Masoomeh Taghipoor

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Publications

A pipeline with pre-processing options to detect behaviour from accelerometer data using Machine Learning tested on dairy goats

Sarah Mauny , Joon Kwon , Nicolas N.C. Friggens , Christine Duvaux-Ponter , Masoomeh Taghipoor

Peer Community Journal, 2025, 5, pp.e41. ⟨10.24072/pcjournal.545⟩

Article dans une revue hal-05122302v1
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Data paper: A goat behaviour dataset combining labelled behaviours and accelerometer data for training Machine Learning detection models

Sarah Mauny , Joon Kwon , Nicolas N.C. Friggens , Christine Duvaux-Ponter , Masoomeh Taghipoor

Animal - Open Space, 2025, 4, pp.100095. ⟨10.1016/j.anopes.2025.100095⟩

Article dans une revue (data paper) hal-04997560v1

Les technologies numériques en élevage : de la mesure à l’évaluation comportementale du bien-être de chaque animal

Masoomeh Taghipoor , Aurélien Madouasse , Mathieu Bonneau , Romain Lardy , Dominique Hazard et al.

INRAE Productions Animales, 2025, 38 (4), pp.8324. ⟨10.20870/productions-animales.2025.38.4.8324⟩

Article dans une revue hal-05444004v1

Trait development and genetic parameters of resilience indicators based on variability in milk consumption recorded by automated milk feeders in North American Holstein calves

Jason Graham , Masoomeh Taghipoor , Leonardo Gloria , Jacquelyn Boerman , Jarrod Doucette et al.

Journal of Dairy Science, 2024, 107 (12), pp.11180-11194. ⟨10.3168/jds.2024-25192⟩

Article dans une revue hal-04695916v1

Genetic parameters for calf feeding traits derived from automated milk feeding machines and number of bovine respiratory disease treatments in North American Holstein calves

Jason Graham , Maria Montes , Victor Pedrosa , Jarrod Doucette , Masoomeh Taghipoor et al.

Journal of Dairy Science, 2024, 107 (4), pp.2175-2193. ⟨10.3168/jds.2023-23794⟩

Article dans une revue hal-04388666v1
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Animal board invited review: Quantification of resilience in farm animals

M. Taghipoor , M. Pastell , Olivier Martin , Hieu Nguyen-Ba , Jaap J. van Milgen et al.

Animal, 2023, 17 (9), pp.100925. ⟨10.1016/j.animal.2023.100925⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-04214047v1
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PhenoBR :

Tiphaine Macé , Eliel González García , G. Kövér , Dominique Hazard , M. Taghipoor

Animal, 2023, 100845, pp.1-25. ⟨10.1016/j.animal.2023.100845⟩

Article dans une revue hal-04091822v1
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Seven steps to enhance Open Science practices in animal science

Rafael Muñoz-Tamayo , Birte L Nielsen , Mohammed Gagaoua , Florence Gondret , E Tobias Krause et al.

PNAS Nexus, 2022, 1 (3), pp.1-6. ⟨10.1093/pnasnexus/pgac106⟩

Article dans une revue hal-03749515v1
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A novel modelling approach to quantify the response of dairy goats to a high-concentrate diet

Masoomeh Taghipoor , Maud Delattre , Sylvie Giger-Reverdin

Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.20376. ⟨10.1038/s41598-020-77353-y⟩

Article dans une revue hal-03132771v1
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A procedure to quantify the feed intake response of growing pigs to perturbations

Hieu Nguyen-Ba , Jaap J. van Milgen , Masoomeh Taghipoor

Animal, 2020, 14 (2), pp.253-260. ⟨10.1017/S1751731119001976⟩

Article dans une revue hal-02270134v1
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Modelling the feed intake response of growing pigs to diets contaminated with mycotoxins

Hieu Nguyen-Ba , Masoomeh Taghipoor , Jaap J. van Milgen

Animal, 2020, 9th Workshop on Modelling Nutrient Digestion and Utilization in Farm Animals (MODNUT)), 14 (S2), pp.s303-s312. ⟨10.1017/S175173112000083X⟩

Article dans une revue hal-02573479v1
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Review: to be or not to be an identifiable model. Is this a relevant question in animal science modelling?

Rafael Munoz Tamayo , Laurence Puillet , J. Daniel , Daniel Sauvant , Olivier Martin et al.

Animal, 2018, 12 (04), pp.701 - 712. ⟨10.1017/S1751731117002774⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-01526307v1

A systemic approach to explore the flexibility of energy stores at the cellular scale: examples from muscle cells

Masoomeh Taghipoor , Jaap J. van Milgen , Florence Gondret

Journal of Theoretical Biology, 2016, 404, pp.331-341. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.06.014⟩

Article dans une revue istex hal-01455904v1

Modélisation de la flexibilité métabolique : vers une meilleure compréhension des capacités adaptatives de l’animal

Masoomeh Taghipoor , Sophie Lemosquet , Jaap J. van Milgen , Anne Siegel , Daniel Sauvant et al.

INRA Productions Animales, 2016, 29 (3), pp.201-216. ⟨10.20870/productions-animales.2016.29.3.2960⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-01391135v1
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Effects of an individual weight-adjusted feeding strategy in early lactation on milk production of Holstein cows during extended lactation

Charlotte Gaillard , Nicolas N.C. Friggens , Masoomeh Taghipoor , M.R. Weisbjerg , J.O. Lehmann et al.

Journal of Dairy Science, 2016, 99 (3), pp.2221-2236. ⟨10.3168/jds.2015-10359⟩

Article dans une revue hal-01356574v1
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Digestion Modelling in the Small Intestine : Impact of Dietary Fibre

Masoomeh Taghipoor , Guy Barles , Christine Georgelin , Jean-René Licois , Philippe Lescoat

Mathematical Biosciences, 2014, 258, pp.101-112. ⟨10.1016/j.mbs.2014.09.011⟩

Article dans une revue hal-00757830v3
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Mathematical homogenization in the modelling of digestion in the small intestine

Masoomeh Taghipoor , G. Barles , Christine Georgelin , J.R. Licois , Philippe Lescoat

MathematicS In Action, 2013, 6 (1), pp.1-19. ⟨10.5802/msia.7⟩

Article dans une revue hal-01594169v1
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Mathematical Modeling of Transport and Degradation of Feedstuffs in the Small Intestine

Masoomeh Taghipoor , Philippe Lescoat , Christine Georgelin , Jean-René Licois , Guy Barles

Journal of Theoretical Biology, 2012, 294, pp.Journal of Theoretical Biology 294 (2012) 114-121. ⟨10.1016/j.jtbi.2011.10.024⟩

Article dans une revue hal-00555287v2

De nouveaux alliés du bien-être des animaux confrontés aux défis des transitions agroécologiques et climatiques

Florence Gondret , Joseph Allyndrée , Lydiane Aubé , Nathanaelle Bary , Mathieu Bonneau et al.

2026 - 1ère édition des Trans Numériques, INRIA, Feb 2026, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-05495907v1

De nouveaux outils et algorithmes au service de la mesure du bien-être des animaux face au changement climatique

Florence Gondret , Claire Verplanck , Romain Lardy , Masoomeh Taghipoor , Mathieu Bonneau et al.

2025 - Journées scientifiques du programme PEPR Agroécologie et Numérique, PEPR agroécologie et numérique, Jan 2025, Dijon (FR), France

Communication dans un congrès hal-04920261v1

L'intelligence artificielle pour caractériser le comportement des chèvres laitières

Sarah Mauny , Masoomeh Taghipoor , Annaelle Bernard

Congrès Junior Pluridisciplinaire de l'Université Paris-Saclay, Graduate School Métiers de la Recherche et de l'Enseignement Supérieur (MRES), May 2024, Palaiseau (91), France

Communication dans un congrès hal-04637544v1
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Automatic characterisation of goat behaviours using accelerometers and Artificial Intelligence

Sarah Mauny , Joon Kwon , Nicolas N.C. Friggens , Christine Duvaux-Ponter , Masoomeh Taghipoor

PLF workshop seminar 2023, University of Copenhagen, Apr 2023, Copenhagen, Denmark

Communication dans un congrès hal-04491915v1

Analysis of the longitudinal activity data to forecast perturbations in dairy cows’ milk yield

Masoomeh Taghipoor , Severine Bord , Quentin Bulk , Joon Kwon

73. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP 2022), Sep 2022, Porto, Portugal

Communication dans un congrès hal-03776940v1
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Peer Community In Animal Science: A free publication model for transparent and open science

Rafael Munoz Tamayo , Mohammed Gagaoua , Florence Gondret , M. Hess , Diego Morgavi et al.

2022 ASAS-CSAS Annual Meeting, Jun 2022, Oklahoma City, United States. pp.80-81, ⟨10.1093/jas/skac247.158⟩

Communication dans un congrès hal-04138498v1
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WAIT4: un projet collaboratif sur l'évaluation en dynamique du bien-être des animaux d'élevage - de la captation de la donnée à la découverte de motifs signifiants et de seuils d'alertes spécifiques

Florence Gondret , Masoomeh Taghipoor , Aurélien Madouasse , Alexandre Termier , Claire Verplanck et al.

Annual meeting - Metaprogram DIGIT-BIO Biologie numérique pour explorer et prédire le vivant, INRAE, Dec 2022, Ecully, France

Communication dans un congrès hal-04337044v1

PhenoBR: a model to characterise variations of body reserves in meat ewes

Tiphaine Mace , Dominique Hazard , Fabien Carriere , Sebastien Douls , Didier Foulquié et al.

71. Annual Meeting of the European Association for Animal Production, Dec 2020, Online, Portugal. 672 p

Communication dans un congrès hal-03197881v1

Challenges and headaches in modelling animal adaptive response

Masoomeh Taghipoor , Hieu Nguyen-Ba , Christelle Loncke , Jaap J. van Milgen

9. Workshop on Modelling Nutrient Digestion and Utilization in Farm Animals (Modnut), Sep 2019, Ubatuba - Itamambuca, Brazil

Communication dans un congrès hal-02332564v1

Modelling the feed intake response of growing pigs to diets contaminated with mycotoxins

Hieu Nguyen-Ba , Jaap J. van Milgen , Masoomeh Taghipoor

9. Workshop on Modelling Nutrient Digestion and Utilization in Farm Animals (Modnut), Sep 2019, Ubatuba - Itamambuca, Brazil

Communication dans un congrès hal-02332571v1
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Combining simplicity and complexity: creating user-applications from mechanistic nutritional models

Jaap J. van Milgen , Masoomeh Taghipoor , Ludovic Brossard , Jean-Yves Dourmad , Candido Pomar

ASN-ASAS Symposium, Jul 2018, Vancouver, Canada

Communication dans un congrès hal-02738439v1

Tous les modèles doivent-ils être identifiables ?

Rafael Munoz Tamayo , Pierre Blavy , Laurence Puillet , Olivier Martin , Jean-Baptiste Daniel et al.

Journées Animation Scientifique du département PHASE, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UAR Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (0558)., Apr 2018, Rennes, France. pp.1

Communication dans un congrès hal-01840968v1
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Detection and characterization of the feed intake response of growing pigs to perturbations

Hieu Nguyen-Ba , Masoomeh Taghipoor , Jaap J. van Milgen

69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia

Communication dans un congrès hal-02738472v1
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Characterizing animal response to environmental challenges: new traits of more efficient animals

Masoomeh Taghipoor , Ludovic Brossard , Jaap J. van Milgen

68. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), European Association of Animal Production (EAAP). Tallinn, FRA., Aug 2017, Tallinn, Estonia

Communication dans un congrès hal-01595502v1
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Comment caractériser la performance des porcs en croissance face à des challenges liés à leur environnement d’élevage ?

Masoomeh Taghipoor , Ludovic Brossard , Jaap J. van Milgen

49. Journées de la Recherche Porcine, Jan 2017, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02738268v1
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Modélisation de l’adaptation : de la cellule à l’animal

Masoomeh Taghipoor

Séminaire de l'analyse numérique, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). FRA. Université de Rennes 1 (UR1), FRA., 2014, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-01210688v1
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Modélisation mathématique du métabolisme énergétique

Masoomeh Taghipoor

GDR STIC - Thème A - Modélisation et simulation appliquées à la santé, Jan 2014, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01210687v1
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Évaluation intégrée du bien-être positif chez les chèvres laitières : Une première étude expérimentale combinant approches éthologiques et numériques

Mathilde Valenchon , Sarah Mauny , Chloé Deneuville , Pauline Gauthier , Alexandra Eymard et al.

Journées scientifiques 2025 du PEPR Agroécologie et Numérique, Jan 2025, Dijon, France

Poster de conférence hal-05261697v1
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Peer Community In Animal Science: A free publication model for transparent and open science

Rafael Munoz Tamayo , Mohammed Gagaoua , Florence Gondret , M. Hess , Diego Morgavi et al.

10. Workshop on modelling nutrient digestion and utilization in farm animals (Modnut), Sep 2022, Alghero, Italy. Animal - science proceedings, 13 (4), pp.603, 2022, Proceedings of the 10th Workshop on Modelling Nutrient Digestion and Utilization in Farm Animals (MODNUT). ⟨10.1016/j.anscip.2022.07.470⟩

Poster de conférence hal-03872402v1
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Analysis of dairy cows’ activity using a hybrid modelling approach for the early detection of health problems

Masoomeh Taghipoor , Séverine Bord , Quentin Bulk , Joon Kwon

UFAW 2022 - Advancing Animal Welfare Science, Jun 2022, Edinburgh, United Kingdom

Poster de conférence hal-03776962v1
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Influence des perturbations sur la performance des porcs en croissance : de la détection automatique à la caractérisation de la réponse adaptative des animaux

Hieu Nguyen-Ba , Jaap J. van Milgen , Masoomeh Taghipoor

51. Journées de la Recherche Porcine, Feb 2019, Paris, France. IFIP - Institut du Porc, Journées de la Recherche Porcine en France, pp.347 - 348, 2019, 51èmes Journées de la Recherche Porcine

Poster de conférence hal-02738446v1

Detection and characterization of the response of growing pigs to perturbations by using feed intake

Hieu Nguyen-Ba , Masoomeh Taghipoor , Jaap J. van Milgen

Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2018), Apr 2018, Rennes, France. , 2018, Journées d’animation scientifiques du département Phase - Recueil des résumés

Poster de conférence hal-02738469v1

Animal modelling meets identifiability: a practioner perspective

Pierre Blavy , Laurence Puillet , Jean-Baptiste Daniel , Daniel Sauvant , Olivier Martin et al.

Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2018), Apr 2018, Rennes, France. , 2018, Journées d’animation scientifiques du département Phase - Recueil des résumés

Poster de conférence hal-02738243v1

Towards a generic animal model (T-GAM): building models of key biological functions by a shared systemic approach

Nicolas N.C. Friggens , Laurence Puillet , Angélique Favreau-Peigné , Olivier Martin , Masoomeh Taghipoor et al.

Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase 2016), Apr 2016, Tours, France. , 115 p., 2016, Crédits incitatifs financés entre 2011 et 2014

Poster de conférence hal-01356579v1
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Mathematical modelling of the plasticity of energy stores at cellular scale

Masoomeh Taghipoor , Jaap J. van Milgen , Ludovic Brossard , Florence Gondret

8. International Workshop on Modelling Nutrient Digestion and Utilization in Farm Animals, Sep 2014, Cairns, Australia. CSIRO, Astralien Centre for International Agricultural Research, Animal Production Science, 54 (11/12), 2014, Animal Production Science

Poster de conférence hal-01210686v1
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Dynamics of energy reserves in a generic cell

Masoomeh Taghipoor , Jaap J. van Milgen , Florence Gondret

9. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB), 2014, Göteborg, Sweden. , 2014, Abstracts of the 9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology

Poster de conférence hal-01210685v1
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A dynamic mathematical model to study the flexibility of energy reserves in adipose and muscle cells

Masoomeh Taghipoor , Jaap J. van Milgen , Florence Gondret

65. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2014, Copenhague, Denmark. Wageningen Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, 20, 2014, Annual Meeting of the European Association for Animal Production

Poster de conférence hal-01210668v1
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Modélisation mathématique de la plasticité des réserves énergétiques à l’échelle cellulaire

Masoomeh Taghipoor , Jaap J. van Milgen , Florence Gondret

5. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2013), Oct 2013, Paris, France. 2 p., 2013

Poster de conférence hal-01210689v1

Modélisation mathématiques de la plasticité des réserves énergétiques à l’échelle cellulaire.

Masoomeh Taghipoor , Jaap J. van Milgen , Florence Gondret

5. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2013), Oct 2013, Paris, France. 2013

Poster de conférence hal-01210828v1