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	3D imaging and quantitative analysis of adipocytes in situ and ex situ Isabelle Hue , Adèle Branthonne , Manon Thomas , Violette Thermes , Jérôme Bugeon Adipocyte, 2025, 14 (1), pp.2558573. ⟨10.1080/21623945.2025.2558573⟩ Article dans une revue hal-05273506v1
	An end-to-end pipeline based on open source deep learning tools for reliable analysis of complex 3D images of ovaries Manon Lesage , Manon Thomas , Thierry Pécot , Tu-Ky Ly , Nathalie Hinfray et al. Development (Cambridge, England), 2023, 150 (7), pp.dev201185. ⟨10.1242/dev.201185⟩ Article dans une revue hal-04062159v1
	Primordial germ cell migration and histological and molecular characterization of gonadal differentiation in Pachón Cavefish Astyanax mexicanus Boudjema Imarazene , Séverine Beille , Elodie Jouanno , Adèle Branthonne , Violette Thermes et al. Sexual Development, 2021, pp.1-18. ⟨10.1159/000513378⟩ Article dans une revue hal-03166084v1
	Non-thalamic origin of zebrafish sensory nuclei implies convergent evolution of visual pathways in amniotes and teleosts Solal Bloch , Hanako Hagio , Manon Thomas , Aurélie Heuzé , Jean-Michel Hermel et al. eLife, 2020, 9, pp.e54945. ⟨10.7554/eLife.54945⟩ Article dans une revue hal-02936377v1
	C-ECi: a CUBIC-ECi combined clearing method for three-dimensional follicular content analysis in the fish ovary Manon Lesage , Manon Thomas , Jérôme Bugeon , Adèle Branthonne , Stéphanie Gay et al. Biology of Reproduction, 2020, 103 (5), pp.1099-1109. ⟨10.1093/biolre/ioaa142⟩ Article dans une revue hal-02935099v1
	Mesencephalic origin of the inferior lobe in zebrafish Solal Bloch , Manon Thomas , Ingrid Colin , Sonya Galant , Elodie Machado et al. BMC Biology, 2019, 17:22 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/s12915-019-0631-y⟩ Article dans une revue hal-02191231v1

	Morphodynamics of germinal niches in the medaka ovary: from larva to adult Marlène Davilma , Maelle Guillout , Stéphanie Gay , Manon Thomas , Laurence Dubreil et al. EZM 2026 - European Zebrafish Meeting, European Zebrafish Society, Jul 2026, Vienna, Austria Communication dans un congrès hal-05704339v1
	Hippo mediated regulation of gonad function by miR-202 Sarah JANATI IDRISSI , Mariana Roza de Abreu , Cervin Guyomar , Sylwia Judycka , Thaovi Nguyen et al. Colloque différenciation et fonction des gonades, Mar 2025, Paris, France Communication dans un congrès hal-05084613v1
	Unveiling the role of mir-187 in promoting adult ovarian follicle growth and female fecundity in medaka (Oryzias latipes) Stéphanie Gay , Marlène Davilma , Sully Heng , Fabrice Mahé , Manon Thomas et al. Différenciation et fonctions des gonades, Mar 2025, Paris, France Communication dans un congrès hal-05107315v1
	Fsh regulates the proliferation of embryonic-like germ stem cells in adult zebrafish testes Rafael Henrique Nobrega , Benites Doretto Lucas , Manon Thomas , Nathalie Chenais , Jean-Jacques Lareyre 12. International Symposium on Reproductive Physiology of Fish, May 2023, Heraklion, Greece Communication dans un congrès hal-04102885v1
	Quantitative analysis of asynchronous oogenesis dynamics in fish: Application of a modern 3D analysis approach to an old problem Manon Lesage , Mak Sully , Jérôme Bugeon , Manon Thomas , Stéphanie Gay et al. 12. International Symposium on Reproductive Physiology of Fish (ISRPF), May 2023, Chersonissos, Greece Communication dans un congrès hal-04187726v1
	Rfsh regulates the proliferation of embryonic-like germ stem cells in adult zebrafish testes Rafael Henrique Nobrega , Lucas Benites Doretto , Manon Thomas , Nathalie Chenais , Jean-Jacques Lareyre 8. International Workshop on the Biology of Fish Gametes, Sep 2022, Gdansk, France Communication dans un congrès hal-03911919v1
	A comprehensive 3D approach to unravel follicular growth dynamics that governs fecundity in medaka fish (Oryzias latipes) Manon Lesage , Jérôme Bugeon , Manon Thomas , Stéphanie Gay , Thierry Pécot et al. 14. International Congress on the Biology of Fish, Jun 2022, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-03764407v1
	Mise en application d'algorithmes open-source de Deep-Learning pour l'analyse d'images 3D d'ovaires de Médaka Manon Lesage , Jérôme Bugeon , Manon Thomas , Thierry Pécot , Violette Thermes 11. Journées Scientifiques et Techniques du Réseau des Microscopistes INRAE, Nov 2022, Rennes, France Communication dans un congrès hal-04046034v1
	Contrôle de la maturation sexuelle des poissons d’élevage: mise en évidence d’une action directe de la FSH dans le processus de différentiation des cellules souches spermatogoniales Jean-Jacques Lareyre , Lucas Benites Doretto , Manon Thomas , Nathalie Chenais , Rafael Henrique Nóbrega 7. Journées de la Recherche Piscicole, Jul 2022, Paris, France Communication dans un congrès hal-03911814v1
	Vers la production d'organoïdes testiculaires chez les poissons : stratégies et avancées Nathalie Chênais , Rafael Nóbrega , Manon Thomas , Béatrice Porcon , Adèle Branthonne et al. Organoïdes et recherche agronomique, Jun 2022, Paris, France Communication dans un congrès hal-03911859v1
	Testicular organoids in teleost fish: current progress and perspectives Nathalie Chenais , Rafael Henriquenobrega , Manon Thomas , Beatrice Porcon , Adèle Branthonne et al. 8. International Workshop on the Biology of Fish Gametes, Sep 2022, Gdansk, Poland Communication dans un congrès hal-03911854v1
	Using 3D imaging to study ovarian development in Medaka Manon Lesage , Manon Thomas , Jérôme Bugeon , Adèle Branthonne , Violette Thermes 12. Journées Scientifiques et Techniques du Rµi, Nov 2022, Rennes, France Communication dans un congrès hal-03892521v1
	Utilisation d’outils d’intelligence artificielle pour la segmentation d’images 3D d’ovaire de poisson Manon Lesage , Jérôme Bugeon , Manon Thomas , Violette Thermes 17. Colloque de la Société Française de Microscopies, Jul 2021, Reims, France Communication dans un congrès hal-03299572v1

	Morphodynamics of germinal niches in the medaka ovary: from larva to adult Marlène Davilma , Maëlle Guillout , Stéphanie Gay , Manon Thomas , Laurence Dubreil et al. EZM 2026 - 13th European Zebrafish Meeting, Jul 2026, Vienna, Austria. Poster de conférence hal-05704324v1
	3D imaging-based analysis of the germline in teleost Marlène Davilma , Stéphanie Gay , Manon Thomas , Laurence Dubreil , Frédérique Clément et al. AI and imaging for cell and developmental biology: insights, limits and perspectives, Sep 2024, Paris, France Poster de conférence hal-04745237v1
	3D imaging-based analysis of the germline in teleost Marlène Davilma , Stéphanie Gay , Manon Thomas , Laurence Dubreil , Frédérique Clément et al. From cell to organism: When cell biology meets development, Oct 2024, Paris, France Poster de conférence hal-04745244v1
	Composition of the rainbow trout testicular extracellular matrix and progress towards the development of testicular organoids Nathalie Chenais , Rafael Henrique Nobrega , Régis Lavigne , Aurélien Brionne , Manon Thomas et al. 12. International Symposium on Reproductive Physiology of Fish, May 2023, Heraklion, Greece. Poster de conférence hal-04102161v1
	Utilisation de l'imagerie en 3D pour caractériser l'organisation des tissus adipeux chez la truite arc-en-ciel Adèle Branthonne , Manon Thomas , Violette Thermes , Isabelle Hue , Jérôme Bugeon Mettez un peu de piquant dans vos recherches, Jun 2023, Dijon, France Poster de conférence hal-04288888v1
	Monitoring the Oogenesis Dynamics in the Medaka Ovary Using a Quantitative 3D Image Analysis Approach Manon Lesage , Mak Sully , Manon Thomas , Stéphanie Gay , Thierry Pécot et al. 12. European Zebrafish Meeting, Jul 2023, Krakow, Poland Poster de conférence hal-04187761v1
	Utilisation de l’Eci pour la transparisation chez le poisson : exemples d’applications pour l’imagerie 3D Adèle Branthonne , Manon Thomas , Jérôme Bugeon , Jean-Charles Gabillard , Manon Lesage et al. 32. Congrès de l'Association Française d'Histotechnologie, Jun 2019, Strasbourg, France. , 2019 Poster de conférence hal-02786189v1
	Développement d'une nouvelle méthode pour l'analyse 3D de la dynamique ovarienne chez le poisson : Transparisation, microscopie, analyse d'image et modélisation Manon Thomas , Stéphanie Gay , Jérôme Bugeon , Marie Haghebaert , Fabrice Mahé et al. Séminaire Défis Scientifiques du Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage, Nov 2019, Rennes, France. 85 p., 2019, Recueil des résumés Poster de conférence hal-02735123v1

	An end-to-end pipeline based on open source deep learning tools for reliable analysis of complex 3D images of Medaka ovaries Manon Lesage , Jérôme Bugeon , Manon Thomas , Thierry Pécot , Violette Thermes 2022 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-03759490v1
	C-Eci: A Cubic-Eci combined clearing method for 3D follicular content analysis In the ovary Manon Lesage , Manon Thomas , Jérôme Bugeon , Adèle Branthonne , Stéphanie Gay et al. 2020 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-02790859v1

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