Nadia Goué

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  • Université Clermont Auvergne (UCA)
  • Mésocentre Clermont Auvergne
  • Plateforme Auvergne Bioinformatique (AuBi)
  • Institut Français de Bioinformatique (IFB-core)

Domaines de recherche

Informatique [cs] Biochimie, Biologie Moléculaire Biologie cellulaire Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]

Publications

Publications

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The Galaxy platform for accessible, reproducible, and collaborative data analyses: 2024 update

Linelle Ann L Abueg , Enis Afgan , Olivier Allart , Ahmed Awan , Wendi Bacon et al.

Nucleic Acids Research, 2024, 52 (W1), pp.W83-W94. ⟨10.1093/nar/gkae410⟩

Article dans une revue hal-04645009v1
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Galaxy Training: A powerful framework for teaching!

Saskia Hiltemann , Helena Rasche , Simon Gladman , Hans-Rudolf Hotz , Delphine Larivière et al.

PLoS Computational Biology, 2023, 19 (1), pp.e1010752. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010752⟩

Article dans une revue hal-04069041v1
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Tracing the ancestry of modern bread wheats

Caroline Pont , Thibault Leroy , Michael Seidel , Alessandro Tondelli , Wandrille Duchemin et al.

Nature Genetics, 2019, 51 (5), pp.905-911. ⟨10.1038/s41588-019-0393-z⟩

Article dans une revue hal-02154676v1
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Identification of novel transcription factors regulating secondary cell wall formation in Arabidopsis

Hua Cassan-Wang , Nadia Goue , Mohammed N Saidi , Sylvain Legay , Pierre Sivadon et al.

Frontiers in Plant Science, 2013, 4, pp.189. ⟨10.3389/fpls.2013.00189⟩

Article dans une revue hal-04723619v1
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Secondary cell wall characterization in a BY-2 inductive system

Nadia Goué , Jenny Mortimer , Yoshimi Nakano , Zhinong Zhang , Morgane Josserand et al.

Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 2013, 115 (2), pp.223-232. ⟨10.1007/s11240-013-0354-7⟩

Article dans une revue hal-04723556v1
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QTL for floral stem lignin content and degradabililty in three recombinant inbred line (RIL) progenies of Arabidopsis thaliana and search for candidate genes involved in cell wall biosynthesis and degradability.

Hélène Chavigneau , Nadia Goué , Sabrina Delaunay , Audrey Courtial , Lise Jouanin et al.

Open Journal of Genetics, 2012, 2 (01), pp.7-30. ⟨10.4236/ojgen.2012.21002⟩

Article dans une revue hal-04770794v1
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Microdissection to Isolate Vascular Cambium Cells in Poplar

Nadia Goue , Nathalie Boizot , Michel Vallance , Elisabeth Magel , Philippe Label

Silva Fennica, 2012, 46 (1), pp.5 - 16

Article dans une revue hal-01268376v1

Microgenomic analysis reveals cell type-specific gene expression patterns between ray and fusiform initials within the cambial meristem of Populus

Nadia Goué , Marie-Claude Lesage Descauses , Ewa J. Mellerowicz , Elisabeth Magel , Philippe Label et al.

New Phytologist, 2008, 180 (1), pp.45-56. ⟨10.1111/j.1469-8137.2008.02556.x⟩

Article dans une revue hal-02666497v1

Physiologie et génomique de la formation du bois

Jean-Charles Leplé , Annabelle Dejardin , Françoise F. Laurans , Gilles G. Pilate , Nadia Goué et al.

Biofutur, 2004, 247, pp.43-48

Article dans une revue hal-02679521v1

CDKA orthologue isolation and its expression during cambial activity in hybrid walnut (Juglans nigra X Juglans regia)

Nadia Goué , Gregory Montiel , Isabelle Levert , Muriel Gaudet , Christian Jay-Allemand et al.

Trees - Structure and Function, 2003, 17 (4), pp.316-324. ⟨10.1007/s00468-002-0241-z⟩

Article dans une revue istex hal-02678804v1
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Towards an integrated OMERO infrastructure for FAIR management of imaging data: advances and perspectives

Nadia Goue , Francis Ogereau , Sophie Desset , Pierre Pouchin , Sami Safarbati et al.

Journée des Microscopistes Clermontois (JMC), Sophie Desset, Nov 2025, Clermont - Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-05362753v1

WORKSHOP - Data storage and curation - Biology and Health Community (OMERO)

Sophie Desset , Nadia Goué , Francis Ogereau

Printemps de la donnée, Université Clermont Auvergne, May 2025, Clermont Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-05095849v1

ATELIER - Dépôt et curation de données - Communauté Biologie et Santé (plateforme de bioanalyses Galaxy)

Cléa Siguret , Bérénice Batut , Nadia Goué

Printemps de la donnée 2025, Université Clermont-Auvergne, May 2025, Clermont-Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-05095680v1
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PRESENTATION - Discovering and best practices for research data in the context of open science

Nadia Goué , Francis Ogereau

Printemps de la donnée, Université Clermont Auvergne, May 2025, Clermont - Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-05095887v1
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PRESENTATION - Discovering and best practices for research data in the context of open science - part 2

Nadia Goué , Francis Ogereau

Printemps de la donnée UCA, Université Clermont Auvergne, Jun 2025, Clermont-Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-05095927v1
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FAIRing Research Data to Live

Nadia Goué

Journée "Cycle de vie des données en biologie", Apr 2024, Sophia Antipolis (06), France

Communication dans un congrès hal-04529741v1
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Combiner analyses statistiques intégratives et prédiction bioinformatique du sécrétome et du surfacéome pour comprendre le dialogue inter-organes

Jérémy Tournayre , Alyssa Imbert , Emile Mardoc , James Broadbent , Keren Byrne et al.

Journées d'Animation Scientifique et 20 ans du département PHASE, Nov 2024, Poitiers, France

Communication dans un congrès hal-04873121v1

ABRomics : Une plateforme basée sur Galaxy pour la recherche sur la résistance aux antibiotiques et la santé publique

Cléa Siguret , Bérénice Batut , Raphaël Tackx , Julie Lao , Amanda Dieuaide et al.

Journée d’animation annuelle de la plateforme AuBi 2024, Plateforme Auvergne Bioinformatique (AuBi), Dec 2024, Aubière / Clermont-Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-05084079v1

ABRomics: An integrated multi-omics platform for antibiotic resistance research and public health

Julie Lao , Pierre Marin , Romain Dallet , Fabien Mareuil , Alix De Toisy et al.

18ème congrès national de la SFM: MICROBES 2023, Société Français de Microbiologie, Oct 2023, Le couvant des Jacobins, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-04369101v1
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Talkmine, a workflow for the prediction of the interactions between secretome and surfaceome in the dialogue between cellular types

Manon Connault , Jérémy Tournayre , Céline Boby , Muriel Bonnet , Nadia Goué

JOBIM, Jul 2021, Paris - (Congrès virtuel), France

Communication dans un congrès hal-03332116v1
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Déterminismes biophysiques et moléculaires de la vulnérabilité à l'embolie chez le peuplier

Nadia N. Goue , Eric Badel , Tete Severien T. S. Barigah , Hervé H. Cochard

GDR 3544 " Sciences du Bois ", Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). LMGC, Montpellier, FRA., Nov 2012, Montpellier, France. 1 p

Communication dans un congrès hal-00964756v1

First insight into micro-genomics of cambial activity per cell type in poplar

Nadia Goué , Björn Sundberg , Ewa Mellerowicz , Marie-Claude Lesage Descauses , Philippe Label

Population genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain

Communication dans un congrès hal-02755673v1

Exploration of gene expression per cell type in the cambium of poplar

Nadia Goué , Björn Sundberg , Ewa Mellerowicz , Marie-Claude Lesage Descauses , Philippe Label

European project Alfa-GEMA and COST-E28 WG1 joint meeting, Oct 2005, Orléans, France. n.p

Communication dans un congrès hal-02829592v1
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FORVM Plants

Guillaume Laisney , David Benaben , Thomas Bellembois , Kevin Billet , Alain Bouchereau et al.

RFMF 2025 - 17èmes journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2025, Paris, France. pp.1-1, 2025

Poster de conférence hal-05121234v1
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Building a standardized database for honey bee microbiome: Addressing metadata and data comparability gaps

Bérénice Batut , Cléa Siguret , Hugo Serville , Geraldine Piot , Ivan Wawrzyniak et al.

JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux, France.

Poster de conférence hal-05132669v1
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FAIRing Research Data to Live @AuBi Platform

Francis Ogereau , Mateo Hiriart , Pierre Marin , Bérénice Batut , Cléa Siguret et al.

JOBIM, Jun 2024, Toulouse (FR), France

Poster de conférence hal-04643973v1
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MetaboCloud : A catalog of microservices hosted on a Cloud infrastructure and addressing issues linked to FAIR principles and open science

Faustine Souc , Thomas Bellembois , Nils Paulhe , Érina Point , Antoine Mahul et al.

JOBIM2024 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique, et Mathématiques - 2024, Jun 2024, Toulouse, France

Poster de conférence hal-04632161v1
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Orchestrating data flows throughout their whole life cycle

Konogan Bourhy , Laurent Bouri , Christophe Bruley , Olivier Collin , Frédéric De Lamotte et al.

JOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. , 2024

Poster de conférence hal-04618277v1
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Services deployed on the IFB National Network of Computing Resources (NNCR)

David Benaben , Christophe Blanchet , Matéo Boudet , Guillaume Brysbaert , Anthony Bretaudeau et al.

JOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. , 2024

Poster de conférence hal-04618059v1
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The ABRomics platform — a One Health Antimicrobial resistance analysis service

Julie Lao , Raphael Tackx , Pierre Marin , Amanda Dieuaide , Thomas Mignon et al.

Journées Ouvertes en Biologie, Informatique, et Mathématiques - 2024, Jun 2024, Toulouse, France

Poster de conférence hal-04618645v1
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ABRomics: A Galaxy-based one health antimicrobial resistance platform

Pierre Marin , Bérénice Batut , Kenzo-Hugo Hillion , Clea Siguret , Raphael Tackx et al.

GCC 2024 - Galaxy Community Conference 2024, Jun 2024, Brno, Czech Republic. , ⟨10.7490/f1000research.1119762.1⟩

Poster de conférence hal-04619528v1
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ABRomics: An integrated multi-omics platform for antibiotic resistance research and public health

Julie Lao , Pierre Marin , Romain Dallet , Fabien Mareuil , Alix De Toisy et al.

9ème symposium sur la résistance aux antimicrobiens chez les animaux et dans l'environnement (ARAE 2023), Jul 2023, Vinci International Convention Centre, Tours, France

Poster de conférence hal-04369175v1
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ABRomics: An integrated multi-omics platform for antibiotic resistance research and public health

Julie Lao , Pierre Marin , Romain Dallet , Fabien Mareuil , Alix De Thoisy et al.

Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM ) 2023, Jun 2023, Plouzané, France

Poster de conférence hal-04369161v1
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ABRomics - an open access online platform on antimicrobial resistance to store, integrate, analyze and share multi-omics data

Julie Lao , Pierre Marin , Romain Dallet , Fabien Mareuil , Alix De Toisy et al.

FEMS 2023 European Congress of Microbiology, Jul 2023, Congress Center Hamburg Hamburg, Germany, Germany

Poster de conférence hal-04369134v1
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Supports for imaging projects toward Open Science at AuBi platform

Mateo Hiriart , David Grimbichler , Laurent Bouri , Pierre Pouchin , Sophie Desset et al.

JOBIM, Jul 2022, Rennes, France

Poster de conférence hal-03716079v1
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ABRomics - a digital platform on antimicrobial resistance to store, integrate, analyze and share multi-omics data

Pierre Marin , Julie Lao , Kenzo-Hugo Hillion , Aurélien Birer , Nadia Goué et al.

JOURNÉES OUVERTES EN BIOLOGIE, INFORMATIQUE ET MATHÉMATIQUES ( JOBIM ) 2022, Jul 2022, Rennes, France. Actes JOBIM 2022

Poster de conférence hal-04369049v1
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Creation of an integrated molecular dynamics workflow on the Galaxy platform : Characterization of aquaporin pores

Agnès-Elisabeth Petit , Jean-Stéphane Venisse , Philippe Label , Nadia Goué

JOBIM, Jul 2022, Rennes, France.

Poster de conférence hal-03716631v1
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Talkmine, a workflow for the prediction of the interactions between secretome and surfaceome in the dialogue between cellular types

Manon Connault , Jérémy Tournayre , Céline Boby , Muriel Bonnet , Nadia Goue

JOBIM, Jul 2021, Paris - (Congrès virtuel), France

Poster de conférence hal-03332138v2
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Auvergne Bioinformatics platform at UCA Mesocentre

Nadia Goué , David Grimbichler , Pierre Peyret , Antoine Mahul

JOBIM, Jun 2020, Montpellier, France

Poster de conférence hal-04166998v1
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A Newly Opened Galaxy Platform at Clermont Auvergne University

Nadia Goué , David Grimbichler , Pierre Peyret , Antoine Mahul

Galaxy Community Conference, Jul 2019, Freiburg, Germany

Poster de conférence hal-04166976v1
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AuBi platform for biologists and bioinformaticians at UCA Mesocentre

Nadia Goué , David Grimbichler , Pierre Peyret , Antoine Mahul

JOBIM2018, Jul 2018, Marseille, France

Poster de conférence hal-04166992v1
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Biophysical and molecular determinants of vulnerability to cavitation in young poplars

Eric Badel , Nadia Goue , Hervé Cochard , Tete Severien Barigah , Stéphane Herbette

International Symposium on Wood Structure in Plant Biology and Ecology, Apr 2013, Naples, Italy. 2013

Poster de conférence hal-01190307v1

Gene expression in ray and fusiform cambial cells of hybrid poplar

Nadia Goué , Elisabeth Magel , Philippe Label , Björn Sundberg

Tree Biotechnology 2003, Jun 2003, Umea, France. 1 p., 2003

Poster de conférence hal-02831369v1

Contribution to the SAGE tag analysis by constitution of a potential-SAGE-tag database for poplar improving tag identification uniqueness

Farid Ghazali , Nadia Goué , Philippe Label

Tree Biotechnology 2003, Jun 2003, Umea, France. 1 p., 2003

Poster de conférence hal-02829733v1