Nicolas Férey

Maitre de Conférence en Informatique à l'Université Paris Saclay Enseignement : IUT d'Orsay, département informatique Recherche : Laboratoire Interdisciplinaire des Sciences du Numérique (LISN), équipe Réalité Virtuelle et Augmentée VENISE.
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Documents
Affiliations actuelles
  • Laboratoire Interdisciplinaire des Sciences du Numérique (LISN)
  • Virtual & augmented ENvIronments for Simulation & Experiments - LISN (VENISE)
Contact

Présentation

Docteur en informatique de l’Université Paris-Sud (devenue Université Paris-Saclay), Nicolas Ferey est, depuis 2009, maître de conférences à l’Université Paris Sud (devenue Université Paris-Saclay). Son enseignement au département informatique de l’IUT d’Orsay porte sur l’ingénierie logicielle, en base de données, en interaction humain machine, en bioinformatique et il réalise ses activités de recherche, au sein de l’équipe Venise du Laboratoire d’informatique pour la mécanique et les sciences de l’ingénieur (LIMSI, devenu Laboratoire interdisciplinaire des sciences du numérique (LISN) – unité mixte Univ. Paris-Saclay/CNRS/INRIA/Centrale Supelec), dans le domaine de la réalité virtuelle et augmentée, à la fois sur des questions fondamentales (réalisme de l'interaction, présence, mal du simulateur., paradigmes d'interaction 3D, navigation 3D, multimodalité en entrée et en sortie...) et des outils et méthodologies innovantes en Réalité Virtuelle et Augmentée pour la recherche ou l'industrie, notamment pour la biologique moléculaire. Investi dans la vie de l’IUT et de l’université, il a été, de 2010 à 2021, membre de la Commission consultative de spécialistes de l’université (CCSU) informatique, et est depuis 2015 membre du Conseil d’administration de l’IUT d’Orsay, membre du Comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail spécial de l’IUT d’Orsay (ex CHSCTS, devenu F4SCT).. Il est élu au Conseil de la Faculté des Sciences, et depuis janvier 2024 élu au Conseil d’Administration de l’université Paris Saclay.

Domaines de recherche

Bio-informatique [q-bio.QM] Interface homme-machine [cs.HC] Synthèse d'image et réalité virtuelle [cs.GR] Biologie moléculaire Informatique [cs]

Compétences

Réalité Virtuelle Réalité Augmentée Simulation Scientifique Interactive Simulation Moléculaire Modélisation Moléculaire Interaction Humain Machine Jeux Sérieux Interaction 3D

Publications

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Publications

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BioSpring: An elastic network framework for interactive exploration of macromolecular mechanics

Benoist Laurent , André Lanrezac , Hubert Santuz , Nicolas Ferey , Olivier Delalande et al.
Protein Science, 2025, 34 (5), pp.e70130. ⟨10.1002/pro.70130⟩
Article dans une revue hal-05039981 v1
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Design – a new way to look at old molecules

Davide Spalvieri , Anne-Marine Mauviel , Matthieu Lambert , Nicolas Férey , Sophie Sacquin-Mora et al.
Journal of Integrative Bioinformatics, 2022, 19 (2), pp.20220020. ⟨10.1515/jib-2022-0020⟩
Article dans une revue hal-03793308 v1
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Fast and Interactive Positioning of Proteins within Membranes

André Lanrezac , Benoist Laurent , Hubert Santuz , Nicolas Férey , Marc Baaden
Algorithms, 2022, 15 (11), pp.415. ⟨10.3390/a15110415⟩
Article dans une revue hal-03873725 v1
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Wielding the power of interactive molecular simulations

André Lanrezac , Nicolas Férey , Marc Baaden
Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science, 2021, 12 (4), pp.e1594. ⟨10.1002/WCMS.1594⟩
Article dans une revue hal-03447181 v1
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Physical, Modular and Articulated Interface for Interactive Molecular Manipulation

Bastien Vincke , Mohamed Anis Ghaoui , Nicolas Ferey , Xavier Martinez
Sensors, 2020, 20 (18), pp.5415. ⟨10.3390/s20185415⟩
Article dans une revue hal-03030681 v1
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Dystrophin's central domain forms a complex filament that becomes disorganized by in-frame deletions

Olivier Delalande , Anne-Elisabeth Molza , Raphael dos Santos Morais , Angélique Chéron , Emeline Pollet et al.
Journal of Biological Chemistry, 2018, 293 (18), pp.6637-6646. ⟨10.1074/jbc.M117.809798⟩
Article dans une revue hal-01795395 v2
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Semantics for an Integrative and Immersive Pipeline Combining Visualization and Analysis of Molecular Data

Mikael Trellet , Nicolas Ferey , Jakub Flotyński , Marc Baaden , Patrick Bourdot
Journal of Integrative Bioinformatics, 2018, 15 (2), pp.20180004. ⟨10.1515/jib-2018-0004⟩
Article dans une revue hal-01935586 v1
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Ten simple rules to create a serious game, illustrated with examples from structural biology

Marc Baaden , Olivier Delalande , Nicolas Ferey , Samuela Pasquali , Jérôme Waldispühl et al.
PLoS Computational Biology, 2018, 14 (3), pp.e1005955. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005955⟩
Article dans une revue hal-01744190 v1

3D reconstruction with a markerless tracking method of flexible and modular molecular physical models: towards tangible interfaces

Xavier Martinez , Nicolas Férey , Jean-Marc Vézien , Patrick Bourdot
Journal of Virtual Reality and Broadcasting, 2017, 14 (2), pp.1-12. ⟨10.20385/1860-2037/14.2017.2⟩
Article dans une revue hal-02351533 v1
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Innovative interactive flexible docking method for multi-scale reconstruction elucidates dystrophin molecular assembly

Anne-Elisabeth Molza , Nicolas Férey , Mirjam Czjzek , Elisabeth Le Rumeur , Jean-François Hubert et al.
Faraday Discussions, 2014, 169, pp.45-62. ⟨10.1039/C3FD00134B⟩
Article dans une revue hal-01018071 v1
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ExaViz: a Flexible Framework to Analyse, Steer and Interact with Molecular Dynamics Simulations

Matthieu Dreher , Jessica Prevoteau-Jonquet , Mikael Trellet , Marc Piuzzi , Marc Baaden et al.
Faraday Discussions, 2014, Molecular simulations and visualization, 169, pp.119-142. ⟨10.1039/C3FD00142C⟩
Article dans une revue hal-00942627 v1

MANHaptic: A Haptic Adaptive Method for Precise Manipulation, Assembly and Navigation

A. Tek , Marc Baaden , N. Férey , P. Bourdot
International Journal on Human Machine Interaction, 2014, 1, pp.57-63
Article dans une revue hal-01498081 v1

Perceptual Conflicts in a Multi-Stereoscopic Immersive Virtual Environment: Case Study on Face-to-Face Interaction through an Avatar

Weiya Chen , Céline Clavel , Nicolas Férey , Patrick Bourdot
Presence: Teleoperators and Virtual Environments, 2014, 23, pp.410-429. ⟨10.1162/PRES_a_00209⟩
Article dans une revue hal-01845441 v1

Interactive Molecular Dynamics: Scaling up to Large Systems

Matthieu Dreher , Marc Piuzzi , Ahmed Turki , Matthieu Chavent , Marc Baaden et al.
Procedia Computer Science, 2013, 2013 International Conference on Computational Science, 18, pp.20-29. ⟨10.1016/j.procs.2013.05.165⟩
Article dans une revue hal-01084652 v1
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Modeling the early stage of DNA sequence recognition within RecA nucleoprotein filaments.

Adrien Saladin , Christopher Amourda , Pierre Poulain , Nicolas Férey , Marc Baaden et al.
Nucleic Acids Research, 2010, 38 (19), pp.6313-23. ⟨10.1093/nar/gkq459⟩
Article dans une revue hal-00533099 v1
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Multi-resolution approach for interactively locating functionally linked ion binding sites by steering small molecules into electrostatic potential maps using a haptic device.

Olivier Delalande , Nicolas Ferey , Benoist Laurent , Marc Gueroult , Brigitte Hartmann et al.
Pacific Symposium on Biocomputing, 2010, pp.205-15. ⟨10.1142/9789814295291_0023⟩
Article dans une revue hal-00661430 v1

Complex molecular assemblies at hand via interactive simulations.

Olivier Delalande , Nicolas Férey , Gilles Grasseau , Marc Baaden
Journal of Computational Chemistry, 2009, 30 (15), pp.2375-87. ⟨10.1002/jcc.21235⟩
Article dans une revue istex inserm-00713313 v1
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Docking de protéines en réalité virtuelle. Une approche hybride et multimodale

Nicolas Férey , Guillaume Bouyer , Christine Martin , Abdelhamid Drif , Patrick Bourdot et al.
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2009, 28 (8), pp.983 - 1015. ⟨10.3166/tsi.28.983-1015⟩
Article dans une revue hal-01753902 v1
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Multisensory VR interaction for protein-docking in the CoRSAIRe project

Nicolas Férey , Julien Nelson , Christine Martin , Lorenzo Picinali , Guillaume Bouyer et al.
Virtual Reality, 2009, 13 (4), pp.273-293. ⟨10.1007/s10055-009-0136-z⟩
Article dans une revue hal-01753897 v1
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Escape from PharmaZ: a Game to Boost Pharmacophore Learning through Immersive Augmented Reality

Iza Marfisi-Schottman , Hubert Santuz , Camille Bisson , Marc Baaden , Nicolas Férey et al.
Games and Learning Alliance 13th International Conference, GALA 2024, Nov 2024, Berlin, Germany. pp.317-327, ⟨10.1007/978-3-031-78269-5_30⟩
Communication dans un congrès hal-04794554 v1
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Interface moléculaire tangible, modulaire, articulée, sans fil et sans marqueur, basée sur l’internet des objets

Nicolas Férey , Bastien Vincke , Mohamed Anis Ghaoui
33e conférence internationale francophone sur l’Interaction Humain-Machine (IHM'22), AFIHM, Apr 2022, Namur, Belgique
Communication dans un congrès hal-03835651 v1
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Interactive simulation for easy decision-making in fluid dynamics

Mengchen Wang , Nicolas Férey , Frédéric Magoulès , Patrick Bourdot
42nd Annual Conference of the European Association for Computer Graphics, (Eurographics 2021), May 2021, Vienna, Austria. ⟨10.2312/egs.20211022⟩
Communication dans un congrès hal-03328156 v1
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ARPads: Mid-air Indirect Input for Augmented Reality

Eugenie Brasier , Olivier Chapuis , Nicolas Ferey , Jeanne Vezien , Caroline Appert
2020 IEEE International Symposium on Mixed and Augmented Reality (ISMAR), Nov 2020, Porto de Galinhas, Brazil. pp.332-343, ⟨10.1109/ISMAR50242.2020.00060⟩
Communication dans un congrès hal-02915795 v1
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Using Asynchronous Simulation Approach for Interactive Simulation

Mengchen Wang , Nicolas Ferey , Patrick Bourdot , Frédéric Magoulès
2019 18th International Symposium on Distributed Computing and Applications for Business Engineering and Science (DCABES), Nov 2019, Wuhan, China. pp.84-87, ⟨10.1109/DCABES48411.2019.00028⟩
Communication dans un congrès hal-02399881 v1
Image document

Interactive 3D Fluid Simulation: Steering the Simulation in Progress Using Lattice Boltzmann Method

Mengchen Wang , Nicolas Ferey , Patrick Bourdot , Frédéric Magoulès
2019 18th International Symposium on Distributed Computing and Applications for Business Engineering and Science (DCABES), Nov 2019, Wuhan, China. pp.72-75, ⟨10.1109/DCABES48411.2019.00025⟩
Communication dans un congrès hal-02399846 v1

Modular and Flexible Tangible Molecular Interface for Interactive Molecular Simulation Based on Internet of Things Approach

Bastien Vincke , Mohamed Anis Ghaoui , Nicolas Férey , Xavier Martinez , Loïc Brochot
International Conference on Virtual Reality and Augmented Reality. EuroVR 2019, Oct 2019, Tallinn, Estonia. pp.24-32, ⟨10.1007/978-3-030-31908-3_2⟩
Communication dans un congrès hal-04054589 v1

Analyzing Interaction Dynamics at the Fuzzy Front-End of Innovation Projects: A Tool for Prospective Ergonomics

Julien Nelson , Xavier Malon , Nicolas Férey
20th Congress of the International Ergonomics Association (IEA 2018), International Ergonomics Association, Aug 2018, Florence, France. pp.1001-1007, ⟨10.1007/978-3-319-96071-5_102⟩
Communication dans un congrès hal-04425055 v1
Image document

Interactive Visual Analytics of Molecular Data in Immersive Environments via a Semantic Definition of the Content and the Context

Mickael Trellet , Nicolas Férey , Marc Baaden , Patrick Bourdot
IEEE VR 2016/VR 2016 Workshop on Immersive Analytics, Mar 2016, Greenville, SC, United States. pp.48-53, ⟨10.1109/IMMERSIVE.2016.7932383⟩
Communication dans un congrès hal-01497990 v1
Image document

Characterizing the Influence of Motion Parameters on Performance when Acquiring Moving Targets

Alexandre Kouyoumdjian , Nicolas Ferey , Patrick Bourdot , Stéphane Huot
15th Human-Computer Interaction (INTERACT), Sep 2015, Bamberg, Germany. pp.148-155, ⟨10.1007/978-3-319-22723-8_12⟩
Communication dans un congrès hal-01207511 v1
Image document

Remote Collaboration across Heterogeneous Large Interactive Spaces

Cédric Fleury , Nicolas Ferey , Jean-Marc Vézien , Patrick Bourdot
IEEE VR International Workshop on 3D Collaborative Virtual Environments (3DCVE 2015), Mar 2015, Arles, France. ⟨10.1109/3DCVE.2015.7153591⟩
Communication dans un congrès hal-01242306 v1

Content and task based navigation for structural biology in 3D environments

M. Trellet , N. Ferey , Marc Baaden , P. Bourdot
Virtual and Augmented Reality for Molecular Science (VARMS@IEEEVR), 2015 IEEE 1st International Workshop on, Mar 2015, Arles, France. pp.31--36, ⟨10.1109/VARMS.2015.7151726⟩
Communication dans un congrès hal-01498020 v1
Image document

Content-guided Navigation in Multimeric Molecular Complexes

M. Trellet , Nicolas Férey , M. Baaden , P. Bourdot
BIOIMAGING 2014 - Proceedings of the International Conference on Bioimaging, ESEO, Angers, Loire Valley, France, 3-6 March, 2014, 2014, Angers, France. pp.76--81, ⟨10.5220/0004914300760081⟩
Communication dans un congrès hal-01498053 v1
Image document

Navigation guidée par le contenu pour l'exploration moléculaire.

M. Trellet , N. Férey , M. Baaden , P. Bourdot
Journées de l’Association Française de Réalité Virtuelle (AFRV), 2013, Laval, France
Communication dans un congrès hal-01498083 v1
Image document

Using Conceptual Graphs to embed expert knowledge in VR Interactions: Application to Structural Biology

Malik Qasim , Guillaume Bouyer , Nicolas Férey
5th Joint Virtual Reality Conference – JVRC 2013, Dec 2013, Campus Paris Saclay, France
Communication dans un congrès hal-01753890 v1
Image document

Interactive Molecular Dynamics: Scaling up to Large Systems

Matthieu Dreher , Marc Piuzzi , Turki Ahmed , Chavent Matthieu , Marc Baaden et al.
International Conference on Computational Science, ICCS 2013, Jun 2013, Barcelone, Spain
Communication dans un congrès hal-00809024 v1
Image document

BioSpring: an interactive and multi-resolution software for flexible docking and for mechanical exploration of large biomolecular assemblies

Nicolas Ferey , Olivier Delalande , Marc Baaden
JOBIM 2012 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.433-434
Communication dans un congrès hal-00761683 v1

Sensorimotor feedback for interactive realism: evaluation of a haptic driving paradigm for a forklift simulator

Pierre Martin , Nicolas Férey , Céline Clavel , Françoise Darses , Patrick Bourdot
International Conference EuroHaptics, Poika Isokoski; Jukka Springare, Jan 2012, Tampere, Finland
Communication dans un congrès hal-01845450 v1

User Needs Analysis to Design a 3D Multimodal Protein-Docking Interface

Nicolas Ferey , Guillaume Bouyer , Christine Martin , Patrick Bourdot , Julien Nelson et al.
IEEE Symposium on 3D User Interfaces 2008, Mar 2008, Reno, United States. ⟨10.1109/3DUI.2008.4476602⟩
Communication dans un congrès hal-01197539 v1
Image document

A VR framework for interacting with molecular simulations

Nicolas Férey , Olivier Delalande , Gilles Grasseau , Marc Baaden
the 2008 ACM symposium, Oct 2008, Bordeaux, France. pp.91-94, ⟨10.1145/1450579.1450598⟩
Communication dans un congrès hal-03904892 v1
Image document

From Interactive to Immersive Molecular Dynamics

Nicolas Férey , Olivier Delalande , Gilles Grasseau , Marc Baaden
Workshop in Virtual Reality Interactions and Physical Simulation "VRIPHYS" (2008), 2008, Grenoble, France. pp.89-96, ⟨10.2312/PE/vriphys/vriphys08/089-096⟩
Communication dans un congrès hal-03904907 v1
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REVIVOS: REalité VIrtuelle pour la construction de VOcabulaires Spécialisés

Nicolas Férey , Nioche Claire Toffano , Taillez Oriane Matte , Rachid Gherbi , W. Turner
18es Journées Francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jul 2007, Grenoble, France. not specified
Communication dans un congrès hal-00509922 v1
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Visual Data Mining of Genomic Databases by Immersive Graph-Based Exploration

Nicolas Férey , Pierre-Emmanuel Gros , Joan Hérisson , Rachid Gherbi
GRAPHITE 2005, 3rd International Conference On Computer Graphics and Interactives Techniques In Autralia and Southeast Asia, 2005, Dunedin, New Zealand. pp.4
Communication dans un congrès hal-00145610 v1

Combining Applications and Databases Integration Approaches in a Common Distributed Genomic Platform

P. E. Gros , Joan Hérisson , N. Ferey , R. Gherbi
19th International Conference on Advanced Information Networking and Applications (AINA'05) Volume 1 (AINA papers), Mar 2005, Taipei, Taiwan. ⟨10.1109/AINA.2005.136⟩
Communication dans un congrès hal-04351647 v1

DNA in Virtuo visualization and exploration of 3D genomic structures

Joan Hérisson , P. Gros , N. Férey , O. Magneau , R. Gherbi
AFRIGRAPH04: 3rd International Conference on Computer Graphics, Virtual Reality, Visualization and Interaction in Africa, Nov 2005, Stellenbosch South Africa, South Africa. pp.35-40, ⟨10.1145/1029949.1029955⟩
Communication dans un congrès hal-04351628 v1
Image document

Interface tangible modulaire, articulée et sans marqueur dédiée à la pédagogie et à la recherche en biologie moléculaire

Nicolas Férey , Bastien Vincke , Mohamed Anis Ghaoui
Congrès du Groupe Graphisme et Modélisation Moléculaire, Sep 2021, Lille, France. , Actes du congrès du GGMM 2021, 2021
Poster de conférence hal-04582042 v1
Image document

A Multimodal VR Framework for Interactive Molecular Simulations

Alex Tek , Benoist Laurent , Nicolas Férey , Marc Baaden
EuroVR-EVE 2010, Nov 2010, Orsay, France
Poster de conférence hal-03977463 v1
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Interactive Molecular Dynamics

André Lanrezac , Nicolas Férey , Marc Baaden
Comprehensive Computational Chemistry, 3, Elsevier, pp.454-474, 2024, ⟨10.1016/B978-0-12-821978-2.00115-X⟩
Chapitre d'ouvrage hal-04307111 v1

Advances in Human-Protein Interaction - Interactive and Immersive Molecular Simulations

Alex Tek , Benoist Laurent , Marc Piuzzi , Zhihan Lu , Matthieu Chavent et al.
Weibo Cai and Hao Hong. Biochemistry, Genetics and Molecular Biology " "Protein-Protein Interactions - Computational and Experimental Tools", InTech, pp.27-65, 2012, 978-953-51-0397-4. ⟨10.5772/36568⟩
Chapitre d'ouvrage hal-00760181 v1