Mathieu Bonneau
Présentation
I'm a junior scientist at the ASSET laboratory in Guadeloupe, French West Indies. I have been doing modelling works in different domaines, from ecology to animal health, and using various tools such as spatial statistics (krigging, Markov Random fields, reaction-diffusion models) and AI tools (reinforcement learning, MDP, CNN and image analysis).
Today I'm mostly interested in integrated management of gastro-intestinal nematodes for small ruminants, from modelling the free living stages of nematodes, ingestion, to the production of eggs by the hosts.
Publications
Publications
De nouveaux alliés du bien-être des animaux confrontés aux défis des transitions agroécologiques et climatiques2026 - 1ère édition des Trans Numériques, INRIA, Feb 2026, Rennes, France |
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Influences de multiples composantes des aptitudes maternelles de la truie sur la survie et la croissance précoces de la portéeJournées de la recherche porcine, Feb 2025, Saint-Malo, France. ⟨10.15454/1.5572415481185847E12)⟩ |
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De nouveaux outils et algorithmes au service de la mesure du bien-être des animaux face au changement climatique – exemples chez les bovinsRéunion mensuelle du LIT Ouesterel, LIT Ouesterel, May 2025, Visioconférence, France |
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Efficiently recording of sow’s activity patterns through embedded computer visionEAAP, Aug 2025, Innsbruck, Austria. pp.694 |
De nouveaux outils et algorithmes au service de la mesure du bien-être des animaux face au changement climatique2025 - Journées scientifiques du programme PEPR Agroécologie et Numérique, PEPR agroécologie et numérique, Jan 2025, Dijon (FR), France |
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Multi-block analyses reveal that standing activity on the day of farrowing and newborn aggression are main factors contributing to litter survival and growth in primiparous sows among a hundred maternal traitsEAAP, Aug 2025, Innsbruck, Austria. pp.694 |
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Using accelerometers for goat activity monitoringEuropean Federation of Animal Science, Sep 2024, Florence, Italy |
Estimating sow posture from computer vision: influence of the sampling rateEuropean Federation of Animal Scoience (EAAP), Aug 2023, Lyon, France |
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Analyse automatisée des postures en lien avec le comportement maternel chez les truiesSéminaire ADAMEP 6-7 novembre 2023, Réseau ADAMEP - MP SANBA, Nov 2023, Tours, France |
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Prédiction du patron d’activité des truies allaitantes par analyse d’image, et relations avec la survie et la croissance des porcelets55ème Journées de la Recherche Porcine, Jan 2023, Saint-Malo, France. pp.45-50 |
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Sow activity patterns elaborated from computer vision data are associated with piglet growth in early lactationISAE, Aug 2023, Tallinn, Estonia. pp.16 |
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Assessing goats fecal avoidance using image analysis based monitoringEuropean Conference on Precision Livestock Farming, University of Veterinary Medicine Vienna, Aug 2022, Vienne, Austria |
Clustering of Meishan and Large White sows for activity defined from image analysis, and influence on piglet mortalityWCGALP, Jul 2022, rotterdam, Netherlands |
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Utilisation de techniques d’intelligence artificielle pour des opérations de détection et d’identification dans le domaine animalierJournée GDR Isis, Centre national de la recherche scientifique, Nov 2020, Inconnu, France |
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Analyse d'images pour le suivi d'animaux d'élevageGDR ISIS - Intelligence artificielle/Apprentissage machine pour l'agriculture, Centre national de la recherche scientifique, Nov 2020, Inconnu, France |
Goats monitoring at the pasture scale combining neural network and time-lapse camerasEuropean Conference on Precisions Livestock Farming (ECPLF), Aug 2019, Cork, Ireland |
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Méthodes d'estimation de l'ingestion individuelle d'animaux élevés en groupeDéfis scientifiques Phase, Nov 2019, Rennes, France |
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Development and validation of an embedded tool to measure postural activity of lactating sows70. Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP), Aug 2019, Ghent, Belgium. 717 p |
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Répartition du risque d'infestation au sein d'un troupeau de petits-ruminants au pâturage tournantJournée du réseau ModStatSAP, Mar 2018, Paris, France |
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Control of nematodes at different life stages, which stage should we target?Modelling in Animal Health conference - ModAH 2017, Modelling in Animal Health (ModAH). Nantes, FRA., Jun 2017, Nantes, France |
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Designing the Everglades headwaters national wildlife refuge for habitat needs considering urbanization encroachmentNational Conference on Ecosystem Restoration, University of Florida [Gainesville] (UF). USA., Apr 2016, Coral Springs, Floride, United States |
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Integrating lethal collision risk from watercraft into optimal designs zones for marine mammals101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Aug 2016, Fort Lauderdale (Floride), United States |
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Decision analysis for optimal control of invasive species in the Everglades101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Ecological Society of America (ESA). Gainesville, Floride, USA., Aug 2016, Fort Lauderdale, Floride, United States |
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A hidden Markov random field approach for control prioritization based on noisy observations101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Aug 2016, Fort Lauderdale, Floride, United States |
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Designing a protected area in Florida's Everglades Headwaters region with encroaching urbanization101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Ecological Society of America (ESA). USA., Aug 2016, Fort Lauderdale, Floride, United States |
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Using structured decision making and category count models to develop optimal policies for imperiled salamander habitat restoration101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Aug 2016, Fort Lauderdale, Floride, United States |
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Decision in agroecosystems advanced modelling techniques studying global changes in environmental sciences19th Global Biennial Conference of the, Oct 2013, Toulouse, France. pp.29, ⟨10.1016/B978-0-444-63536-5.00010-7⟩ |
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Weeds sampling for map reconstruction: a Markov random field approachWorkshop on Spatial Statistics and Image Analysis in Biology, May 2012, Avignon, France. pp.4 |
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Reinforcement-learning for sampling design in Markov random fieldsInternational Conference on Computational Statistics, Aug 2012, Limassol, Cyprus. pp.12 |
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A reinforcement-learning algorithm for sampling design in Markov random fields20. European Conference on Artificial Intelligence, Aug 2012, Montpellier, France. pp.1056, ⟨10.3233/978-1-61499-098-7-181⟩ |
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An adaptive sampling method using Hidden Markov Random Fields for the mapping of weed at the field scaleEWRS 2011 - 4th Workshop of the EWRS Working Group Weeds and Biodiversity, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., 2011, Dijon, France |
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Echantillonnage adaptatif optimal dans les champs de Markov discretsJFPDA 2011 - Sixièmes journées francophones de planification, décision et apprentissage pour la conduite de systèmes, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Jun 2011, Rouen, France |
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Echantillonnage spatial basé sur le krigeage pour la reconstruction de carte d’occurrence17. Congrès francophone AFRIF-AFIA : Reconnaissance des Formes et Intelligence Artificielle. RFIA 2010., Jan 2010, Caen, France. 8 p |
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Solving adaptive sampling problems in graphical models using Markov decision processECCS10 European Conference on Complex Systems, 2010, Lisbonne, Portugal |
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MoSBReal : un dispositif pour l’enregistrement et le suivi automatisé des postures de la truie allaitanteJournées de la recherche porcine, Feb 2025, Saint-Malo, France. 57, pp.441 |
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Évaluation intégrée du bien-être positif chez les chèvres laitières : Une première étude expérimentale combinant approches éthologiques et numériquesJournées scientifiques 2025 du PEPR Agroécologie et Numérique, Jan 2025, Dijon, France |
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Goats worm burden variability also results from non-homogeneous larval intakeJournées scientifiques du Département, 2018, 2018 |
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Optimal control of an invasive using reaction diffusion model and linear programmingGEER 2017, Apr 2017, Coral Springs, Floride, United States. , 2017 |
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Ateliers de co-conception pour la sélection et la valorisation de races Créole. Synthèse des propositions2023 |
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La conception participative d'actions collectives de sélection des races Créole pour des élevages agroécologiques. Le cas du projet KARIBIOKREYOL en Guadeloupe2022 |
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Combining Automated Behaviour Recognition and Physiological Data to Characterize Heat Tolerance and Animal Welfare in Growing Pigs2024 |
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A non-invasive radar system for automated behavioural tracking: application to sheep2021 |
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Assessing goats fecal avoidance using image analysis based monitoring2021 |
Échantillonnage adaptatif optimal dans les champs de Markov, application à l’échantillonnage d’une espèce adventiceSciences du Vivant [q-bio]. Université Toulouse III - Paul Sabatier, 2012. Français. ⟨NNT : ⟩ |
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Cycle de vie des parasites gastro-intestinaux au pâturageEcology, environment. 2022 |
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Détection et estimation du nombre d'oeufs de parasite Gastro-Intestinaux chez les cabrisVision par ordinateur et reconnaissance de formes [cs.CV]. 2022 |
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Dynamique des populations des strongles gastro-intestinaux des petits ruminants en milieu tropical humide. Conséquences sur la gestion des pâturages.Biodiversité et Ecologie. 2019 |