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Julien Papaïx

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Cucumber mosaic virus degrades pepper fruit production, marketability and organoleptic quality, with isolate‐specific effects

Elise Lepage , Marion Szadkowski , Grégory Girardot , Michel Pascal , Paul Dumeaux et al.
Plant Pathology, In press, ⟨10.1111/ppa.14086⟩
Article dans une revue hal-05002560 v1
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Hierarchizing multi-scale environmental effects on agricultural pest population dynamics: a case study on the annual onset of Bactrocera dorsalis population growth in Senegalese orchards

Cécile Caumette , Paterne Diatta , Sylvain Piry , Marie-Pierre Chapuis , Emile Faye et al.
Peer Community Journal, 2024, 4, pp.e65. ⟨10.24072/pcjournal.438⟩
Article dans une revue hal-04655362 v1
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Towards pesticide-sparing agricultural mosaics: from modelling to regional consultation for the deployment of resistant grape cultivars

Frédéric Fabre , Anne-Sophie Miclot , Loup Rimbaud , Marta Zaffaroni , Julien Papaïx et al.
Innovations Agronomiques, 2024, 96, pp.55-69. ⟨10.17180/ciag-2024-Vol96-art04-GB⟩
Article dans une revue hal-04811507 v1

Statistical inference for random T-tessellations models. Application to agricultural landscape modeling

Katarzyna Adamczyk-Chauvat , Mouna Kassa , Julien Papaïx , Kiên Kiêu , Radu S. Stoica
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, 2024, 76, pp.447-479. ⟨10.1007/s10463-023-00893-3⟩
Article dans une revue hal-04536390 v1
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Vers des mosaïques agricoles économes en pesticides : de la modélisation à la concertation territoriale pour le déploiement des cépages résistants

Frédéric Fabre , Anne-Sophie Miclot , Loup Rimbaud , Marta Zaffaroni , Julien Papaïx et al.
Innovations Agronomiques, 2024, 96, pp.58-73. ⟨10.17180/ciag-2024-vol96-art05⟩
Article dans une revue hal-04728109 v1

Polymorphic population expansion velocity in a heterogeneous environment

Lionel Roques , Nathanaël Boutillon , Patrizia Zamberletti , Julien Papaïx
Journal of Theoretical Biology, 2024, 595, pp.111932. ⟨10.1016/j.jtbi.2024.111932⟩
Article dans une revue hal-04769029 v1
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Effects of pathogen reproduction system on the evolutionary and epidemiological control provided by deployment strategies for two major resistance genes in agricultural landscapes

Marta Zaffaroni , Loup Rimbaud , Jean‐françois Rey , Julien Papaïx , Frédéric Fabre
Evolutionary Applications, 2024, 17 (1), pp.e13627. ⟨10.1111/eva.13627⟩
Article dans une revue hal-03984706 v2

Combining single-gene-resistant and pyramided cultivars of perennial crops in agricultural landscapes compromises pyramiding benefits in most production situations

Marta Zaffaroni , Julien Papaïx , Abebayehu Geffersa , Jean-François Rey , Loup Rimbaud et al.
Phytopathology, 2024, 114 (10), pp.2310-2321. ⟨10.1094/PHYTO-02-24-0075-R⟩
Article dans une revue hal-04655429 v1
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Building integrated plant health surveillance: a proactive research agenda for anticipating and mitigating disease and pest emergence

S. Soubeyrand , Arnaud Estoup , Astrid Cruaud , Sylvie Malembic-Maher , Christine Meynard et al.
CABI Agriculture and Bioscience, 2024, 5, pp.72. ⟨10.1186/s43170-024-00273-8⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-04672656 v1
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Durable resistance or efficient disease control? Adult Plant Resistance (APR) at the heart of the dilemma

Loup Rimbaud , Julien Papaïx , Jean-François Rey , Benoît Moury , Luke G Barrett et al.
Peer Community Journal, 2023, 3, pp.e43. ⟨10.24072/pcjournal.271⟩
Article dans une revue hal-04096099 v1

Dynamics of Aedes albopictus invasion insights from a spatio-temporal model

L. Roques , Thomas Boivin , J. Papaïx , Samuel Soubeyrand , O. Bonnefon
Biological Invasions, 2023, ⟨10.1007/s10530-023-03062-y⟩
Article dans une revue hal-04112753 v1

Trait‐environment associations diverge between native and alien breeding bird assemblages on the world's oceanic islands

Charlotte Rault , Fabien Leprieur , Luc Barbaro , Holger Kreft , Nicolas Mouquet et al.
Global Ecology and Biogeography, 2023, 32 (10), pp.1773-1789. ⟨10.1111/geb.13729⟩
Article dans une revue hal-04165221 v1
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Implications of dispersal in Atlantic salmon: lessons from a demo-genetic agent-based model

Amaïa Lamarins , Floren Hugon , Cyril Piou , Julien Papaïx , Etienne Prévost et al.
Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences, 2022, 79 (12), pp.2025-2042. ⟨10.1139/cjfas-2021-0342⟩
Article dans une revue hal-03810521 v1
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Understanding complex spatial dynamics from mechanistic models through spatio‐temporal point processes

Patrizia Zamberletti , Julien Papaïx , Edith Gabriel , Thomas Opitz
Ecography, 2022, 2022 (5), pp.e05956. ⟨10.1111/ecog.05956⟩
Article dans une revue hal-03775577 v1
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Pesticide use in vineyards is affected by semi-natural habitats and organic farming share in the landscape

Lucas Etienne , Pierre P. Franck , Claire Lavigne , Julien Papaïx , Pauline Tolle et al.
Agriculture, Ecosystems & Environment, 2022, 333, pp.1-11. ⟨10.1016/j.agee.2022.107967⟩
Article dans une revue hal-03699129 v1

The Dark Side of Shade: How Microclimates Drive the Epidemiological Mechanisms of Coffee Berry Disease

Natacha Motisi , Julien Papaïx , Sylvain Poggi
Phytopathology, 2022, 112 (6), pp.1235-1243. ⟨10.1094/phyto-06-21-0247-r⟩
Article dans une revue hal-03696612 v1

Contribution of the life‐history traits of a plant pathogen to the development of field epidemics

Gustavo Azzimonti , Julien Papaïx , Christian Lannou , Henriette Goyeau
Plant Pathology, 2022, ⟨10.1111/ppa.13567⟩
Article dans une revue hal-03654949 v1

Metapopulation Structure Predicts Population Dynamics in the Cakile maritima – Alternaria brassicicola Host-Pathogen Interaction

Julien Papaïx , Jeremy Burdon , Emily Walker , Luke Barrett , Peter Thrall
The American Naturalist, 2021, 197 (2), pp.E55-E71. ⟨10.1086/712248⟩
Article dans une revue hal-03313842 v1

Markov random field models for vector-based representations of landscapes

Patrizia Zamberletti , Julien Papaïx , Edith Gabriel , Thomas Opitz
Annals of Applied Statistics, 2021, 15 (4), ⟨10.1214/21-AOAS1447⟩
Article dans une revue hal-03766935 v1
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Emerging strains of watermelon mosaic virus in Southeastern France: model-based estimation of the dates and places of introduction

Lionel Roques , Cecile Desbiez , Karine Berthier , Samuel Soubeyrand , Emily Walker et al.
Scientific Reports, 2021, 11, pp.7058. ⟨10.1038/s41598-021-86314-y⟩
Article dans une revue hal-03197633 v1
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More pests but less pesticide applications: Ambivalent effect of landscape complexity on conservation biological control

Patrizia Zamberletti , Khadija Sabir , Thomas Opitz , Olivier Bonnefon , Edith Gabriel et al.
PLoS Computational Biology, 2021, 17 (11), pp.e1009559. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009559⟩
Article dans une revue hal-03769155 v1
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Models of plant resistance deployment

Loup Rimbaud , Frédéric Fabre , Julien Papaïx , Benoît Moury , Christian Lannou et al.
Annual Review of Phytopathology, 2021, 59, pp.125-152. ⟨10.1146/annurev-phyto-020620-122134⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-03220213 v1
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Land Use Changes Threaten Bird Taxonomic and Functional Diversity Across the Mediterranean Basin: A Spatial Analysis to Prioritize Monitoring for Conservation

Johanna Fusco , Emily Walker , Julien Papaïx , Marta Debolini , Alberte Bondeau et al.
Frontiers in Ecology and Evolution, 2021, 9, ⟨10.3389/fevo.2021.612356⟩
Article dans une revue hal-03209442 v1
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How can models foster the transition towards future agricultural landscapes?

Sylvain Poggi , Fabrice Vinatier , Mourad Hannachi , Esther Sanz Sanz , Gabrielle Rudi et al.
Advances in Ecological Research, 2021, The future of agricultural landscapes, 64 (2), pp.305-368. ⟨10.1016/bs.aecr.2020.11.004⟩
Article dans une revue hal-03134671 v1

Impact of Lockdown on the Epidemic Dynamics of COVID-19 in France

Lionel Roques , Etienne Klein , Julien Papaïx , Antoine Sar , Samuel Soubeyrand
Frontiers in Medicine, 2020, 7, ⟨10.3389/fmed.2020.00274⟩
Article dans une revue hal-03165723 v1
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Evaluating the link between predation and pest control services in the mite world

Lise Roy , Adrien Taudière , Julien Papaïx , Rumsaïs Blatrix , Geoffrey Chiron et al.
Ecology and Evolution, 2020, 10 (18), pp.9968-9980. ⟨10.1002/ece3.6655⟩
Article dans une revue hal-02985127 v1
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Using early data to estimate the actual infection fatality ratio from COVID-19 in France

Lionel Roques , Etienne K. Klein , Julien Papaïx , Antoine Sar , Samuel Soubeyrand
Biology, 2020, 9 (5), pp.97. ⟨10.3390/biology9050097⟩
Article dans une revue hal-02514569 v3

Estimating population dynamics parameters of cabbage pests in temperate mixed apple tree-cabbage plots compared to control vegetable plots

Camille Imbert , Julien Papaïx , Léa Husson , François Warlop , Claire Lavigne
Crop Protection, 2020, 129, ⟨10.1016/j.cropro.2019.105037⟩
Article dans une revue hal-02624154 v1
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A mechanistic–statistical species distribution model to explain and forecast wolf (Canis lupus) colonization in South-Eastern France

Julie Louvrier , Julien Papaïx , Christophe Duchamp , Olivier Gimenez
Spatial Statistics, 2020, 36, pp.100428. ⟨10.1016/j.spasta.2020.100428⟩
Article dans une revue hal-04650521 v1
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Pests, but not predators, increase in mixed fruit tree–vegetable plots compared to control vegetable plots in a Mediterranean climate

Camille Imbert , Julien Papaix , Léa Husson , François Warlop , Claire Lavigne
Agroforestry Systems, 2020, 94, pp.627-638. ⟨10.1007/s10457-019-00430-3⟩
Article dans une revue hal-02622820 v1
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Interspecific variations in shorebird responses to management practices on protected Mediterranean saltpans

Jean-Yves Barnagaud , Julien Papaix , Aurélien Audevard , Matthieu Lascève , Stanislas Wroza et al.
Biological Conservation, 2019, 237, pp.470-479. ⟨10.1016/j.biocon.2019.07.035⟩
Article dans une revue hal-02625913 v1
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When sinks become sources: Adaptive colonization in asexuals

Guillaume Martin , Y. Anciaux , J. Papaïx , L. Roques , Florian Lavigne
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2019, ⟨10.1111/evo.13848⟩
Article dans une revue hal-02352374 v1
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Assessing the durability and efficiency of landscape-based strategies to deploy plant resistance to pathogens

Loup Rimbaud , Julien Papaix , Jean-François Rey , Luke G. Barrett , Peter H. Thrall
PLoS Computational Biology, 2018, 14 (4), pp.e1006067. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006067⟩
Article dans une revue hal-02629098 v1
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Differential impact of landscape-scale strategies for crop cultivar deployment on disease dynamics, resistance durability and long-term evolutionary control

Julien Papaix , Loup Rimbaud , Jeremy J. Burdon , Jiasui Zhan , Peter H. Thrall
Evolutionary Applications, 2018, 11 (5), pp.705 - 717. ⟨10.1111/eva.12570⟩
Article dans une revue hal-02623376 v1

Issues and challenges in landscape models for agriculture: from the representation of agroecosystems to the design of management strategies

Sylvain Poggi , Julien Papaix , Claire Lavigne , Frédérique Angevin , Florence Le Ber et al.
Landscape Ecology, 2018, 33 (10), pp.1679-1690. ⟨10.1007/s10980-018-0699-8⟩
Article dans une revue hal-02567492 v1

Mosaics, mixtures, rotations or pyramiding: What is the optimal strategy to deploy major gene resistance?

Loup Rimbaud , Julien Papaix , Luke G. Barrett , Jeremy J. Burdon , Peter H. Thrall
Evolutionary Applications, 2018, 11 (10), pp.1791-1810. ⟨10.1111/eva.12681⟩
Article dans une revue hal-02627922 v1
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Bayesian inferences of arthropod movements between hedgerows and orchards

Manon Lefebvre , Julien Papaix , Grégory Mollot , Pauline Deschodt , Claire Lavigne et al.
Basic and Applied Ecology, 2017, 21, pp.76 - 84. ⟨10.1016/j.baae.2017.05.002⟩
Article dans une revue hal-01607452 v1
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Adaptive diversification in heterogeneous environments

Olivier David , Christian Lannou , Herve Monod , Julien Papaix , Djidi Traore
Theoretical Population Biology, 2017, 114, pp.1-9. ⟨10.1016/j.tpb.2016.11.003⟩
Article dans une revue hal-01508877 v1

Utiliser les principes éco-évolutifs pour définir des stratégies de gestion territoriale des résistances variétales

Julien Papaix , Christian Lannou
Sélectionneur Français, 2017, in press
Article dans une revue hal-01606411 v1
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Mapping Averaged Pairwise Information (MAPI): a new exploratory tool to uncover spatial structure.

Sylvain S. Piry , Marie Pierre Chapuis , Bertrand Gauffre , Julien Papaïx , Astrid Cruaud et al.
Methods in Ecology and Evolution, 2016, 7 (12), pp.1463-1475. ⟨10.1111/2041-210X.12616⟩
Article dans une revue hal-01506806 v1

Addressing the Challenges of Pathogen Evolution on the World’s Arable Crops

Jeremy J. Burdon , Jiasui Zhan , Luke G. Barrett , Julien Papaix , Peter H. Thrall
Phytopathology, 2016, 106 (10), pp.1117-1127. ⟨10.1094/PHYTO-01-16-0036-FI⟩
Article dans une revue hal-02640166 v1

Dynamic spatial interactions between the native invader Brown-headed Cowbird and its hosts

Jean-Yves Barnagaud , Julien Papaix , Olivier Gimenez , Jens-Christian Svenning
Diversity and Distributions, 2015, 21 (5), pp.511-522. ⟨10.1111/ddi.12275⟩
Article dans une revue istex hal-01535213 v1
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Temporal dynamics of seed excretion by wild ungulates: implications for plant dispersal

M. Picard , J. Papaïx , Frédéric Gosselin , D. Picot , E. Bideau et al.
Ecology and Evolution, 2015, 5 (13), pp.2621-2632. ⟨10.1002/ece3.1512⟩
Article dans une revue hal-01278074 v1

Modelling the interactive effects of selective fishing and environmental change on Atlantic salmon demogenetics

Cyril Piou , Marc H. Taylor , Julien Papaix , Etienne Prévost
Journal of Applied Ecology, 2015, 52 (6), pp.1629-1637. ⟨10.1111/1365-2664.12512⟩
Article dans une revue hal-01536451 v1

Playing on a pathogen’s weakness: using evolution to guide sustainable plant disease control strategies

Jiasui Zhan , Peter Thrall , Julien Papaix , Lianhui Xie , Jeremy Burdon
Annual Review of Phytopathology, 2015, 53, pp.19-43. ⟨10.1146/annurev-phyto-080614-120040⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-01536434 v1
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Crop pathogen emergence and evolution in agro-ecological landscapes

Julien Papaix , Jeremy Burdon , Jiasui Zhan , Peter H. Thrall
Evolutionary Applications, 2015, 8 (4), pp.385-402. ⟨10.1111/eva.12251⟩
Article dans une revue hal-02640601 v1

Can epidemic control be achieved by altering landscape connectivity in agricultural systems?

Julien Papaïx , Suzanne Touzeau , Hervé Monod , Christian Lannou
Ecological Modelling, 2014, 284 (284), pp.35-47. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2014.04.014⟩
Article dans une revue hal-01099953 v1

Habitat filtering by landscape and local forest composition in native and exotic New Zealand birds

Jean-Yves J.-Y. Barnagaud , Luc L. Barbaro , Julien Papaïx , Marc Deconchat , Eckehard G E. G. Brockerhoff
esa Ecology, 2014, 95 (1), pp.78-87. ⟨10.1890/13-0791.1⟩
Article dans une revue hal-01000686 v1
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Evolution of pathogen specialisation in a host metapopulation: joint effects of host and pathogen dispersal

Julien Papaïx , Jeremy J. Burdon , Christian C. Lannou , Peter H. Thrall
PLoS Computational Biology, 2014, 10 (5), pp.e1003633. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003633⟩
Article dans une revue hal-02636472 v1

Pathogen population dynamics in agricultural landscapes: The Ddal modelling framework

Julien Papaïx , Katarzyna Adamczyk-Chauvat , Annie Bouvier , Kiên Kiêu , Suzanne Touzeau et al.
Infection, Genetics and Evolution, 2014, 27, pp.509-520. ⟨10.1016/j.meegid.2014.01.022⟩
Article dans une revue hal-01099950 v1
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How can quantitative ecology be attractive to young scientists? Balancing computer/desk work with fieldwork

Olivier Gimenez , Fitsum Abadi , Jean-Yves Barnagaud , Laetitia Blanc , Mathieu Buoro et al.
Animal Conservation, 2013, 16 (2), pp.134-136. ⟨10.1111/j.1469-1795.2012.00597.x⟩
Article dans une revue hal-01000104 v1
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Gestion de la résistance aux maladies à l’échelle des territoires cultivés

Christian Lannou , Julien Papaix , Herve Monod , Louis-Marie Raboin , Henriette Goyeau
Innovations Agronomiques, 2013, 29, pp.33-44. ⟨10.17180/cs6t-c015⟩
Article dans une revue hal-01190581 v1
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Dynamics of adaptation in spatially heterogeneous metapopulations

Julien Papaïx , Olivier David , Christian C. Lannou , Herve H. Monod
PLoS ONE, 2013, 8 (2), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0054697⟩
Article dans une revue hal-01000426 v1
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Influence of cultivated landscape composition on variety resistance:an assessment based on wheat leaf rust epidemics

Julien Papaix , Henriette Goyeau , Philippe Du Cheyron , Herve Monod , Christian Lannou
New Phytologist, 2011, 191 (4), pp.1095-1107. ⟨10.1111/j.1469-8137.2011.03764.x⟩
Article dans une revue hal-01019779 v1

Combining capture-recapture data and pedigree information to assess heritability of demographic parameters in the wild

Julien Papaix , Sarah Cubaynes , Mathieu Buoro , Anne Charmantier , Philippe Perret et al.
Journal of Evolutionary Biology, 2010, 23 (10), pp.2176-2184. ⟨10.1111/j.1420-9101.2010.02079.x⟩
Article dans une revue hal-02658832 v1
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Quel déploiement spatio-temporel des variétés et des itinéraires techniques pour accroître la durabilité des résistances variétales ?

Laure Hossard , Christian C. Lannou , Julien Papaïx , Herve H. Monod , Elise Pelzer et al.
Innovations Agronomiques, 2010, 8, pp.15-33. ⟨10.17180/kcs4-pk81⟩
Article dans une revue hal-00939527 v1

Les citoyens, sentinelles de la surveillance phytosanitaire ?

Jean‐Claude Streito , Julien Papaïx , Marguerite Chartrois , Christophe Botella , Eric Pierre et al.
Christian Lannou; Jean-Yves Rasplus; Samuel Soubeyrand; Mathieu Gautier; Jean-Pierre Rossi. Crises sanitaires en agriculture. Les espèces invasives sous surveillance, Editions Quae, pp.151-163, 2023, 978-2-7592-3482-0
Chapitre d'ouvrage hal-03962125 v1

Inferring Mechanistic Models in Spatial Ecology Using a Mechanistic-Statistical Approach

Julien Papaïx , Samuel Soubeyrand , Olivier Bonnefon , Emily Walker , Julie Louvrier et al.
Wiley. Statistical Approaches for Hidden Variables in Ecology, 2022, 9781789450477. ⟨10.1002/9781119902799.ch4⟩
Chapitre d'ouvrage hal-04735478 v1

Detection of Eco-Evolutionary Processes in the Wild: Evolutionary Trade-Offs Between Life History Traits

Valentin Journé , Sarah Cubaynes , Julien Papaïx , Mathieu Buoro
Statistical Approaches for Hidden Variables in Ecology, 1, Wiley; Wiley, 2022, 9781789450477. ⟨10.1002/9781119902799.ch2⟩
Chapitre d'ouvrage hal-04541625 v1

L'adaptation des agents pathogènes de plantes aux systèmes cultivés : une évolution sous contraintes anthropiques

Fabien Halkett , Christian Lannou , Christophe Le May , Josselin Montarry , Julien Papaïx et al.
L'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.125-134, 2021, 9782759232338
Chapitre d'ouvrage hal-03316033 v1

Écologie des interactions plante-bioagresseur

Julien Papaïx , Karine Berthier , Frédéric Fabre , Benoît Moury , Virginie Ravigné et al.
L'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.181-195, 2021, 9782759232338
Chapitre d'ouvrage hal-03131072 v1
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Diversifier les paysages cultivés : état des connaissances et perspectives de recherche

Frédéric Fabre , Florence F. Carpentier , Julien Papaïx , Anne-Lise Boixel , Karine Berthier
L'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.209-220, 2021, 9782759232338
Chapitre d'ouvrage hal-03130984 v2
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Stratégies paysagères pour déployer efficacement et durablement la résistance : modèles et prédictions

Loup Rimbaud , Julien Papaïx , Frédéric Fabre
L'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.197-208, 2021, 9782759232338
Chapitre d'ouvrage hal-03131097 v1

Valoriser les processus écologiques, hydrobiogéochimiques dans des paysages multifonctionnels.

Sandrine Petit , Stéphanie Aviron , Thierry Caquet , Marc Deconchat , Sabrina Gaba et al.
Dedieu, Benoit; Detang-Dessandre, Cécile; Dupraz, Pierre; Hinsinger, Philippe; Médale, Françoise; Reboud, Xavier; Soussana, Jean-François; Alban, Thomas. L’agroécologie : des recherches pour la transition des filières et des territoires. Collection Matière à débattre et décider, 3, Éditions Quæ, pp.47-58, 2020, 978-2-7592-3129-4
Chapitre d'ouvrage hal-02959717 v1

Analyses statistiques des relations entre mosaïque paysagère et processus écologiques

Corentin Barbu , Julien Papaix , Frédéric Fabre , Stéphanie Aviron , Claire Lavigne et al.
Paysage, biodiversité fonctionnelle et santé des plantes, Editions Quae Educagri Editions, 304 p., 2019, Sciences en Partage (Quae), 9782759230136 9782759230143 9782759230150
Chapitre d'ouvrage hal-02790217 v1

Aménagement de paysages pour la santé des plantes basé sur des modèles

Frédéric Fabre , Corentin Barbu , Hugues Boussard , Julien Papaix
Paysage, biodiversité fonctionnelle et santé des plantes, Editions Quae; Educagri Editions, 304 p., 2019, 9782759230136
Chapitre d'ouvrage hal-02788787 v1