche , Isabelle Virlogeux-Payant , Olivier Grépinet , Nadia Abed et al.
I3S International Symposium Salmonella and Salmonellosis, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). FRA., May 2013, Saint Malo, France
Communication dans un congrès hal-02749048 v1
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Evolution of the pan-secretome among lineages of Magnaporthe oryzae attacking different host-plants

Elisabeth Fournier , Enrique Ortega-Abboud , Ludovic Mallet , Hélène Chiapello , Cyprien Guérin et al.
27th Fungal Genetics Conference, Mar 2013, Asilomar, United States. pp.281
Communication dans un congrès hal-01001508 v1
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The GEMO project: Analysis and comparison of genomes of the fungal pathogen Magnaporthe oryzae

Ludovic Mallet , Cyprien Guérin , Véronique Martin , Enrique Ortega-Abboud , Jonathan Kreplak et al.
JOBIM-Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.379-380
Communication dans un congrès hal-01000934 v1
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GEMO project: Genetic bases of pathogenicity and host specificity analyzed through comparative and evolutionary genomics in the model fungus Magnaporthe

E. Ortega-Abboud , Ludovic Mallet , Cyprien Guerin , Jonathan Kreplak , Joelle J. Amselem et al.
9. Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2012, Aussois, France. pp.82-82
Communication dans un congrès hal-01019005 v1
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Alignement de génomes bactériens : méthodes, évaluation et exemples d'applications.

Helene H. Chiapello
Seminaire IRISA ( Symbiose ), Jan 2012, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-02806114 v1
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Comparaison et annotation de 9 génomes de Magnaporthe

Helene H. Chiapello
Réunion du groupe Champignons du REID, Nov 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02802981 v1
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Evaluation et comparaison de logiciels de visualisation et d’exploration de génomes

Helene H. Chiapello
Seminaire Institut Pasteur, 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02803608 v1

Genomic diversity of 24 Propionibacterium freudenreichii 1 strains

Hélène Falentin , Valentin Loux , Valérie Barbe , Amal Plaudet Hammani , Stéphanie-Marie Deutsch et al.
6 Conference on Functional Genomics of Gram-positive Microorganisms 16 International Conference on Bacilli, Jun 2011, Montecatini, Italy
Communication dans un congrès hal-01454328 v1
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The GEMO project: Analysis and comparison of genomes of the fungal pathogen Magnaporthe oryzae

Cyprien Guerin Guérin , Ludovic Mallet Mallet , Jonathan J. Kreplak , Joelle J. Amselem , Elisabeth E. Fournier et al.
Conférence EMBO, Nov 2011, Sant Feliu de Guixols, Spain. pp.1
Communication dans un congrès hal-01000676 v1
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Evaluating Genome Browsers Using a Software Qualification Method Evaluation

Thomas Lacroix , Valentin Loux , Annie Gendrault-Jacquemard Gendrault , Jean-François Gibrat , Helene H. Chiapello
JOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France. pp.196
Communication dans un congrès hal-02751310 v1

Assessing the robustness of complete bacterial genome

Hugo Devillers , Hélène Chiapello , Sophie S. Schbath , Meriem El-Karoui
RECOMB-CG 2010, Oct 2010, Ottawa, Canada. ⟨10.1007/978-3-642-16181-0_15⟩
Communication dans un congrès istex hal-02814833 v1
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Comparison and evolution of closely related genomes: methods and examples of applications in bacteria and fungi

Helene H. Chiapello
Séminaire du LIPM, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Interactions Plantes - Microorganismes (0441)., Nov 2010, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02812455 v1

Web services for microbial genome annotation using data integration

Célia Michotey , Ludovic Legrand , Helene H. Chiapello , Valentin Loux , Annie A. Gendrault-Jacquemard et al.
JOBIM 2010 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-02752226 v1
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Origine des Spécificités Phénotypiques de la Levure œnologique a travers une Approche Génomique

Cyprien Guerin Guérin , Helene H. Chiapello , Pierre P. Nicolas
JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France. pp.184
Communication dans un congrès hal-02751369 v1
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GEMO: an innovative project on Evolutionary Genomics of Magnaporthe oryzae

Elisabeth E. Fournier , Didier Tharreau , Thomas T. Kroj , Hélène Chiapello , Gabriela Aguileta et al.
8. Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2010, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-02751005 v1
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Improved sensitivity and reliability of anchor based genome alignment

Raluca Uricaru , Célia Michotey , Laurent Noé , Helene H. Chiapello , Eric Rivals
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie Informatique Mathématiques2009 - Nantes :, Jun 2009, Nantes, France. 259 p
Communication dans un congrès hal-02751358 v1
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How to measure the robustness of bacterial genome comparisons?

Hugo Devillers , Helene Chiapello , Meriem El Karoui , Sophie Schbath
10èmes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2009, Nantes, France. pp.257
Communication dans un congrès hal-01204257 v1
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Improved Sensitivity And Reliability Of Anchor Based Genome Alignment

Raluca Uricaru , Célia Michotey , Laurent Noé , Hélène Chiapello , Eric Rivals
JOBIM 2009 - 10es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2009, Nantes, France. pp.31-36
Communication dans un congrès lirmm-00407215 v1
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To the species level and beyond A rationalized approach to study pangenomes

Emeline Bruyère , Romane Junker , Sandra Dérozier , Hélène Chiapello , Guillaume Gautreau
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques 2024, Jun 2024, Toulouse, France. , Nextcloud, https://nextcloud.inrae.fr/s/An986qpn6CqCQek
Poster de conférence hal-04673896 v1
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Intra-species diversity in metagenomic datasets

Anne-Laure Abraham , Guillaume Kon Kam King , Solène Pety , Anne-Carmen Sanchez , Hélène Chiapello et al.
JOBIM 2024, Jun 2024, Toulouse, France. , 2024
Poster de conférence hal-04631038 v1
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Understanding taxonomic diversity and functional signatures of fermented vegetables microbiome

Romane Junker , Florence Valence , Michel-Yves Mistou , Hélène Chiapello , Stéphane Chaillou
Food System Microbiomes, May 2024, Torino, Italy.
Poster de conférence hal-04631223 v1
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A Unix competency framework for learning bioinformatics

Hélène Chiapello , Thomas Denecker , Lucie Khamvongsa Charbonnier , Pierre Poulain , Denis Puthier et al.
JOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques 2024, Jun 2024, Toulouse, France.
Poster de conférence hal-04619317 v1
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Design and production of a plug-in tool facilitating the submission of microbial meta-omics data to an international repository

Baptiste Rousseau , Véronique Jamilloux , Thomas Denecker , Hélène Chiapello , Ariane Bize
JOBIM 2023, Jun 2023, Nancy, France.
Poster de conférence hal-04139284 v1

Factors contributing to the prevalence of Integrative and Conjugative or Mobilizable Elements carrying antimicrobial resistance genes in Streptococcus suis

Stéphanie Bougeard , Manon Dechêne-Tempier , Valentin Loux , Hélène Chiapello , Virginie Libante et al.
5th International Workshop on Streptococcus suis, Jun 2023, Bangkok / Thailand, Thailand
Poster de conférence hal-04232466 v1

Abundance and diversity of Mobile Genetic Elements carrying antibiotic resistance genes and transferring by conjugation in the human commensal bacterium Streptococcus salivarius.

Sophie Payot , Julie Lao , Gérard Guédon , Thomas Lacroix , Florence Charron-Bourgoin et al.
5th International Caparica Congress in Antibiotic Resistance (IC2AR 2022), Sep 2022, Caparica, Lisbon, Portugal
Poster de conférence hal-04232454 v1
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Precise detection of antibiotic resistance genes in chicken microbiota

Anne-Carmen Sanchez , Guillaume Kon Kam King , Sylvie Baucheron , Fanny Calenge , Hélène Chiapello et al.
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM - colloque virtuel, Jul 2021, Paris, France.
Poster de conférence hal-03337234 v1
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The IFB e-Learning Working Group

Hélène Chiapello , Thomas Denecker , Gildas Le Corguillé , Pierre Poulain , Denis Puthier et al.
JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques) 2021, Jul 2021, Paris, France.
Poster de conférence hal-03296617 v1
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Characterization of the genomic diversity and gene content of a lactobacilli collection

Romane Junker , Victoria Chuat , Florence Valence , Michel-Yves Mistou , Hélène Chiapello
JOBIM 2021, Jul 2021, Paris, France.
Poster de conférence hal-03576928 v1
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Plateforme bioinformatique MIGALE

Mouhamadou Ba , Damien Berry , David Christiany , Hélène Chiapello , Olivier Inizan et al.
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2020, Montpellier, France. 2020
Poster de conférence hal-04176782 v1
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Plateforme bioinformatique MIGALE

Hélène Chiapello , Sandra Dérozier , Olivier Inizan , Mahendra Mariadassou , Véronique Martin et al.
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2019, Nantes, France. 2019
Poster de conférence hal-04176805 v1

The ICE/IME Finder approach and its application to ICE/IME annotation in Streptococcus

Charles Coluzzi , Julie Lao , Gérard Guédon , Marie-Dominique Devignes , Chloé Ambroset et al.
4th International Workshop on Streptococcus suis, Jun 2019, Montréal, Canada.
Poster de conférence hal-02974525 v1
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Whole metagenome analysis with metagWGS

Joanna Fourquet , Adeline Chaubet , Hélène Chiapello , Christine Gaspin , Marisa Haenni et al.
JOBIM 2019, Jul 2019, Nantes, France. , 2019
Poster de conférence hal-02788137 v1
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Groupe de travail sur les Métiers de la Bioinformatique (MetBIF)

Hélène Chiapello , Samuel Mondy , Morgane Thomas-Chollier
JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France
Poster de conférence hal-03287534 v1
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Towards an integrated approach for the annotation of ICEs and IMEs in bacterial genomes

Julie Lao , Gérard Guédon , Thomas Lacroix , Nathalie N. Leblond-Bourget , Helene H. Chiapello
JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France
Poster de conférence hal-01829606 v1
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Host tropism and host-pathogen interplay of typhoidal Salmonella enterica

Ludovic Mallet , Claire Hoede , Franck Cerruti , Annick Moisan , Christine Gaspin et al.
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , 2017, Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques. JOBIM 2017
Poster de conférence hal-01603254 v1

Investigating mycoplasma small non-coding RNAs using synthetic biology tools

Iason Tsarmpopoulos , Camille Jollard , Géraldine Gourgues , Alain Blanchard , Isabelle Dutour et al.
Colloque Biologie synthétique et systémique, BioSynSys, Jun 2016, Bordeaux, France. 2016
Poster de conférence hal-02742260 v1
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The GEMO project: Hitchhiking DNA in Magnaporthe oryzae

Ludovic Mallet , Cyprien Guerin Guérin , Joelle J. Amselem , Elisabeth E. Fournier , Helene H. Chiapello
JOBIM 2015. Meeting of working Group Medicago sativa, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 1123 p., 2015
Poster de conférence hal-02801084 v1

Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of <i>Propionibacterium freudenreichii</i>

Valentin Loux , Mahendra Mariadassou , Sintia Almeida da Silva , Helene Chiapello , Amal Hammami et al.
JOBIM 16. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015, ⟨10.1186/s12864-015-1467-7⟩
Poster de conférence hal-01209851 v1

Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii

Valentin Loux , Mahendra Mariadassou , Sintia Almeida da Silva , Hélène Chiapello , Amal Hammami et al.
20. Colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2015, Lille, France. , 2015
Poster de conférence hal-01170054 v1

Comparative analysis of transposable elements in the Magnaporthe oryzae/grisea clade

Ludovic Mallet , Helene Chiapello , Cyprien Guerin , Marc Henri Lebrun , Elisabeth Fournier et al.
PAG - Plant Animal Genome,, Jan 2013, San Diego, United States. 2013
Poster de conférence hal-01190539 v1
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IGO, Integration from Genomes to Organisms

Sandra S. Derozier , Helene H. Chiapello , Thomas Lacroix , Cyprien Guerin Guérin , Valentin Loux et al.
JOBIM 2013, Jul 2013, Toulouse, France. , pp.246, 2013, JOBIM TOULOUSE 2013 - RÉSUMÉS COURTS (affiches)
Poster de conférence hal-02746442 v1
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Distribution and evolution of transposable elements in the Magnaporthe oryzae/grisea clade

Joelle J. Amselem , Ludovic Mallet , Helene Chiapello , Cyprien Guerin , Marc-Henri Lebrun et al.
27. Fungal Genetics Conference, Mar 2013, Asilomar Conference Grounds, United States. 2013
Poster de conférence hal-01190331 v1
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Genome evolution of fungal pathoens from Magnaporthe oryzae/grisea clade

Marc-Henri M.-H. Lebrun , Ludovic Mallet , Cyprien Guerin , Hélène Chiapello , Enrique Ortega-Abboud et al.
XV International congress on Molecular plant-microbe interactions, 29 juillet au 02 août 2012,, Jul 2012, Kyoto, Japan. , 2012, Poster session 21 - Structural biology
Poster de conférence hal-02748600 v1

Banques et bases de données en biologie

Hélène Chiapello , Alexandra Louis
Bio-Informatique - principes d'utilisation des outils, Editions Quae, 2010
Chapitre d'ouvrage hal-02823616 v1

Databases in biology

Hélène Chiapello
Functional Plant Genomics, Science Publishers, 2007, 978-1-57808-506-4
Chapitre d'ouvrage hal-02814265 v1

Introduction to bioinformatics

Hélène Chiapello , Francois F. Rodolphe
Functional Plant Genomics, Science Publishers, 2007, 978-1-57808-506-4
Chapitre d'ouvrage hal-02820083 v1

Gene prediction

Pierre P. Nicolas , Hélène Chiapello
Functional plant genomics, Science Publishers, 2007, 978-1-57808-506-4
Chapitre d'ouvrage hal-02815636 v1

Banques et bases de données en biologie

Hélène Chiapello
La génomique en biologie végétale, INRA Editions, 2004, Science Update, 2-7380-1167-5
Chapitre d'ouvrage hal-02832814 v1

Annotation and databases : status and prospects

Mark M. Hoebeke , Hélène Chiapello , Jean-François Gibrat , Philippe Bessières , Jean Garnier
Database annotation in molecular biology : principles and practice, Wiley, 2004, 978-0-470-85681-9
Chapitre d'ouvrage hal-02832226 v1

Prédiction de gènes

P. Nicolas , Hélène Chiapello
La génomique en biologie végétale, INRA Editions, 2004, Science Update, 2-7380-1167-5
Chapitre d'ouvrage hal-02830852 v1