Mikaël Salson

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Publications

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CREMSA: Compressed indexing of (ultra) large multiple sequence alignments

Mikaël Salson , Arthur Boddaert , Awa Bousso Gueye , Laurent Bulteau , Yohan Hernandez--Courbevoie et al.

Bioinformatics, 2025, ISMB 2025, 41 (Supplement_1), pp.i246-i254. ⟨10.1093/bioinformatics/btaf211⟩

Article dans une revue hal-04910677v2
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Alignment-free detection and seed-based identification of multi-loci V(D)J recombinations in Vidjil-algo

Cyprien Borée , Mathieu Giraud , Mikaël Salson

Peer Community Journal, 2025, 5, pp.e44. ⟨10.24072/pcjournal.547⟩

Article dans une revue hal-04361907v4
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Décoder le génome : vers la compréhension du fonctionnement du SARS-CoV-2

Hélène Touzet , Mikaël Salson , Claire Lemaitre

Interstices, 2022

Article dans une revue hal-03750389v1
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Publisher Correction: Frugal alignment-free identification of FLT3-internal tandem duplications with FiLT3r

Augustin Boudry , Sasha Darmon , Nicolas Duployez , Martin Figeac , Sandrine Geffroy et al.

BMC Bioinformatics, 2022, 23 (1), pp.533. ⟨10.1186/s12859-022-05079-x⟩

Article dans une revue hal-05459662v1
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Frugal alignment-free identification of FLT3-internal tandem duplications with FiLT3r

Augustin Boudry , Sasha Darmon , Nicolas Duployez , Martin Figeac , Sandrine Geffroy et al.

BMC Bioinformatics, 2022, 23 (1), pp.448. ⟨10.1186/s12859-022-04983-6⟩

Article dans une revue hal-03920854v1

Data structures based on k -mers for querying large collections of sequencing data sets

Camille Marchet , Christina Boucher , Simon Puglisi , Paul Medvedev , Mikaël Salson et al.

Genome Research, 2021, 31 (1), pp.1-12. ⟨10.1101/gr.260604.119⟩

Article dans une revue hal-03165261v1
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Standardized next-generation sequencing of immunoglobulin and T-cell receptor gene recombinations for MRD marker identification in acute lymphoblastic leukaemia; a EuroClonality-NGS validation study

Monika Brüggemann , Michaela Kotrova , Henrik Knecht , Jack Bartram , Myriam Boudjogrha et al. Article dans une revue hal-02169053v1
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Indexing labeled sequences

Tatiana Rocher , Mathieu Giraud , Mikaël Salson

PeerJ Computer Science, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩

Article dans une revue hal-01743104v1
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DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition

Jérôme Audoux , Nicolas Philippe , Rayan Chikhi , Mikael Salson , Mélina Gallopin et al.

Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1372-2⟩

Article dans une revue hal-01728770v1
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SimBA: A methodology and tools for evaluating the performance of RNA-Seq bioinformatic pipelines

Jérôme Audoux , Mikaël Salson , Christophe Grosset , Sacha Beaumeunier , Jean-Marc Holder et al.

BMC Bioinformatics, 2017, 18 (1), pp.428. ⟨10.1186/s12859-017-1831-5⟩

Article dans une revue inserm-02437931v1
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High-throughput sequencing in acute lymphoblastic leukemia: Follow-up of minimal residual disease and emergence of new clones

Mikael Salson , Mathieu Giraud , Aurélie Caillault , Nathalie Grardel , Nicolas Duployez et al.

Leukemia Research, 2017, 53, pp.1-7. ⟨10.1016/j.leukres.2016.11.009⟩

Article dans une revue hal-01404817v1
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Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis

Yann Ferret , Aurélie Caillault , Shéhérazade Sebda , Marc Duez , Nathalie Grardel et al.

British Journal of Haematology, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩

Article dans une revue hal-01279160v1
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Vidjil: A Web Platform for Analysis of High-Throughput Repertoire Sequencing

Marc Duez , Mathieu Giraud , Ryan Herbert , Tatiana Rocher , Mikael Salson et al.

PLoS ONE, 2016, 11 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0166126⟩

Article dans une revue hal-01397079v1
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Efficient dynamic range minimum query

Alice Héliou , Martine Léonard , Laurent Mouchard , Mikael Salson

Theoretical Computer Science, 2016, 656, pp.108-117. ⟨10.1016/j.tcs.2016.07.002⟩

Article dans une revue hal-01255499v2
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Approximate search of short patterns with high error rates using the 01⁎0 lossless seeds

Christophe Vroland , Mikael Salson , Sébastien Bini , Hélène Touzet

Journal of Discrete Algorithms, 2016, 37, pp.3-16. ⟨10.1016/j.jda.2016.03.002⟩

Article dans une revue hal-01360485v1

The predictive strength of next-generation sequencing MRD detection for relapse compared with current methods in childhood ALL.

Michaela Kotrova , Katerina Muzikova , Ester Mejstrikova , Michaela Novakova , Violeta Bakardjieva-Mihaylova et al.

Blood, 2015, 126 (8), pp.1045-7. ⟨10.1182/blood-2015-07-655159⟩

Article dans une revue hal-01241663v1
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Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing

Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez , Céline Villenet , Sabine Quief et al.

BMC Genomics, 2014, 15 (1), pp.409. ⟨10.1186/1471-2164-15-409⟩

Article dans une revue hal-01009173v1
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CRAC: an integrated approach to the analysis of RNA-seq reads

Nicolas Philippe , Mikaël Salson , Thérèse Commes , Eric Rivals

Genome Biology, 2013, 14 (3), pp.R30. ⟨10.1186/gb-2013-14-3-r30⟩

Article dans une revue inserm-00850972v1
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On the number of elements to reorder when updating a suffix array

Martine Léonard , Laurent Mouchard , Mikaël Salson

Journal of Discrete Algorithms, 2012, 11, pp.87-99. ⟨10.1016/j.jda.2011.01.002⟩

Article dans une revue inria-00636066v1
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A Scalable Indexing Solution to Mine Huge Genomic Sequence Collections

Eric Rivals , Nicolas Philippe , Mikael Salson , Martine Léonard , Thérèse Commes et al.

ERCIM News, 2012, 2012 (89), pp.20-21

Article dans une revue lirmm-00712653v1
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Read indexing

Nicolas Philippe , Mikael Salson , Thérèse Commes , Thierry Lecroq , Martine Léonard et al.

EMBnet.journal, 2011, 17 (Supplement B), pp.1. ⟨10.14806/ej.17.B.289⟩

Article dans une revue lirmm-00757983v1
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Querying Large Read Collections in Main Memory: A Versatile data Structure

Nicolas Philippe , Mikael Salson , Thierry Lecroq , Martine Léonard , Thérèse Commes et al.

BMC Bioinformatics, 2011, 12, pp.242-258. ⟨10.1186/1471-2105-12-242⟩

Article dans une revue lirmm-00632958v1

Les séquenceurs à haut débit

Mathieu Giraud , Mikaël Salson

Interstices, 2011

Article dans une revue hal-01350176v1
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A combinatorial and integrated method to analyse RNA-seq reads

Nicolas Philippe , Mikael Salson , Thérèse Commes , Eric Rivals

EMBnet.journal, 2011, 17 (Supplement B), pp.1. ⟨10.14806/ej.17.B.290⟩

Article dans une revue lirmm-00757979v1

Dynamic Extended Suffix Arrays

Mikael Salson , Thierry Lecroq , Martine Léonard , Laurent Mouchard

Journal of Discrete Algorithms, 2010, 8 (2), pp.241-257

Article dans une revue hal-00468910v1

Dynamic Extended Suffix Array

Mikael Salson , T. Lecroq , M. Léonard , L. Mouchard

Journal of Discrete Algorithms, 2010, 8 (2), pp.241--257

Article dans une revue hal-00474818v1

A Four-Stage Algorithm for Updating a Burrows-Wheeler Transform

Mikael Salson , Thierry Lecroq , Martine Léonard , Laurent Mouchard

Theoretical Computer Science, 2009, 43 (10), pp.4350-4359

Article dans une revue hal-00469113v1

efficient dynamic suffix array

M. Leonard , L. Mouchard , M. Salson

ACM Journal of Experimental Algorithmics, 2009, pp.en révision

Article dans une revue hal-00489336v1

A four-stage algorithm for updating a Burrows-Wheeler Tranform

Mikael Salson , M. Léonard , L. Mouchard

Theoretical Computer Science, 2009, 410 (43), pp.4350--4359

Article dans une revue hal-00474814v1

REINDEER2: practical abundance index at scale

Yohan Hernandez-Courbevoie , Mikaël Salson , Chloé Bessière , Hao-Liang Xue , Daniel Gautheret et al.

SPIRE 2025, Sep 2025, London, France. ⟨10.1101/2025.06.16.659990⟩

Communication dans un congrès hal-05396234v1
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Indexer un ensemble de séquences ADN annotées

Tatiana Rocher , Mathieu Giraud , Mikael Salson

JOBIM, Jun 2016, Lyon, France

Communication dans un congrès hal-01576319v1

Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)

Nathalie Grardel , Mikaël Salson , Aurélie Caillault , Marc Duez , Céline Villenet et al.

Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01100152v1
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Lossless seeds for searching short patterns with high error rates

Christophe Vroland , Mikaël Salson , Hélène Touzet

International Workshop On Combinatorial Algorithms, Oct 2014, Duluth, United States

Communication dans un congrès hal-01079840v1

SortMeRNA 2: ribosomal RNA classification for taxonomic assignation

Evguenia Kopylova , Laurent Noé , Pierre Pericard , Mikaël Salson , Hélène Touzet

Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, ECCB 2014, Sep 2014, Strasbourg, France

Communication dans un congrès hal-01094011v1

Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit

Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez , Jean-Stéphane Varré , Céline Villenet et al.

JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France

Communication dans un congrès hal-00857581v1

A solution to index large set of short reads

Nicolas Philippe , Mikael Salson , Thierry Lecroq , Martine Léonard , Thérèse Commes et al.

seqBi11 - Workshop Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, 2011, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-00560731v1

Average Complexity for Updating a Suffix Array

M. Léonard , L. Mouchard , M. Salson

London Stringology Days, 2010, United Kingdom. Accepted

Communication dans un congrès hal-00474822v1

Coût d'une mise à jour de la table des suffixes

Martine Leonard , Laurent Mouchard , Mikael Salson

Journées GdT COMATEGE du GDR IM, 2010, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-00516722v1

Efficient Dynamic Range Minimum Query

Maxime Crochemore , L. Mouchard , Mikael Salson , B. Smyth

International Stringology Conference, 2010, Tel Aviv, Israel

Communication dans un congrès hal-00474828v1

Dynamic range minimum queries

Maxime Crochemore , L. Mouchard , M. Salson , B. Smyth

The 9th International Stringology Conference, 2010, Israel

Communication dans un congrès hal-00474490v1

Sliding a Suffix Array Along a Text

A. Al-Hafeed , L. Mouchard , M. Salson , B. Smyth

London Stringology Days, 2010, United Kingdom. Accepted

Communication dans un congrès hal-00474821v1

Dynamic Burrows-Wheeler Transform

Mikael Salson , Thierry Lecroq , Martine Leonard , Laurent Mouchard

Stringology Research Workshop 09, 2009, Tel Aviv, Israel

Communication dans un congrès hal-00516727v1

Dynamic Extended Suffix Arrays

Mikael Salson , Thierry Lecroq , Martine Léonard , Laurent Mouchard

London String Days and London Algorithmics Workshop, 2009, France

Communication dans un congrès hal-00516719v1

Dynamic Suffix Array with experiments and a specific emphasis on LCP arrays

Mikael Salson , Thierry Lecroq , Martine Leonard , Laurent Mouchard

Stringology Research Workshop 09, 2009, Tel Aviv, Israel

Communication dans un congrès hal-00516720v1

Dynamic Burrows-Wheeler Transform

Mikael Salson , M. Léonard , L. Mouchard

Prague Stringology Conference, 2008, Czech Republic. pp.13--25

Communication dans un congrès hal-00474813v1

Dynamic Burrows-Wheeler Transform

Mikael Salson , Thierry Lecroq , Martine Leonard , Laurent Mouchard

Prague Stringology Conference, 2008, Prague, Czech Republic. pp.13-25

Communication dans un congrès hal-00469530v1

Multiclonal Diagnosis and MRD Follow-up in ALL with HTS Coupled with a Bioinformatic Analysis

Nathalie Grardel , Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez

American Society of Hematology Annual Meeting, 2014, San Francisco, France. , 2014

Poster de conférence hal-01100290v1
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One-Step Next-Generation Sequencing of Immunoglobulin and T-Cell Receptor Gene Recombinations for MRD Marker Identification in Acute Lymphoblastic Leukemia

Patrick Villarese , Chrystelle Abdo , Matthieu Bertrand , Florian Thonier , Mathieu Giraud et al.

Anton W. Langerak. Immunogenetics. Methods and Protocols, 2453, Springer, pp.43-59, 2022, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-2115-8. ⟨10.1007/978-1-0716-2115-8_3⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03684695v1
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Immunoglobulin Gene Mutational Status Assessment by Next Generation Sequencing in Chronic Lymphocytic Leukemia

Anne Langlois de Septenville , Myriam Boudjoghra , Clotilde Bravetti , Marine Armand , Mikaël Salson et al.

Anton W. Langerak. Immunogenetics, 2453, Springer, pp.153-167, 2022, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-2115-8. ⟨10.1007/978-1-0716-2115-8_10⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03684717v1

Sequence Indexing

Thierry Lecroq , Mikaël Salson

From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics, 1, Wiley, 2022, 9781394169641. ⟨10.1002/9781394169641.ch2⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03788611v1