
Hélène Chiapello
Présentation
Professional experience
• INRAE: research engineer in microbial bioinformatics at the Microbiology and the food chain (MICA) scientific division, MaIAGE (Applied Mathematics and Computer Science, from Genomes to Environment) research unit, INRAE Jouy-en-Josas, France
• SFBI (French Society of Bioinformatics): member of the board (2014-2020) and deputy president (2016-2020)
• IFB (French Institute of Bioinformatics): co-coordinator of Training (since 2017), member of the steering committee ( 2020-2023)
• DUBii (University Diploma in Integrative Bioinformatics): Co-head of the diploma (2018, 2019, 2020)
Education
• 2016: HDR - Paul Sabatier university (Toulouse 3)
• 1999: PhD - Pierre & Marie Curie university (Paris 6)
• 1990: Master in Biochemistry - Pierre & Marie Curie university (Paris 6)
Publications
Publications
Unveiling Integrative Conjugative Elements: detection and annotation in Bacillota genomesINTERNATIONAL CONFERENCE ON TYPE IV SECRETION SYSTEM, Feb 2025, Nancy, France
Communication dans un congrès
hal-04987987
v1
|
|
|
IFB/ELIXIR-FR, the french node of ELIXIRISMB ECCB 2023, International Society for Computational Biology, Jul 2023, Lyon, France
Communication dans un congrès
hal-04503051
v1
|
ICEscreen: a valuable tool for automatic detection of ICEs and IMEs in FirmicutesRéunion du GDR3546 Eléments transposables, Dec 2022, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-04232460
v1
|
|
Microbial transfers at the crossroads of agro-ecological transitions in dairy systemsCarrefours de l’innovation agronomique (CIAG) Les indicateurs de qualité des sols et leur usage dans un contexte de transitions agricoles, Nov 2022, Orléans, France
Communication dans un congrès
hal-04826247
v1
|
|
EMERGEN-BioInfo The digital platform for the French SARS-CoV-2 genomic surveillance and research programJOBIM 2022 - Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. ⟨10.5281/ZENODO.6778707⟩
Communication dans un congrès
hal-04495542
v1
|
|
Mobile Genetic Elements transferring by conjugation in the human commensal bacterium Streptococcus salivarius: abundance, diversity and role in the adaptation to environment.Réunion du GDR3546 Eléments transposables, Dec 2021, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-03495840
v1
|
|
A workflow to build a relevant and reduced bacterial dataset from NCBIJOBIM : Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Communication dans un congrès
hal-02733948
v1
|
|
The ICE/IME Finder approach and its application to ICE/IME annotation in Streptococcus.8th symposium on Antimicrobial Resistance in Animal and Environment, Jul 2019, Tours, France
Communication dans un congrès
hal-02974531
v1
|
|
Evolution et co-évolution des petits ARNs régulateurs et des gènes codants chez les bactériesANSES - Séminaire DEBUG, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES). FRA., Jun 2018, Toulouse, France
Communication dans un congrès
hal-02790775
v1
|
|
|
Integrating Tara oceans data sets using multiple kernels15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2016, The Hague, Netherlands. pp.3
Communication dans un congrès
hal-02792439
v1
|
|
Genome evolution of fungal pathogens from the Magnaporthe oryzae/grisea clade.27th Fungal Genetics Conference - Asilomar Conference Grounds,, Mar 2013, Asilomar, United States. p.76
Communication dans un congrès
hal-01001510
v1
|
Genomic comparison within Xenorhabdus genus: X. poinarii species characterized by a small genome and attenuated virulence toward insects5. Congress of European Microbiologists (FEMS 2013), Jul 2013, Leipzig, Allemagne
Communication dans un congrès
hal-01837266
v1
|
|
Deciphering why <em>Salmonella</em> Gallinarum is less invasive in vitro than <em>Salmonella</em> EnteritidisI3S International Symposium Salmonella and Salmonellosis, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). FRA., May 2013, Saint Malo, France
Communication dans un congrès
hal-02749048
v1
|
|
|
Evolution of the pan-secretome among lineages of Magnaporthe oryzae attacking different host-plants27th Fungal Genetics Conference, Mar 2013, Asilomar, United States. pp.281
Communication dans un congrès
hal-01001508
v1
|
|
The GEMO project: Analysis and comparison of genomes of the fungal pathogen Magnaporthe oryzaeJOBIM-Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.379-380
Communication dans un congrès
hal-01000934
v1
|
|
GEMO project: Genetic bases of pathogenicity and host specificity analyzed through comparative and evolutionary genomics in the model fungus Magnaporthe9. Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2012, Aussois, France. pp.82-82
Communication dans un congrès
hal-01019005
v1
|
|
Alignement de génomes bactériens : méthodes, évaluation et exemples d'applications.Seminaire IRISA ( Symbiose ), Jan 2012, Rennes, France
Communication dans un congrès
hal-02806114
v1
|
|
Comparaison et annotation de 9 génomes de MagnaportheRéunion du groupe Champignons du REID, Nov 2011, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-02802981
v1
|
|
Evaluation et comparaison de logiciels de visualisation et d’exploration de génomesSeminaire Institut Pasteur, 2011, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-02803608
v1
|
Genomic diversity of 24 Propionibacterium freudenreichii 1 strains6 Conference on Functional Genomics of Gram-positive Microorganisms 16 International Conference on Bacilli, Jun 2011, Montecatini, Italy
Communication dans un congrès
hal-01454328
v1
|
|
|
The GEMO project: Analysis and comparison of genomes of the fungal pathogen Magnaporthe oryzaeConférence EMBO, Nov 2011, Sant Feliu de Guixols, Spain. pp.1
Communication dans un congrès
hal-01000676
v1
|
|
Evaluating Genome Browsers Using a Software Qualification Method EvaluationJOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France. pp.196
Communication dans un congrès
hal-02751310
v1
|
Assessing the robustness of complete bacterial genomeRECOMB-CG 2010, Oct 2010, Ottawa, Canada. ⟨10.1007/978-3-642-16181-0_15⟩
Communication dans un congrès
istex
hal-02814833
v1
|
|
|
Comparison and evolution of closely related genomes: methods and examples of applications in bacteria and fungiSéminaire du LIPM, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Interactions Plantes - Microorganismes (0441)., Nov 2010, Toulouse, France
Communication dans un congrès
hal-02812455
v1
|
Web services for microbial genome annotation using data integrationJOBIM 2010 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France
Communication dans un congrès
hal-02752226
v1
|
|
|
Origine des Spécificités Phénotypiques de la Levure œnologique a travers une Approche GénomiqueJOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France. pp.184
Communication dans un congrès
hal-02751369
v1
|
|
GEMO: an innovative project on Evolutionary Genomics of Magnaporthe oryzae8. Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2010, Aussois, France
Communication dans un congrès
hal-02751005
v1
|
|
Improved sensitivity and reliability of anchor based genome alignmentJOBIM - Journées Ouvertes en Biologie Informatique Mathématiques2009 - Nantes :, Jun 2009, Nantes, France. 259 p
Communication dans un congrès
hal-02751358
v1
|
|
How to measure the robustness of bacterial genome comparisons?10èmes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2009, Nantes, France. pp.257
Communication dans un congrès
hal-01204257
v1
|
|
Improved Sensitivity And Reliability Of Anchor Based Genome AlignmentJOBIM 2009 - 10es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2009, Nantes, France. pp.31-36
Communication dans un congrès
lirmm-00407215
v1
|
|
To the species level and beyond A rationalized approach to study pangenomesJournées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques 2024, Jun 2024, Toulouse, France. , Nextcloud, https://nextcloud.inrae.fr/s/An986qpn6CqCQek
Poster de conférence
hal-04673896
v1
|
|
Intra-species diversity in metagenomic datasetsJOBIM 2024, Jun 2024, Toulouse, France. , 2024
Poster de conférence
hal-04631038
v1
|
|
Understanding taxonomic diversity and functional signatures of fermented vegetables microbiomeFood System Microbiomes, May 2024, Torino, Italy.
Poster de conférence
hal-04631223
v1
|
|
A Unix competency framework for learning bioinformaticsJOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques 2024, Jun 2024, Toulouse, France.
Poster de conférence
hal-04619317
v1
|
|
Design and production of a plug-in tool facilitating the submission of microbial meta-omics data to an international repositoryJOBIM 2023, Jun 2023, Nancy, France.
Poster de conférence
hal-04139284
v1
|
Factors contributing to the prevalence of Integrative and Conjugative or Mobilizable Elements carrying antimicrobial resistance genes in Streptococcus suis5th International Workshop on Streptococcus suis, Jun 2023, Bangkok / Thailand, Thailand
Poster de conférence
hal-04232466
v1
|
|
Abundance and diversity of Mobile Genetic Elements carrying antibiotic resistance genes and transferring by conjugation in the human commensal bacterium Streptococcus salivarius.5th International Caparica Congress in Antibiotic Resistance (IC2AR 2022), Sep 2022, Caparica, Lisbon, Portugal
Poster de conférence
hal-04232454
v1
|
|
|
Precise detection of antibiotic resistance genes in chicken microbiotaJournées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM - colloque virtuel, Jul 2021, Paris, France.
Poster de conférence
hal-03337234
v1
|
|
The IFB e-Learning Working GroupJOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques) 2021, Jul 2021, Paris, France.
Poster de conférence
hal-03296617
v1
|
|
Characterization of the genomic diversity and gene content of a lactobacilli collectionJOBIM 2021, Jul 2021, Paris, France.
Poster de conférence
hal-03576928
v1
|
|
Plateforme bioinformatique MIGALEJournées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2020, Montpellier, France. 2020
Poster de conférence
hal-04176782
v1
|
|
Plateforme bioinformatique MIGALEJournées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2019, Nantes, France. 2019
Poster de conférence
hal-04176805
v1
|
The ICE/IME Finder approach and its application to ICE/IME annotation in Streptococcus4th International Workshop on Streptococcus suis, Jun 2019, Montréal, Canada.
Poster de conférence
hal-02974525
v1
|
|
|
Whole metagenome analysis with metagWGSJOBIM 2019, Jul 2019, Nantes, France. , 2019
Poster de conférence
hal-02788137
v1
|
|
Groupe de travail sur les Métiers de la Bioinformatique (MetBIF)JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France
Poster de conférence
hal-03287534
v1
|
|
Towards an integrated approach for the annotation of ICEs and IMEs in bacterial genomesJOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France
Poster de conférence
hal-01829606
v1
|
|
Host tropism and host-pathogen interplay of typhoidal Salmonella entericaJOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , 2017, Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques. JOBIM 2017
Poster de conférence
hal-01603254
v1
|
Investigating mycoplasma small non-coding RNAs using synthetic biology toolsColloque Biologie synthétique et systémique, BioSynSys, Jun 2016, Bordeaux, France. 2016
Poster de conférence
hal-02742260
v1
|
|
|
The GEMO project: Hitchhiking DNA in Magnaporthe oryzaeJOBIM 2015. Meeting of working Group Medicago sativa, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 1123 p., 2015
Poster de conférence
hal-02801084
v1
|
|
Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of <i>Propionibacterium freudenreichii</i>JOBIM 16. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015, ⟨10.1186/s12864-015-1467-7⟩
Poster de conférence
hal-01209851
v1
|
Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii20. Colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2015, Lille, France. , 2015
Poster de conférence
hal-01170054
v1
|
|
Comparative analysis of transposable elements in the Magnaporthe oryzae/grisea cladePAG - Plant Animal Genome,, Jan 2013, San Diego, United States. 2013
Poster de conférence
hal-01190539
v1
|
|
|
IGO, Integration from Genomes to OrganismsJOBIM 2013, Jul 2013, Toulouse, France. , pp.246, 2013, JOBIM TOULOUSE 2013 - RÉSUMÉS COURTS (affiches)
Poster de conférence
hal-02746442
v1
|
|
Distribution and evolution of transposable elements in the Magnaporthe oryzae/grisea clade27. Fungal Genetics Conference, Mar 2013, Asilomar Conference Grounds, United States. 2013
Poster de conférence
hal-01190331
v1
|
|
Genome evolution of fungal pathoens from Magnaporthe oryzae/grisea cladeXV International congress on Molecular plant-microbe interactions, 29 juillet au 02 août 2012,, Jul 2012, Kyoto, Japan. , 2012, Poster session 21 - Structural biology
Poster de conférence
hal-02748600
v1
|
FAIR training handbook2023
Ouvrages
(manuel)
hal-04180277
v1
|
|
SPiD: a subtilis protein interaction database5 p., 2000
Ouvrages
hal-02839427
v1
|
Banques et bases de données en biologieBio-Informatique - principes d'utilisation des outils, Editions Quae, 2010
Chapitre d'ouvrage
hal-02823616
v1
|
|
Databases in biologyFunctional Plant Genomics, Science Publishers, 2007, 978-1-57808-506-4
Chapitre d'ouvrage
hal-02814265
v1
|
|
Introduction to bioinformaticsFunctional Plant Genomics, Science Publishers, 2007, 978-1-57808-506-4
Chapitre d'ouvrage
hal-02820083
v1
|
|
Gene predictionFunctional plant genomics, Science Publishers, 2007, 978-1-57808-506-4
Chapitre d'ouvrage
hal-02815636
v1
|
|
Banques et bases de données en biologieLa génomique en biologie végétale, INRA Editions, 2004, Science Update, 2-7380-1167-5
Chapitre d'ouvrage
hal-02832814
v1
|
|
Annotation and databases : status and prospectsDatabase annotation in molecular biology : principles and practice, Wiley, 2004, 978-0-470-85681-9
Chapitre d'ouvrage
hal-02832226
v1
|
|
Prédiction de gènesLa génomique en biologie végétale, INRA Editions, 2004, Science Update, 2-7380-1167-5
Chapitre d'ouvrage
hal-02830852
v1
|