Pierre Neuvial

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Publications

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FDP control in mass-univariate linear models using the residual bootstrap

Samuel Davenport , Bertrand Thirion , Pierre Neuvial

Electronic Journal of Statistics , 2025, 19, pp.1313 - 1336. ⟨10.1214/25-EJS2354⟩

Article dans une revue hal-05002607v1
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Selective inference after convex clustering with $\ell_1$ penalization

François Bachoc , Cathy Maugis , Pierre Neuvial

ESAIM: Probability and Statistics, 2025, 29, pp.204-242. ⟨10.1051/ps/2025004⟩

Article dans une revue hal-04200062v2
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The dependence of the amino acid backbone conformation on the translated synonymous codon is not statistically significant

Javier González-Delgado , Pablo Mier , Pau Bernadó , Pierre Neuvial , Juan Cortés

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2025, 122 (24), ⟨10.1073/pnas.2503264122⟩

Article dans une revue hal-05113237v1
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Weighted families of contact maps to characterize conformational ensembles of (highly-)flexible proteins

Javier González-Delgado , Pau Bernadó , Pierre Neuvial , Juan Cortés

Bioinformatics, 2024, 40 (11), pp.btae627. ⟨10.1093/bioinformatics/btae627⟩

Article dans une revue hal-04749226v1
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A two-sample tree-based test for hierarchically organized genomic signals

Pierre Neuvial , Nathanaël Randriamihamison , Marie Chavent , Sylvain Foissac , Nathalie Vialaneix

Journal of the Royal Statistical Society: Series C Applied Statistics, 2024, pp.qlae011. ⟨10.1093/jrsssc/qlae011⟩

Article dans une revue hal-04516167v1
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Post hoc false discovery proportion inference under a Hidden Markov Model

Marie Perrot-Dockès , Gilles Blanchard , Pierre Neuvial , Etienne Roquain Article dans une revue hal-03214472v1
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WASCO: A Wasserstein-based Statistical Tool to Compare Conformational Ensembles of Intrinsically Disordered Proteins

Javier González-Delgado , Amin Sagar , Christophe Zanon , Kresten Lindorff-Larsen , Pau Bernadó et al.

Journal of Molecular Biology, 2023, 435 (14), pp.168053. ⟨10.1016/j.jmb.2023.168053⟩

Article dans une revue hal-04056662v1
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Two-sample goodness-of-fit tests on the flat torus based on Wasserstein distance and their relevance to structural biology

Javier González-Delgado , Alberto González-Sanz , Juan Cortés , Pierre Neuvial

Electronic Journal of Statistics , 2023, 17 (1), pp.1547-1586. ⟨10.1214/23-EJS2135⟩

Article dans une revue hal-03369795v3
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Notip: Non-parametric True Discovery Proportion control for brain imaging

Alexandre Blain , Bertrand Thirion , Pierre Neuvial

NeuroImage, 2022, 260, pp.119492. ⟨10.1016/j.neuroimage.2022.119492⟩

Article dans une revue hal-03649114v3
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Statistical proofs of the interdependence between nearest neighbor effects on polypeptide backbone conformations

Javier González-Delgado , Pau Bernadó , Pierre Neuvial , Juan Cortés

Journal of Structural Biology, 2022, 214 (4), pp.107907. ⟨10.1016/j.jsb.2022.107907⟩

Article dans une revue hal-03826233v1
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Powerful and interpretable control of false discoveries in two-group differential expression studies

Nicolas Enjalbert-Courrech , Pierre Neuvial

Bioinformatics, 2022, 38 (23), pp.5214-5221. ⟨10.1093/bioinformatics/btac693⟩

Article dans une revue hal-03601095v2
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Applicability and interpretability of Ward's hierarchical agglomerative clustering with or without contiguity constraints

Nathanaël Randriamihamison , Nathalie Vialaneix , Pierre Neuvial

Journal of Classification, 2021, 38, pp.363-389. ⟨10.1007/s00357-020-09377-y⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-02294847v2
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Identification of Deregulated Mechanisms Specific to Bladder Cancer Subtypes

Magali Champion , Julien Chiquet , Pierre Neuvial , Mohamed Elati , François Radvanyi et al.

Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2021, 19 (1), ⟨10.1142/S0219720021400035⟩

Article dans une revue hal-03079966v1
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Single-Cell Virtual Cytometer allows user-friendly and versatile analysis and visualization of multimodal single cell RNAseq datasets

Frédéric Pont , Marie Tosolini , Qing Gao , Marion Perrier , Miguel Madrid-Mencía et al.

NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (2), ⟨10.1093/nargab/lqaa025⟩

Article dans une revue hal-02861405v1
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Post hoc confidence bounds on false positives using reference families

Gilles Blanchard , Pierre Neuvial , Etienne Roquain

Annals of Statistics, 2020, 48 (3), pp.1281-1303. ⟨10.1214/19-AOS1847⟩

Article dans une revue hal-01483585v5
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Post hoc false positive control for structured hypotheses

Guillermo Durand , Gilles Blanchard , Pierre Neuvial , Etienne Roquain

Scandinavian Journal of Statistics, 2020, 47 (4), pp.1114-1148. ⟨10.1111/sjos.12453⟩

Article dans une revue hal-01829037v3
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Adjacency-constrained hierarchical clustering of a band similarity matrix with application to Genomics

Christophe Ambroise , Alia Dehman , Pierre Neuvial , Guillem Rigaill , Nathalie Vialaneix

Algorithms for Molecular Biology, 2019, 14, pp.22. ⟨10.1186/s13015-019-0157-4⟩

Article dans une revue hal-02006331v2
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New insight for pharmacogenomics studies from the transcriptional analysis of two large-scale cancer cell line panels (vol 7, 15126, 2016)

Benjamin Sadacca , Anne-Sophie Hamy , C. Laurent , Pierre Gestraud , Hélène Bonsang-Kitzis et al.

Scientific Reports, 2018, 8, ⟨10.1038/s41598-018-36812-3⟩

Article dans une revue hal-02619813v1
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On the post selection inference constant under restricted isometry properties

François Bachoc , Gilles Blanchard , Pierre Neuvial

Electronic Journal of Statistics , 2018, 12 (2), ⟨10.1214/18-EJS1490⟩

Article dans une revue hal-03327160v3
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New insight for pharmacogenomics studies from the transcriptional analysis of two large-scale cancer cell line panels

Benjamin Sadacca , Anne-Sophie Hamy-Petit , Cecile Laurent , Pierre Gestraud , Hélène Bonsang-Kitzis et al.

Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.15126. ⟨10.1038/s41598-017-14770-6⟩

Article dans une revue hal-01634180v1
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A model for gene deregulation detection using expression data

Thomas Picchetti , Julien Chiquet , Mohamed Elati , Pierre Neuvial , Rémy Nicolle et al.

BMC Systems Biology, 2015, 9, ⟨10.1186/1752-0509-9-S6-S6⟩

Article dans une revue hal-01154154v2
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Performance of a blockwise approach in variable selection using linkage disequilibrium information

Alia Dehman , Christophe Ambroise , Pierre Neuvial

BMC Bioinformatics, 2015, 16, pp.14. ⟨10.1186/s12859-015-0556-6⟩

Article dans une revue hal-01193074v1
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Performance evaluation of DNA copy number segmentation methods

Morgane Pierre-Jean , Guillem Rigaill , Pierre Neuvial

Briefings in Bioinformatics, 2015, 16 (4), pp.600-615. ⟨10.1093/bib/bbu026⟩

Article dans une revue hal-00952896v2
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tmle.npvi: targeted, integrative search of associations between DNA copy number and gene expression, accounting for DNA methylation: Fig. 1.

Antoine Chambaz , Pierre Neuvial

Bioinformatics, 2015, 31 (18), pp.3054-6. ⟨10.1093/bioinformatics/btv320⟩

Article dans une revue hal-01113680v1
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Asymptotic Results on Adaptive False Discovery Rate Controlling Procedures Based on Kernel Estimators

Pierre Neuvial

Journal of Machine Learning Research, 2013, 14, pp.1423 - 1459

Article dans une revue hal-02644679v3
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Stability-Based Comparison of Class Discovery Methods for DNA Copy Number Profiles

Isabel Brito , Philippe Hupé , Pierre Neuvial , Emmanuel Barillot

PLoS ONE, 2013, 8 (12), ⟨10.1371/journal.pone.0081458⟩

Article dans une revue hal-02643008v1

Stability-based comparison of class discovery methods for DNA copy number profiles.

Isabel Brito , Philippe Hupé , Pierre Neuvial , Emmanuel Barillot

PLoS ONE, 2012, 8 (12), pp.e81458

Article dans une revue hal-01201580v1
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CalMaTe: a method and software to improve allele-specific copy number of SNP arrays for downstream segmentation

Maria Ortiz-Estevez , Ander Aramburu , Henrik Bengtsson , Pierre Neuvial , Angel Rubio

Bioinformatics, 2012, 28 (13), pp.1793-1794. ⟨10.1093/bioinformatics/bts248⟩

Article dans une revue hal-01200761v1

Subtype and pathway specific responses to anticancer compounds in breast cancer.

Laura M Heiser , Anguraj Sadanandam , Wen-Lin Kuo , Stephen C Benz , Theodore C Goldstein et al.

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (8), pp.2724-9

Article dans une revue hal-01201568v1
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Estimation of a non-parametric variable importance measure of a continuous exposure

Antoine Chambaz , Pierre Neuvial , Mark van Der Laan

Electronic Journal of Statistics , 2012, 6, pp.1059-1099. ⟨10.1214/12-EJS703⟩

Article dans une revue hal-00629899v1
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On false discovery rate thresholding for classification under sparsity

Pierre Neuvial , Etienne Roquain

Annals of Statistics, 2012, 40 (5), pp.Vol. 40, No. 5, 2572-2600. ⟨10.1214/12-AOS1042⟩

Article dans une revue hal-00604427v3
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More power via graph-structured tests for differential expression of gene networks

Laurent Jacob , Pierre Neuvial , Sandrine Dudoit

Annals of Applied Statistics, 2012, 6 (2), pp.561-600. ⟨10.1214/11-AOAS528⟩

Article dans une revue hal-00521097v2

Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma.

The Cancer Genome Atlas Research Network , Pierre Neuvial

Nature, 2011, 474 (7353), pp.609-15

Article dans une revue hal-01201577v1

Statistiques et Génome

Franck Picard , S. Schbath , E. Lebarbier , Pierre Neuvial , J. Chiquet

Gazette des Mathématiciens, 2011, 130, pp.1-32

Article dans une revue hal-00698143v1
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Parent-specific copy number in paired tumor–normal studies using circular binary segmentation

Adam B Olshen , Henrik Bengtsson , Pierre Neuvial , Paul T Spellman , Richard A Olshen et al.

Bioinformatics, 2011, 27 (15), pp.2038-2046. ⟨10.1093/bioinformatics/btr329⟩

Article dans une revue hal-01200750v1

Identification of a CpG island methylator phenotype that defines a distinct subgroup of glioma.

Houtan Noushmehr , Daniel Weisenberger , Kristin Diefes , Heidi Phillips , Kanan Pujara et al.

Cancer Cell, 2010, 17 (5), pp.510-22. ⟨10.1016/j.ccr.2010.03.017⟩

Article dans une revue hal-01201573v1

TumorBoost: Normalization of allele-specific tumor copy numbers from a single pair of tumor-normal genotyping microarrays

Henrik Bengtsson , Pierre Neuvial , Terence P Speed

BMC Bioinformatics, 2010, pp.245. ⟨10.1186/1471-2105-11-245⟩

Article dans une revue hal-01199777v1

High-resolution mapping of DNA breakpoints to define true recurrences among ipsilateral breast cancers

Marc Bollet , Nicolas Servant , Pierre Neuvial , Charles Decraene , Ingrid Lebigot et al.

JNCI: Journal of the National Cancer Institute, 2008, 100 (1), pp.48-58. ⟨10.1093/jnci/djm266⟩

Article dans une revue hal-00204833v1

Asymptotic Properties of False Discovery Rate Controlling Procedures Under Independence

Pierre Neuvial

Electronic Journal of Statistics , 2008, 2, pp.1065-1110. ⟨10.1214/08-EJS20⟩

Article dans une revue hal-00286066v1

LICORN: learning cooperative regulation networks from gene expression data.

Mohamed Elati , Pierre Neuvial , Monique Bolotin-Fukuhara , Emmanuel Barillot , François Radvanyi et al.

Bioinformatics, 2007, 23 (18), pp.2407-14. ⟨10.1093/bioinformatics/btm352⟩

Article dans une revue hal-00192537v1

VAMP: Visualization and analysis of array-CGH, transcriptome and other molecular profiles

Philippe La Rosa , Eric Viara , Philippe Hupé , Gaëlle Pierron , Stéphane Liva et al.

Bioinformatics, 2006, 22 (17), pp.2066-2073. ⟨10.1093/bioinformatics/btl359⟩

Article dans une revue hal-01199867v1
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CAPweb: a bioinformatics CGH array Analysis Platform

Stéphane Liva , Philippe Hupé , Pierre Neuvial , Isabel Brito , Eric Viara et al.

Nucleic Acids Research, 2006, 34 (W), pp.477-481. ⟨10.1093/nar/gkl215⟩

Article dans une revue hal-01199870v1
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Spatial normalization of array-CGH data.

Pierre Neuvial , Philippe Hupé , Isabel Brito , Stéphane Liva , Elodie Manié et al.

BMC Bioinformatics, 2006, 7, pp.264. ⟨10.1186/1471-2105-7-264⟩

Article dans une revue inserm-00089910v1
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False Coverage Proportion Control for Conformal Prediction

Alexandre Blain , Bertrand Thirion , Pierre Neuvial

ICML 2025 - 42 nd International Conference on Machine Learning, Jul 2025, Vancouver (BC), Canada

Communication dans un congrès hal-05134749v1
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Inférence post hoc pour l'analyse différentielle de données Hi-C

Élise Jorge , Pierre Neuvial , Nathalie Vialaneix , Sylvain Foissac

56e Journées de Statistique de la SFdS (JdS 2025), Société Française de Statistique, Jun 2025, Marseille, France. pp.446

Communication dans un congrès hal-05113438v1
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Procédure de test hiérarchique pour l'analyse différentielle de données Hi-C

Élise Jorge , Pierre Neuvial , Nathalie Vialaneix , Sylvain Foissac

Journées de statistique de la SFdS, Société Française de Statistique, May 2024, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-04593207v1
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False Discovery Proportion control for aggregated Knockoffs

Alexandre Blain , Bertrand Thirion , Olivier Grisel , Pierre Neuvial

NeurIPS 2023 – 37th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2023, New Orleans, United States. ⟨10.48550/arXiv.2310.10373⟩

Communication dans un congrès hal-04250621v1
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Analyse différentielle de données Hi-C via la classification ascendante hiérarchique sous contrainte de contiguïté

Nathanaël Randriamihamison , Marie Chavent , Sylvain Foissac , Nathalie Vialaneix , Pierre Neuvial

JDS2020 : 52èmes Journées de Statistique de la Société Française de Statistique (SFdS), Société Française de Statistique, May 2020, Nice, France. pp.655-660

Communication dans un congrès hal-02892664v1
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Identification of deregulated transcription factors involved in subtypes of cancers

Magali Champion , Julien Chiquet , Pierre Neuvial , Mohamed Elati , François Radvanyi et al.

Proceedings of the 12th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, Mar 2020, SAN FRANCISCO, United States. pp.1--10, ⟨10.29007/v7qj⟩

Communication dans un congrès hal-01516892v2
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Classification ascendante hiérarchique, contrainte d'ordre : conditions d'applicabilité, interprétabilité des dendrogrammes

Nathanaël Randriamihamison , Pierre Neuvial , Nathalie Vialaneix

51èmes Journées de Statistique de la SFdS, Jun 2019, Nancy, France

Communication dans un congrès hal-02734011v1

Adjacency-constrained hierarchical clustering of a band similarity matrix with application to genomics

Christophe Ambroise , Alia Dehman , Michel Koskas , Pierre Neuvial , Guillem Rigaill et al.

Journée Régionale de Bioinformatique et Biostatistique, Génopole Toulouse, Dec 2018, Toulouse, France

Communication dans un congrès hal-02788245v1
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Comprendre l'organisation spatiale de l'ADN à l'aide de la statistique

Pierre Neuvial , Sylvain Foissac , Nathalie Vialaneix

Martina Knoop, Stéphane Blanc, Mokrane Bouzeghoub. L’Interdisciplinarité, CNRS Editions, pp.178-182, 2023

Chapitre d'ouvrage hal-03930070v1
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On agnostic post hoc approaches to false positive control

Gilles Blanchard , Pierre Neuvial , Etienne Roquain

Xinping Cui, Thorsten Dickhaus, Ying Ding, Jason C. Hsu. Handbook of Multiple Comparisons, 1, Chapman and Hall/CRC, pp.211-232, 2022, Handbooks of Modern Statistical Methods, 9780367140670. ⟨10.1201/9780429030888-9⟩

Chapitre d'ouvrage hal-02320543v2
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Statistical analysis of Single Nucleotide Polymorphism microarrays in cancer studies

Pierre Neuvial , Henrik Bengtsson , Terence Paul Speed

Handbook of Statistical Bioinformatics, 2011, Springer Handbooks of Computational Statistics, 978-3-642-16344-9. ⟨10.1007/978-3-642-16345-6_11⟩

Chapitre d'ouvrage hal-00497273v1
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Contributions to statistical inference from genomic data

Pierre Neuvial

Statistics [math.ST]. Université Toulouse III Paul Sabatier, 2020

HDR tel-02969229v1
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Contributions to the statistical analysis of microarray data.

Pierre Neuvial

Life Sciences [q-bio]. Université Paris-Diderot - Paris VII, 2009. English. ⟨NNT : ⟩

Thèse tel-00433045v1