Robert Bossy
Publications
Publications
SCoNE: a Self-Correcting and Noise-Augmented Method for Biological and Chemical Named Entity RecognitionThe 19th Conference of the European Chapter of the Association for Computational Linguistics, Mar 2026, Rabat, Morocco |
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Modelisation des interactions plantes organismes vivants sous forme d'ontologieAtelier IA4AgroRun Mobilisation de méthode d’IA pour la sémantisation des données en agroécologie et en veille sanitaire dans le contexte “One Health”, Mathieu Roche (Cirad - TETIS); Thierry Baldet (Cirad, ASTRE); Jean-Christophe Soulié (Cirad – R&R); Sandrine Auzoux (Cirad – AIDA); Clément Jonquet (INRAE, MISTEA); Pierre-Yves Teycheney (Cirad, PVBMT), Apr 2025, Saint-Denis, La Réunion. 24p |
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Transfert de modèles de langue pour la classification rhétorique des citations à travers les disciplines20e Conférence en Recherche d’Information et Applications (CORIA), 2025, Marseille, France. pp.233-248 |
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The Wheat and Rice Genomics Scientific Literature Knowledge GraphsSemantic Web Technologies for Health Care and Life Science (SWAT4HCLS), Andra Waagmeester; M. Scott Marshall; Andrea Splendiani, Feb 2025, Barcelone, Spain |
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Aligner les descriptions des plantes ayant des points de vue distincts35. Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances (IC 2024) @ Plate-Forme Intelligence Artificielle (PFIA 2024), AFIA-Association Française pour l'Intelligence Artificielle, Jul 2024, La Rochelle, France. pp.121-122, ⟨10.57745/LVRFWJ⟩ |
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Semantically-Informed Domain Adaptation for Named Entity RecognitionISMIS 2024 - 27. International symposium on methodologies for intelligent systems, Jun 2024, Poitiers, France. pp.55-64, ⟨10.1007/978-3-031-62700-2_6⟩ |
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Taec : Un corpus annoté pour l'extraction de traits et phénotypes dans la littérature sur la sélection du bléAtelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, (IN-OVIVE), associé à la Plateforme Intelligence Artificielle (PFIA 2023),, Jul 2023, Strasbourg, France |
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Could KeyWord Masking Strategy Improve Language Model?28. International Conference on Natural Language & Information Systems. NLDB23, Métais, E., Meziane, F., Sugumaran, V., Manning, W., Reiff-Marganiec, S., Jun 2023, Derby, United Kingdom. pp.271-284, ⟨10.1007/978-3-031-35320-8_19⟩ |
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Exploitation de plongements de graphes pour l'extraction de relations biomédicalesCORIA-TALN 2023 30e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN), Jun 2023, Paris, France. pp.298-310 |
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Annotation des stades phénologiques et cultures dans les Bulletins de Santé du Végétal de la vigne7. Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement (IN-OVIVE), AFIA-Association Française pour l'Intelligence Artificielle; ICube-laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie, Jul 2023, Strasbourg, France |
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Thesaurus Enrichment via Coordination Extraction16. International Conference on Metadata and Semantics Research (MTSR 2022), Nov 2022, London, United Kingdom. pp.191-202, ⟨10.1007/978-3-031-39141-5_16⟩ |
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Alignement entre sources : cas d'usage des plantes cultivéesJournées francophones d’Ingénierie des Connaissances, Jun 2022, Saint-Étienne, France |
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Construction d'un graphe de connaissances à partir des annotations d'articles scientifiques et de leur contenu en sciences de la vieIC'2022 - PFIA 2022 Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jun 2022, Saint-Etienne, France |
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Does constituency analysis enhance domain-specific pre-trained BERT models for relation extraction?BioCreative VII Challenge Evaluation Workshop, Nov 2021, on-line, Spain |
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Global alignment for relation extraction in MicrobiologyJunior Conference on Data Science and Engineering, Feb 2021, Orsay, France |
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Handling Entity Normalization with no Annotated Corpus: Weakly Supervised Methods Based on Distributional Representation and Ontological Information12th Conference on Language Resources and Evaluation, May 2020, Marseille, France. pp.1959-1966 |
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Bacteria Biotope at BioNLP Open Shared Tasks 20195th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJCNLP 2019, Association for Computational Linguistics, Jin-Dong Kim; Claire Nédellec; Robert Bossy; Louise Deléger, Nov 2019, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. ⟨10.18653/v1/D19-5719⟩ |
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Relier automatiquement des entités textuelles à des concepts d'une ontologie par apprentissage avec (presque) aucune donnéeAtelier IN-OVIVE 7ème édition, des 30èmes Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jul 2019, Toulouse, France |
Data Exchange Solution between PubAnnotation and AlvisAEBLAH4, Jan 2018, Tokyo, Japan. pp.1 |
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A text mining approach to enhance knowledge of food microorganismsNext Generation Challenges in Food Microbiology, FoodMicro, Aug 2018, Athens, Greece |
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Recovering the complexity in scientific knowledge: towards automatically reconstructing the maize floral transition gene regulatory networkInternational Conférence on Ecological Science, Oct 2018, Paris, France |
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Projet VisaTM : l'interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques françaisIC 2018 - 29es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, PFIA, Jul 2018, Nancy, France. pp.247-249 |
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Projet VisaTM : l’interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques françaisIC 2018 - 29es journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, PFIA, Jul 2018, Nancy, France |
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L'ontologie OntoBiotope pour l'étude de la biodiversité microbienneEGC'2018: 18èmes Conférence Internationale sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2018, Paris, France |
Reconstruction and visualisation of gene regulatory networks from different provenances : application at Arabidopsis thalianaBLAH4, Jan 2018, Tokyo, Japan. 2 p |
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Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France |
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Customized automatic corpus annotations using AlvisNLP/MLBLAH3, Jan 2017, Tokyo, Japan. 11 diapos |
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Text-mining and ontologies: new approaches to knowledge discovery of microbial diversity4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy |
Integration of Alvis within the OpenMinTeD platform as Galaxy utilitiesGalaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France. pp.1, ⟨10.5281/zenodo.200370⟩ |
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Text mining tools for extracting information about microbial biodiversity in foodMicrobial Spoilers in Food 2017, Association pour le Développement de la Recherche Appliquée aux Industries Agricoles et Alimentaires (ADRIA). FRA., Jun 2017, Quimper, France. pp.95 |
Overview of the bacteria biotope task at BioNLP shared taskBioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.101 |
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Shared Task SeeDev : Extraction de régulations impliquées dans le développement de la graine d’Arabidopsis thaliana à partir de publications scientifiquesLes journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1 |
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OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes.Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1 |
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Overview of the regulatory network of plant seed development (SeeDev) task at the BioNLP shared task 2016BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.113 |
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Interoperability of corpus processing workflow engines: the case of. AlvisNLP/ML in OpenMinTeDMeeting of working Group Medicago sativa, May 2016, Portoroz, Slovenia |
Validation de marqueurs liés à des gènes d’intérêt en vue de l’établissement d’une base de données pour la sélection assistée chez le blé tendreSynthèse des Programmes de Recherche FSOV. Actes de la 4ème Rencontre Scientifique, FSOV., Jan 2015, Paris, France. 5 p |
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Information extraction challenge Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana (GRNA)Paris-Saclay Center for Data Science: Open Software Initiative (OSI), Oct 2015, Orsay, France. pp.14 slides, ⟨10.13140/RG.2.1.4286.6326⟩ |
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Information extraction from articles for the elaboration of the regulatory networks involved in Arabidopsis seed development26th International Conference on Arabidopsis Research, Jul 2015, Paris, France |
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Knowledge model of regulatory networks involved in Arabidopsis seed development for information extraction and integration from textBioCreative 5, Sep 2015, Madrid, Spain |
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Information extraction from bibliography for Marker Assisted Selection in wheatMTSR 2014 : 8th Metadata and Semantics, Nov 2014, Karlsruhe, Germany. pp.301-313, ⟨10.1007/978-3-319-13674-5_28⟩ |
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Improving term extraction with linguistic analysis in the biomedical domain14th International Conference on Intelligent Text Processing and Computational Linguistics, Mar 2013, Samos, Greece |
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AlvisAE: a collaborative Web text annotation editor for knowledge acquisitionLAW VI '12 - Sixth Linguistic Annotation Workshop, Jul 2012, Jeju, South Korea. pp.184 |
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BioNLP Shared Task 2011 - Bacteria Gene Interactions and RenamingBioNLP Shared Task 2011 ACL Workshop, Jun 2011, Portland, United States. pp.65-73 |
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BioNLP shared tasks 2011 - Bacteria BiotopeThe 49th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics:Human Language Technologies, Jun 2011, Portland, Oregon, United States. pp.56-64 |
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Overview of BioNLP shared task 2011The 49th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics: Human Language Technologies, Jun 2011, Portland, Oregon, United States |
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Building large lexicalized ontologies from text: a use case in automatic indexing of biotechnology patentsEKAW 2010 - Knowledge Engineering and Knowledge Management by the Masses, Cimiano, Philipp, Pinto, H. Sofia, Oct 2010, Lisbonne, Portugal. ⟨10.1007/978-3-642-16438-5_41⟩ |
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BioAlvis II, NLP-based semantic mining of literature on molecular biology of bacteriaBioCreative II.5 workshop 2009: special session on digital annotations, Oct 2009, Madrid, Spain |
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Close integration of ML and NLP tools in BioAlvis semantic search in bacteriologySemantic web applications and tools for life sciences, SWAT4LS 2008, Nov 2008, Edinburgh, United Kingdom |
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Annotation guidelines for machine learning-based named entity recognition in microbiologyProceeding of Data and Text Mining for Integrative Biology Workshop 17. European Conference on Machine Learning 10. European Conference on Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2006, Berlin, Germany |
La séquence complète du génome de la bactérie de la viande Lactobacillus sakeiSymposium SFM, Interactions Bactériennes dans les Environnements Agroalimentaires : Apport des Nouvelles Approches., Société Française de Microbiologie (SFM). FRA., Nov 2006, Paris, France |
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Getting the unknown from the known in bacteria, and the role of text miningData and Text Mining in Integrative Biology Workshop, associ ECML/PKDD, Sep 2006, Berlin, Germany |
Genome project of the meat born lactic acid bacterium Lactobacillus sakei 23K: understanding bacterial adaptation to meat and paving the way to the development of biopreservative cultures2. European Conference on Prokaryotic Genomes, Oct 2005, Göttingen, Germany |
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Premiers regards sur le génome d’une bactérie lactique originale : structure, polymorphisme et analyse génétique ciblée du chromosome de Lactobacillus sakei 23K13. Colloque du Club des Bactéries Lactiques, Sep 2004, Nantes, France. 142 p |
Alvis-BSVLogiciel hal-05336576v1 |
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C-Norm (Concept NORMalization)2024 |
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MilkOligoCorpus annotation guidelinesINRAE. 2024 |
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NLP Meets Agronomy: Document Classification for Plant Health SurveillanceUniversité de Lorraine; IDMC (Univeristé de Lorraine); Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE); Universidad del País Vasco / Euskal Herriko Unibertsitatea UPV/EHU. 2023 |
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Rapport de synthèse du chantier DOI[0] 2014, 47 p |
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HoloOLIGO corpus, a manually annotated text dataset supporting schema-based relational information extraction for mammalian milk oligosaccharide diversity pattern comprehensionJournées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2024, Toulouse, France |
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Omnicrobe : une base de données d’habitats et de phénotypes microbiens23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2022, Rennes, France. , 2022 |
To better benefit from shared tasks in biomedical text miningGalaxy Community Conference, Jul 2019, Freiburg, Germany. 2019 |
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D2KAB project taking off: Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity14th Research Data Alliance Plenary Conference (RDA P14), Best poster award, Oct 2019, Helsinki, Finland. , 2019, ⟨10.5281/zenodo.3520300⟩ |
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Combining String-based and Embeddings-based Methods for Medical Concept Normalization: LIMSI-CEA-INRA@n2c2 20192019 n2c2/OHNLP Shared-Task and Workshop, Nov 2019, Washington, D.C., United States. 2019 |
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FLORILEGE: an integrative database using text mining and ontologiesJOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France. , 2018, ABSTRACTS JOBIM 2018 |
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La suite Alvis, plateforme d’analyse de contenu textuel, et son intégration dans OpenMinTeDJDEV 2017, Jul 2017, Marsaille, France. , pp.1, 2017 |
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Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest4. International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017 |
OntoBiotope, technologies sémantiques pour l’étude des habitats microbiensMéta-omiques des Ecosystèmes Microbiens, Sep 2015, Paris, France |
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Whole-genome sequence of the fish-pathogenic bacterium Flavobacterium psychrophilum2. FEMS Congress of European Microbiologists, Jul 2006, Madrid, Spain. 1 p., 2006 |
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Ontology mapping for wheat trait information managementSéminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data, 2023 |
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Bacteria biotope annotation guidelines2019, 30 p |
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Annotation Guidelines BIONLP-ST 2016 SeeDev task2016, pp.47 |
Final report on NLP analysis and normalization2007, pp.118 |
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Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats and phenotypes using a comprehensive text mining and data fusion approach2022 |
Proceedings of The 5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJNCLP 2019, Nov 2019, Hong-Kong, China. , 2019 |
Information ExtractionS. Staab, R. Studer. Handbook on Ontologies, Springer Verlag, pp.663-686, 2009, Springer Series on Handbooks in Information Systems |
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Information extractionHandbook on ontologies, Springer Science - Business Media Deutschland GmbH, 2009, International Handbooks on Information Systems, 978-3-540-70999-2 |