Robert Bossy

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Publications

Publications

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MilkOligoCorpus: A semantically annotated resource for knowledge extraction on mammalian milk oligosaccharides

Mathilde Rumeau , Marine Courtin , Robert Bossy , Clara Sauvion , Valentin Loux et al.
PLoS ONE, 2025, 20 (8), pp.e0319729. ⟨10.1371/journal.pone.0319729⟩
Article dans une revue hal-05220365 v1
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Construction et exploitation d’un graphe de connaissances sur la littérature scientifique en sciences de la vie

Nadia Yacoubi Ayadi , Catherine Faron , Franck Michel , Robert Bossy , Arnaud Barbe
Revue Ouverte d'Intelligence Artificielle, 2025, 6 (1-2), pp.107-129. ⟨10.5802/roia.95⟩
Article dans une revue hal-05391973 v1

Description sémantique des stades de développement phénologique des plantes, et extraction de nouveaux labels

Catherine Roussey , Marine Courtin , Robert Bossy , Stephan Bernard , Xavier Delpuech et al.
Revue Ouverte d'Intelligence Artificielle, 2025, 6 (1-2), pp.157-178. ⟨10.5802/roia.97⟩
Article dans une revue hal-05380086 v1
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MilkOligoThesaurus, a dataset of mammalian milk oligosaccharide synonyms

Mathilde Rumeau , François Fenaille , Agnès Girard , Valentin Loux , Mouhamadou Ba et al.
Data in Brief, 2024, 54, pp.110404. ⟨10.1016/j.dib.2024.110404⟩
Article dans une revue hal-04552648 v1
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Do syntactic trees enhance Bidirectional Encoder Representations from Transformers (BERT) models for chemical–drug relation extraction?

Anfu Tang , Louise Deleger , Robert Bossy , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2022, 2022, pp.baac070. ⟨10.1093/database/baac070⟩
Article dans une revue hal-03799268 v1
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BIBLIOME : Acquisition et Formalisation de Connaissances à partir de Textes

Robert Bossy , Arnaud Ferré , Équipe Bibliome , Claire Nédellec , Louise Deleger
Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2020, Dossier « Technologies du Langage Humain », 107, pp.7-9
Article dans une revue hal-03025321 v1
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WTO, an ontology for wheat traits and phenotypes in scientific publications

Claire Nédellec , Liliana Ibanescu , Robert Bossy , Pierre Sourdille
Genomics & Informatics, 2020, 18 (2), ⟨10.5808/GI.2020.18.2.e14⟩
Article dans une revue hal-02886745 v1
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C-Norm: a neural approach to few-shot entity normalization

Arnaud Ferré , Louise Deléger , Robert Bossy , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec
BMC Bioinformatics, 2020, 21 (S23), pp.1-19. ⟨10.1186/s12859-020-03886-8⟩
Article dans une revue hal-03100410 v1
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Text-mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food

Estelle Chaix , Louise Deleger , Robert Bossy , Claire Nédellec
Food Microbiology, 2019, 81, pp.63-75. ⟨10.1016/j.fm.2018.04.011⟩
Article dans une revue hal-02628265 v1
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Improving the CONTES method for normalizing biomedical text entities with concepts from an ontology with (almost) no training data

Arnaud Ferré , Mouhamadou Ba , Robert Bossy
Genomics & Informatics, 2019, 17 (2), pp.e20. ⟨10.5808/GI.2019.17.2.e20⟩
Article dans une revue hal-02947689 v1
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Text mining resources for the life sciences

Piotr Przybyła , Matthew Shardlow , Sophie Aubin , Robert Bossy , Richard Eckart de Castilho et al.
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2016, november (25), pp.1-30. ⟨10.1093/database/baw145⟩
Article dans une revue hal-01602241 v1
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Overview of the gene regulation network and the bacteria biotope tasks in BioNLP'13 shared task.

Robert Bossy , Wiktoria Golik , Zorana Ratkovic , Dialekti Valsamou , Philippe Bessieres et al.
BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 10), ⟨10.1186/1471-2105-16-S10-S1⟩
Article dans une revue hal-01222411 v1

Improving term extraction with linguistic analysis in the biomedical domain

Wiktoria Golik , Robert R. Bossy , Zorana Ratkovic , Claire Nédellec
Research in Computing Science, 2013, 70, pp.129-143
Article dans une revue hal-02643516 v1
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BioNLP Shared Task - The Bacteria Track

Robert Bossy , Julien Jourde , Alain-Pierre Manine , Philippe Veber , Erick Alphonse et al.
BMC Bioinformatics, 2012, 13, ⟨10.1186/1471-2105-13-S11-S3⟩
Article dans une revue hal-01190775 v1

Building large lexicalized ontologies from text: a use case in automatic indexing of biotechnology patents

Claire Nédellec , Wiktoria Golik , Sophie Aubin , Robert R. Bossy
Lecture Notes in Computer Science, 2010, 6317, pp.514-523. ⟨10.1007/978-3-642-16438-5_41⟩
Article dans une revue hal-02661057 v1

Complete genome sequence of the fish pathogen Flavobacterium psychrophilum

Éric Duchaud , Mekki Boussaha , Valentin Loux , Jean-François Bernardet , Christian Michel et al.
Nature Biotechnology, 2007, 25 (7), pp.763 - 769. ⟨10.1038/nbt1313⟩
Article dans une revue hal-02666599 v1
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AGMIAL: implementing an annotation strategy for prokaryote genomes as a distributed system

K. Bryson , Valentin Loux , Robert R. Bossy , P. Nicolas , Stéphane Chaillou et al.
Nucleic Acids Research, 2006, 34 (12), pp.3533-3545. ⟨10.1093/nar/gkl471⟩
Article dans une revue hal-02665192 v1
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The complete genome sequence of Lactobacillus bulgaricus reveals extensive and ongoing reductive evolution

Maarten van de Guchte , Stéphanie Penaud , Christine Grimaldi , Valérie Barbe , K. Bryson et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2006, 103 (24), pp.9274-9279. ⟨10.1073/pnas.0603024103⟩
Article dans une revue hal-02668654 v1

The complete genome sequence of the meat-borne lactic acid bacterium Lactobacillus sakei 23K

Stéphane Chaillou , Marie-Christine Champomier Verges , Monique Cornet , Anne-Marie Crutz-Le Coq , Anne-Marie Dudez et al.
Nature Biotechnology, 2005, 23 (12), pp.1527-1533. ⟨10.1038/nbt1160⟩
Article dans une revue hal-02683108 v1

Modelisation des interactions plantes organismes vivants sous forme d'ontologie

Florence Amardeilh , Xavier Delpuech , Stéphan Bernard , Robert Bossy , Marine Courtin et al.
Atelier IA4AgroRun Mobilisation de méthode d’IA pour la sémantisation des données en agroécologie et en veille sanitaire dans le contexte “One Health”, Mathieu Roche (Cirad - TETIS); Thierry Baldet (Cirad, ASTRE); Jean-Christophe Soulié (Cirad – R&R); Sandrine Auzoux (Cirad – AIDA); Clément Jonquet (INRAE, MISTEA); Pierre-Yves Teycheney (Cirad, PVBMT), Apr 2025, Saint-Denis, La Réunion. 24p
Communication dans un congrès hal-05033023 v1
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Transfert de modèles de langue pour la classification rhétorique des citations à travers les disciplines

Anne-Sophie Foussat , Vincent Guigue , Nicolas Sauvion , Robert Bossy , Claire Nédellec
20e Conférence en Recherche d’Information et Applications (CORIA), 2025, Marseille, France. pp.233-248
Communication dans un congrès hal-05330643 v1
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The Wheat and Rice Genomics Scientific Literature Knowledge Graphs

Nadia Yacoubi Ayadi , Franck Michel , Robert Bossy , Marine Courtin , Bill Gates Happi Happi et al.
Semantic Web Technologies for Health Care and Life Science (SWAT4HCLS), Andra Waagmeester; M. Scott Marshall; Andrea Splendiani, Feb 2025, Barcelone, Spain
Communication dans un congrès ird-04932752 v1
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Aligner les descriptions des plantes ayant des points de vue distincts

Florence Amardeilh , Sophie Aubin , S Bernard , Sonia Bravo , Robert Bossy et al.
35. Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances (IC 2024) @ Plate-Forme Intelligence Artificielle (PFIA 2024), AFIA-Association Française pour l'Intelligence Artificielle, Jul 2024, La Rochelle, France. pp.121-122, ⟨10.57745/LVRFWJ⟩
Communication dans un congrès hal-04638307 v1
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Semantically-Informed Domain Adaptation for Named Entity Recognition

Mariya Borovikova , Arnaud Ferré , Robert Bossy , Mathieu Roche , Claire Nédellec
ISMIS 2024 - 27. International symposium on methodologies for intelligent systems, Jun 2024, Poitiers, France. pp.55-64, ⟨10.1007/978-3-031-62700-2_6⟩
Communication dans un congrès hal-04998788 v1
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Exploitation de plongements de graphes pour l'extraction de relations biomédicales

Anfu Tang , Robert Bossy , Louise Deléger , Claire Nédellec , Pierre Zweigenbaum
CORIA-TALN 2023 30e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN), Jun 2023, Paris, France. pp.298-310
Communication dans un congrès hal-04130138 v1
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Annotation des stades phénologiques et cultures dans les Bulletins de Santé du Végétal de la vigne

Marine Courtin , Stephan Bernard , Robert Bossy , Catherine Roussey
7. Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement (IN-OVIVE), AFIA-Association Française pour l'Intelligence Artificielle; ICube-laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie, Jul 2023, Strasbourg, France
Communication dans un congrès hal-04187187 v1
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Taec : Un corpus annoté pour l'extraction de traits et phénotypes dans la littérature sur la sélection du blé

Claire Nédellec , Clara Sauvion , Robert Bossy , Louise Deleger
Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, (IN-OVIVE), associé à la Plateforme Intelligence Artificielle (PFIA 2023),, Jul 2023, Strasbourg, France
Communication dans un congrès hal-04302140 v1
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Could KeyWord Masking Strategy Improve Language Model?

Mariya Borovikova , Arnaud Ferré , Robert Bossy , Mathieu Roche , Claire Nédellec
28. International Conference on Natural Language & Information Systems. NLDB23, Métais, E., Meziane, F., Sugumaran, V., Manning, W., Reiff-Marganiec, S., Jun 2023, Derby, United Kingdom. pp.271-284, ⟨10.1007/978-3-031-35320-8_19⟩
Communication dans un congrès hal-04173002 v1
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Alignement entre sources : cas d'usage des plantes cultivées

Franck Michel , Florence Amardeilh , Robert Bossy , Catherine Faron , Catherine Roussey et al.
Journées francophones d’Ingénierie des Connaissances, Jun 2022, Saint-Étienne, France
Communication dans un congrès hal-03889780 v1
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Thesaurus Enrichment via Coordination Extraction

Anna Chepaikina , Robert Bossy , Catherine Roussey , Stephan Bernard
16. International Conference on Metadata and Semantics Research (MTSR 2022), Nov 2022, London, United Kingdom. pp.191-202, ⟨10.1007/978-3-031-39141-5_16⟩
Communication dans un congrès hal-03933526 v1
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Construction d'un graphe de connaissances à partir des annotations d'articles scientifiques et de leur contenu en sciences de la vie

Nadia Yacoubi Ayadi , Catherine Faron , Franck Michel , Robert Bossy , Arnaud Barbe
IC'2022 - PFIA 2022 Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jun 2022, Saint-Etienne, France
Communication dans un congrès hal-03889968 v1
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Does constituency analysis enhance domain-specific pre-trained BERT models for relation extraction?

Anfu Tang , Louise Deléger , Robert Bossy , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec
BioCreative VII Challenge Evaluation Workshop, Nov 2021, on-line, Spain
Communication dans un congrès hal-03447774 v1
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Global alignment for relation extraction in Microbiology

Anfu Tang , Claire Nédellec , Pierre Zweigenbaum , Louise Deléger , Robert Bossy
Junior Conference on Data Science and Engineering, Feb 2021, Orsay, France
Communication dans un congrès hal-03447763 v1
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Handling Entity Normalization with no Annotated Corpus: Weakly Supervised Methods Based on Distributional Representation and Ontological Information

Arnaud Ferré , Robert Bossy , Mouhamadou Ba , Louise Deleger , Thomas Lavergne et al.
12th Conference on Language Resources and Evaluation, May 2020, Marseille, France. pp.1959-1966
Communication dans un congrès hal-02866789 v1
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Relier automatiquement des entités textuelles à des concepts d'une ontologie par apprentissage avec (presque) aucune donnée

Arnaud Ferré , Mouhamadou Ba , Robert Bossy , Thomas Lavergne , Louise Deléger et al.
Atelier IN-OVIVE 7ème édition, des 30èmes Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jul 2019, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-03530148 v1
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Bacteria Biotope at BioNLP Open Shared Tasks 2019

Robert Bossy , Louise Deleger , Estelle Chaix , Mouhamadou Ba , Claire Nédellec
5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJCNLP 2019, Association for Computational Linguistics, Jin-Dong Kim; Claire Nédellec; Robert Bossy; Louise Deléger, Nov 2019, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. ⟨10.18653/v1/D19-5719⟩
Communication dans un congrès hal-02437609 v1

Recovering the complexity in scientific knowledge: towards automatically reconstructing the maize floral transition gene regulatory network

Adrienne Ressayre , Natalia Conde E Silva , Catherine Damerval , Fabien Chardon , Yves Deveaux et al.
International Conférence on Ecological Science, Oct 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04420441 v1

A text mining approach to enhance knowledge of food microorganisms

Estelle Chaix , Robert R. Bossy , Louise Deleger , Claire Nédellec
Next Generation Challenges in Food Microbiology, FoodMicro, Aug 2018, Athens, Greece
Communication dans un congrès hal-04420417 v1
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L'ontologie OntoBiotope pour l'étude de la biodiversité microbienne

Claire Nédellec , Estelle Chaix , Robert Bossy , Louise Deleger , Sandra Derozier et al.
EGC'2018: 18èmes Conférence Internationale sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02737399 v1

Reconstruction and visualisation of gene regulatory networks from different provenances : application at Arabidopsis thaliana

Estelle Chaix , Robert Bossy , Claire Nédellec
BLAH4, Jan 2018, Tokyo, Japan. 2 p
Communication dans un congrès hal-02786388 v1
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Projet VisaTM : l’interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques français

Fabienne Kettani , Stéphane Schneider , Sophie Aubin , Robert Bossy , Claire François et al.
IC 2018 - 29es journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, PFIA, Jul 2018, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-04420482 v1
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Projet VisaTM : l'interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques français

Fabienne Kettani , Stéphane Schneider , Sophie Aubin , Robert Bossy , Claire François et al.
IC 2018 - 29es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, PFIA, Jul 2018, Nancy, France. pp.247-249
Communication dans un congrès hal-01839626 v2

Data Exchange Solution between PubAnnotation and AlvisAE

Mouhamadou Ba , Claire Nédellec , Robert Bossy
BLAH4, Jan 2018, Tokyo, Japan. pp.1
Communication dans un congrès hal-02785063 v1

Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest

Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin et al.
2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01607327 v1
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Customized automatic corpus annotations using AlvisNLP/ML

Mouhamadou Ba , Robert Bossy , Claire Nédellec
BLAH3, Jan 2017, Tokyo, Japan. 11 diapos
Communication dans un congrès hal-02790613 v1

Integration of Alvis within the OpenMinTeD platform as Galaxy utilities

Jean-Baptiste Bohuon , Mouhamadou Ba , Estelle Chaix , Robert Bossy , Claire Nédellec
Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France. pp.1, ⟨10.5281/zenodo.200370⟩
Communication dans un congrès hal-01556276 v1
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Text-mining and ontologies: new approaches to knowledge discovery of microbial diversity

Claire Nédellec , Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger
4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy
Communication dans un congrès hal-02736151 v1
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Text mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food

Estelle Chaix , Louise Deleger , Robert Bossy , Claire Nédellec
Microbial Spoilers in Food 2017, Association pour le Développement de la Recherche Appliquée aux Industries Agricoles et Alimentaires (ADRIA). FRA., Jun 2017, Quimper, France. pp.95
Communication dans un congrès hal-01602552 v1

Overview of the bacteria biotope task at BioNLP shared task

Louise Deleger , Robert Bossy , Estelle Chaix , Mouhamadou Ba , Arnaud Ferré et al.
BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.101
Communication dans un congrès hal-01455857 v1

Shared Task SeeDev : Extraction de régulations impliquées dans le développement de la graine d’Arabidopsis thaliana à partir de publications scientifiques

Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Louise Deleger et al.
Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-01455855 v1
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Overview of the regulatory network of plant seed development (SeeDev) task at the BioNLP shared task 2016

Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Abdelhak Fatihi , Dialekti Valsamou , Robert Bossy et al.
BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.113
Communication dans un congrès hal-01455854 v1
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OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes.

Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger , Arnaud Ferré , Mouhamadou Ba et al.
Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-01455856 v1
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Interoperability of corpus processing workflow engines: the case of. AlvisNLP/ML in OpenMinTeD

Mouhamadou Ba , Robert Bossy
Meeting of working Group Medicago sativa, May 2016, Portoroz, Slovenia
Communication dans un congrès hal-01455853 v1

Information extraction challenge Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana (GRNA)

Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Robert Bossy et al.
Paris-Saclay Center for Data Science: Open Software Initiative (OSI), Oct 2015, Orsay, France. pp.14 slides, ⟨10.13140/RG.2.1.4286.6326⟩
Communication dans un congrès hal-01603453 v1

Validation de marqueurs liés à des gènes d’intérêt en vue de l’établissement d’une base de données pour la sélection assistée chez le blé tendre

Marion Ranoux , Claire Nédellec , Emmanuelle Cariou-Pham , Robert Bossy , Claude de Vallavieille-Pope et al.
Synthèse des Programmes de Recherche FSOV. Actes de la 4ème Rencontre Scientifique, FSOV., Jan 2015, Paris, France. 5 p
Communication dans un congrès hal-02340478 v1
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Knowledge model of regulatory networks involved in Arabidopsis seed development for information extraction and integration from text

Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Robert Bossy et al.
BioCreative 5, Sep 2015, Madrid, Spain
Communication dans un congrès hal-01512197 v1

Information extraction from articles for the elaboration of the regulatory networks involved in Arabidopsis seed development

Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Estelle Chaix , Robert Bossy et al.
26th International Conference on Arabidopsis Research, Jul 2015, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01524850 v1
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Information extraction from bibliography for Marker Assisted Selection in wheat

Claire Nédellec , Robert Bossy , Dialekti Valsamou , Marion Ranoux , Wiktoria Golik et al.
MTSR 2014 : 8th Metadata and Semantics, Nov 2014, Karlsruhe, Germany. pp.301-313, ⟨10.1007/978-3-319-13674-5_28⟩
Communication dans un congrès hal-01132767 v1
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Improving term extraction with linguistic analysis in the biomedical domain

Wiktoria Golik , Robert R. Bossy , Zorana Ratkovic , Claire Nédellec
14th International Conference on Intelligent Text Processing and Computational Linguistics, Mar 2013, Samos, Greece
Communication dans un congrès hal-02748466 v1
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AlvisAE: a collaborative Web text annotation editor for knowledge acquisition

Frederic Papazian , Robert R. Bossy , Claire Nédellec
LAW VI '12 - Sixth Linguistic Annotation Workshop, Jul 2012, Jeju, South Korea. pp.184
Communication dans un congrès hal-02748212 v1
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BioNLP Shared Task 2011 - Bacteria Gene Interactions and Renaming

Julien Jourde , Alain-Pierre Manine , Philippe Veber , Karen Fort , Robert Bossy et al.
BioNLP Shared Task 2011 ACL Workshop, Jun 2011, Portland, United States. pp.65-73
Communication dans un congrès hal-00641586 v1
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BioNLP shared tasks 2011 - Bacteria Biotope

Robert R. Bossy , Julien Jourde , Philippe Bessières , Maarten van de Guchte , Claire Nédellec
The 49th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics:Human Language Technologies, Jun 2011, Portland, Oregon, United States. pp.56-64
Communication dans un congrès hal-01000519 v1
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Overview of BioNLP shared task 2011

Jin-Dong Kim , Sampo Pyysalo , Tomoko Ohta , Robert R. Bossy , N. Nguyen et al.
The 49th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics: Human Language Technologies, Jun 2011, Portland, Oregon, United States
Communication dans un congrès hal-02745923 v1

Building large lexicalized ontologies from text: a use case in automatic indexing of biotechnology patents

Claire Nédellec , Wiktoria Golik , Sophie Aubin , Robert R. Bossy
EKAW 2010 - Knowledge Engineering and Knowledge Management by the Masses, Cimiano, Philipp, Pinto, H. Sofia, Oct 2010, Lisbonne, Portugal. ⟨10.1007/978-3-642-16438-5_41⟩
Communication dans un congrès hal-02816129 v1
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BioAlvis II, NLP-based semantic mining of literature on molecular biology of bacteria

Sophie Aubin , Philippe Bessières , Robert R. Bossy , Laurent Gillard , Julien Jourde et al.
BioCreative II.5 workshop 2009: special session on digital annotations, Oct 2009, Madrid, Spain
Communication dans un congrès hal-02753174 v1
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Close integration of ML and NLP tools in BioAlvis semantic search in bacteriology

Robert R. Bossy , Alain Kotoujansky , Sophie Aubin , Claire Nédellec
Semantic web applications and tools for life sciences, SWAT4LS 2008, Nov 2008, Edinburgh, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02753153 v1
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Annotation guidelines for machine learning-based named entity recognition in microbiology

Claire Nédellec , Philippe Bessières , Robert R. Bossy , Alain Kotoujansky , Alain-Pierre Manine
Proceeding of Data and Text Mining for Integrative Biology Workshop 17. European Conference on Machine Learning 10. European Conference on Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2006, Berlin, Germany
Communication dans un congrès hal-02750827 v1
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Getting the unknown from the known in bacteria, and the role of text mining

Philippe Bessières , Robert R. Bossy , Alain-Pierre Manine , Erick Alphonse , Claire Nédellec
Data and Text Mining in Integrative Biology Workshop, associ ECML/PKDD, Sep 2006, Berlin, Germany
Communication dans un congrès hal-02750687 v1

La séquence complète du génome de la bactérie de la viande Lactobacillus sakei

Stéphane Chaillou , Monique Cornet , Anne-Marie A.-M. Le Coq , Anne-Marie Loustau , Robert R. Bossy et al.
Symposium SFM, Interactions Bactériennes dans les Environnements Agroalimentaires : Apport des Nouvelles Approches., Société Française de Microbiologie (SFM). FRA., Nov 2006, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02816850 v1

Genome project of the meat born lactic acid bacterium Lactobacillus sakei 23K: understanding bacterial adaptation to meat and paving the way to the development of biopreservative cultures

Stéphane Chaillou , Monique Cornet , Anne-Marie A.-M. Le Coq , Anne-Marie Loustau , Robert R. Bossy et al.
2. European Conference on Prokaryotic Genomes, Oct 2005, Göttingen, Germany
Communication dans un congrès hal-02828495 v1

Premiers regards sur le génome d’une bactérie lactique originale : structure, polymorphisme et analyse génétique ciblée du chromosome de Lactobacillus sakei 23K

Stéphane Chaillou , Monique Cornet , Anne-Marie Loustau , Robert R. Bossy , Valentin Loux et al.
13. Colloque du Club des Bactéries Lactiques, Sep 2004, Nantes, France. 142 p
Communication dans un congrès hal-02759825 v1
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MilkOligoCorpus annotation guidelines

Mathilde Rumeau , Marine Courtin , Robert Bossy , Clara Sauvion , Valentin Loux et al.
INRAE. 2024
Rapport hal-04830410 v1
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NLP Meets Agronomy: Document Classification for Plant Health Surveillance

Luis Antonio Vasquez Reina , Robert Bossy
Université de Lorraine; IDMC (Univeristé de Lorraine); Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE); Universidad del País Vasco / Euskal Herriko Unibertsitatea UPV/EHU. 2023
Rapport (rapport de recherche) hal-04223051 v1
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Rapport de synthèse du chantier DOI

Windpouire Esther Dzale Yeumo , Lydie Soler , Michael M. Alaux , Robert R. Bossy , Sebastien Carrere et al.
[0] 2014, 47 p
Rapport hal-02801364 v1
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HoloOLIGO corpus, a manually annotated text dataset supporting schema-based relational information extraction for mammalian milk oligosaccharide diversity pattern comprehension

Mathilde Rumeau , Robert Bossy , Clara Sauvion , Valentin Loux , Mouhamadou Ba et al.
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2024, Toulouse, France
Poster de conférence hal-04666797 v1
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Omnicrobe : une base de données d’habitats et de phénotypes microbiens

Hélène Falentin , Olivier Harlé , Sandra Derozier , Louise Deléger , Estelle Chaix et al.
23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2022, Rennes, France. , 2022
Poster de conférence hal-03694214 v1
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Combining String-based and Embeddings-based Methods for Medical Concept Normalization: LIMSI-CEA-INRA@n2c2 2019

Mohamadou Ba , Robert Bossy , Pauline Brunet , Louise Deleger , Hicham El Boukkouri et al.
2019 n2c2/OHNLP Shared-Task and Workshop, Nov 2019, Washington, D.C., United States. 2019
Poster de conférence cea-04363093 v1

To better benefit from shared tasks in biomedical text mining

Mouhamadou Ba , Arnaud Ferré , Richard Eckart de Castilho , Robert Bossy , Louise Deleger et al.
Galaxy Community Conference, Jul 2019, Freiburg, Germany. 2019
Poster de conférence hal-02437622 v1
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D2KAB project taking off: Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity

Sophie Aubin , Anne-Francoise Adam-Blondon , Michael Alaux , Mouhamadou Ba , Stéphan Bernard et al.
14th Research Data Alliance Plenary Conference (RDA P14), Best poster award, Oct 2019, Helsinki, Finland. , 2019, ⟨10.5281/zenodo.3520300⟩
Poster de conférence lirmm-02351000 v1
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FLORILEGE: an integrative database using text mining and ontologies

Estelle Chaix , Sandra Derozier , Louise Deleger , Hélène Falentin , Jean-Baptiste Bohuon et al.
JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France. , 2018, ABSTRACTS JOBIM 2018
Poster de conférence hal-01827946 v1
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Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest

Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin et al.
4. International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017
Poster de conférence hal-01651302 v1
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La suite Alvis, plateforme d’analyse de contenu textuel, et son intégration dans OpenMinTeD

Mouhamadou Ba , Robert Bossy , Claire Nédellec
JDEV 2017, Jul 2017, Marsaille, France. , pp.1, 2017
Poster de conférence hal-02785705 v1

OntoBiotope, technologies sémantiques pour l’étude des habitats microbiens

Claire Nédellec , Robert Bossy , Zorana Ratkovic , Dialekti Valsamou , Louise Deleger et al.
Méta-omiques des Ecosystèmes Microbiens, Sep 2015, Paris, France
Poster de conférence hal-02889012 v1

Whole-genome sequence of the fish-pathogenic bacterium Flavobacterium psychrophilum

Jean-François Bernardet , Éric Duchaud , Mekki Boussaha , Christian Michel , Valentin Loux et al.
2. FEMS Congress of European Microbiologists, Jul 2006, Madrid, Spain. 1 p., 2006
Poster de conférence hal-02812810 v1

Proceedings of The 5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks

Jin-Dong Kim , Claire Nédellec , Robert Bossy , Louise Deléger
5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJNCLP 2019, Nov 2019, Hong-Kong, China. , 2019
Proceedings/Recueil des communications hal-03326517 v1

Information extraction

Claire Nédellec , Adeline Nazarenko , Robert R. Bossy
Handbook on ontologies, Springer Science - Business Media Deutschland GmbH, 2009, International Handbooks on Information Systems, 978-3-540-70999-2
Chapitre d'ouvrage hal-02813009 v1

Information Extraction

Claire Nédellec , Adeline Nazarenko , Robert Bossy
S. Staab, R. Studer. Handbook on Ontologies, Springer Verlag, pp.663-686, 2009, Springer Series on Handbooks in Information Systems
Chapitre d'ouvrage hal-00619265 v1