Boris Misery
Présentation
Je suis Boris Misery, maître de conférences en écologie microbienne des aliments et bioprocédés au sein de Oniris, rattaché à l’UMR INRAE–Oniris SECALIM (UMR 1014).
Mes travaux s’inscrivent à l’interface écosystèmes microbiens–procédés–risque sanitaire, avec un usage central des approches “omiques” (metabarcoding / NGS), de la bioinformatique et de l’analyse statistique pour relier composition microbienne, facteurs (a)biotiques et indicateurs de maîtrise.
Ce qui m’anime : faire parler des données complexes (microbiomes, paramètres de procédé, expositions) pour éclairer des décisions de maîtrise, tout en formant des ingénieurs capables de mobiliser ces outils de manière critique et reproductible.
Mon fil directeur est l’écologie microbienne appliquée : comprendre comment des communautés se structurent, évoluent et interagissent dans des environnements contraints (matrices alimentaires, ateliers de production, chaînes de transformation), et comment ces dynamiques se traduisent en risque sanitaire, en pertes de qualité ou en variabilité organoleptique.
J’ai construit cette trajectoire en combinant microbiologie “classique” et biologie moléculaire (metabarcoding/NGS), puis en développant les compétences bioinformatiques et biostatistiques nécessaires pour passer de profils microbiens bruts à des résultats interprétables : co-occurrences, signatures microbiennes, liens avec des paramètres physico-chimiques et mise en perspective mécanistique. Depuis mon intégration à SECALIM, j’étends ces approches à des matrices à forts enjeux, dans une logique explicite de construction d’outils d’analyse et d’aide à la décision, plutôt que de description des microbiotes pour elle-même.
Un axe structurant de mon activité concerne les transitions protéiques et l’émergence de nouvelles matrices : l’enjeu est d’y définir des méthodes de contrôle microbiologique pertinentes, fondées sur les propriétés propres de la matrice (structure, procédés, dynamiques microbiennes) et non sur la transposition automatique de schémas conçus pour d’autres catégories de produits. Sur le plan méthodologique, j’ai déployé la technologie MinION dans l’équipe comme levier de montée en résolution, en complément des approches metabarcoding, afin de soutenir des stratégies de métagénomique et de génomique hybride (Illumina–long reads) lorsque le niveau de précision conditionne l’interprétation. L’ensemble s’inscrit dans une trajectoire cohérente : partir de la microbiologie, formaliser les dynamiques à l’échelle des communautés, puis mobiliser l’outillage omique et bioinformatique pour produire des résultats robustes et mobilisables en maîtrise.
Compétences
Publications
Publications
Insight into the transcriptome profile of mature biofilm of Brochothrix thermosphacta at 8 and 25°CBiofilm 2024, Nov 2024, Toulouse, France
Poster de conférence
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Investigating co-occurences to decoding the interplay between bacterial communities and the foodborne pathogen Campylobacter in broiler meatFood Micro 2024, Jul 2024, Burgos, Spain
Poster de conférence
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New insights of french cider microbial communities throughout metagenomicsFEMS 2019, Jul 2019, Glasgow, United Kingdom
Poster de conférence
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Etude des écosystèmes microbiens cidricoles : quel impact sur la qualité organoleptique ?Agronomie. Normandie Université, 2021. Français. ⟨NNT : 2021NORMC209⟩
Thèse
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