Bertrand Néron

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  • Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB
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Domaines de recherche

Bio-informatique [q-bio.QM] Génie logiciel [cs.SE] Bactériologie

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Python Unix Dvelopment good practices Open source Open science SoftWare Heritage Containers (apptainer/Docker)

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Publications

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Integron cassettes commonly integrate into bacterial genomes via widespread non-classical attG sites

Céline Loot , Gael A Millot , Egill Richard , Eloi Littner , Claire Vit et al.
Nature Microbiology, 2024, 9 (1), pp.228-240. ⟨10.1038/s41564-023-01548-y⟩
Article dans une revue pasteur-04384854 v1
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MacSyFinder v2: Improved modelling and search engine to identify molecular systems in genomes

Bertrand Néron , Rémi Denise , Charles Coluzzi , Marie Touchon , Eduardo P.C. Rocha et al.
Peer Community Journal, 2023, 3, pp.e28. ⟨10.24072/pcjournal.250⟩
Article dans une revue (article de synthèse) pasteur-04060331 v2
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IntegronFinder 2.0: Identification and Analysis of Integrons across Bacteria, with a Focus on Antibiotic Resistance in Klebsiella

Bertrand Néron , Eloi Littner , Matthieu Haudiquet , Amandine Perrin , Jean Cury et al.
Microorganisms, 2022, 10 (4), pp.700. ⟨10.3390/microorganisms10040700⟩
Article dans une revue hal-03655020 v1
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Antisense transcriptional interference mediates condition-specific gene repression in budding yeast

Alicia Nevers , Antonia Doyen , Christophe Malabat , Bertrand Néron , Thomas Kergrohen et al.
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (12), pp.6009-6025. ⟨10.1093/nar/gky342⟩
Article dans une revue hal-02349600 v1
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CRISPRCasFinder, an update of CRISRFinder, includes a portable version, enhanced performance and integrates search for Cas proteins

David Couvin , Aude Bernheim , Claire Toffano-Nioche , Marie Touchon , Juraj Michalik et al.
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (W1), pp.W246-W251. ⟨10.1093/nar/gky425⟩
Article dans une revue pasteur-02098389 v1
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Abundance and co-occurrence of extracellular capsules increase environmental breadth: Implications for the emergence of pathogens

Olaya Rendueles , Marc Garcia-Garcerà , Bertrand Néron , Marie Touchon , Eduardo P C Rocha
PLoS Pathogens, 2017, 44, pp.289 - 289. ⟨10.1371/journal.ppat.1006525.s020⟩
Article dans une revue pasteur-01578349 v1
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Identification of protein secretion systems in bacterial genomes

Sophie S. Abby , Jean Cury , Julien Guglielmini , Bertrand Néron , Marie Touchon et al.
Scientific Reports, 2016, 6, ⟨10.1038/srep23080⟩
Article dans une revue pasteur-01374967 v1
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Identification and analysis of integrons and cassette arrays in bacterial genomes

Jean Cury , Thomas Jové , Marie Touchon , Bertrand Néron , Eduardo Pc Rocha
Nucleic Acids Research, 2016, 44 (10), pp.4539 - 4550. ⟨10.1093/nar/gkw319⟩
Article dans une revue pasteur-01374968 v1
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Key components of the eight classes of type IV secretion systems involved in bacterial conjugation or protein secretion

J. Guglielmini , Bertrand Néron , E. P. C. Rocha , Sophie S. Abby , M. P. Garcillan-Barcia et al.
Nucleic Acids Research, 2014, 42 (9), pp.5715 - 5727. ⟨10.1093/nar/gku194⟩
Article dans une revue pasteur-01374962 v1
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MacSyFinder: a program to mine genomes for molecular systems with an application to CRISPR-Cas systems.

Sophie S Abby , Bertrand Néron , Hervé Ménager , Marie Touchon , Eduardo P C Rocha
PLoS ONE, 2013, 9 (10), pp.e110726. ⟨10.1371/journal.pone.0110726⟩
Article dans une revue pasteur-01080418 v1
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Mobyle: a new full web bioinformatics framework

Bertrand Néron , Hervé Ménager , Corinne Maufrais , Nicolas Joly , Julien Maupetit et al.
Bioinformatics, 2009, 25 (22), pp.3005-3011. ⟨10.1093/bioinformatics/btp493⟩
Article dans une revue hal-01287963 v1

BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence network

Marc Wessner , Martin Senger , Franck Samson , Philippe Picouet , François Moreews et al.
Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jun 2008, Lille, France
Communication dans un congrès inria-00327528 v1