Anouk ZANCARINI

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  • Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP)
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Publications

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A strategy for differential abundance analysis of sparse microbiome data with group-wise structured zeros

Fentaw Abegaz , Davar Abedini , Fred White , Alessandra Guerrieri , Anouk Zancarini et al.
Scientific Reports, 2024, 14 (1), pp.12433. ⟨10.1038/s41598-024-62437-w⟩
Article dans une revue hal-04615173 v1
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Medicago truncatula genotype drives the plant nutritional strategy and its associated rhizosphere bacterial communities

Anouk Zancarini , Christine Le Signor , Sébastien Terrat , Julie Aubert , Christophe Salon et al.
New Phytologist, 2024, 245 (2), pp.767-784. ⟨10.1111/nph.20272⟩
Article dans une revue hal-04835437 v1
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Effect of strigolactones on recruitment of the rice root-associated microbiome

Bora Kim , Johan Westerhuis , Age K. Smilde , Kristýna Floková , Afnan K. A. Suleiman et al.
FEMS Microbiology Ecology, 2022, 98 (2), pp.fiac010. ⟨10.1093/femsec/fiac010⟩
Article dans une revue hal-03963464 v1
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Integration of omics data to unravel root microbiome recruitment

Anouk Zancarini , Johan Westerhuis , Age Smilde , Harro Bouwmeester
Current Opinion in Biotechnology, 2021, 70, pp.255-261. ⟨10.1016/j.copbio.2021.06.016⟩
Article dans une revue hal-03965707 v1
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Fast computation of genome-metagenome interaction effects

Florent Guinot , Marie Szafranski , Julien Chiquet , Anouk Zancarini , Christine Le Signor et al.
Algorithms for Molecular Biology, 2020, 15 (1), art.13 (21p.). ⟨10.1186/s13015-020-00173-2⟩
Article dans une revue hal-01906069 v3
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Multiple processes acting from local to large geographical scales shape bacterial communities associated with Phormidium (cyanobacteria) biofilms in French and New Zealand rivers

Isidora Echenique-Subiabre , Anouk Zancarini , Mark W Heath , Susanna A Wood , Catherine Quiblier et al.
Scientific Reports, 2018, 8, pp.14416. ⟨10.1038/s41598-018-32772-w⟩
Article dans une revue hal-01883819 v1
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Deciphering biodiversity and interactions between bacteria and microeukaryotes within epilithic biofilms from the Loue River, France

Anouk Zancarini , Isidora Echenique-Subiabre , Didier Debroas , Najwa Taïb , Catherine Quiblier et al.
Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.4344. ⟨10.1038/s41598-017-04016-w⟩
Article dans une revue hal-01599307 v2
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Bacterial communities associated with four cyanobacterial genera display structural and functional differences: evidence from an experimental approach

Lin Zhu , Anouk Zancarini , Imen Louati , Silvia de Cesare , Charlotte Duval et al.
Frontiers in Microbiology, 2016, 7, pp.1-11. ⟨10.3389/fmicb.2016.01662⟩
Article dans une revue hal-01602443 v1
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Combining ecophysiological and microbial ecological approaches to study the relationship between Medicago truncatula genotypes and their associated rhizosphere bacterial communities

Anouk Zancarini , Christophe Mougel , Sébastien Terrat , Christophe Salon , Nathalie Munier-Jolain
Plant and Soil, 2013, 365 (1-2), pp.183 - 199. ⟨10.1007/s11104-012-1364-7⟩
Article dans une revue istex hal-02646573 v1
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Soil Nitrogen Availability and Plant Genotype Modify the Nutrition Strategies of M. truncatula and the Associated Rhizosphere Microbial Communities

Anouk Zancarini , Christophe Mougel , Anne-Sophie Voisin , Marion Prudent , Christophe Salon et al.
PLoS ONE, 2012, 7 (10), ⟨10.1371/journal.pone.0047096⟩
Article dans une revue hal-02646215 v1
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The auxin-signaling pathway is required for the lateral root response of Arabidopsis to the rhizobacterium Phyllobacterium brassicacearum

Céline Contesto , Sandrine Milesi , Sophie Mantelin , Anouk Zancarini , Guilhem Desbrosses et al.
Planta, 2010, 232 (6), pp.1455-1470. ⟨10.1007/s00425-010-1264-0⟩
Article dans une revue istex hal-01203931 v1
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Aphid transmission of Cauliflower mosaic virus: the role of the host plant

Alexandre Martiniere , Anouk Zancarini , Martin Drucker
Plant Signaling and Behavior, 2009, 4 (6), pp.548-550. ⟨10.4161/psb.4.6.8712⟩
Article dans une revue hal-00986097 v1

The effects of strigolactones on the microbiome of rice

Bora Kim , Anouk Zancarini , Harro Bouwmeester
Rhizosphere 5, Jul 2019, Saskatoon, Canada
Communication dans un congrès hal-04081042 v1

Comparative analysis of root exudates and bacterial diversity in aeroponics and soil

Bora Kim , Marco Bentlage , Benjamin Thiombiano , Harro Bouwmeester , Anouk Zancarini
Rhizosphere 5, Jul 2019, Saskatoon, Canada
Communication dans un congrès hal-04081034 v1

Plant genotype: a lever in the interactions between plant and its associated rhizosphere microbiome

Anouk Zancarini , Christine Le Signor , Julie J. Aubert , Sébastien Terrat , Joëlle Ronfort et al.
2nd Plant Microbiome Symposium, Feb 2018, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-04081016 v1

Biofilms à cyanobactéries dans les rivières : une diversité et une écologie encore méconnues

Isidora Echenique-Subiabre , Anouk Zancarini , Didier Debroas , Catherine Quiblier , Jean-François Humbert
Réseau National des Biofilms, Nov 2013, Pau, France
Communication dans un congrès hal-04080867 v1

Combining ecophysiological and microbial ecological approaches to assess interaction between genotypes of Medicago truncatula and the soil bacterial communities

Anouk Zancarini , Christophe Mougel , Christophe Salon , Nathalie Munier-Jolain
Rhizosphere 3 International Conference, Sep 2011, Perth, Australia
Communication dans un congrès hal-02744462 v1

Etude de l’interaction « Plante x Communauté microbienne du sol » chez l’espèce modèle <em>Medicago truncatula</em>

Anouk Zancarini , Christophe Mougel , Christophe Salon , Nathalie Munier-Jolain
16eme Forum des Jeunes Chercheurs, Jun 2010, Besançon, France. 16 p
Communication dans un congrès hal-02822520 v1

Crosstalks between soil microbial communities and a nitrogen fixing legume species (medicago truncatula) during its Vegetative Stage

Anouk Zancarini , Christophe Mougel , Christophe Salon , Nathalie Munier-Jolain
5. International Food Legumes Research Conference (IFLRC V) and 7. European Conference on Grain Legumes (AEPVII) ; Legumes for Global Health Legume Crops and Products for Food, Feed and Environmental Benefits, Apr 2010, Antalya, Turkey
Communication dans un congrès hal-02753416 v1

Tubulin and transmission of Cauliflower mosaic virus

Alexandre Martinière , Anouk Zancarini , Daniel Gargani , Marilyne Uzest-Bonhomme , Nicole Lautredou et al.
Congrès RESISTVIR, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR UMR INRA / ENSAM / CIRAD : Biologie et Génétique des Interactions Plantes / Parasite pour la Protection Intégrée (0385)., Nov 2008, Cadiz, Spain. pp.inc
Communication dans un congrès hal-02817848 v1

A new conceptual framework shows that plant genotype and soil nitrogen availability modify both plant nutritional strategies and diversity of their associated rhizosphere microbiome

Anouk Zancarini , Christophe Mougel , Anne-Sophie Voisin , Marion Prudent , Christophe Salon et al.
Rhizosphere 4, Jun 2015, Maastricht, Netherlands
Poster de conférence hal-04080970 v1

Spatial and temporal variation of microbial diversity in river biofilms

Anouk Zancarini , Isidora Echenique-Subiabre , Didier Debroas , Catherine Quiblier , Jean-François Humbert
ISME15, Aug 2014, Seoul, South Korea
Poster de conférence hal-04080951 v1

Une diversité encore méconnue au sein des biofilms à Cyanobactéries benthiques dans les rivières

Anouk Zancarini , Isidora Echenique-Subiabre , Didier Debroas , Catherine Quiblier , Jean-François Humbert
Génomique Environnementale, Nov 2013, Rennes, France
Poster de conférence hal-04080932 v1

Une diversité encore méconnue au sein des biofilms à Cyanobactéries benthiques dans les rivières

Anouk Zancarini , Isidora Echenique-Subiabre , Didier Debroas , Catherine Quiblier , Jean-François Humbert
Réseau National des Biofilms, Nov 2013, Pau, France
Poster de conférence hal-04080839 v1

Combining ecophysiological and microbial ecological approaches to assess interaction between genotypes of <em>Medicago truncatula</em> and the soil bacterial communities

Anouk Zancarini , Christophe Mougel , Christophe Salon , Nathalie Munier-Jolain
17eme Forum des Jeunes Chercheurs "Jeunes chercheurs, explorons la bulle professionnelle", Jun 2011, Dijon, France. 155 p., 2011
Poster de conférence hal-02749671 v1
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Microbiome data analysis - Lecture

Anouk Zancarini
Master. Tools in molecular data analysis - module Microbiome, Netherlands. 2021
Cours hal-04286457 v1