manon thomas

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Publications

Publications

An end-to-end pipeline based on open source deep learning tools for reliable analysis of complex 3D images of ovaries

Manon Lesage , Manon Thomas , Thierry Pécot , Tu-Ky Ly , Nathalie Hinfray et al.
Development (Cambridge, England), 2023, 150 (7), pp.dev201185. ⟨10.1242/dev.201185⟩
Article dans une revue hal-04062159 v1

Primordial germ cell migration and histological and molecular characterization of gonadal differentiation in Pachón Cavefish Astyanax mexicanus

Boudjema Imarazene , Séverine Beille , Elodie Jouanno , Adèle Branthonne , Violette Thermes et al.
Sexual Development, 2021, pp.1-18. ⟨10.1159/000513378⟩
Article dans une revue hal-03166084 v1

C-ECi: a CUBIC-ECi combined clearing method for three-dimensional follicular content analysis in the fish ovary

Manon Lesage , Manon Thomas , Jérôme Bugeon , Adèle Branthonne , Stéphanie Gay et al.
Biology of Reproduction, 2020, 103 (5), pp.1099-1109. ⟨10.1093/biolre/ioaa142⟩
Article dans une revue hal-02935099 v1
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Non-thalamic origin of zebrafish sensory nuclei implies convergent evolution of visual pathways in amniotes and teleosts

Solal Bloch , Hanako Hagio , Manon Thomas , Aurélie Heuzé , Jean-Michel Hermel et al.
eLife, 2020, 9, pp.e54945. ⟨10.7554/eLife.54945⟩
Article dans une revue hal-02936377 v1
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Mesencephalic origin of the inferior lobe in zebrafish

Solal Bloch , Manon Thomas , Ingrid Colin , Sonya Galant , Elodie Machado et al.
BMC Biology, 2019, 17:22 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/s12915-019-0631-y⟩
Article dans une revue hal-02191231 v1

Fsh regulates the proliferation of embryonic-like germ stem cells in adult zebrafish testes

Rafael Henrique Nobrega , Benites Doretto Lucas , Manon Thomas , Nathalie Chenais , Jean-Jacques Lareyre
12. International Symposium on Reproductive Physiology of Fish, May 2023, Heraklion, Greece
Communication dans un congrès hal-04102885 v1
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Quantitative analysis of asynchronous oogenesis dynamics in fish: Application of a modern 3D analysis approach to an old problem

Manon Lesage , Mak Sully , Jérôme Bugeon , Manon Thomas , Stéphanie Gay et al.
12. International Symposium on Reproductive Physiology of Fish (ISRPF), May 2023, Chersonissos, Greece
Communication dans un congrès hal-04187726 v1
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Mise en application d'algorithmes open-source de Deep-Learning pour l'analyse d'images 3D d'ovaires de Médaka

Manon Lesage , Jérôme Bugeon , Manon Thomas , Thierry Pécot , Violette Thermes
11. Journées Scientifiques et Techniques du Réseau des Microscopistes INRAE, Nov 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-04046034 v1

A comprehensive 3D approach to unravel follicular growth dynamics that governs fecundity in medaka fish (Oryzias latipes)

Manon Lesage , Jérôme Bugeon , Manon Thomas , Stéphanie Gay , Thierry Pécot et al.
14. International Congress on the Biology of Fish, Jun 2022, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-03764407 v1
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Contrôle de la maturation sexuelle des poissons d’élevage: mise en évidence d’une action directe de la FSH dans le processus de différentiation des cellules souches spermatogoniales

Jean-Jacques Lareyre , Lucas Benites Doretto , Manon Thomas , Nathalie Chenais , Rafael Henrique Nóbrega
7. Journées de la Recherche Piscicole, Jul 2022, Paris, France
Communication dans un congrès hal-03911814 v1
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Vers la production d'organoïdes testiculaires chez les poissons : stratégies et avancées

Nathalie Chênais , Rafael Nóbrega , Manon Thomas , Béatrice Porcon , Adèle Branthonne et al.
Organoïdes et recherche agronomique, Jun 2022, Paris, France
Communication dans un congrès hal-03911859 v1
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Testicular organoids in teleost fish: current progress and perspectives

Nathalie Chenais , Rafael Henriquenobrega , Manon Thomas , Beatrice Porcon , Adèle Branthonne et al.
8. International Workshop on the Biology of Fish Gametes, Sep 2022, Gdansk, Poland
Communication dans un congrès hal-03911854 v1

Using 3D imaging to study ovarian development in Medaka

Manon Lesage , Manon Thomas , Jérôme Bugeon , Adèle Branthonne , Violette Thermes
12. Journées Scientifiques et Techniques du Rµi, Nov 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03892521 v1

Rfsh regulates the proliferation of embryonic-like germ stem cells in adult zebrafish testes

Rafael Henrique Nobrega , Lucas Benites Doretto , Manon Thomas , Nathalie Chenais , Jean-Jacques Lareyre
8. International Workshop on the Biology of Fish Gametes, Sep 2022, Gdansk, France
Communication dans un congrès hal-03911919 v1
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Utilisation d’outils d’intelligence artificielle pour la segmentation d’images 3D d’ovaire de poisson

Manon Lesage , Jérôme Bugeon , Manon Thomas , Violette Thermes
17. Colloque de la Société Française de Microscopies, Jul 2021, Reims, France
Communication dans un congrès hal-03299572 v1
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3D imaging-based analysis of the germline in teleost

Marlène Davilma , Stéphanie Gay , Manon Thomas , Laurence Dubreil , Frédérique Clément et al.
AI and imaging for cell and developmental biology: insights, limits and perspectives, Sep 2024, Paris, France
Poster de conférence hal-04745237 v1
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3D imaging-based analysis of the germline in teleost

Marlène Davilma , Stéphanie Gay , Manon Thomas , Laurence Dubreil , Frédérique Clément et al.
From cell to organism: When cell biology meets development, Oct 2024, Paris, France
Poster de conférence hal-04745244 v1

Composition of the rainbow trout testicular extracellular matrix and progress towards the development of testicular organoids

Nathalie Chenais , Rafael Henrique Nobrega , Régis Lavigne , Aurélien Brionne , Manon Thomas et al.
12. International Symposium on Reproductive Physiology of Fish, May 2023, Heraklion, Greece.
Poster de conférence hal-04102161 v1
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Utilisation de l'imagerie en 3D pour caractériser l'organisation des tissus adipeux chez la truite arc-en-ciel

Adèle Branthonne , Manon Thomas , Violette Thermes , Isabelle Hue , Jérôme Bugeon
Mettez un peu de piquant dans vos recherches, Jun 2023, Dijon, France
Poster de conférence hal-04288888 v1

Monitoring the Oogenesis Dynamics in the Medaka Ovary Using a Quantitative 3D Image Analysis Approach

Manon Lesage , Mak Sully , Manon Thomas , Stéphanie Gay , Thierry Pécot et al.
12. European Zebrafish Meeting, Jul 2023, Krakow, Poland
Poster de conférence hal-04187761 v1
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Utilisation de l’Eci pour la transparisation chez le poisson : exemples d’applications pour l’imagerie 3D

Adèle Branthonne , Manon Thomas , Jérôme Bugeon , Jean-Charles Gabillard , Manon Lesage et al.
32. Congrès de l'Association Française d'Histotechnologie, Jun 2019, Strasbourg, France. , 2019
Poster de conférence hal-02786189 v1

Développement d'une nouvelle méthode pour l'analyse 3D de la dynamique ovarienne chez le poisson : Transparisation, microscopie, analyse d'image et modélisation

Manon Thomas , Stéphanie Gay , Jérôme Bugeon , Marie Haghebaert , Fabrice Mahé et al.
Séminaire Défis Scientifiques du Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage, Nov 2019, Rennes, France. 85 p., 2019, Recueil des résumés
Poster de conférence hal-02735123 v1