Mathieu Bonneau

Chargé de recherches INRAE
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I'm a junior scientist at the ASSET laboratory in Guadeloupe, French West Indies. I have been doing modelling works in different domaines, from ecology to animal health, and using various tools such as spatial statistics (krigging, Markov Random fields, reaction-diffusion models) and AI tools (reinforcement learning, MDP, CNN and image analysis). Today I'm mostly interested in integrated management of gastro-intestinal nematodes for small ruminants, from modelling the free living stages of nematodes, ingestion, to the production of eggs by the hosts.

Publications

Publications

CabriTrack: Accelerometer data for automated behavioural monitoring of grazing Creole goats

Laura Faillot , Willy Troupe , Mathieu Bonneau
Data in Brief, 2025, 59, pp.111431. ⟨10.1016/j.dib.2025.111431⟩
Article dans une revue hal-04993468 v1

Combining automated behaviour recognition and physiological data to characterize heat tolerance and animal welfare in growing pigs

Nausicaa Poullet , Johanna Guichard , David Beramice , Laurent Dantec , Jean-Luc Gourdine et al.
Journal of Thermal Biology, 2025, 127, pp.104048. ⟨10.1016/j.jtherbio.2025.104048⟩
Article dans une revue hal-04922316 v1

Une introduction sur l’utilisation du Deep Learning pour le suivi du comportement animal

Mathieu Bonneau
NOV'AE, 2025, spécial 03, pp.93-94. ⟨10.20870/Revue-NOVAE.2025.9265⟩
Article dans une revue hal-05051466 v1
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Puzzle: taking livestock tracking to the next level

Jehan-Antoine Vayssade , Mathieu Bonneau
Scientific Reports, 2024, 14 (1), pp.18348. ⟨10.1038/s41598-024-69058-3⟩
Article dans une revue hal-04669177 v1
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Primiparous sow behaviour on the day of farrowing as one of the primary contributors to the growth of piglets in early lactation

Océane Girardie , Denis Laloë , Mathieu Bonneau , Yvon Billon , Jean Bailly et al.
Scientific Reports, 2024, 14 (1), pp.18415. ⟨10.1038/s41598-024-69358-8⟩
Article dans une revue hal-04669520 v1

Wizard: Unsupervised goats tracking algorithm

Jehan-Antoine Vayssade , Xavier Godard , Mathieu Bonneau
Computers and Electronics in Agriculture, 2023, 209, pp.107831. ⟨10.1016/j.compag.2023.107831⟩
Article dans une revue hal-04095526 v1

CherryChèvre: A fine-grained dataset for goat detection in natural environments

Jehan-Antoine Vayssade , Rémy Arquet , Willy Troupe , Mathieu Bonneau
Scientific Data , 2023, 10 (1), pp.689. ⟨10.1038/s41597-023-02555-8⟩
Article dans une revue hal-04259312 v1
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Analysis of image-based sow activity patterns reveals several associations with piglet survival and early growth

Océane Girardie , Mathieu Bonneau , Yvon Billon , Jean Bailly , Ingrid David et al.
Frontiers in Veterinary Science, 2023, 9, pp.1051284. ⟨10.3389/fvets.2022.1051284⟩
Article dans une revue hal-03934529 v1

Assessing Goats' Fecal Avoidance Using Image Analysis-Based Monitoring

Mathieu Bonneau , Xavier Godard , Jean-Christophe Bambou
Frontiers in Animal Science, 2022, 3, ⟨10.3389/fanim.2022.835516⟩
Article dans une revue hal-03752961 v1
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Réduction d’usage et alternatives aux antiparasitaires en élevage des ruminants

Hervé Hoste , Nadine Ravinet , Christophe Chartier , Carine Marie-Magdeleine , Jean-Christophe Bambou et al.
INRAE Productions Animales, 2022, 35 (4), pp.327-344. ⟨10.20870/productions-animales.2022.35.4.7333⟩
Article dans une revue hal-04058701 v1
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A Non-Invasive Millimetre-Wave Radar Sensor for Automated Behavioural Tracking in Precision Farming—Application to Sheep Husbandry

Alexandre Dore , Cristian Pasquaretta , Dominique Henry , Edmond Ricard , Jean-François Bompa et al.
Sensors, 2021, 21 (23), pp.8140. ⟨10.3390/s21238140⟩
Article dans une revue hal-03485290 v1

Behavior Comparison During Chronic Heat Stress in Large White and Creole Pigs Using Image-Analysis

Mathieu Bonneau , Nausicaa Poullet , David Beramice , Laurent Dantec , Laurianne L. Canario et al.
Frontiers in Animal Science, 2021, 2, ⟨10.3389/fanim.2021.784376⟩
Article dans une revue hal-03475225 v1
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Predicting sow postures from video images: Comparison of convolutional neural networks and segmentation combined with support vector machines under various training and testing setups

Mathieu Bonneau , Bernard Benet , Yann Labrune , Jean Bailly , Edmond Ricard et al.
Biosystems Engineering, 2021, 212, pp.19-29. ⟨10.1016/j.biosystemseng.2021.09.014⟩
Article dans une revue hal-03413048 v1

Mixed grazing of adult goats and cattle: Lessons from long-term monitoring

Maurice Mahieu , Rémy Arquet , Jérôme Fleury , Mathieu Bonneau , Nathalie Mandonnet
Veterinary Parasitology, 2020, 280, pp.109087. ⟨10.1016/j.vetpar.2020.109087⟩
Article dans une revue hal-03198474 v1
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Outdoor animal tracking combining neural network and time-lapse cameras

Mathieu Bonneau , Jehan-Antoine Vayssade , Willy Troupé , Rémy Arquet
Computers and Electronics in Agriculture, 2020, 168, pp.105150. ⟨10.1016/j.compag.2019.105150⟩
Article dans une revue hal-02624666 v1

Category count models for adaptive management of metapopulations: Case study of an imperiled salamander

Katherine M. O'Donnell , Paul L. Fackler , Fred A. Johnson , Mathieu Bonneau , Julien Martin et al.
Conservation Science and Practice, 2020, 13 p. ⟨10.1111/csp2.180⟩
Article dans une revue hal-02628289 v1

Automatic activity tracking of goats using drone camera

Jehan-Antoine Vayssade , Rémy Arquet , Mathieu Bonneau
Computers and Electronics in Agriculture, 2019, 162, pp.767-772. ⟨10.1016/j.compag.2019.05.021⟩
Article dans une revue hal-03753650 v1

Optimal spatial allocation of control effort to manage invasives in the face of imperfect detection and misclassification

Mathieu Bonneau , Julien Martin , Nathalie Peyrard , Leroy Rodgers , Christina M. Romagosa et al.
Ecological Modelling, 2019, 392, pp.108-116. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2018.11.012⟩
Article dans une revue hal-02626872 v1

Integrating encounter theory with decision analysis to evaluate collision risk and determine optimal protection zones for wildlife

Bradley J. Udell , Julien Martin , Robert J. Fletcher , Mathieu Bonneau , Holly H. Edwards et al.
Journal of Applied Ecology, 2019, 56 (5), pp.1050-1062. ⟨10.1111/1365-2664.13290⟩
Article dans une revue hal-02619852 v1

Optimal schedule for monitoring a plant incursion when detection and treatment success vary over time

Mathieu Bonneau , Cindy E. Hauser , Nicholas S. G. Williams , Roger D. Cousens
Biological Invasions, 2018, pp.741-756. ⟨10.1007/s10530-017-1572-4⟩
Article dans une revue hal-02620925 v1
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Dynamic minimum set problem for reserve design: Heuristic solutions for large problems

Mathieu Bonneau , Régis Sabbadin , Fred A. Johnson , Bradley Stith
PLoS ONE, 2018, 13 (3), ⟨10.1371/journal.pone.0193093⟩
Article dans une revue hal-02626203 v1
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Goats worm burden variability also results from non-homogeneous larval intake

Mathieu Bonneau , Jean-Christophe Bambou , Nathalie Mandonnet , Rémy Arquet , Maurice Mahieu
Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.15987. ⟨10.1038/s41598-018-34338-2⟩
Article dans une revue hal-02627776 v1
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Urbanization may limit impacts of an invasive predator on native mammal diversity

Brian E. Reichert , Adia R. Sovie , Brad J. Udell , Kristen M. Hart , Rena R. Borkhataria et al.
Diversity and Distributions, 2017, 23 (4), pp.355-367. ⟨10.1111/ddi.12531⟩
Article dans une revue hal-01603392 v1
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Expert Elicitation, Uncertainty, and the Value of Information in Controlling Invasive Species

Fred A. Johnson , Brian J. Smith , Mathieu Bonneau , Julien Martin , Christina Romagosa et al.
Ecological Economics, 2017, 137, pp.83-90. ⟨10.1016/j.ecolecon.2017.03.004⟩
Article dans une revue hal-01514233 v1
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Optimal control of an invasive species using a reaction-diffusion model and linear programming

Mathieu Bonneau , Fred Johnson A. , Brian J. Smith , Christina M. Romagosa , Julien Martin et al.
Ecosphere, 2017, 8 (10), pp.Non Paginé. ⟨10.1002/ecs2.1979⟩
Article dans une revue hal-02627999 v1

Sampling for weed spatial distribution mapping need not be adaptive

Mathieu Bonneau , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Sabrina S. Gaba , Régis Sabbadin
Environmental and Ecological Statistics, 2016, 23 (2), pp.233 - 255. ⟨10.1007/s10651-015-0337-4⟩
Article dans une revue hal-02640008 v1

Spatially explicit control of invasive species using a reaction–diffusion model

Mathieu Bonneau , Fred A. Johnson , Christina M Romagosa
Ecological Modelling, 2016, 337, pp.15-24. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2016.05.013⟩
Article dans une revue hal-01603393 v1

Reinforcement learning-based design of sampling policies under cost constraints in Markov random fields: application to weed map reconstruction

Mathieu Bonneau , Sabrina S. Gaba , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Régis Sabbadin
Computational Statistics and Data Analysis, 2014, 72, pp.30-44. ⟨10.1016/j.csda.2013.10.002⟩
Article dans une revue hal-02633760 v1

Décision dans les agro-écosystèmes

Gauthier Quesnel , Mahuna Akplogan , Mathieu Bonneau , Roger Martin-Clouaire , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard et al.
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série RIA : Revue d'Intelligence Artificielle, 2013, 27 (4-5), pp.409-442. ⟨10.3166/ria.27.409-442⟩
Article dans une revue istex hal-02650505 v1
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Que nous disent les réseaux d'observatoires sur les réactions de la flore adventice aux évolutions des pratiques agricoles ?

Xavier Reboud , Sabrina Gaba , Benjamin Borgy , Mathieu Bonneau , M. Délos et al.
Innovations Agronomiques, 2013, 28, pp.127-140. ⟨10.17180/qfyd-ef31⟩
Article dans une revue hal-01190467 v1

Influences de multiples composantes des aptitudes maternelles de la truie sur la survie et la croissance précoces de la portée

Océane Girardie , Denis Laloë , Mathieu Bonneau , Yvon Billon , Jean Bailly et al.
Journées de la recherche porcine, Feb 2025, Saint-Malo (France), France. ⟨10.15454/1.5572415481185847E12)⟩
Communication dans un congrès hal-04932738 v1

De nouveaux outils et algorithmes au service de la mesure du bien-être des animaux face au changement climatique

Florence Gondret , Claire Verplanck , Romain Lardy , Masoomeh Taghipoor , Mathieu Bonneau et al.
2025 - Journées scientifiques du programme PEPR Agroécologie et Numérique, PEPR agroécologie et numérique, Jan 2025, Dijon (FR), France
Communication dans un congrès hal-04920261 v1
Image document

Using accelerometers for goat activity monitoring

Mathieu Bonneau , Laura Faillot , Willy Troupé , Lucile Riaboff
European Federation of Animal Science, Sep 2024, Florence, Italy
Communication dans un congrès hal-04708467 v1

Analyse automatisée des postures en lien avec le comportement maternel chez les truies

Laurianne Canario , Mathieu Bonneau , Océane Girardie , Téo Cochou
Séminaire ADAMEP 6-7 novembre 2023, Réseau ADAMEP - MP SANBA, Nov 2023, Tours, France
Communication dans un congrès hal-04273180 v1

Estimating sow posture from computer vision: influence of the sampling rate

Mathieu Bonneau , Jehan-Antoine Vayssade , Laurianne Canario
European Federation of Animal Scoience (EAAP), Aug 2023, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-04259314 v1
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Prédiction du patron d’activité des truies allaitantes par analyse d’image, et relations avec la survie et la croissance des porcelets

Océane Girardie , Mathieu Bonneau , Yvon Billon , Jean Bailly , Ingrid David et al.
55ème Journées de la Recherche Porcine, Jan 2023, Saint-Malo (France), France. pp.45-50
Communication dans un congrès hal-04066713 v1
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Sow activity patterns elaborated from computer vision data are associated with piglet growth in early lactation

Océane Girardie , Mathieu Bonneau , Denis Laloë , Yvon Billon , Jean Bailly et al.
ISAE, Aug 2023, Tallinn, Estonia. pp.16
Communication dans un congrès hal-04881852 v1
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Assessing goats fecal avoidance using image analysis based monitoring

Mathieu Bonneau , Xavier Godard , Jean-Christophe Bambou
European Conference on Precision Livestock Farming, University of Veterinary Medicine Vienna, Aug 2022, Vienne, Austria
Communication dans un congrès hal-04066381 v1

Clustering of Meishan and Large White sows for activity defined from image analysis, and influence on piglet mortality

Oceane Girardie , Mathieu Bonneau Bonneau , Yvon Billon , Jean Bailly , Ingrid David et al.
WCGALP, Jul 2022, rotterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-03725121 v1
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Utilisation de techniques d’intelligence artificielle pour des opérations de détection et d’identification dans le domaine animalier

Bernard Benet , Anders Mårell , Yves Boscardin , Mathieu Bonneau , Laurianne L. Canario
Journée GDR Isis, Centre national de la recherche scientifique, Nov 2020, Inconnu, France
Communication dans un congrès hal-03079459 v1
Image document

Analyse d'images pour le suivi d'animaux d'élevage

Mathieu Bonneau , Laurianne L. Canario , Yann Labrune , Edmond Ricard , Bernard Benet
GDR ISIS - Intelligence artificielle/Apprentissage machine pour l'agriculture, Centre national de la recherche scientifique, Nov 2020, Inconnu, France
Communication dans un congrès hal-03023955 v1

Goats monitoring at the pasture scale combining neural network and time-lapse cameras

Mathieu Bonneau , Jehan-Antoine Vayssade , Willy Troupé , Rémy Arquet
European Conference on Precisions Livestock Farming (ECPLF), Aug 2019, Cork, Ireland
Communication dans un congrès hal-02737985 v1

Méthodes d'estimation de l'ingestion individuelle d'animaux élevés en groupe

Remy Delagarde , Mathieu Bonneau , Maryline Boval , Hervé Chapuis , Géraldine Fleurance et al.
Défis scientifiques Phase, Nov 2019, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-02735680 v1

Development and validation of an embedded tool to measure postural activity of lactating sows

Laurianne L. Canario , Yann Labrune , Jean-François Bompa , Yvon Billon , Laure Ravon et al.
70. Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP), Aug 2019, Ghent, Belgium. 717 p
Communication dans un congrès hal-02737266 v1

Répartition du risque d'infestation au sein d'un troupeau de petits-ruminants au pâturage tournant

Mathieu Bonneau , Rémy Arquet , Maurice Mahieu
Journée du réseau ModStatSAP, Mar 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02790210 v1

Control of nematodes at different life stages, which stage should we target?

Mathieu Bonneau , Jean-Christophe Bambou , Maurice Mahieu , Rémy Arquet , Harry Archimède et al.
Modelling in Animal Health conference - ModAH 2017, Modelling in Animal Health (ModAH). Nantes, FRA., Jun 2017, Nantes, France
Communication dans un congrès hal-01605407 v1

Designing the Everglades headwaters national wildlife refuge for habitat needs considering urbanization encroachment

Stéphanie Romañach , Brad Stith , Mathieu Bonneau , Fred Johnson A.
National Conference on Ecosystem Restoration, University of Florida [Gainesville] (UF). USA., Apr 2016, Coral Springs, Floride, United States
Communication dans un congrès hal-01607455 v1

Decision analysis for optimal control of invasive species in the Everglades

Fred A. Johnson , Mathieu Bonneau , Julien Martin , Christina M Romagosa , Paul Fackler et al.
101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Ecological Society of America (ESA). Gainesville, Floride, USA., Aug 2016, Fort Lauderdale, Floride, United States
Communication dans un congrès hal-01607005 v1

Integrating lethal collision risk from watercraft into optimal designs zones for marine mammals

Brad J. Udell , Julien Martin , Robert Fletcher , Mathieu Bonneau , Edwards Holly et al.
101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Aug 2016, Fort Lauderdale (Floride), United States
Communication dans un congrès hal-01603390 v1

A hidden Markov random field approach for control prioritization based on noisy observations

Mathieu Bonneau , Julien Martin , Christina Romagosa , Fred Johnson A.
101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Aug 2016, Fort Lauderdale, Floride, United States
Communication dans un congrès hal-01608448 v1

Designing a protected area in Florida's Everglades Headwaters region with encroaching urbanization

Stephanie S. Romañach , Bradley Stith , Mathieu Bonneau , Fred A. Johnson
101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Ecological Society of America (ESA). USA., Aug 2016, Fort Lauderdale, Floride, United States
Communication dans un congrès hal-01603391 v1

Using structured decision making and category count models to develop optimal policies for imperiled salamander habitat restoration

Katie O'Donnell , Fred Johnson A. , Mathieu Bonneau , Julien Martin , Paul Fackler et al.
101 st ESA Annual Meeting Ecological Society of America, Aug 2016, Fort Lauderdale, Floride, United States
Communication dans un congrès hal-01606263 v1

Decision in agroecosystems advanced modelling techniques studying global changes in environmental sciences

Gauthier Quesnel , Mahuna Akplogan , Mathieu Bonneau , Roger Martin-Clouaire , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard et al.
19th Global Biennial Conference of the, Oct 2013, Toulouse, France. pp.29, ⟨10.1016/B978-0-444-63536-5.00010-7⟩
Communication dans un congrès hal-02740144 v1
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Weeds sampling for map reconstruction: a Markov random field approach

Mathieu Bonneau Bonneau , Sabrina S. Gaba , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Régis Sabbadin
Workshop on Spatial Statistics and Image Analysis in Biology, May 2012, Avignon, France. pp.4
Communication dans un congrès hal-00988416 v1
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Reinforcement-learning for sampling design in Markov random fields

Mathieu Bonneau , Nathalie Dubois Peyrard , Régis Sabbadin
International Conference on Computational Statistics, Aug 2012, Limassol, Cyprus. pp.12
Communication dans un congrès hal-01191361 v1
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A reinforcement-learning algorithm for sampling design in Markov random fields

Mathieu Bonneau , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Régis Sabbadin
20. European Conference on Artificial Intelligence, Aug 2012, Montpellier, France. pp.1056, ⟨10.3233/978-1-61499-098-7-181⟩
Communication dans un congrès hal-02748492 v1
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An adaptive sampling method using Hidden Markov Random Fields for the mapping of weed at the field scale

Mathieu Bonneau , Sabrina S. Gaba , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Régis Sabbadin
EWRS 2011 - 4th Workshop of the EWRS Working Group Weeds and Biodiversity, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., 2011, Dijon, France
Communication dans un congrès hal-02802213 v1
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Echantillonnage adaptatif optimal dans les champs de Markov discrets

Mathieu Bonneau , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Régis Sabbadin
JFPDA 2011 - Sixièmes journées francophones de planification, décision et apprentissage pour la conduite de systèmes, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Jun 2011, Rouen, France
Communication dans un congrès hal-02744532 v1

Echantillonnage spatial basé sur le krigeage pour la reconstruction de carte d’occurrence

Mathieu Bonneau , Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Régis Sabbadin
17. Congrès francophone AFRIF-AFIA : Reconnaissance des Formes et Intelligence Artificielle. RFIA 2010., Jan 2010, Caen, France. 8 p
Communication dans un congrès hal-02755228 v1
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Solving adaptive sampling problems in graphical models using Markov decision process

Mathieu Bonneau , Nathalie Dubois Peyrard , Régis Sabbadin
ECCS10 European Conference on Complex Systems, 2010, Lisbonne, Portugal
Communication dans un congrès hal-01607684 v1