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Jerome Bugeon

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Looking for a needle in a haystack: de novo phenotypic target identification reveals Hippo pathway-mediated miR-202 regulation of egg production

Sarah JANATI IDRISSI , Mariana Roza de Abreu , Cervin Guyomar , Fernanda de Mello , Thuy Thao Vi Nguyen
Nucleic Acids Research, 2024, 52 (2), pp.738-754. ⟨10.1093/nar/gkad1154⟩
Journal articles hal-04501492v1

Potential of genomic selection for growth, meat content and colour traits in mixed-family breeding designs for the Pacific oyster Crassostrea gigas

Antoine Jourdan , Romain Morvezen , Florian Enez , Pierrick Haffray , Adeline Lange
Aquaculture, 2023, 576, pp.739878. ⟨10.1016/j.aquaculture.2023.739878⟩
Journal articles hal-04158060v1
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New alternative ingredients and genetic selection are the next game changers in rainbow trout nutrition: a metabolomics appraisal

Simon Roques , Catherine Deborde , Sandrine Skiba-Cassy , Françoise Médale , Mathilde Dupont-Nivet
Scientific Reports, 2023, 13, ⟨10.1038/s41598-023-46809-2⟩
Journal articles hal-04305424v1

An end-to-end pipeline based on open source deep learning tools for reliable analysis of complex 3D images of ovaries

Manon Lesage , Manon Thomas , Thierry Pécot , Tu-Ky Ly , Nathalie Hinfray
Development (Cambridge, England), 2023, 150 (7), pp.dev201185. ⟨10.1242/dev.201185⟩
Journal articles hal-04062159v1
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Prediction of fatty acids composition in the rainbow trout Oncorhynchus mykiss by using Raman micro-spectroscopy

E. Prado , Christophe Eklouh-Molinier , Florian Enez , David Causeur , C. Blay
Analytica Chimica Acta, 2022, 1191, ⟨10.1016/j.aca.2021.339212⟩
Journal articles hal-03445774v1
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Gene expression profiling of trout muscle during flesh quality recovery following spawning

Yéléhi Diane Ahongo , Aurélie Le Cam , Jérôme Montfort , Jérôme Bugeon , Florence Lefèvre
BMC Genomics, 2022, 23 (1), pp.9. ⟨10.1186/s12864-021-08228-3⟩
Journal articles hal-03519475v1
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Flesh quality recovery in female rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) after spawning

Yéléhi Diane Ahongo , Thierry Kerneis , Lionel Goardon , Laurent Labbé , Jérôme Bugeon
Aquaculture, 2021, 536, pp.1-12. ⟨10.1016/j.aquaculture.2020.736290⟩
Journal articles hal-03199614v1
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Genetic parameters and genome-wide association studies of quality traits characterised using imaging technologies in Rainbow trout, Oncorhynchus mykiss

Carole Blay , Pierrick Haffray , Jérôme Bugeon , Jonathan D’ambrosio , Nicolas Dechamp
Frontiers in Genetics, 2021, 12, pp.1-17. ⟨10.3389/fgene.2021.639223⟩
Journal articles hal-03154333v1

Loss of light colour preference after chronic embryonic stress in rainbow trout fry: a novel and potential indicator of fish welfare?

Violaine Colson , Vitor Hugo Bessa Ferreira , Ana Carolina Luchiari , Claudiane Valotaire , Frédéric Borel
Applied Animal Behaviour Science, 2021, 239, pp.105335. ⟨10.1016/j.applanim.2021.105335⟩
Journal articles hal-03207748v1
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Genetic architecture and genomic selection of fatty acid composition predicted by Raman spectroscopy in rainbow trout

Carole Blay , Pierrick Haffray , Jonathan D’ambrosio , Enora Prado , Nicolas Dechamp
BMC Genomics, 2021, 22 (1), pp.788. ⟨10.1186/s12864-021-08062-7⟩
Journal articles hal-03432316v1

VisEgg: a robust phenotyping tool to assess rainbow trout egg features and viability

Emilie Cardona , Jérôme Bugeon , Emilien Segret , Julien Bobe
Fish Physiology and Biochemistry, 2021, 47 (3), pp.671-679. ⟨10.1007/s10695-020-00844-2⟩
Journal articles hal-03020814v1

Genetic relationship between koi herpesvirus disease resistance and production traits inferred from sibling performance in Amur mirror carp

Jinfeng Zhao , Martin Prchal , Christos Palaiokostas , Ross D. Houston , Antti Kause
Aquaculture, 2020, 520, pp.1-6. ⟨10.1016/j.aquaculture.2020.734986⟩
Journal articles hal-02627286v1

C-ECi: a CUBIC-ECi combined clearing method for three-dimensional follicular content analysis in the fish ovary

Manon Lesage , Manon Thomas , Jérôme Bugeon , Adèle Branthonne , Stéphanie Gay
Biology of Reproduction, 2020, 103 (5), pp.1099-1109. ⟨10.1093/biolre/ioaa142⟩
Journal articles hal-02935099v1

Morphological predictors of slaughter yields using 3D digitizer and their use in a common carp breeding program

Martin Prchal , Martin Kocour , Marc Vandeputte , Antti Kause , Alain Vergnet
Aquaculture, 2020, 520, pp.1-9. ⟨10.1016/j.aquaculture.2020.734993⟩
Journal articles hal-02627292v1

Naa15 knockdown enhances c2c12 myoblast fusion and induces defects in zebrafish myotome morphogenesis

Olivier Monestier , Aurélie Landemaine , Jérôme Bugeon , Pierre-Yves Rescan , Jean-Charles Gabillard
Comparative Biochemistry and Physiology - Part B: Biochemistry and Molecular Biology, 2019, 228, pp.61-67. ⟨10.1016/j.cbpb.2018.11.005⟩
Journal articles hal-01961391v1

Positive impact of moderate food restriction on reproductive success of the rainbow trout Oncorhynchus mykiss

Emilie Cardona , Jérôme Bugeon , François Guivarc'H , Lionel Goardon , Stéphane Panserat
Aquaculture, 2019, 502, pp.280-288. ⟨10.1016/j.aquaculture.2018.12.057⟩
Journal articles hal-01974617v1
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First evidence of realized selection response on fillet yield in Rainbow trout Oncorhynchus mykiss, Using Sib selection or based on correlated ultrasound measurements

Marc Vandeputte , Jérôme Bugeon , Anastasia Bestin , Alexandre Desgranges , Jean-Michel Allamellou
Frontiers in Genetics, 2019, 10, pp.1-13. ⟨10.3389/fgene.2019.01225⟩
Journal articles hal-02627462v1
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Un outil au service de la standardisation des bases de données: les ontologies ATOL/EOL

Marie-Christine Meunier-Salaün , Jérôme Bugeon , Alice Fatet , Isabelle Hue , Catherine Hurtaud
Cahier des Techniques de l'INRA, 2018, 93, pp.1-7
Journal articles hal-02626650v1
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The genetics of overwintering performance in two-year old common carp and its relation to performance until market size

Martin Prchal , Antti Kause , Marc Vandeputte , David Gela , Jean-Michel Allamellou
PLoS ONE, 2018, 13 (5), pp.1-1. ⟨10.1371/journal.pone.0191624⟩
Journal articles hal-01810425v1
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MiR-202 controls female fecundity by regulating medaka oogenesis

Stéphanie Gay , Jérôme Bugeon , Amine Bouchareb , Laure Henry , Clara Delahaye
PLoS Genetics, 2018, 14 (9), pp.1-26. ⟨10.1371/journal.pgen.1007593⟩
Journal articles hal-01871468v1
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Histological, transcriptomic and in vitro analysis reveal an intrinsic activated state of myogenic precursors in hyperplasic muscle of trout

Sabrina Jagot , Nathalie Sabin , Aurélie Le Cam , Jérôme Bugeon , Pierre-Yves Rescan
BMC Genomics, 2018, 19 (1), pp.1-11. ⟨10.1186/s12864-018-5248-y⟩
Journal articles hal-01958288v1

Accuracy of BLUP breeding values in a factorial mating design with mixed families and marker-based parentage assignment in rainbow trout Oncorhynchus mykiss

Pierrick Haffray , Florian Enez , Jérôme Bugeon , Hervé Chapuis , Mathilde Dupont-Nivet
Aquaculture, 2018, 490, pp.350-354. ⟨10.1016/j.aquaculture.2018.03.003⟩
Journal articles hal-01764389v1
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Potential for genetic improvement of the main slaughter yields in Common Carp with in vivo morphological predictors

Martin Prchal , Jérôme Bugeon , Marc Vandeputte , Antti Kause , Alain Vergnet
Frontiers in Genetics, 2018, 9, pp.1-13. ⟨10.3389/fgene.2018.00283⟩
Journal articles hal-02625209v1

Investigation of morphological predictors of fillet and carcass yield in European sea bass (Dicentrarchus labrax) for application in selective breeding

Marc Vandeputte , Antonio Puledda , Anne Sophie Tyran , Anastasia Bestin , Céline Coulombet
Aquaculture, 2017, 470, pp.40-49. ⟨10.1016/j.aquaculture.2016.12.014⟩
Journal articles hal-01595276v1

Selection for stress responsiveness and slaughter stress affect flesh quality in pan-size rainbow trout, Oncorhynchus mykiss

Florence Lefèvre , Isabelle Cos , Tom G. Pottinger , Jérôme Bugeon
Aquaculture, 2016, 464, pp.654-664. ⟨10.1016/j.aquaculture.2016.07.039⟩
Journal articles hal-01351897v1
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How muscle structure and composition influence meat and flesh quality

Anne Listrat , Bénédicte Lebret , Isabelle Louveau , Thierry Astruc , Muriel Bonnet
The Scientific World Journal, 2016, 2016 (3182746), pp.1-14. ⟨10.1155/2016/3182746⟩
Journal articles hal-01285897v1
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Quelles exigences de qualités pour les poissons d'élevage et issus de la pêche ?

Florence Lefèvre , Jérôme Bugeon
INRA Productions Animales, 2015, 28 (2), pp.119-124. ⟨10.20870/productions-animales.2015.28.2.3019⟩
Journal articles hal-01225260v2
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Comment la structure et la composition du muscle déterminent la qualité des viandes ou chairs ?

Anne Listrat , Bénédicte Lebret , Isabelle Louveau , Thierry Astruc , Muriel Bonnet
INRA Productions Animales, 2015, 28 (2), pp.125-136. ⟨10.20870/productions-animales.2015.28.2.3020⟩
Journal articles hal-01211001v2

Selection for muscle fat content and triploidy affect flesh quality in pan-size rainbow trout, [i]Oncorhynchus mykiss[/i]

Florence Lefèvre , Mireille Cardinal , Jérôme Bugeon , Laurent Labbé , Françoise Médale
Aquaculture, 2015, 448, pp.569-577. ⟨10.1016/j.aquaculture.2015.06.029⟩
Journal articles hal-01194133v1
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Conception d'un système innovant de production de truites en eau recirculée

Laurent Labbé , Florence Lefèvre , Jérôme Bugeon , Alexis Fostier , M. Jamin
INRA Productions Animales, 2014, 27 (2), pp.135-146. ⟨10.20870/productions-animales.2014.27.2.3061⟩
Journal articles hal-01205090v1
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Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL

Pierre-Yves Le Bail , Jérôme Bugeon , Olivier Dameron , Alice Fatet , Wiktoria Golik
INRA Productions Animales, 2014, 27 (3), pp.195-208. ⟨10.20870/productions-animales.2014.27.3.3067⟩
Journal articles hal-01129862v1

Melanin-based coloration of sneaker male Atlantic salmon is linked to viability and emergence timing of their offspring

Lucas Marie-Orleach , Jean-Marc Roussel , Jérôme Bugeon , Julien Tremblay , Dominique D. Ombredane
Biological Journal of the Linnean Society, 2014, 111 (1), pp.126-135. ⟨10.1111/bij.12187⟩
Journal articles hal-02364738v1

Melanin-based coloration of sneaker male Atlantic salmon is linked to viability and emergence timing of their offspring

Lucas Marie-Orleach , Jean-Marc Roussel , Jérôme Bugeon , Julien Tremblay , Dominique Ombredane
Biological Journal of the Linnean Society, 2013, 111 (1), pp.126-135. ⟨10.1111/bij.12187⟩
Journal articles hal-04383054v1
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Characteristics and metabolism of different adipose tissues in fish

Claudine Weil , Florence Lefèvre , Jérôme Bugeon
Reviews in Fish Biology and Fisheries, 2013, 23, pp.157-173. ⟨10.1007/s11160-012-9288-0⟩
Journal articles hal-01205056v1

Rapid quantification of muscle fat content and subcutaneous adipose tissue in fish using MRI

Guylaine Collewet , Jérôme Bugeon , Jérôme Idier , Stéphane Quellec , Benjamin Quittet
Food Chemistry, 2013, 138 (2-3), pp.2008-2015. ⟨10.1016/j.foodchem.2012.09.131⟩
Journal articles hal-00945541v1
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Le TMA comme outil de mise au point des conditions de marquages immunohistologiques. Application à l’étude de la croissance musculaire de la truite arc-en-ciel

Jérôme Bugeon , Parfait Evouna Mengue , Claude Sevellec , Chantal Cauty
Revue Française d'Histotechnologie, 2013, 26 (1), pp.49-53
Journal articles hal-02643896v1

Myostatin induces atrophy of trout myotubes through inhibiting the TORC1 signaling and promoting ubiquitin-proteasome and autophagy-lysosome degradative pathways

Iban Seiliez , Gemael Cedrick Taty Taty , Jérôme Bugeon , Karine Dias , Nathalie Sabin
General and Comparative Endocrinology, 2013, 186, pp.9-15. ⟨10.1016/j.ygcen.2013.02.008⟩
Journal articles hal-01205067v1

Genetic parameters of in-vivo prediction of carcass, head and fillet yields by internal ultrasound and 2D external imagery in large rainbow trout

Pierrick Haffray , Jérôme Bugeon , Quentin Rivard , Benjamin Quittet , Sophie Puyo
Aquaculture, 2013, 410-411, pp.236-244. ⟨10.1016/j.aquaculture.2013.06.016⟩
Journal articles hal-00877146v1

Negative genetic correlations between production traits and head or bony tissues in large all-female rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)

Pierrick Haffray , Jérôme Bugeon , Cédric Pincent , Hervé Chapuis , Emmanuel Mazeiraud
Aquaculture, 2012, 368-369, pp.145-152. ⟨10.1016/j.aquaculture.2012.09.023⟩
Journal articles hal-01000352v1

Qualité de la chair de truites arc-en-ciel à bas ou haut rendement en filet

Jérôme Bugeon
Aquafilia, 2011, 42, pp.20
Journal articles hal-02642853v1

Flesh quality in large rainbow trout with high or low fillet yield

Jérôme Bugeon , Florence Lefèvre , Mireille Cardinal , Ayhan Uyanik , Armel Davenel
Journal of Muscle Foods, 2010, 21 (4), pp.702-721. ⟨10.1111/j.1745-4573.2010.00214.x⟩
Journal articles hal-01205020v1

Differentially expressed proteins in rainbow trout adipocytes isolated from visceral and subcutaneous tissues

Claudine Weil , Nathalie Sabin , Jérôme Bugeon , Gilles Paboeuf , Florence Lefèvre
Comparative Biochemistry and Physiology - Part D: Genomics and Proteomics, 2009, 4 (3), pp.235-241. ⟨10.1016/j.cbd.2009.05.002⟩
Journal articles hal-02668616v1

Rearing oxygen level and slaughter stress effects on rainbow trout flesh quality

Florence Lefèvre , Jérôme Bugeon , Benoît Aupérin , Joël Aubin
Aquaculture, 2008, 284, pp.81-89. ⟨10.1016/j.aquaculture.2008.07.017⟩
Journal articles hal-02668597v1

Biological basis of fish quality

Florence Lefèvre , Jérôme Bugeon
Sciences des aliments = Food science : an international journal of food science and technology, 2008, 28 (4-5), pp.365-377. ⟨10.3166/sda.28.365-377⟩
Journal articles hal-02658473v1

Effect of selection for muscle lipid content on body shape, fat deposition and dressing yields in rainbow trout

Edwige Quillet , Jérôme Bugeon , Sandrine Le Guillou , A. Davenel , G. Collewet
Aquaculture, 2007, 272 (Suppl. 1), pp.S3003
Journal articles hal-02590378v1

Moderate hypoxia or hyperoxia affect fillet yield and the proportion of red muscle in rainbow trout

Florence Lefèvre , Joël Aubin , Wilfried Louis , Laurent Labbé , Jérôme Bugeon
Cybium : Revue Internationale d’Ichtyologie, 2007, 31 (2), pp.237-243. ⟨10.26028/cybium/2007-312-018⟩
Journal articles hal-02661526v1

Effet du jeûne et de la réalimentation sur la texture de la chair de truite fario élevée en mer

Jérôme Bugeon
Aquafilia, 2006, 13, pp.21
Journal articles hal-02654128v1

Effet de l'exercice sur la texture des filets de truite Fario en croissance

Jérôme Bugeon
Aquafilia, 2004, 5, pp.14
Journal articles hal-02679745v1

Correlated changes in skeletal muscle connective tissue and flesh texture during starvation and re-feeding in brown trout (Salmo trutta) reared in seawater

Jérôme Bugeon , Florence Lefèvre , Benoit Fauconneau
Journal of the Science of Food and Agriculture, 2004, 84 (11), pp.1433-1441. ⟨10.1002/jsfa.1837⟩
Journal articles hal-02672247v1

Fillet texture and muscle structure in brown trout (Salmo trutta) subjected to long-term exercise

Jérôme Bugeon , Florence Lefèvre , Benoit Fauconneau
Aquaculture Research, 2003, 34 (14), pp.1287-1295. ⟨10.1046/j.1365-2109.2003.00938.x⟩
Journal articles hal-02672350v1

Caractérisation histologique du tissu conjonctif intramusculaire de truite.

Jérôme Bugeon , E. Veiseth , Richard Taylor , Florence Lefèvre , Benoit Fauconneau
Revue Française d'Histotechnologie, 1999, 12 (1), pp.71-80
Journal articles hal-02697882v1
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Quantitative analysis of asynchronous oogenesis dynamics in fish: Application of a modern 3D analysis approach to an old problem

Manon Lesage , Mak Sully , Jérôme Bugeon , Manon Thomas , Stéphanie Gay
12. International Symposium on Reproductive Physiology of Fish (ISRPF), May 2023, Chersonissos, Greece
Conference papers hal-04187726v1

Impact de la durée de mise au froid des œillés de truite arc-en-ciel (Projet FEAMP EpiCOOL)

Jérôme Bugeon , Lucie Marandel , Simon Pouil , Elodie Harte , Michaël Marchand
Journées techniques du SYSAAF, SYSAAF, Oct 2023, Rennes, France
Conference papers hal-04256478v1

Phenomic selection, an alternative to genomic selection in animal breeding?

Faten Jaouahdou , Florian Enez , Christophe Eklouh-Molinier , Jérôme Doerflinger , Guylaine Collewet
Workshop spectroscopie et microscopie du milieu marin, Feb 2023, Brest, France
Conference papers hal-04185933v1

Maîtrise du développement du muscle rouge chez la truite arc en ciel (Oncorhynchus mykiss)

Lucas Génevé , Aline Perquis , Jérôme Bugeon , Lionel Goardon , François Guyvarc'H
6èmes Journées Techniques Interfilières SYSAAF, SYSAAF, Oct 2023, Rennes, France
Conference papers hal-04240183v1
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Mise en application d'algorithmes open-source de Deep-Learning pour l'analyse d'images 3D d'ovaires de Médaka

Manon Lesage , Jérôme Bugeon , Manon Thomas , Thierry Pécot , Violette Thermes
11. Journées Scientifiques et Techniques du Réseau des Microscopistes INRAE, Nov 2022, Rennes, France
Conference papers hal-04046034v1

A comprehensive 3D approach to unravel follicular growth dynamics that governs fecundity in medaka fish (Oryzias latipes)

Manon Lesage , Jérôme Bugeon , Manon Thomas , Stéphanie Gay , Thierry Pécot
14. International Congress on the Biology of Fish, Jun 2022, Montpellier, France
Conference papers hal-03764407v1

Post larval red muscle growth in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)

Lucas Génevé , Jérôme Bugeon , Jean-Charles Gabillard
14. International Congress on the Biology of Fish (ICBF), Jun 2022, Montepellier, France
Conference papers hal-03776022v1

FEAMP Qualipostov : Optimisation des qualités de grande truite arc en ciel (Oncorhynchus mykiss) après ovulation

Thierry Kerneis , Jérôme Bugeon , Lionel Goardon , Yéléhi Diane Ahongo , Guillaume Brit
Journée PEIMA, Nov 2022, Sizun, France
Conference papers hal-04298568v1
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Caractérisation des tissus adipeux chez la truite arc-en-ciel par imagerie 3D

Isabelle Hue , Adèle Branthonne , Manon Lesage , Morgane Chesnais , Violette Thermes
11. Journées Scientifiques et Techniques du Réseau des Microscopistes de l'INRAE, Nov 2022, Rennes, France
Conference papers hal-04187040v1

Using 3D imaging to study ovarian development in Medaka

Manon Lesage , Manon Thomas , Jérôme Bugeon , Adèle Branthonne , Violette Thermes
12. Journées Scientifiques et Techniques du Rµi, Nov 2022, Rennes, France
Conference papers hal-03892521v1
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Implementation of genomic selection on production and quality traits and linkage disequilibrium in Crassostrea gigas

Antoine Jourdan , Pierre Boudry , Florian Enez , Pierrick Haffray , F Chenier
12. World congress on genetics applied to livestock production (WCGALP), Jul 2022, Rotterdam, Netherlands. ⟨10.3920/978-90-8686-940-4_567⟩
Conference papers hal-04013016v1

Dynamique des cellules satellites Pax7+ chez la truite arc en ciel

Cécile Ralliere , Sabrina Jagot , Nathalie Sabin , Jérôme Bugeon , Jean-Charles Gabillard
StemPHASE, Jun 2022, Rennes, France
Conference papers hal-03776041v1

Restauration post-ponte des qualités chez la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) : synthèse des résultats du projet Feamp QualiPostOv

Thierry Kerneis , Jérôme Bugeon , Lionel Goardon , Yéléhi Diane Ahongo , Guillaume Brit
7. Journées de la Recherche Piscicole, Jul 2022, Paris, France
Conference papers hal-04296533v1

Croissance du muscle rouge et relation avec la capacité de nage chez la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss)

Lucas Génevé , Jérôme Bugeon , François Guyvarc'H , Lionel Goardon , Laurent Labbé
7. Journées de la Recherche Piscicole, ITAVI, Jul 2022, Paris, France
Conference papers hal-03776035v1

Phenomic selection, an alternative to genomic selection in animal breeding?

Faten Jaouahdou , Florian Enez , Christophe Eklouh-Molinier , Jérôme Doerflinger , Guylaine Collewet
International Symposium on Genetics in Aquaculture XIV, Nov 2022, Puerto Varas, Chile
Conference papers hal-04185835v1
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Utilisation d’outils d’intelligence artificielle pour la segmentation d’images 3D d’ovaire de poisson

Manon Lesage , Jérôme Bugeon , Manon Thomas , Violette Thermes
17. Colloque de la Société Française de Microscopies, Jul 2021, Reims, France
Conference papers hal-03299572v1

Les ontologies et leurs applications

Jérôme Bugeon , Catherine Hurtaud , Pierre-Yves Le Bail , Linh-Chi Nguyen , Marie-Christine Meunier-Salaün
Séminaire à l'UMR1348 PEGASE Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage, Sep 2020, Saint-Gilles, France
Conference papers hal-03198080v1

The relationship between koi herpesvirus disease resistance and other production traits inferred from sibling performance in amur mirror carp

Jinfeng Zhao , Martin Prchal , Christos Palaiokostas , Ross D. Houston , Antti Kause
Aquaculture Europe 2019, European Aquaculture Society (EAS). BEL., Oct 2019, Berlin, Germany
Conference papers hal-02317166v1

VisEgg: an automatic phenotyping tool to assess rainbow trout unfertilized egg viability

Emilie Cardona , Jérôme Bugeon , Emilien Segret , Julien Bobe
7. International Workshop on the Biology of Fish Gametes, Sep 2019, Rennes, France. pp.68-68
Conference papers hal-02282238v1
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Restauration de la qualité de la chair chez la truite arc-en-ciel femelle (Oncorhynchus mykiss) après la production d'oeufs

Yéléhi Diane Ahongo , Thierry Kerneis , Lionel Goardon , Laurent Labbé , Jérôme Bugeon
Journées Scientifiques de Ecole Doctorale Ecologie Géosciences Agronomie Alimentation (ED EGAAL), Université Bretagne Loire (COMUE) (UBL). FRA., Jul 2019, Rennes, France. pp.91
Conference papers hal-02187455v1

Restauration de la qualité de la chair chez la truite arc-en-ciel femelle (Oncorhynchus mykiss) après la production d’œufs

Yéléhi Diane Ahongo , Thierry Kerneis , Lionel Goardon , Laurent Labbé , Jérôme Bugeon
6. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., Jul 2019, Paris, France
Conference papers hal-02184246v1

Impact positif d’une restriction alimentaire modérée sur les performances de reproduction de la truite arc en ciel Oncorhynchus mykiss

Emilie Cardona , Jérôme Bugeon , François Guivarc'H , Lionel Goardon , Stéphane Panserat
6. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., Jul 2019, Paris, France
Conference papers hal-02182571v1

Réponse à la sélection sur le rendement de filet chez la truite arc-en-ciel

Marc Vandeputte , Jérôme Bugeon , Anastasia Bestin , Alexandre Desgranges , Jean-Michel Allamelou
6. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., Jul 2019, Paris, France
Conference papers hal-02734410v1

Morphological predictors of slaughter yields using 3D digitizer and their utilization in common carp breeding program

Martin Prchal , Jérôme Bugeon , Marc Vandeputte , A. Kause , Alain Vergnet
Aquaculture Europe 2019, European Aquaculture Society (EAS). BEL., Oct 2019, Berlin, Germany
Conference papers hal-02317178v1

Comment mesurer la composition corporelle des animaux avec des méthodes non invasives ?

Jérôme Bugeon , Guylaine Collewet , Philippe Faverdin , Pascal Froment , Yannick Le Cozler
Séminaire Défis Scientifiques du Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage, Nov 2019, Rennes, France. pp.71
Conference papers hal-02737513v1

Successful realized selection response for fillet yield in rainbow trout Oncorhynchus mykiss

Marc Vandeputte , Jérôme Bugeon , Anastasia Bestin , Alexandre Desgranges , Sébastien Courant
World Aquaculture 2018, European Aquaculture Society (EAS)., Aug 2019, Montpellier, France
Conference papers hal-02264916v1

Flesh quality recovery in female rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) after egg production

Yéléhi Diane Ahongo , Thierry Kerneis , Lionel Goardon , Laurent Labbé , Jérôme Bugeon
Aquaculture Europe 2019, European Aquaculture Society (EAS). BEL., Oct 2019, Berlin, Germany
Conference papers hal-02284506v1

Potential for genetic improvement of the main slaughter yields in common carp with in vivo morphological predictors

Martin Prchal , Jérôme Bugeon , Marc Vandeputte , Antti Kause , Alain Vergnet
World Aquaculture 2018, European Aquaculture Society (EAS)., Aug 2018, Montpellier, France. 848 p
Conference papers hal-02012648v1

Modélisation de la croissance de la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) en élevage

Jérôme Bugeon , Fabrice Mahé
Journée Mathématiques et Agronomie, Agence Lebesgue., Nov 2018, Saint-Gilles, France
Conference papers hal-02787517v1

Mixed-family estimation of genetic parameters of growth, morphologic, immune and behavioral traits in the european abalone Haliotis tuberculata

S. Lachambre , Sabine Roussel , S. Huchette , K. Chenevert , Christophe Lambert
World Aquaculture 2018, European Aquaculture Society (EAS)., Aug 2018, Montpellier, France. pp.111
Conference papers hal-02011386v1
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Histological, transcriptomic and in vitro analysis reveals an intrinsic activated state of myogenic precursors in hyperplastic muscle of trout

Sabrina Jagot , Nathalie Sabin , Aurélie Le Cam , Jérôme Bugeon , Pierre-Yves Rescan
5. International Symposium on Genomics in Aquaculture, Mar 2018, Albufeira, Portugal. 62 p
Conference papers hal-02738246v1

L'analyse histologique, transcriptomique et in vitro révèlent un état activé des précurseurs myogéniques du muscle hyperplasique de la truite

Sabrina Jagot , Nathalie Sabin , Aurélie Le Cam , Jérôme Bugeon , Pierre-Yves Rescan
Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2018), Apr 2018, Rennes, France
Conference papers hal-01769295v1
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A first demonstration of realized selection response for fillet yield in fish, in rainbow trout oncorhynchus mykiss

Marc Vandeputte , Jérôme Bugeon , Anastasia Bestin , Alexandre Desgranges , Sebastien Courant
13. International Symposium for Genetics in Aquaculture (ISGA XIII), Jul 2018, Cairns, Australia
Conference papers hal-02264933v1

MiR-202 knock-out in medaka drastically impairs female fertility

Stéphanie Gay , Jérôme Bugeon , Amine Bouchareb , Laure Henry , Julien Bobe
10. European Zebrafish Meeting, Jul 2017, Budapest, Hungary
Conference papers hal-01603044v1

Visegg, pour le phénotypage haut-débit des caractères de qualité des ovocytes et des œufs

Jérôme Bugeon
27. Journées techniques de la section aquacole du SYSAAF, Dec 2017, Rennes, France
Conference papers hal-02789810v1
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The INRA team « Growth and Flesh Quality » : From study of muscle tissues to flesh quality determinisms in fish

Jérôme Bugeon , Jean-Charles Gabillard , Sabrina Jagot , Véronique Lebret , Florence Lefèvre
Importance of prenatal nutrition and environment on birth weight, muscle growth, health and survival of the neonate, Teagasc Agriculture and Food Development Authority (Teagasc). IRL., May 2017, Cork, Ireland
Conference papers hal-01607717v1

Mir-202 knock-out in medaka drastically impairs female fertility

Stéphanie Gay , Jérôme Bugeon , Amine Bouchareb , Laure Henry , Julien Bobe
2. Journées scientifiques GDR 3606 REPRO : ReproSciences 2017, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). FRA., Apr 2017, Tours, France
Conference papers hal-01594638v1
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Peut-on sélectionner sur le rendement de filet chez les poissons ? (et chez le bar en particulier)

Marc Vandeputte , Clémence Fraslin , Jérôme Bugeon , François Allal , Antonio Puledda
Journée du SFAMN (Syndicat Français de l'Aquaculture Marine et Nouvelle), Mar 2017, Montpellier, France
Conference papers hal-03155369v1

Utilisation d'imagerie et d'ultrasons pour l'amélioration du rendement en chair par sélection génétique de la daurade

Dofungo Ouatarra , Anastasia Bestin , Pierrick Haffray , Florian Enez , Sophie Cariou
5. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., Jul 2016, Paris, France. pp.30
Conference papers hal-02741919v1

Qualité de la chair des lignées de truite arc-en-ciel après sept générations de sélection sur la teneur en lipides musculaires

Florence Lefèvre , Jérôme Bugeon , Lionel Goardon , Thierry Kerneis , Laurent Labbé
Viandes et Produits Carnés, 2016, Paris, FRA, Région indéterminée. pp.37-38
Conference papers hal-02139701v1

Genetic parameters of indirect predictors of gutted and fillet yields in the gilthead sea bream Sparus aurata in using 2D camera, 3D digitizer and ultrasound technologies

Pierrick Haffray , Dofungo Ouatarra , Sophie Cariou , Jean-Sébastien Bruant , Frederic Ventre
Aquaculture Europe 2016, Sep 2016, Edinburgh, United Kingdom. 1146 p
Conference papers hal-02741462v1

Prédicteurs morphologiques du rendement chez le bar: projet BAR3

Marc Vandeputte , Antonio Puledda , Anne Sophie Tyran , Anastasia Bestin , Céline Coulombet
Journée Technique Piscicole du Sysaaf, Feb 2016, Paris, France
Conference papers hal-02800398v1

Résistance génétique à l'entérite chez la truite ? Interaction avec la flavobactériose et les caractères de production

Anne-Sophie Tyran , Alexandre Desgranges , Anastasia Bestin , Florian Enez , François Allal
5. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., Jul 2016, Paris, France
Conference papers hal-02743196v1

Qualité de la chair des lignées de truite arc-en-ciel après sept générations de sélection sur la teneur en lipides musculaires

Florence Lefèvre , Jérôme Bugeon , Lionel Goardon , Thierry Kerneis , Laurent Labbé
16. Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes, Nov 2016, Paris, France. 191 p
Conference papers hal-02742966v1
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Can selective breeding for growth or fillet yield decrease environmental impact of fish farming? a gilthead sea bream (Sparus aurata) case study

Pierrick Haffray , Ivonne Acosta Alba , Sophie Cariou , J.S. Bruant , Jérôme Bugeon
12. International Symposium on Genetics in Aquaculture, Jun 2015, Santiago de Compostela, Spain
Conference papers hal-01194132v1

Les lignées isogéniques : un modèle d'étude des déterminants de la qualité chez la truite arc-en-ciel

Florence Lefèvre , Thierry Kerneis , Mathilde Dupont-Nivet , Adeline Jouquan , Véronique Lebret
Journée PEIMA (Pisciculture Expérimentale INRA des Monts d'Arrée), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UE Pisciculture Expérimentale INRA des Monts d'Arrée (0937)., Jan 2015, Sizun, France
Conference papers hal-01194069v1

De la truite fumée à la PEIMA : les caractéristiques initiales du poisson impactent-elles la qualité du produit transformé

Florence Lefèvre , François Guyvarc'H , Thierry Kerneis , Véronique Lebret , Jérôme Bugeon
Journée PEIMA (Pisciculture Expérimentale INRA des Monts d'Arrée), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UE Pisciculture Expérimentale INRA des Monts d'Arrée (0937)., Jan 2015, Sizun, France
Conference papers hal-02798625v1
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Typologie des phénotypes nutritionnels chez les poissons d'élevage : constitution d'une base de méta-données

Benoit Fauconneau , Fabrice Teletchea , Mathieu Andro , Claudine Mader , Pierre-Yves Le Bail
4. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., Jul 2014, Paris, France
Conference papers hal-02743777v1
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Qualité des produits de truites de grande taille élevées en circuit recirculé ou ouvert : conséquences d'un stress à l'abattage

Florence Lefèvre , Matthieu Gaumé , Laurent Labbé , Violaine Colson , Claudiane Valotaire
4. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., Jul 2014, Paris, France
Conference papers hal-02743793v1

Les lignées isogéniques : un modèle d'étude de la qualité chez la truite arc-en-ciel

Florence Lefèvre , Thierry Kerneis , Mathilde Dupont-Nivet , Adeline Jouquan , Véronique Lebret
15. Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). FRA., Nov 2014, Clermont-Ferrand, France
Conference papers hal-01193990v1
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Les ontologies ATOL et EOL, des outils en appui aux nouveaux challenges en production porcine

Marie-Christine Meunier-Salaün , Jérôme Bugeon , Olivier Dameron , Alice Fatet , Isabelle Hue
46. Journées de la Recherche Porcine, Feb 2014, Paris, France. pp.281-285
Conference papers hal-01019239v1

Genetic parameters of lipids heterogeneity estimated by direct (MRI) or indirect (artificial vision, Fat Meter) technologies in the fillet of large rainbow trout

Pierrick Haffray , Antoine Chevrel , Benjamin Quittet , F. Cachelou , G. Collewet
Aquaculture conference, Oct 2013, Gran Canaria, Spain
Conference papers hal-02598817v1

Myostatin induces atrophy of trout myotubes through inhibiting the TORC1 signaling and promoting ubiquitin-proteasome and autophagy-lysosome degradative pathways

Iban Seiliez , Gemael Cedrick Taty Taty , Jérôme Bugeon , Karine Dias , Nathalie Sabin
17. International Congress of Comparative Endocrinology, Jul 2013, Barcelone, Spain
Conference papers hal-02745613v1

EOL: a new ontology for livestock system and rearing conditions

Léa Joret , Jérôme Bugeon , Joël Aubin , J.P. Blancheton , Mélynda Hassouna
64. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2013, Nantes, France. 660 p
Conference papers hal-02745982v1

Ontology dedicated to livestock traits: growth and meat products quality as an example

Jérôme Bugeon , Elisabeth Baéza , Jean-Paul Brun , Isabelle Cassar-Malek , Arnaud Chatonnet
15. European Symposium on the Quality of Eggs and Egg Products. 21. European Symposium on the Quality of Poultry Meat, Università degli studi di Milano [Milano]. Milan, ITA., Sep 2013, Bergamo, Italy
Conference papers hal-01190568v1

Definition of common standards, protocols and ontology

Pierre-Yves Le Bail , Jérôme Bugeon , Léa Joret
AquaExcel Annual Meeting 2013, European Commission., Apr 2013, Bruxelles, Belgium
Conference papers hal-02805609v1
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ATOL and EOL ontologies, steps towards embryonic phenotypes shared worldwide?

Isabelle Hue , Jérôme Bugeon , Olivier Dameron , Alice Fatet , Catherine Hurtaud
4. Mammalian Embryo Genomics Meeting, Université Laval. CAN., Oct 2013, Hilton Quebec City, Canada. 102 p., ⟨10.1016/j.anireprosci.2014.06.013⟩
Conference papers hal-01205091v1

FILD'OR : Amélioration des programmes de sélection sur la croissance et la qualité chez la daurade

Pierrick Haffray , Edwige Quillet , Cédric C. Pincent , E. E. Servan , Sophie S. Cariou
Journées du SFAM, Mar 2012, Montpellier, France
Conference papers hal-01000630v1

Environmental consequences of genetic improvement by selective breeding: a gilthead sea bream aquaculture case study

Joël Aubin , Ivonne I. Acosta Alba , Pierrick Haffray , Jérôme Bugeon , Marc Vandeputte
8. International Conference on LCA in the Agri-Food Sector, Oct 2012, Saint-Malo, France. pp.694
Conference papers hal-01000950v1

Selecting for processing yields: genetic parameters of non lethal indirect criteria in rainbow trout Oncorhynchus mykiss

Pierrick Haffray , Jérôme Bugeon , Quentin Rivard , Benjamin Quittet , Marc Vandeputte
11. International Symposium on Genetics in Aquaculture, Auburn University. USA., Jun 2012, Auburn, United States. pp.37
Conference papers hal-01019822v1

Fild'Or : Bases génétiques pour l'amélioration de la qualité de la daurade royale d'élevage Sparus aurata

Pierrick Haffray , Benjamin Quittet , Cédric Pincent , Elodie Servan , Sophie Cariou
3. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Jul 2012, Paris, France
Conference papers hal-01191204v1

Genetic parameters of rainbow trout flesh texture

Mathilde Dupont-Nivet , Jérôme Bugeon , Richard Le Boucher , Gilles Paboeuf , Jean Michel Allamellou
Aqua 2012, European Aquaculture Society (EAS). BEL., Sep 2012, Prague, Czech Republic
Conference papers hal-02745494v1
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ATOL: The Multi-species Livestock Trait Ontology

Wiktoria Golik , Olivier Dameron , Jérôme Bugeon , Alice Fatet , Isabelle Hue
6. Research Conference, MTSR, Nov 2012, Cadiz, Spain. pp.289-300, ⟨10.1007/978-3-642-35233-1_28⟩
Conference papers hal-01191279v1

"Qualitytruite" : l'IRM comme méthode de quantification rapide du gras intramusculaire et du tissu adipeux sous cutané des darnes de truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss)

Guylaine G. Collewet , Jérôme Bugeon , Jérôme J. Idier , Stéphane S. Quellec , Benjamin Quittet
3. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Jul 2012, Paris, France. pp.83
Conference papers hal-01000325v1

Quelles conséquences environnementales des objectifs de sélection génétique des poissons : le cas de la daurade. Programme Fild'Or

Joël Aubin , Ivonne Acosta Alba , Sophie Cariou , Benjamin Quittet , Pierrick Haffray
3. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Jul 2012, Paris, France. pp.97
Conference papers hal-01019438v1
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Atol : une ontologie dédiée aux traits des animaux d'élevage, un exemple sur le thème de la croissance et de la qualité de la viande

Jérôme Bugeon , Elisabeth Baéza , Jean-Paul J.-P. Brun , Isabelle Cassar-Malek , Arnaud Chatonnet
14. Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes, Nov 2012, Caen, France. pp.151-152
Conference papers hal-01001254v1

Remplacement des matières premières de l'aliment : conséquences sur la qualité de la chair de truite et de bar

Florence Lefèvre , Jérôme Bugeon , Mathilde Dupont-Nivet , Françoise Médale , Laurent Labbé
3. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Jul 2012, Paris, France
Conference papers hal-01191201v1

Definition of common standards, protocols and ontology

Pierre-Yves Le Bail , Jérôme Bugeon , Léa Joret
AquaExcel Annual Meeting 2012, European Commission., Feb 2012, Las Palmas, Spain
Conference papers hal-02805232v1

Origine des matières premières de l'aliment : conséquences sur la qualité des chairs de truite et de bar

Florence Lefèvre , Jérôme Bugeon , Mathilde Dupont-Nivet , Françoise Médale , Laurent Labbé
14. Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes, Institut de l'Elevage (IDELE). FRA., Nov 2012, Caen, France
Conference papers hal-01190249v1

Reprint of: Genetic parameters of in-vivo prediction of carcass, head and fillet yields by internal ultrasound and 2D external imagery in large rainbow trout [i](Oncorhynchus mykiss)[/i]

Pierrick Haffray , Jérôme Bugeon , Quentin Rivard , Benjamin Quittet ,