Mathieu Bonneau

Chargé de recherches INRAE
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I'm a junior scientist at the ASSET laboratory in Guadeloupe, French West Indies. I have been doing modelling works in different domaines, from ecology to animal health, and using various tools such as spatial statistics (krigging, Markov Random fields, reaction-diffusion models) and AI tools (reinforcement learning, MDP, CNN and image analysis). Today I'm mostly interested in integrated management of gastro-intestinal nematodes for small ruminants, from modelling the free living stages of nematodes, ingestion, to the production of eggs by the hosts.

Publications

Publications

CabriTrack: Accelerometer data for automated behavioural monitoring of grazing Creole goats

Laura Faillot , Willy Troupe , Mathieu Bonneau

Data in Brief, 2025, 59, pp.111431. ⟨10.1016/j.dib.2025.111431⟩

Article dans une revue (data paper) hal-04993468v1
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Hierarchical Long Short Term Memory Recurrent Neural Network for Goats Behaviour Prediction from Accelerometer Data

Mathieu Bonneau , Laura Faillot , Willy Troupe , Lucile Riaboff

Smart Agricultural Technology, 2025, 11 (101045), pp.101045. ⟨10.1016/j.atech.2025.101045⟩

Article dans une revue hal-05089855v1

Les technologies numériques en élevage : de la mesure à l’évaluation comportementale du bien-être de chaque animal

Masoomeh Taghipoor , Aurélien Madouasse , Mathieu Bonneau , Romain Lardy , Dominique Hazard et al.

INRAE Productions Animales, 2025, 38 (4), pp.8324. ⟨10.20870/productions-animales.2025.38.4.8324⟩

Article dans une revue hal-05444004v1

Une introduction sur l’utilisation du Deep Learning pour le suivi du comportement animal

Mathieu Bonneau

NOV'AE, 2025, spécial 03, pp.93-94. ⟨10.20870/Revue-NOVAE.2025.9265⟩

Article dans une revue hal-05051466v1
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Integrated disease management, optimal effort allocation between prevention and control

Mathieu Bonneau , Nathalie Mandonnet , Carine Marie-Magdeleine , Harry Archimède , Jean-Christophe Bambou

Scientific Reports, 2025, 15 (1), pp.30269. ⟨10.1038/s41598-025-16318-5⟩

Article dans une revue hal-05213785v1
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Combining automated behaviour recognition and physiological data to characterize heat tolerance and animal welfare in growing pigs

Nausicaa Poullet , Johanna Guichard , David Beramice , Laurent Dantec , Jean-Luc Gourdine et al.

Journal of Thermal Biology, 2025, 127, pp.104048. ⟨10.1016/j.jtherbio.2025.104048⟩

Article dans une revue hal-04922316v1
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Puzzle: taking livestock tracking to the next level

Jehan-Antoine Vayssade , Mathieu Bonneau

Scientific Reports, 2024, 14 (1), pp.18348. ⟨10.1038/s41598-024-69058-3⟩

Article dans une revue hal-04669177v1
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Primiparous sow behaviour on the day of farrowing as one of the primary contributors to the growth of piglets in early lactation

Océane Girardie , Denis Laloë , Mathieu Bonneau , Yvon Billon , Jean Bailly et al.

Scientific Reports, 2024, 14 (1), pp.18415. ⟨10.1038/s41598-024-69358-8⟩

Article dans une revue hal-04669520v1
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Wizard: Unsupervised goats tracking algorithm

Jehan-Antoine Vayssade , Xavier Godard , Mathieu Bonneau

Computers and Electronics in Agriculture, 2023, 209, pp.107831. ⟨10.1016/j.compag.2023.107831⟩

Article dans une revue hal-04095526v1

CherryChèvre: A fine-grained dataset for goat detection in natural environments

Jehan-Antoine Vayssade , Rémy Arquet , Willy Troupe , Mathieu Bonneau

Scientific Data , 2023, 10 (1), pp.689. ⟨10.1038/s41597-023-02555-8⟩

Article dans une revue hal-04259312v1
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Analysis of image-based sow activity patterns reveals several associations with piglet survival and early growth

Océane Girardie , Mathieu Bonneau , Yvon Billon , Jean Bailly , Ingrid David et al.

Frontiers in Veterinary Science, 2023, 9, pp.1051284. ⟨10.3389/fvets.2022.1051284⟩

Article dans une revue hal-03934529v1
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Réduction d’usage et alternatives aux antiparasitaires en élevage des ruminants

Hervé Hoste , Nadine Ravinet , Christophe Chartier , Carine Marie-Magdeleine , Jean-Christophe Bambou et al.

INRAE Productions Animales, 2022, 35 (4), pp.327-344. ⟨10.20870/productions-animales.2022.35.4.7333⟩

Article dans une revue hal-04058701v1
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Assessing Goats' Fecal Avoidance Using Image Analysis-Based Monitoring

Mathieu Bonneau , Xavier Godard , Jean-Christophe Bambou

Frontiers in Animal Science, 2022, 3, ⟨10.3389/fanim.2022.835516⟩

Article dans une revue hal-03752961v1

Behavior Comparison During Chronic Heat Stress in Large White and Creole Pigs Using Image-Analysis

Mathieu Bonneau , Nausicaa Poullet , David Beramice , Laurent Dantec , Laurianne L. Canario et al.

Frontiers in Animal Science, 2021, 2, ⟨10.3389/fanim.2021.784376⟩

Article dans une revue hal-03475225v1
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A Non-Invasive Millimetre-Wave Radar Sensor for Automated Behavioural Tracking in Precision Farming—Application to Sheep Husbandry

Alexandre Dore , Cristian Pasquaretta , Dominique Henry , Edmond Ricard , Jean-François Bompa et al.

Sensors, 2021, 21 (23), pp.8140. ⟨10.3390/s21238140⟩

Article dans une revue hal-03485290v1
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Predicting sow postures from video images: Comparison of convolutional neural networks and segmentation combined with support vector machines under various training and testing setups

Mathieu Bonneau , Bernard Benet , Yann Labrune , Jean Bailly , Edmond Ricard et al.

Biosystems Engineering, 2021, 212, pp.19-29. ⟨10.1016/j.biosystemseng.2021.09.014⟩

Article dans une revue hal-03413048v1

Mixed grazing of adult goats and cattle: Lessons from long-term monitoring

Maurice Mahieu , Rémy Arquet , Jérôme Fleury , Mathieu Bonneau , Nathalie Mandonnet

Veterinary Parasitology, 2020, 280, pp.109087. ⟨10.1016/j.vetpar.2020.109087⟩

Article dans une revue hal-03198474v1
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Outdoor animal tracking combining neural network and time-lapse cameras

Mathieu Bonneau , Jehan-Antoine Vayssade , Willy Troupé , Rémy Arquet

Computers and Electronics in Agriculture, 2020, 168, pp.105150. ⟨10.1016/j.compag.2019.105150⟩

Article dans une revue hal-02624666v1

Category count models for adaptive management of metapopulations: Case study of an imperiled salamander

Katherine M. O'Donnell , Paul L. Fackler , Fred A. Johnson , Mathieu Bonneau , Julien Martin et al.

Conservation Science and Practice, 2020, 13 p. ⟨10.1111/csp2.180⟩

Article dans une revue hal-02628289v1

Automatic activity tracking of goats using drone camera

Jehan-Antoine Vayssade , Rémy Arquet , Mathieu Bonneau

Computers and Electronics in Agriculture, 2019, 162, pp.767-772. ⟨10.1016/j.compag.2019.05.021⟩

Article dans une revue hal-03753650v1

Optimal spatial allocation of control effort to manage invasives in the face of imperfect detection and misclassification

Mathieu Bonneau , Julien Martin , Nathalie Peyrard , Leroy Rodgers , Christina M. Romagosa et al.

Ecological Modelling, 2019, 392, pp.108-116. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2018.11.012⟩

Article dans une revue hal-02626872v1

Integrating encounter theory with decision analysis to evaluate collision risk and determine optimal protection zones for wildlife

Bradley J. Udell , Julien Martin , Robert J. Fletcher , Mathieu Bonneau , Holly H. Edwards et al.

Journal of Applied Ecology, 2019, 56 (5), pp.1050-1062. ⟨10.1111/1365-2664.13290⟩

Article dans une revue hal-02619852v1

Optimal schedule for monitoring a plant incursion when detection and treatment success vary over time

Mathieu Bonneau , Cindy E. Hauser , Nicholas S. G. Williams , Roger D. Cousens

Biological Invasions, 2018, pp.741-756. ⟨10.1007/s10530-017-1572-4⟩

Article dans une revue hal-02620925v1
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Dynamic minimum set problem for reserve design: Heuristic solutions for large problems

Mathieu Bonneau , Régis Sabbadin , Fred A. Johnson , Bradley Stith

PLoS ONE, 2018, 13 (3), ⟨10.1371/journal.pone.0193093⟩

Article dans une revue hal-02626203v1
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Goats worm burden variability also results from non-homogeneous larval intake

Mathieu Bonneau , Jean-Christophe Bambou , Nathalie Mandonnet , Rémy Arquet , Maurice Mahieu

Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.15987. ⟨10.1038/s41598-018-34338-2⟩

Article dans une revue hal-02627776v1
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Urbanization may limit impacts of an invasive predator on native mammal diversity

Brian E. Reichert , Adia R. Sovie , Brad J. Udell , Kristen M. Hart , Rena R. Borkhataria et al.

Diversity and Distributions, 2017, 23 (4), pp.355-367. ⟨10.1111/ddi.12531⟩

Article dans une revue hal-01603392v1
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Expert Elicitation, Uncertainty, and the Value of Information in Controlling Invasive Species

Fred A. Johnson , Brian J. Smith , Mathieu Bonneau , Julien Martin , Christina Romagosa et al.

Ecological Economics, 2017, 137, pp.83-90. ⟨10.1016/j.ecolecon.2017.03.004⟩

Article dans une revue hal-01514233v1
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Optimal control of an invasive species using a reaction-diffusion model and linear programming

Mathieu Bonneau , Fred Johnson A. , Brian J. Smith , Christina M. Romagosa , Julien Martin et al.

Ecosphere, 2017, 8 (10), pp.Non Paginé. ⟨10.1002/ecs2.1979⟩

Article dans une revue hal-02627999v1

Sampling for weed spatial distribution mapping need not be adaptive

Mathieu Bonneau , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Sabrina S. Gaba , Régis Sabbadin

Environmental and Ecological Statistics, 2016, 23 (2), pp.233 - 255. ⟨10.1007/s10651-015-0337-4⟩

Article dans une revue hal-02640008v1

Spatially explicit control of invasive species using a reaction–diffusion model

Mathieu Bonneau , Fred A. Johnson , Christina M Romagosa

Ecological Modelling, 2016, 337, pp.15-24. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2016.05.013⟩

Article dans une revue hal-01603393v1

Reinforcement learning-based design of sampling policies under cost constraints in Markov random fields: application to weed map reconstruction

Mathieu Bonneau , Sabrina S. Gaba , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Régis Sabbadin

Computational Statistics and Data Analysis, 2014, 72, pp.30-44. ⟨10.1016/j.csda.2013.10.002⟩

Article dans une revue hal-02633760v1

Décision dans les agro-écosystèmes

Gauthier Quesnel , Mahuna Akplogan , Mathieu Bonneau , Roger Martin-Clouaire , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard et al.

Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série RIA : Revue d'Intelligence Artificielle, 2013, 27 (4-5), pp.409-442. ⟨10.3166/ria.27.409-442⟩

Article dans une revue istex hal-02650505v1
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Que nous disent les réseaux d'observatoires sur les réactions de la flore adventice aux évolutions des pratiques agricoles ?

Xavier Reboud , Sabrina Gaba , Benjamin Borgy , Mathieu Bonneau , M. Délos et al.

Innovations Agronomiques, 2013, 28, pp.127-140. ⟨10.17180/qfyd-ef31⟩

Article dans une revue hal-01190467v1

De nouveaux alliés du bien-être des animaux confrontés aux défis des transitions agroécologiques et climatiques

Florence Gondret , Joseph Allyndrée , Lydiane Aubé , Nathanaelle Bary , Mathieu Bonneau et al.

2026 - 1ère édition des Trans Numériques, INRIA, Feb 2026, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-05495907v1

Influences de multiples composantes des aptitudes maternelles de la truie sur la survie et la croissance précoces de la portée

Océane Girardie , Denis Laloë , Mathieu Bonneau , Yvon Billon , Jean Bailly et al.

Journées de la recherche porcine, Feb 2025, Saint-Malo, France. ⟨10.15454/1.5572415481185847E12)⟩

Communication dans un congrès hal-04932738v1

De nouveaux outils et algorithmes au service de la mesure du bien-être des animaux face au changement climatique – exemples chez les bovins

Florence Gondret , Claire Verplanck , Anne Boudon , Romain Lardy , Aurélien Madouasse et al.

Réunion mensuelle du LIT Ouesterel, LIT Ouesterel, May 2025, Visioconférence, France

Communication dans un congrès hal-05086556v1
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Efficiently recording of sow’s activity patterns through embedded computer vision

Juliette Magadray , Téo Cochou , Laurianne Canario , Céline Chesnet , Aurélie Le Dreau et al.

EAAP, Aug 2025, Innsbruck, Austria. pp.694

Communication dans un congrès hal-05236148v1

De nouveaux outils et algorithmes au service de la mesure du bien-être des animaux face au changement climatique

Florence Gondret , Claire Verplanck , Romain Lardy , Masoomeh Taghipoor , Mathieu Bonneau et al.

2025 - Journées scientifiques du programme PEPR Agroécologie et Numérique, PEPR agroécologie et numérique, Jan 2025, Dijon (FR), France

Communication dans un congrès hal-04920261v1
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Multi-block analyses reveal that standing activity on the day of farrowing and newborn aggression are main factors contributing to litter survival and growth in primiparous sows among a hundred maternal traits

Océane Girardie , Denis Laloë , Jean Bailly , Yvon Billon , Mathieu Bonneau et al.

EAAP, Aug 2025, Innsbruck, Austria. pp.694

Communication dans un congrès hal-05236049v1
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Using accelerometers for goat activity monitoring

Mathieu Bonneau , Laura Faillot , Willy Troupé , Lucile Riaboff

European Federation of Animal Science, Sep 2024, Florence, Italy

Communication dans un congrès hal-04708467v1

Estimating sow posture from computer vision: influence of the sampling rate

Mathieu Bonneau , Jehan-Antoine Vayssade , Laurianne Canario

European Federation of Animal Scoience (EAAP), Aug 2023, Lyon, France

Communication dans un congrès hal-04259314v1

Analyse automatisée des postures en lien avec le comportement maternel chez les truies

Laurianne Canario , Mathieu Bonneau , Océane Girardie , Téo Cochou

Séminaire ADAMEP 6-7 novembre 2023, Réseau ADAMEP - MP SANBA, Nov 2023, Tours, France

Communication dans un congrès hal-04273180v1
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Prédiction du patron d’activité des truies allaitantes par analyse d’image, et relations avec la survie et la croissance des porcelets

Océane Girardie , Mathieu Bonneau , Yvon Billon , Jean Bailly , Ingrid David et al.

55ème Journées de la Recherche Porcine, Jan 2023, Saint-Malo, France. pp.45-50

Communication dans un congrès hal-04066713v1
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Sow activity patterns elaborated from computer vision data are associated with piglet growth in early lactation

Océane Girardie , Mathieu Bonneau , Denis Laloë , Yvon Billon , Jean Bailly et al.

ISAE, Aug 2023, Tallinn, Estonia. pp.16

Communication dans un congrès hal-04881852v1
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Assessing goats fecal avoidance using image analysis based monitoring

Mathieu Bonneau , Xavier Godard , Jean-Christophe Bambou

European Conference on Precision Livestock Farming, University of Veterinary Medicine Vienna, Aug 2022, Vienne, Austria

Communication dans un congrès hal-04066381v1

Clustering of Meishan and Large White sows for activity defined from image analysis, and influence on piglet mortality

Oceane Girardie , Mathieu Bonneau Bonneau , Yvon Billon , Jean Bailly , Ingrid David et al.

WCGALP, Jul 2022, rotterdam, Netherlands

Communication dans un congrès hal-03725121v1
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Utilisation de techniques d’intelligence artificielle pour des opérations de détection et d’identification dans le domaine animalier

Bernard Benet , Anders Mårell , Yves Boscardin , Mathieu Bonneau , Laurianne L. Canario

Journée GDR Isis, Centre national de la recherche scientifique, Nov 2020, Inconnu, France

Communication dans un congrès hal-03079459v1
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Analyse d'images pour le suivi d'animaux d'élevage

Mathieu Bonneau , Laurianne L. Canario , Yann Labrune , Edmond Ricard , Bernard Benet

GDR ISIS - Intelligence artificielle/Apprentissage machine pour l'agriculture, Centre national de la recherche scientifique, Nov 2020, Inconnu, France

Communication dans un congrès hal-03023955v1

Goats monitoring at the pasture scale combining neural network and time-lapse cameras

Mathieu Bonneau , Jehan-Antoine Vayssade , Willy Troupé , Rémy Arquet

European Conference on Precisions Livestock Farming (ECPLF), Aug 2019, Cork, Ireland

Communication dans un congrès hal-02737985v1

Méthodes d'estimation de l'ingestion individuelle d'animaux élevés en groupe

Remy Delagarde , Mathieu Bonneau , Maryline Boval , Hervé Chapuis , Géraldine Fleurance et al.

Défis scientifiques Phase, Nov 2019, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-02735680v1

Development and validation of an embedded tool to measure postural activity of lactating sows

Laurianne L. Canario , Yann Labrune , Jean-François Bompa , Yvon Billon , Laure Ravon et al.

70. Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP), Aug 2019, Ghent, Belgium. 717 p

Communication dans un congrès hal-02737266v1

Répartition du risque d'infestation au sein d'un troupeau de petits-ruminants au pâturage tournant

Mathieu Bonneau , Rémy Arquet , Maurice Mahieu

Journée du réseau ModStatSAP, Mar 2018, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02790210v1

Control of nematodes at different life stages, which stage should we target?

Mathieu Bonneau , Jean-Christophe Bambou , Maurice Mahieu , Rémy Arquet , Harry Archimède et al.

Modelling in Animal Health conference - ModAH 2017, Modelling in Animal Health (ModAH). Nantes, FRA., Jun 2017, Nantes, France

Communication dans un congrès hal-01605407v1

Designing the Everglades headwaters national wildlife refuge for habitat needs considering urbanization encroachment

Stéphanie Romañach , Brad Stith , Mathieu Bonneau , Fred Johnson A.

National Conference on Ecosystem Restoration, University of Florida [Gainesville] (UF). USA., Apr 2016, Coral Springs, Floride, United States

Communication dans un congrès hal-01607455v1

Integrating lethal collision risk from watercraft into optimal designs zones for marine mammals

Brad J. Udell , Julien Martin , Robert Fletcher , Mathieu Bonneau , Edwards Holly et al.

101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Aug 2016, Fort Lauderdale (Floride), United States

Communication dans un congrès hal-01603390v1

Decision analysis for optimal control of invasive species in the Everglades

Fred A. Johnson , Mathieu Bonneau , Julien Martin , Christina M Romagosa , Paul Fackler et al.

101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Ecological Society of America (ESA). Gainesville, Floride, USA., Aug 2016, Fort Lauderdale, Floride, United States

Communication dans un congrès hal-01607005v1

A hidden Markov random field approach for control prioritization based on noisy observations

Mathieu Bonneau , Julien Martin , Christina Romagosa , Fred Johnson A.

101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Aug 2016, Fort Lauderdale, Floride, United States

Communication dans un congrès hal-01608448v1

Designing a protected area in Florida's Everglades Headwaters region with encroaching urbanization

Stephanie S. Romañach , Bradley Stith , Mathieu Bonneau , Fred A. Johnson

101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Ecological Society of America (ESA). USA., Aug 2016, Fort Lauderdale, Floride, United States

Communication dans un congrès hal-01603391v1

Using structured decision making and category count models to develop optimal policies for imperiled salamander habitat restoration

Katie O'Donnell , Fred Johnson A. , Mathieu Bonneau , Julien Martin , Paul Fackler et al.

101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Aug 2016, Fort Lauderdale, Floride, United States

Communication dans un congrès hal-01606263v1

Decision in agroecosystems advanced modelling techniques studying global changes in environmental sciences

Gauthier Quesnel , Mahuna Akplogan , Mathieu Bonneau , Roger Martin-Clouaire , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard et al.

19th Global Biennial Conference of the, Oct 2013, Toulouse, France. pp.29, ⟨10.1016/B978-0-444-63536-5.00010-7⟩

Communication dans un congrès hal-02740144v1
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Weeds sampling for map reconstruction: a Markov random field approach

Mathieu Bonneau Bonneau , Sabrina S. Gaba , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Régis Sabbadin

Workshop on Spatial Statistics and Image Analysis in Biology, May 2012, Avignon, France. pp.4

Communication dans un congrès hal-00988416v1
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Reinforcement-learning for sampling design in Markov random fields

Mathieu Bonneau , Nathalie Dubois Peyrard , Régis Sabbadin

International Conference on Computational Statistics, Aug 2012, Limassol, Cyprus. pp.12

Communication dans un congrès hal-01191361v1
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A reinforcement-learning algorithm for sampling design in Markov random fields

Mathieu Bonneau , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Régis Sabbadin

20. European Conference on Artificial Intelligence, Aug 2012, Montpellier, France. pp.1056, ⟨10.3233/978-1-61499-098-7-181⟩

Communication dans un congrès hal-02748492v1
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An adaptive sampling method using Hidden Markov Random Fields for the mapping of weed at the field scale

Mathieu Bonneau , Sabrina S. Gaba , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Régis Sabbadin

EWRS 2011 - 4th Workshop of the EWRS Working Group Weeds and Biodiversity, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., 2011, Dijon, France

Communication dans un congrès hal-02802213v1
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Echantillonnage adaptatif optimal dans les champs de Markov discrets

Mathieu Bonneau , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Régis Sabbadin

JFPDA 2011 - Sixièmes journées francophones de planification, décision et apprentissage pour la conduite de systèmes, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Jun 2011, Rouen, France

Communication dans un congrès hal-02744532v1
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Echantillonnage spatial basé sur le krigeage pour la reconstruction de carte d’occurrence

Mathieu Bonneau , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Régis Sabbadin

17. Congrès francophone AFRIF-AFIA : Reconnaissance des Formes et Intelligence Artificielle. RFIA 2010., Jan 2010, Caen, France. 8 p

Communication dans un congrès hal-02755228v1
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Solving adaptive sampling problems in graphical models using Markov decision process

Mathieu Bonneau , Nathalie Dubois Peyrard , Régis Sabbadin

ECCS10 European Conference on Complex Systems, 2010, Lisbonne, Portugal

Communication dans un congrès hal-01607684v1