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Boris Misery

Maître de conférences en écologie microbienne des aliments et bioprocédés – Oniris Activités de recherche au sein de l’UMR INRAE–Oniris SECALIM (UMR 1014) : écologie des microbiotes alimentaires, interactions microbiennes et facteurs de procédé, avec focalisation sur la maîtrise du risque et sur des matrices émergentes. Enseignement au sein de l'UP MicroBioTech : formation ingénieur, Master 2 BPS et Master OHE
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Présentation

Je suis Boris Misery, maître de conférences en écologie microbienne des aliments et bioprocédés au sein de Oniris, rattaché à l’UMR INRAE–Oniris SECALIM (UMR 1014).

Mes travaux s’inscrivent à l’interface écosystèmes microbiens–procédés–risque sanitaire, avec un usage central des approches “omiques” (metabarcoding / NGS), de la bioinformatique et de l’analyse statistique pour relier composition microbienne, facteurs (a)biotiques et indicateurs de maîtrise.

Ce qui m’anime : faire parler des données complexes (microbiomes, paramètres de procédé, expositions) pour éclairer des décisions de maîtrise, tout en formant des ingénieurs capables de mobiliser ces outils de manière critique et reproductible.

Mon fil directeur est l’écologie microbienne appliquée : comprendre comment des communautés se structurent, évoluent et interagissent dans des environnements contraints (matrices alimentaires, ateliers de production, chaînes de transformation), et comment ces dynamiques se traduisent en risque sanitaire, en pertes de qualité ou en variabilité organoleptique.

J’ai construit cette trajectoire en combinant microbiologie “classique” et biologie moléculaire (metabarcoding/NGS), puis en développant les compétences bioinformatiques et biostatistiques nécessaires pour passer de profils microbiens bruts à des résultats interprétables : co-occurrences, signatures microbiennes, liens avec des paramètres physico-chimiques et mise en perspective mécanistique. Depuis mon intégration à SECALIM, j’étends ces approches à des matrices à forts enjeux, dans une logique explicite de construction d’outils d’analyse et d’aide à la décision, plutôt que de description des microbiotes pour elle-même.

Un axe structurant de mon activité concerne les transitions protéiques et l’émergence de nouvelles matrices : l’enjeu est d’y définir des méthodes de contrôle microbiologique pertinentes, fondées sur les propriétés propres de la matrice (structure, procédés, dynamiques microbiennes) et non sur la transposition automatique de schémas conçus pour d’autres catégories de produits. Sur le plan méthodologique, j’ai déployé la technologie MinION dans l’équipe comme levier de montée en résolution, en complément des approches metabarcoding, afin de soutenir des stratégies de métagénomique et de génomique hybride (Illumina–long reads) lorsque le niveau de précision conditionne l’interprétation. L’ensemble s’inscrit dans une trajectoire cohérente : partir de la microbiologie, formaliser les dynamiques à l’échelle des communautés, puis mobiliser l’outillage omique et bioinformatique pour produire des résultats robustes et mobilisables en maîtrise.


Compétences

Microbiologie Biologie moléculaire Omiques Génomique Bioinformatique Biostatistique

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Publications

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Free-range versus conventional: A comparison of microbial composition and Campylobacter contamination in broiler carcasses after chilling

Sophie Hautefeuille , Sandrine Guillou , Agnès Bouju-Albert , Boris Misery , Béatrice Laroche et al.
Poultry Science, 2026, 105 (1), pp.106111. ⟨10.1016/j.psj.2025.106111⟩
Article dans une revue hal-05400966 v1

An Exploration of the Breast Milk Nutriome, Exposome and Microbiome and their Links to Early Growth in Preterm Infants

Marie-Cécile Alexandre-Gouabau , Thomas Moyon , Chloé Douarec , Younes Moulazem , Mikaël Croyal et al.
Journal of Nutritional Biochemistry, 2026, pp.110268. ⟨10.1016/j.jnutbio.2026.110268⟩
Article dans une revue hal-05478077 v1

Systematic review of the microbiological status of farmed and processed Tenebrio molitor: Insights on foodborne pathogens in food and feed applications

Xin Yan , Lenaïg Brulé , Muhammad Tanveer Munir , Michel Federighi , Jean-Michel Cappelier et al.
Food Control, 2025, 176, pp.111340. ⟨10.1016/j.foodcont.2025.111340⟩
Article dans une revue hal-05490065 v1

Investigating the Microbial Dynamics of Hermetia illucens Powder Throughout Rearing and Processing: An Integrated Approach Using Cultural and Metabarcoding Methods

Boris Misery , Lenaïg Brulé , Rima Djema , Xin Yan , Victoire Le Cozic et al.
Foods, 2025, 14 (13), pp.2161. ⟨10.3390/foods14132161⟩
Article dans une revue hal-05217672 v1
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Extensive multivariate dataset characterizing bacterial community diversity and Campylobacter contamination level in a large number of conventional broilers carcasses after air chilling and refrigerated storage

Sophie Hautefeuille , Raouf Tareb , Agnès Bouju-Albert , Boris Misery , Béatrice Laroche et al.
Data in Brief, 2024, 56, pp.110858. ⟨10.1016/j.dib.2024.110858⟩
Article dans une revue hal-04778036 v1
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Evaluation of the Microbial Quality of Hermetia illucens Larvae for Animal Feed and Human Consumption: Study of Different Type of Rearing Substrates

Lenaïg Brulé , Boris Misery , Guillaume Baudouin , Xin Yan , Côme Guidou et al.
Foods, 2024, 13 (10), pp.1587. ⟨10.3390/foods13101587⟩
Article dans une revue hal-04645390 v1

Développement de la consommation humaine d'insectes en Europe : quelles avancées en terme de sécurité sanitaire pour ce " Novel Food " ?

Michel Federighi , Narjes Mtimet , Pauline Kooh , Boris Misery , Géraldine Boué
Industries Alimentaires et Agricoles, 2023, 84, pp.18-22
Article dans une revue anses-04143980 v1
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Spatio-temporal variations in chemical pollutants found among urban deposits match changes in thiopurine S-methyltransferase-harboring bacteria tracked by the tpm metabarcoding approach

Axel Aigle , Emilie Bourgeois , Laurence Marjolet , Sabine Houot , Dominique Patureau et al.
Science of the Total Environment, 2021, 767, pp.145425. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.145425⟩
Article dans une revue hal-03445972 v1
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Control of soil N cycle processes by Pteridium aquilinum and Erica cinerea in heathlands along a pH gradient

Clément Bardon , Boris Misery , Florence Piola , Franck Poly , Xavier Le Roux
Ecosphere, 2018, 9 (9:e02426), ⟨10.1002/ecs2.2426⟩
Article dans une revue hal-01878045 v1
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Influence of the nutriome, exposome, and microbiome of breast milk on early growth in infants in the context of prematurity.

Marie-Cécile Alexandre-Gouabau , Thomas Moyon , Chloé Douarec , Younes Moulazem , Mikaël Croyal et al.
Journées Francophones de Recherche en Néonatalogie, SFRN, Dec 2025, Paris, France
Communication dans un congrès hal-05417126 v1

Exploring co-occurrences among bacterial communities in broiler meat and the foodborne pathogen Campylobacter for enhanced food safety

Sophie Hautefeuille , Raouf Tareb , Boris Misery , Agnès Bouju-Albert , Sandrine Guillou et al.
IAFP European Symposium, Apr 2024, Genève, Switzerland
Communication dans un congrès hal-05490138 v1
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Projet exploratoire SYALSA -LactOMICS

Marie Cécile Alexandre-Gouabau , Germán Cano-Sancho , Evelyne Vigneau , Benjamin Mahieu , Thomas Moyon et al.
Journées Francophones de Nutrition, Dec 2024, Strasbourg, France
Communication dans un congrès hal-04878941 v1

Etude des lactobacilles dans les écosystèmes microbiens cidricoles : quel potentiel dans l’amélioration organoleptique ?

Boris Misery , Jean-Marie Laplace , Marina Cretenet
22ème colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2019, Caen, France
Communication dans un congrès hal-02467994 v1

Etude des écosystèmes microbiens cidricoles : quel potentiel pour l'amélioration de la qualité du cidre ?

Boris Misery , Patrick Legendre , Valérie Bouchart , Jean-Paul Simon , Hugues Guichard et al.
22ème colloque du Club des Bactéries Lactiques, Oct 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02468032 v1