Vincent Dubut

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Publications

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Quelles salamandres tachetées trouve-t-on dans le sud-ouest de la France ?

Sven Gippner , Axel Hernandez , Johanna Ambu , Vincent Dubut , Audrey Trochet et al.

Bulletin de la Société Herpétologique de France, 2026, 188, pp.1-15. ⟨10.48716/bullshf.188-4⟩

Article dans une revue hal-05493077v1
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Exploring Bird Gut Microbiota Through Opportunistic Fecal Sampling: Ecological and Evolutionary Perspectives

Laura Fablet , Aurélie Bonin , Diane Zarzoso-Lacoste , Vincent Dubut , Laurence Walch

Ecology and Evolution, 2025, 15 (4), pp.e71291. ⟨10.1002/ece3.71291⟩

Article dans une revue hal-05037027v1
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Cellular and molecular microbial diversity of the mediterranean sponge <i>Agelas oroides</i> (Demospongiae, Agelasida)

Cesar Ruiz , Jean Vacelet , Flore Corallo , Vincent Dubut , Cécile Chemin et al.

Marine Biology, 2025, 172 (5), pp.69. ⟨10.1007/s00227-025-04627-2⟩

Article dans une revue hal-05022742v1

Disentangling the Effects of Biotic and Abiotic Dimensions of Ecological Opportunity on Individual Trophic Trait Variation

Kurt Villsen , Gaït Archambaud-Suard , Emese Meglécz , Simon Blanchet , Jean‐pierre Balmain et al.

Molecular Ecology, 2025, 34 (20), pp.e70115. ⟨10.1111/mec.70115⟩

Article dans une revue hal-05280353v1
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A very picky eater: Species‐level prey selection in the endangered Rhone streber [ Zingel asper (L. 1758)]

Kurt Villsen , Emmanuel Corse , Gaït Archambaud-Suard , Vincent Dubut

Journal of Fish Biology, 2025, 107 (3), pp.1060-1066. ⟨10.1111/jfb.70083⟩

Article dans une revue hal-05275453v1
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Metabarcoding reveals waterbird diet in a French Ramsar wetland: implications for ecosystem management

Laura Fablet , Anouk Pellerin , Diane Zarzoso-Lacoste , Vincent Dubut , Laurence Walch

Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, 2024, 425, pp.9. ⟨10.1051/kmae/2024005⟩

Article dans une revue hal-04583253v1
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Spineless and overlooked: DNA metabarcoding of autonomous reef monitoring structures reveals intra‐ and interspecific genetic diversity in Mediterranean invertebrates

Anna Thomasdotter , Peter Shum , Francesco Mugnai , Marina Vingiani , Vincent Dubut et al.

Molecular Ecology Resources, 2023, 23 (7), pp.1689-1705. ⟨10.1111/1755-0998.13836⟩

Article dans une revue hal-04304529v1
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VTAM: A robust pipeline for validating metabarcoding data using controls

Aitor González , Vincent Dubut , Emmanuel Corse , Reda Mekdad , Thomas Dechatre et al.

Computational and Structural Biotechnology Journal, 2023, 21, pp.1151-1156. ⟨10.1016/j.csbj.2023.01.034⟩

Article dans une revue hal-03978642v1
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Growth variation in the endangered fish Zingel asper : Contribution of substrate quality, hydraulics, prey abundance, and water temperature

Gauthier Monnet , Emmanuel Corse , Gaït Archambaud-Suard , Rémi Grenier , Rémi Chappaz et al.

Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2022, 32 (7), pp.1156-1170. ⟨10.1002/aqc.3818⟩

Article dans une revue hal-03810369v1
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Diet Metabarcoding Reveals Extensive Dietary Overlap between Two Benthic Stream Fishes (Zingel asper and Cottus gobio) and Provides Insights into Their Coexistence

Kurt Villsen , Emmanuel Corse , Gaït Archambaud‐suard , Kévin Héran , Emese Meglécz et al.

Diversity, 2022, 14 (5), pp.1-19. ⟨10.3390/d14050412⟩

Article dans une revue hal-03676193v1
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DNA metabarcoding suggests adaptive seasonal variation of individual trophic traits in a critically endangered fish

Kurt Villsen , Emmanuel Corse , Emese Meglécz , Gaït Archambaud-Suard , Hélène Vignes et al.

Molecular Ecology, 2022, 31 (22), pp.5889-5908. ⟨10.1111/mec.16698⟩

Article dans une revue hal-03793011v1
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Quantifying the individual impact of artificial barriers in freshwaters: A standardized and absolute genetic index of fragmentation

Jérôme Prunier , Camille Poesy , Vincent Dubut , Charlotte Veyssière , Géraldine Loot et al.

Evolutionary Applications, 2020, 13 (10), pp.2566-2581. ⟨10.1111/eva.13044⟩

Article dans une revue hal-03033664v1
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A river runs through it: The causes, consequences, and management of intraspecific diversity in river networks

Simon Blanchet , Jérôme Prunier , Ivan Paz‐vinas , Keoni Saint-Pé , Olivier REY et al.

Evolutionary Applications, 2020, 13 (6), pp.1195-1213. ⟨10.1111/eva.12941⟩

Article dans une revue hal-02914974v1
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Une étude inédite de métabarcoding pour étudier le régime alimentaire de l’apron

Gaït Archambaud‐suard , Emmanuel Corse , Emese Meglécz , Rémi Chappaz , Vincent Dubut

Sciences Eaux & Territoires, 2019, (Cahier spécial IV), pp.12-19. ⟨10.14758/set-revue.2019.cs4.03⟩

Article dans une revue hal-02462400v1
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One‐locus‐several‐primers: A strategy to improve the taxonomic and haplotypic coverage in diet metabarcoding studies

Emmanuel Corse , Christelle Tougard , Gaït Archambaud‐suard , Jean‐françois Agnèse , Françoise Messu Mandeng et al.

Ecology and Evolution, 2019, 9 (8), pp.4603-4620. ⟨10.1002/ece3.5063⟩

Article dans une revue hal-02109732v1
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Stuck amongst introduced species: Trophic ecology reveals complex relationships between the critically endangered Niau kingfisher and introduced predators, competitors and prey

Diane Zarzoso-Lacoste , Elsa Bonnaud , Emmanuel Corse , Vincent Dubut , Olivier Lorvelec et al. Article dans une revue hal-02397164v1
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The relative contribution of river network structure and anthropogenic stressors to spatial patterns of genetic diversity in two freshwater fishes: A multiple-stressors approach

Jérôme Prunier , Vincent Dubut , Géraldine Loot , Loïc Tudesque , Simon Blanchet

Freshwater Biology, 2018, 63 (1), pp.6 - 21. ⟨10.1111/fwb.13034⟩

Article dans une revue hal-01764118v1

L'apron du Rhône (Zingel asper), un poisson emblématique: Répartition, prospection et dynamique de la population du Verdon

Rémi Chappaz , Vincent Dubut

Courrier scientifique du parc naturel régional du Verdon, 2018, 4, pp.54-65

Article dans une revue hal-03470717v1

Etude du régime alimentaire de l'apron du Rhône dans le Verdon

Gaït Archambaud‐suard , Emmanuel Corse , Vincent Dubut

Courrier scientifique du parc naturel régional du Verdon, 2018, 4, pp.66-88

Article dans une revue hal-03470706v1
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A from-benchtop-to-desktop workflow for validating HTS data and for taxonomic identification in diet metabarcoding studies

Emmanuel Corse , Emese Meglécz , Gait Archambaud , Morgane Ardisson , Jean-François Martin et al.

Molecular Ecology Resources, 2017, 17 (6), pp.e146-e159. ⟨10.1111/1755-0998.12703⟩

Article dans une revue hal-01681595v1
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Contribution of spatial heterogeneity in effective population sizes to the variance in pairwise measures of genetic differentiation

Jérôme Prunier , Vincent Dubut , Lounès Chikhi , Simon Blanchet

Methods in Ecology and Evolution, 2017, 8 (12), pp.1866-1877. ⟨10.1111/2041-210X.12820⟩

Article dans une revue hal-01681597v1
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Microsatellite Primers in Parietaria judaica (Urticaceae) to Assess Genetic Diversity and Structure in Urban Landscapes

Angèle Bossu , Valérie Bertaudière-Montès , Vincent Dubut , Stephanie Manel

Applications in Plant Sciences, 2014, 2 (9), pp.1400036. ⟨10.3732/apps.1400036⟩

Article dans une revue hal-01769473v1

QDD version 3.1: a user-friendly computer program for microsatellite selection and primer design revisited: experimental validation of variables determining genotyping success rate

Emese Meglécz , Nicolas Pech , André Gilles , Vincent Dubut , Pascal Hingamp et al.

Molecular Ecology Resources, 2014, 14 (6), pp.1302-1313. ⟨10.1111/1755-0998.12271⟩

Article dans une revue istex hal-02356473v1
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Two multiplexed sets of 21 and 18 microsatellites for Phoxinus phoxinus (L.) and Gobio gobio (L.) developed by cross-species amplification

Rémi Grenier , Caroline Costedoat , Rémi Chappaz , Vincent Dubut

European Journal of Wildlife Research, 2013, 59 (2), pp.291-297. ⟨10.1007/s10344-013-0693-z⟩

Article dans une revue hal-01933451v1

The interplay of dispersal limitation, rivers, and historical events shapes the genetic structure of an Amazonian frog

Antoine Fouquet , Jean-Baptiste Ledoux , Vincent Dubut , Brice P. Noonan , Ivan Scotti

Biological Journal of the Linnean Society, 2012, 106 (2), pp.356 - 373. ⟨10.1111/j.1095-8312.2012.01871.x⟩

Article dans une revue hal-01032422v1
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From Late Miocene to Holocene: Processes of Differentiation within the Telestes Genus (Actinopterygii: Cyprinidae)

Vincent Dubut , Antoine Fouquet , Adrien Voisin , Caroline Costedoat , Rémi Chappaz et al.

PLoS ONE, 2012, 7 (3), ⟨10.1371/journal.pone.0034423⟩

Article dans une revue hal-01771544v1
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Challenges of microsatellite development in Lepidoptera: Euphydryas aurinia (Nymphalidae) as a case study

Melthide Sinama , Vincent Dubut , Caroline Costedoat , André Gilles , M. Junker et al.

European Journal of Entomology, 2011, 108 (108), pp.261-266

Article dans une revue hal-01294296v1

Human Ancient and Extant mtDNA From the Gambier Islands (French Polynesia): Evidence for an Early Melanesian Maternal Contribution and New Perspectives into the Settlement of Easternmost Polynesia

Marie-France Deguilloux , Marie-Hélène Pemonge , Vincent Dubut , Sandrine Hughes , Catherine Haenni et al.

American Journal of Physical Anthropology, 2011, 144 (2), pp.248 - 257. ⟨10.1002/ajpa.21398⟩

Article dans une revue istex hal-02644900v1
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High-throughput microsatellite isolation through 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing of enriched DNA libraries

Thibaut Malausa , André Gilles , Emese Meglécz , Hélène Blancard , Stéphanie Duthoy et al.

Molecular Ecology Resources, 2011, 11 (4), pp.638-644. ⟨10.1111/j.1755-0998.2011.02992.x⟩

Article dans une revue hal-01506135v1
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Representativeness of microsatellite distributions in genomes, as revealed by 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing

Jean-François Martin , Nicolas Pech , Emese Meglécz , Stéphanie Ferreira , Caroline Costedoat et al.

BMC Genomics, 2010, 11, pp.560. ⟨10.1186/1471-2164-11-560⟩

Article dans une revue hal-02663878v1
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Cross-species amplification of 41 microsatellites in European cyprinids: a tool for evolutionary,population genetics and hybridization studies

Vincent Dubut , Melthide Sinama , Jean-Francois Martin , Emese Meglécz , Juliette Fernandez et al.

BMC Research Notes, 2010, 3, pp.135. ⟨10.1186/1756-0500-3-135⟩

Article dans une revue hal-02658325v1
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QDD: a user-friendly program to select microsatellite markers and design primers from large sequencing projects

Emese Meglécz , Caroline Costedoat , Vincent Dubut , André Gilles , Thibaut Malausa et al.

Bioinformatics, 2010, 26 (3), pp.403-404. ⟨10.1093/bioinformatics/btp670⟩

Article dans une revue (data paper) hal-02667917v1
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Development of 55 novel polymorphic microsatellite loci for the critically endangered L. (Actinopterygii: Perciformes: Percidae) and cross-species amplification in five other percids

Vincent Dubut , Rémi Grenier , Emese Meglécz , Rémi Chappaz , Caroline Costedoat et al.

European Journal of Wildlife Research, 2010, 56 (6), pp.931-938. ⟨10.1007/s10344-010-0421-x⟩

Article dans une revue hal-00609749v1
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Cross-species amplification of 41 microsatellites in European cyprinids: A tool for evolutionary, population genetics and hybridization studies

Vincent Dubut , Melthide Sinama , Jean-François Martin , Emese Meglécz , Juliette Fernandez et al.

BMC Research Notes, 2010, 3

Article dans une revue hal-01933480v1

Genetic data analysis of 10 Y-STR loci in two ethnic groups of Asian ancestry (Gujarat and Guangdong-Fujian provinces) from Reunion Island (Indian Ocean).

Vincent Dubut , François Cartault , André Gilles , Marie-Dominique Thionville , Pascal Murail

Legal Medicine, 2009, 11, pp.104-106

Article dans une revue halshs-00433396v1

Inter- and Extra-Indian Admixture and Genetic Diversity in Reunion Island Revealed by Analysis of Mitochondrial DNA

Vincent Dubut , Pascal Murail , Nicolas Pech , Marie-Dominique Thionville , François Cartault

Annals of Human Genetics, 2009, 73, pp.314-334

Article dans une revue halshs-00433392v1

Isolation and characterisation of 19 microsatellite loci from the Amazonian frog Adenomera andreae (Amplibia: anura: Leptodactylidae)

Antoine Fouquet , Vincent Dubut , Robert Hataway , Caroline Scotti-Saintagne , Ivan Scotti et al.

Conservation Genetics Resources, 2009, 1 (1), pp.217-220. ⟨10.1007/s12686-009-9053-4⟩

Article dans une revue hal-01032133v1

Complete Mitochondrial Sequences for Haplogroups M23 and M46: Insights into the Asian Ancestry of the Malagasy Population

Vincent Dubut , François Cartault , Christine Payet , Marie-Dominique Thionville , Pascal Murail

Human Biology, 2009, 81 (4), pp.495-500

Article dans une revue halshs-00449196v1

Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci for the dace complex: Leuciscus leuciscus (Teleostei: Cyprinidae)

Vincent Dubut , Jean-François Martin , André Gilles , Jeroen van Houdt , Rémi Chappaz et al.

Molecular Ecology Resources, 2009, 9 (4), pp.1179-1183. ⟨10.1111/j.1755-0998.2009.02594.x⟩

Article dans une revue istex hal-02668219v1

Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci in the freshwater fishes Telestes souffiai and Telestes multicellus (Teleostei: Cyprinidae)

Vincent Dubut , Jean-François Martin , Caroline Costedoat , Rémi Chappaz , André Gilles

Molecular Ecology Resources, 2009, 9 (3), pp.1001-1005. ⟨10.1111/j.1755-0998.2009.02539.x⟩

Article dans une revue istex hal-02662471v1

mtDNA polymorphisms in five French groups: importance of regional sampling

Vincent Dubut , Lionel Chollet , Pascal Murail , François Cartault , Eliane Béraud-Colomb et al.

European Journal of Human Genetics, 2004, 12, pp.293-300

Article dans une revue halshs-00433402v1
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Mitochondrial DNA sequence diversity in two groups of Italian Veneto speakers from Veneto

N. Mogentale-Profizi , L. Chollet , A. Stevanovitch , V. Dubut , C. Poggi et al.

Annals of Human Genetics, 2001, 65 (2), pp.153 - 166. ⟨10.1046/j.1469-1809.2001.6520153.x⟩

Article dans une revue hal-01933423v1
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Biodiversité épiphyte des feuilles de posidonie et bioconcentration de contaminants : suivi pluriannuel des herbiers de Fos, Marseille et Toulon

Noëlle Sarkis , Cédric Amadéi , Hugo Amella , Bernard Angeletti , Cécile Chemin et al.

Dix ans de recherches de l'Observatoire Hommes-Milieux Littoral méditerranéen sur le Littoral marseillais, OHM Littoral méditerranéen; ESPACE UMR 7300, Jun 2023, Marseille (13), France

Communication dans un congrès hal-04141983v1

MOPOSys (2019-20) Micropolluants organiques dans les herbiers de posidonie et conséquences sur le fonctionnement de l'écosystème côtier

Pascal Mirleau , P Doumenq , Laure Malleret , Anne Chenuil , Vincent Dubut et al.

Séminaire annuel 2020 de l'OHM Littoral méditerranéen, CNRS; OHM Littoral méditerranéen, Dec 2020, En distanciel, cause Covid-19, France

Communication dans un congrès hal-04651884v1
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Methodology and geneticist's responsibility facing sociological aspects and specificities of a multiethnic society: The case of Reunion Island (Indian Ocean)

Vincent Dubut , Thierry Malbert , François Cartault , Pascal Murail

EAA 14th International Congress, Human Variability: A Bridge Between Sciences & Humanities, Sep 2004, Komotini, Greece

Communication dans un congrès hal-01960572v1
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Suivi scientifique du programme de restauration hydraulique et écologique du Rhône. Un observatoire dynamique de l'état écologique du fleuve. Rapport d'avancement 2015.

Jean-Michel Olivier , Nicolas Lamouroux , Maxence Forcellini , Jérémie Riquier , Hervé Piégay et al.

[Rapport de recherche] IRSTEA; Université Lyon 1; CNRS; Université de Genève; Université Lyon 2; Université Lyon 3; ENS de Lyon; EZUS - Université Lyon 1. 2015

Rapport (rapport de recherche) halshs-01319231v1
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Suivi scientifique du programme de restauration hydraulique et écologique du Rhône. Un observatoire dynamique de l'état écologique du fleuve. Rapport d'avancement 2014.

Jean-Michel Olivier , Nicolas Lamouroux , Maxence Forcellini , Jérémie Riquier , Hervé Piégay et al.

[Rapport de recherche] IRSTEA; Université Lyon 1; CNRS; Université de Genève; Université Lyon 2; Université Lyon 3; ENS de Lyon; EZUS - Université Lyon 1. 2014

Rapport (rapport de recherche) halshs-01319234v1
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Les origines africaines et malgaches des Réunionnais : point de vue mitochondrial.

V. Dubut , P. Murail , Marie-Dominique Thionville , François Cartault

Médéa (dir.). Kaf, étude puridisciplinaire, Zarlor, Sainte-Clothilde, Ile de la Réunion, pp.79-97, 2009, 978-99903-82-20-4

Chapitre d'ouvrage halshs-00434068v1