Nicolas VERGNE

Documents

Publications

Unveiling the Persistent Dynamics of Visual-Motor Skill via Drifting Markov Modeling

Emmanouil-Nektarios Kalligeris , Vlad Stefan Barbu , Guillaume Hacques , Ludovic Seifert , Nicolas Vergne

Nonlinear Dynamics, Psychology, and Life Sciences, 2024, 28 (4), pp.431-447

Article dans une revue hal-05646343v1

dsmmR: Estimation and Simulation of Drifting Semi-Markov Models

Vlad Stefan Barbu , Ioannis Mavrogiannis , Nicolas Vergne

Journal of Open Source Software, 2024, 9 (100), pp.5572. ⟨10.21105/joss.05572⟩

Article dans une revue hal-05646382v1

Narrowing the coordination solution space during motor learning standardizes individual patterns of search strategy but diversifies learning rates

John Komar , Ludovic Seifert , Nicolas Vergne , Karl Newell

Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.2009. ⟨10.1038/s41598-023-29238-z⟩

Article dans une revue hal-04485192v1

smmR: A Semi-Markov R package

Vlad Stefan Barbu , Florian Lecocq , Corentin Lothodé , Nicolas Vergne

Journal of Open Source Software, 2023, 8 (85), pp.4365. ⟨10.21105/joss.04365⟩

Article dans une revue hal-03832683v1

Bayesian Information Criterion for Fitting the Optimum Order of Markov Chain Models: Methodology and Application to Air Pollution Data

Yousif Alyousifi , Kamarulzaman Ibrahim , Mahmod Othamn , Wan Zawiah Wan Zin , Nicolas Vergne et al.

Mathematics , 2022, 10 (13), pp.2280. ⟨10.3390/math10132280⟩

Article dans une revue hal-04485219v1

Improving high-resolution copy number variation analysis from next generation sequencing using unique molecular identifiers

Pierre-Julien Viailly , Vincent Sater , Mathieu Viennot , Elodie Bohers , Nicolas Vergne et al.

BMC Bioinformatics, 2021, 22 (1), ⟨10.1186/s12859-021-04060-4⟩

Article dans une revue hal-03210287v1

Improving Bioinformatics Prediction of microRNA Targets by Ranks Aggregation

Aurélien Quillet , Chadi Saad , Gaëtan Ferry , Youssef Anouar , Nicolas Vergne et al.

Frontiers in Genetics, 2020, 10, pp.1330. ⟨10.3389/FGENE.2019.01330⟩

Article dans une revue hal-03138593v1

Comparative in depth RNA sequencing of P. tricornutum’s morphotypes reveals specific features of the oval morphotype

Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Caroline Berard , Nicolas Vergne , Thierry Lecroq et al.

Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.14340. ⟨10.1038/s41598-018-32519-7⟩

Article dans une revue hal-01894856v1

Reliability and survival analysis for drifting Markov models: modeling and estimation

Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne

Methodology and Computing in Applied Probability, 2018, ⟨10.1007/s11009-018-9682-8⟩

Article dans une revue hal-02337216v1

SMM: An R Package for Estimation and Simulation of Discrete-time semi-Markov Models

Vlad Stefan Barbu , Caroline Berard , Dominique Cellier , Mathilde Sautreuil , Nicolas Vergne

The R Journal, 2018, 10 (2), pp.226-247. ⟨10.32614/RJ-2018-050⟩

Article dans une revue hal-02337224v1

Pre-silencing of genes involved in the electron transport chain (ETC) pathway is associated with responsiveness to abatacept in rheumatoid arthritis

C. Derambure , G. Dzangue-Tchoupou , C. Bérard , N. Vergne , M. Hiron et al.

Arthritis Research and Therapy, 2017, 19 (1), ⟨10.1186/s13075-017-1319-8⟩

Article dans une revue hal-02337207v1

Value of ultrasonography as a marker of early response to abatacept in patients with rheumatoid arthritis and an inadequate response to methotrexate: results from the APPRAISE study

Minh Vu Chuong Nguyen , Xavier Romand , Candice Trocme , Anaïs Courtier , Hubert Marotte et al.

Annals of the Rheumatic Diseases, 2016, 75 (10), pp.1763-1769. ⟨10.1136/annrheumdis-2015-207709⟩

Article dans une revue hal-02467707v1

Coalescent-based DNA barcoding: multilocus analysis and robustness

Olivier David , Catherine Larédo , Raphael Leblois , Brigitte Schaeffer , Nicolas Vergne

Journal of Computational Biology, 2012, ⟨10.1089/cmb.2011.0122⟩

Article dans une revue hal-02337205v1

Coalescent-Based DNA Barcoding: Multilocus Analysis and Robustness

Olivier David , Catherine Laredo , Raphaël Leblois , Brigitte Schaeffer , Nicolas Vergne

Journal of Computational Biology, 2012, 19 (3), pp.271-278

Article dans une revue hal-02642847v1

Coalescent-based DNA Barcoding: Multilocus and Robustness

C. Larédo , O. David , R. Leblois , B. Schaeffer , N. Vergne

Journal of Computational Biology, 2012, 19 (3), pp.271-278

Article dans une revue hal-00705702v1

Sharp error terms for return time statistics under mixing conditions *

Miguel Abadi , Nicolas Vergne

Journal of Theoretical Probability, 2009

Article dans une revue hal-02337198v1

Drifting Markov Models with Polynomial Drift and Applications to DNA Sequences

Nicolas Vergne

Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 2008

Article dans une revue hal-02337190v1

Sharp errors for point-wise Poisson approximations in mixing processes

Miguel Abadi , Nicolas Vergne

Nonlinearity, 2008, 21 (12), pp.2871-2885. ⟨10.1088/0951-7715/21/12/008⟩

Article dans une revue istex hal-02337199v1

Poisson approximation for search of rare words in DNA sequences

Nicolas Vergne , Miguel Abadi

Alea : Estudos Neolatinos, 2008, 4, pp.223 - 244

Article dans une revue hal-02337193v1

Hidden Drifting Markov Models: Theoretical Developments, Statistical Inference, and Simulation Based Validation

Aguêmon Léon Tehungue , Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne

5th International Symposium on Markov and Semi-Markov Processes and Related Fields (SMP 2026), May 2026, Hammamet (Tunisie), Tunisia

Communication dans un congrès hal-05648357v1

Review of HSMM R and Python software

Caroline Bérard , Marie-Josée Cros , Jean-Baptiste Durand , Corentin Lothodé , Sandra Plancade et al.

MaSeMo : Markov, Semi-Markov Models and Associated Fields (from Theory to Application and back), Jul 2025, Paris, France. pp.21

Communication dans un congrès hal-05448323v1

Modelling and estimation of censored semi-Markov chains

Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne

56ièmes Journées de Statistique de la SFDS, Jun 2025, Marseille, France

Communication dans un congrès hal-05646516v1

Parameter Estimation and State Inference in Hidden Drifting Markov Models

Aguêmon Léon Tehungue , Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne

MaSeMo : Markov, Semi-Markov Models and Associated Fields (from Theory to Application and back), Jul 2025, Paris, France

Communication dans un congrès hal-05648299v1

Application of Drifting Markov Models to Dynamics Skill Acquisition

Vlad Stefan Barbu , Emmanouil-Nektarios Kalligeris , Guillaume Hacques , Ludovic Seifert , Nicolas Vergne

56ème Journées de Statistique de la SFDS, Jun 2025, Marseille, France

Communication dans un congrès hal-05646511v1

Hidden Drifting Markov Models: Theory, Inference, and Simulation-Based Evaluation

Aguêmon Léon Tehungue , Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne

Statistical Modeling with Application (StatMode 2025), Sep 2025, Piraeus-Athens, Greece

Communication dans un congrès hal-05648336v1

Différents types de modèles markoviens et applications en natation et escalade

Nicolas Vergne

Gestion et Analyse des données Sportives (GAS'25), May 2025, Caen, France

Communication dans un congrès hal-05646473v1

Drifting Markov models in learning of climbing

Nicolas Vergne , Emmanouil-Nektarios Kalligeris , Vlad Stefan Barbu , Guillaume Hacques , Ludovic Seifert

18th International Joint Conference CFE-CMStatistics, Dec 2024, Londres (King's College London), United Kingdom

Communication dans un congrès hal-05646443v1

Graph representation learning and semantic distribution: application to omic expression data

Idriss André , Saïd Abdeddaim , Nicolas Vergne , Lina F. Soualmia

JOBIM2024 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique, et Mathématiques - 2024, Jun 2024, Toulouse, France

Communication dans un congrès hal-05646413v1

Modèles de Markov dérivants pour l'apprentissage de l'escalade

Emmanouil-Nektarios Kalligeris , Vlad Stefan Barbu , Guillaume Hacques , Ludovic Seifert , Nicolas Vergne

55ièmes Journées de Statistique de la SFDS, May 2024, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-05646497v1

Different types of Markovian models and applications in swimming and climbing

Vlad Barbu , Emmanouil Kalligeris , Guillaume Hacques , John Komar , Ioannis Mavrogiannis et al.

Summer school "ComplexSportsData" : Analysing complex sports data, Jun 2023, Caen, France

Communication dans un congrès hal-04485355v1

Différents types de modèles markoviens et applications en natation et escalade

Nicolas Vergne

Ecole thématique : analyse de données sportives complexes, Jun 2023, Caen, France

Communication dans un congrès hal-05646453v1

Different types of Markovian models and applications

Nicolas Vergne , Vlad Stefan Barbu , Ioannis Mavrogiannis , Ludovic Seifert

Biomath Conference, Oct 2023, Hammamet, Tunisie

Communication dans un congrès hal-04485343v1

Modèles dérivants semi-markoviens : estimation, simulation et utilisation à travers le package dsmmR

Nicolas Vergne , Vlad Stefan Barbu , Ioannis Mavrogiannis

Processus markoviens, semi-markoviens et leurs applications, Jun 2023, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-04485365v1

smmR: an R package for Simulation, Estimation and Reliability of Semi-Markov

Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne , Florian Lecocq , Corentin Lothodé

The 23rd Conference of the Romanian Society of Probability and Statistics Bucharest, Nov 2022, Bucarest (Roumania), Romania

Communication dans un congrès hal-04485308v1

dsmmR: Estimation and simulation of Drifting Semi-Markov Models

Ioannis Mavrogiannis , Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne

Statistical Modeling with Applications, Oct 2022, Bucarest (Roumania), Romania

Communication dans un congrès hal-04485322v1

Drifting Semi-Markov Models: Estimation and Simulation through the dsmmR package

Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne , Ioannis Mavrogiannis

The 23rd Conference of the Romanian Society of Probability and Statistics Bucharest, Nov 2022, Bucarest (Roumania), Romania

Communication dans un congrès hal-04485290v1

Amélioration de la prédiction bioinformatique des cibles des microARN par l'agrégation des rangs : application au phéochromocytome, une tumeur neuroendocrine

Aurélien Quillet , Inès Drissa , Chadi Saad , Gaëtan Ferry , Nicolas Vergne et al.

Réunion thématique de l'axe 1 du Cancéropôle Nord-Ouest, Jun 2021, On line, France

Communication dans un congrès hal-05325704v1

Modeling and estimation by means of drifting Markov and semi-Markov chains

Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne

Quantitative Methods for Intangibles Evaluation, Dec 2019, Ancone, Italy

Communication dans un congrès hal-02440001v1

mCNA : a new methodology to improve high-resolution copy number variation analysis from next generation sequencing using unique molecular identifiers.

Pierre-Julien Viailly , Ahmad Abdel Sater , Hélène Dauchel , Alison Celebi , Caroline Bérard et al.

JOBIM, 2019, Nantes, France

Communication dans un congrès hal-02337236v1

Drifting Markov and semi-Markov models: modeling, estimation and applications.

Nicolas Vergne , Vlad Stefan Barbu

STODEP, 2018, Rouen, France

Communication dans un congrès hal-02337244v1

DRIMM'R and WebDRIMM: an R package and a web interface for drifting Markov model estimation and reliability

Vlad Stefan Barbu , Geoffray Brelurut , Annthomy Gilles , Arnaud Lefebvre , Victor Mataigne et al.

JDS, 2018, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02337261v1

Modèle de mélange binomial négatif bivarié pour l'analyse de données RNA-Seq

Mathilde Sautreuil , Caroline Bérard , Gaëlle Chagny , Antoine Channarond , Angelina Roche et al.

JDS, 2018, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02337265v1

Estimation paramétrique des chaînes semi-markoviennes pour des données censurées

Vlad Stefan Barbu , Caroline Bérard , Dominique Cellier , Mathilde Sautreuil , Nicolas Vergne

JDS, 2017, Avignon, France

Communication dans un congrès hal-02337254v1

Reliability and survival analysis for drifting Markov models: modelling and estimation

Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne

Mathematical Methods in Reliability, 2017, Grenoble, France

Communication dans un congrès hal-02337306v1

Drifting Markov models applied in reliability theory and survival analysis

Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne

JDS, 2017, Avignon, France

Communication dans un congrès hal-02337248v1

RNA Sequencing technology will help deciphering the morphogenesis mechanisms in the model diatom Phaeodactylum tricornutum

Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Caroline Bérard , Nicolas Vergne , Thierry Lecroq et al.

Journée scientifique du GRR-IRIB, Jun 2015, Mont-Saint-Aignan, France

Communication dans un congrès hal-02076895v1

Rendre compte de la dynamique de l’activité des élèves en course d’orientation: application de modèles de Markov dérivant aux données d’expérience

Clément Jourand , John Komar , Adé D , Nicolas Vergne , Régis Thouvarecq

16ème congrès de l’Association des Chercheurs en Activité physique et Sportive, 2015, Nantes, France

Communication dans un congrès hal-02337328v1

Etude des mécanismes de morphogenèse chez la diatomée modèle Phaeodactylum tricornutum par séquençage d’ARN à haut débit (RNA-Seq)

Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Caroline Bérard , Nicolas Vergne , Thierry Lecroq et al.

Journées phycologiques de France, Sep 2015, Vannes, France

Communication dans un congrès hal-02076884v1

Elucidation of the morphogenesis mechanisms in the diatom P. tricornutum using RNA sequencing technology

Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne et al.

17ième Journées de l’Ecole Doctorale NBISE, Apr 2014, Le Havre, France

Communication dans un congrès hal-02109139v1

Taux d’erreurs des méthodes phylogénétiques et des méthodes statistiques de classification pour le Barcode ADN

Catherine Laredo , Brigitte Schaeffer , Nicolas Vergne , Olivier David , Frédéric Austerlitz et al.

Projet IFORA, Jun 2010, Montpellier, France. pp.45

Communication dans un congrès hal-02754486v1

Représentation des données praomys à l'aide des cartes autoorganisées

Madalina Olteanu , Nicolas Vergne , Brigitte Schaeffer , Olivier David , Catherine Laredo

Projet IFORA, Colloque final de restitution (Agropolis International, Montpellier). ANR, Jun 2010, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-02753761v1

Error Rates of Phylogenetic and supervised Classification Algorithms in DNA Barcoding.

Catherine Larédo , Nicolas Vergne , Frederic Austerlitz , Olivier David , Brigitte Schaeffer et al.

Third International Barcode of Life Conference, 2009, Mexico, Mexico

Communication dans un congrès hal-02338011v1

Error rates in phylogenetic and supervised classification algorithms in DNA Barcoding

Catherine Laredo , Frédéric Austerlitz , Olivier David , Brigitte Schaeffer , Kevin Bleakley et al.

Third International Barcode of Life Conference, Nov 2009, Mexico city, Mexico

Communication dans un congrès hal-02756456v1

Poisson approximation for search of rare words in DNA sequences.

Nicolas Vergne

Workshop on "Hitting, returning and matching in dynamical systems, informa- tion theory and mathematical biology", 2008, Eindhoven, Netherlands

Communication dans un congrès hal-02338014v1

Applying Graph Representation Learning and Semantic Distribution to Omic Expression Data

Idriss André , Saïd Abdeddaïm , Nicolas Vergne , Lina F. Soualmia

Journées Normandes de Recherche Biomédicale - JNRB - 2024, Jun 2024, Rouen, France

Poster de conférence hal-05777409v1

miRabel, un outil web pour la prédiction efficace des cibles des microARN en santé humaine

Aurélien Quillet , Chadi Saad , Gaëtan Ferry , I Zerdane , M Salhi et al.

Les Rencontres Santé Numérique, Nov 2022, Rouen, France. 2022

Poster de conférence hal-05325942v1

Rôle des microARN dans l’hypersécrétion de catécholamines par les phéochromocytomes

Inès Drissa , Aurélien Quillet , M-C Tellier , Dorthe Cartier , C Berard et al.

Réunion Thématique de l'axe 1 Du Cancéropôle Nord-Ouest, Nov 2020, Rouen, France. 2020

Poster de conférence hal-05325867v1

Bivariate Negative Binomial Mixture Model for the analysis of RNA-seq data

Mathilde Sautreuil , Nicolas Vergne , Antoine Channarond , Angelina Roche , Gaëlle Chagny et al.

JOBIM, 2017, Lille, France

Poster de conférence hal-02337246v1

Elucidation of the morphogenesis mechanisms in the diatom P. tricornutum using RNA sequencing technology

Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne et al.

17ième Journées de l’Ecole Doctorale NBISE, Apr 2014, Le Havre, France

Poster de conférence hal-02114318v1

GC- VC/DGE : a user-friendly web application for Going over Concordance across results from NGS bioinformatics analytic pipelines

Chloé Cabot , Mary Mélissa , Chadi Saad , Alexandre Renaux , Alexis Bertrand et al.

ECCB, 2014, Strasbourg, France

Poster de conférence hal-02338005v1

Towards a better understanding of Phaeodactylum tricornutum’s morphogenesis

Marie-Christine Kiefer-Meyer , Clément Ovide , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne et al.

Plant Genomics Congress, May 2013, Londres, United Kingdom

Poster de conférence hal-02119212v1

RNA-seq : a new tool to study Phaeodactylum tricornutum morphogenesis

Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne et al.

2nd Journée de l’Institut de Recherche et d’Innovation Biomédicale, Jun 2013, Rouen, France

Poster de conférence hal-02119202v1

Towards a better understanding of Phaeodactylum tricornutum’s morphogenesis

Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne et al.

EMBO Workshop, The molecular Life of diatoms, Jun 2013, Paris, France

Poster de conférence hal-02125074v1

Les chaînes de Markov régulées

Nicolas Vergne

JOBIM, 2005, Lyon, France

Poster de conférence hal-02337981v1

Drifting Markov models.

Nicolas Vergne

ECCB, 2005, Madrid, Spain

Poster de conférence hal-02337987v1

Méthode bayésienne de classification des séquences Barcode basée sur la coalescence

Nicolas Vergne

Journées MAS et Journée en l'honneur de Jacques Neveu, Aug 2010, Talence, France

Document associé à des manifestations scientifiques inria-00510191v1

Statistical Topics and Stochastic Models for Dependent Data - Applications in Reliability, Survival Analysis and Related Fields

Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne

Iste-Wiley. In press, ⟨10.1002/9781119779421⟩

Ouvrages hal-02437845v1

Review of HSMM R and Python softwares

Caroline Bérard , Marie-Josée Cros , Jean-Baptiste Durand , Corentin Lothodé , Sandra Plancade et al.

Peyrard Nathalie (ed.); De Saporta Benoîte (ed.). A comprehensive guide to HSMM: Theory, software, and advanced extensions, ISTE; John Wiley, pp.47-77, 2026, Mathematics and Statistics Series / ISTE, 978-1-394-42758-1. ⟨10.1002/9781394427581.ch2⟩

Chapitre d'ouvrage hal-05492212v1

Monochain HSMM

Jean-Baptiste Durand , Alain Franc , Nathalie Peyrard , Nicolas Vergne , Irene Votsi

Peyrard Nathalie (ed.); De Saporta Benoîte (ed.). A comprehensive guide to HSMM: Theory, software, and advanced extensions, ISTE; John Wiley, pp.1-46, 2026, Mathematics and Statistics Series / ISTE, 978-1-394-42758-1. ⟨10.1002/9781394427581.ch1⟩

Chapitre d'ouvrage hal-05492211v1