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Elisa Michel

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  • Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF)
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Chargée de recherche à INRAE depuis octobre 2023, j'étudie les évolutions, les sélections, les flux et les rôles des communautés microbiennes des filières fromagères, en lien avec des pratiques agricoles et environnementales durables et raisonnées, garantie d’une sécurité sanitaire le long des filières.

#flux microbiens #omics #durabilité des systèmes #systèmes agri/agroalimentaire fromagers #sécurité sanitaire

Domaines de recherche

Microbiologie et Parasitologie Statistiques [stat] Biologie moléculaire Systématique, phylogénie et taxonomie Biotechnologies Ecosystèmes Ingénierie des aliments

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Microbial community transfers across a pilot ripening cellar are increased by cheese wiping

Reshad Fantelli , Patricia Battais , Sébastien Theil , Elisa Michel , Mathilde Lacalmontie et al.

Food Microbiology, 2025, 136, pp.105006. ⟨10.1016/j.fm.2025.105006⟩

Article dans une revue hal-05455609v1
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ADAMOS - Un nouveau regard sur les écosystèmes microbiens laitiers et fromagers apporté par les méthodes omiques

Christophe Monnet , Eric Dugat-Bony , Céline Delbès , Cresciense Lecaudé , Yvette Bouton et al.

Innovations Agronomiques, 2025, 107, pp.342-356. ⟨10.17180/ciag-2025-vol107-art25⟩

Article dans une revue hal-05391519v1
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Microbial community dispersal from wheat grains to sourdoughs : a contribution of participatory research

Lucas von Gastrow , Elisa Michel , Judith Legrand , Rémy Amelot , Diego Segond et al.

Molecular Ecology, 2023, 32 (10), pp.2413-2427. ⟨10.1111/mec.16630⟩

Article dans une revue hal-03741463v2
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Comparison of metabarcoding taxonomic markers to describe fungal communities in fermented foods

Olivier Rué , Monika Coton , Eric Dugat-Bony , Kate Howell , Françoise Irlinger et al.

Peer Community Journal, 2023, 3, pp.e97. ⟨10.24072/pcjournal.321⟩

Article dans une revue hal-04234976v1
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Artisanal and farmer bread making practices differently shape fungal species community composition in French sourdoughs

Elisa Michel , Estelle Masson , Sandrine Bubbendorf , Léocadie Lapicque , Thibault Nidelet et al.

Peer Community Journal, 2023, 3, pp.e11. ⟨10.24072/pcjournal.237⟩

Article dans une revue hal-04206586v1

Survival and electrotransformation of Pseudomonas syringae strains under simulated cloud-like conditions.

Laurine S Blanchard , Anaïs Monin , Hounaïda Ouertani , Lamia Touaibia , Elisa Michel et al.

FEMS Microbiology Ecology, 2017, 93 (5), pp.fix057. ⟨10.1093/femsec/fix057⟩

Article dans une revue hal-01608828v1
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Characterization of relative abundance of lactic acid bacteria species in French organic sourdough by cultural, qPCR and MiSeq high-throughput sequencing methods

Elisa Michel , Clarisse Monfort , Marion Deffrasnes , Stéphane Guezenec , Emilie Lhomme et al.

International Journal of Food Microbiology, 2016, 239, pp.35-43. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2016.07.034⟩

Article dans une revue hal-01527569v1
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Microbial transfers of traditional Saint-Nectaire PDO cheeses during cheese wiping under controlled conditions highlighted by omics method

Reshad Fantelli , Patricia Battais , Sébastien Theil , Elisa Michel , Mathilde Lacalmontie et al.

Congrès National de la SFM, Société Française de Microbiologie (SFM), Sep 2025, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-05536163v1

Combiner des données omics : exemple sur une étude sur l’amertume des fromages « Bleus d’Auvergne »

Elisa Michel , Sébastien Theil

Animation Scientifique UMRF, UMRF, Dec 2024, Aurillac, France

Communication dans un congrès hal-04873846v1

Domestication of microbial communities for bread making: insights from a participatory research project

Elisa Michel , Judith Legrand , Estelle Masson , Sandrine Bubendorff , Stephane Guezenec et al.

The 2019 Congress of the European Society for Evolutionary Biology, ESEB, Aug 2019, Turku, Finland

Communication dans un congrès hal-02950758v1

Baker’s bread-making practices and house microbiota shape fungal species diversity in french sourdoughs

Delphine Sicard , Elisa Michel , Judith Legrand , Estelle Masson , Sandrine Bubendorff et al.

Harlan III, Jun 2019, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-02950822v1

Sourdough bread diversity: Which drivers? Participative research from seeds to bread.

Elisa Michel , Delphine Sicard

European Diversity Cereal festival : Second CERERE EU Event, Cerere network, Jun 2019, Kalø, Denmark

Communication dans un congrès hal-02950604v1
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Représentations sociales, pratiques et biodiversité : du souci de l’environnemental à la biodiversité microbienne.

Estelle Masson , Elisa Michel , Sandrine Bubendorff , Delphine Sicard

14. International Conference on Social Representations, Aug 2018, Buenos Aires, Argentine

Communication dans un congrès hal-02006839v1
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Domestication of microbial community in action : a participatory research and multidisciplinary study of sourdough bread

Elisa Michel , Maria Belen Carbonetto , Charlotte Urien , Emilie Lhomme , Stephane Guezenec et al.

Second Joint Congress on Evolutionary Biology (EVOLUTION 2018), Aug 2018, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-02008729v1

Effects of terroir, wheat varieties and breadmaking practices on the microbial diversity of leaven and the quality of the bread

Delphine Sicard , Elisa Michel

Let's Cultivate Diversity 2017, Jun 2017, Virton, Belgique

Communication dans un congrès hal-01606258v1

Ecology and domestication of yeasts in wine and bread ecosystems

Delphine Sicard , Elisa Michel , Thibault Nidelet , Lucie Farrera , Jean-Luc Legras et al.

MicrobiOccitanie 2017 - 1. Rencontre des Microbiologistes Région Occitanie, Apr 2017, Toulouse, France

Communication dans un congrès hal-01605558v1

La diversité des levains français

Elisa Michel , Delphine Sicard

La Biodiversité cultivée du champ à l'assiette, GABB 49, Jul 2017, Bouchemaine, France

Communication dans un congrès hal-04599371v1

Diversité des terroirs, des blés, des levures, des bactéries, des pratiques boulangères: quel impact sur la saveur et la qualité nutritionnelle du pain ?

Delphine Sicard , Elisa Michel , Amandine Deroite , Sandrine Mallet

Terres d'Octobre-Faite le plein d’idées durables., Oct 2016, Maison départementale de l'environnement, Restinclière, France

Communication dans un congrès hal-01602306v1
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Wheat sourdoughs: a new model to link ecology and evolution

Belen Carbonetto , Elisa Michel , Yoann Robert , Johan Ramsayer , Charlotte Urien et al.

EMBO conference New Model Systems for Linking Evolution and Ecology, May 2016, Heidelberg, Germany

Communication dans un congrès hal-01606190v1

Diversité des ferments, des blés, des farines de blé tendre en panification

Elisa Michel , Delphine Sicard

Blé dur un jour, blé dur toujours, Institut Agro Montpellier, 2016, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-04599400v1

Les micro-organismes : définition, diversité et rôle dans notre alimentation

Delphine Sicard , Elisa Michel , Amandine Deroite , Sandrine Mallet

Terres d'Octobre-Faite le plein d’idées durables, Oct 2016, Maison départementale de l'environnement, Restinclière, France

Communication dans un congrès hal-01602307v1

Le levain, un microbiote riche de diversité

Delphine Sicard , Elisa Michel

Pain au levain, entre tradition et modernité, Nov 2016, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01602303v1
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Microbial transfers in dairy systems under changing climate and farming practices

Sébastien Theil , Mahendra Mariadassou , Philippe Ruiz , Guillaume Kon Kam King , Matthieu Bouchon et al.

JOBIM 20025, Jul 2025, Bordeaux, France

Poster de conférence hal-05168268v1
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A database to predict safety risks of raw milk cheeses from farming practices in climate change context

Elisa Michel , Marie Bourlioux , Christophe Poix , Paul-Marie Grollemund , Sébastien Theil et al.

JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux, France

Poster de conférence hal-05169800v1
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Microbial transfers in dairy systems under changing climate and farming practices

Sébastien Theil , Mahendra Mariadassou , Philippe Ruiz , Guillaume Kon Kam King , Matthieu Bouchon et al.

FROGS Days, Dec 2025, Toulouse, France

Poster de conférence hal-05462857v1
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A multiomic microbiome approach to decipher drivers of bitterness in French blue-veined PDO Bleu d’Auvergne cheeses

Elisa Michel , Sébastien Theil , Bastien Imler , Pauline Gerber , Blandine Polturat et al.

IDF Cheese Science & Technology Symposium 2024, Jun 2024, Bergen (NO), Norway

Poster de conférence hal-04601131v1
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Testing markers to characterize microbial communities in food ecosystems using a metagenomics approach

Claire Vincent , Serge Casaregola , Monika Coton , Céline Delbès , Hugo Devillers et al.

JOBIM, Jun 2020, Montpellier, France

Poster de conférence hal-02914960v1

Role of agronomic and bread-making practices in sourdough microbial diversity and bread nutritional and organoleptic properties

Elisa Michel , Stephane Guezenec , Judith Legrand , Isabelle Goldringer , Simon Rousselot et al.

7. international symposium on sourdough, Jul 2018, Cork, Ireland. 2018

Poster de conférence hal-02154390v1

Terroir, baker’s practices, wheat varieties and their influence on sourdough microbial diversity

Elisa Michel , Héloise Debroise , Marion Deffrasnes , Stéphane Guezenec , Judith Legrand et al.

Colloque du métaprogramme Méta-omiques et écosystèmes microbiens (MEM), Jan 2017, Paris, France

Poster de conférence hal-04599898v1

Impact of baker’s practices, terroir and wheat varieties on sourdough microbial taxonomic and functional diversity

Elisa Michel , Héloise Debroise , Marion Deffrasnes , Isabelle Hue , Stephane Guezenec et al.

4. International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017

Poster de conférence hal-02154391v1
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Importanza dei micro-organismi nel sistema alimentare

Elisa Michel , Delphine Sicard , Estelle Serpolay-Besson

Coltiviamo la diversità, Jun 2017, Peccioli, France

Poster de conférence hal-04599326v1

Analyses Physico-Chimiques et microbiologiques de 30 levains naturels et pains français

Elisa Michel , Marion Deffrasnes , Stéphane Guezenec , Xavier Dousset , Delphine Sicard et al.

Séminaire Projet BAKERY, 2016, Broué, France

Poster de conférence hal-04599856v1

Diversité des bactéries lactiques dans les levains naturels français

Elisa Michel , Marion Deffrasnes , Emilie Lhomme , Marie Noëlle Madec , Florence Valence et al.

Séminaire Projet BAKERY, 2016, Broué, France

Poster de conférence hal-04599847v1

Diversité des espèces de levures dans les levains naturels français

Elisa Michel , Charlotte Urien , Stéphane Guezenec , Delphine Sicard

Séminaire Projet BAKERY, 2016, Broué, France

Poster de conférence hal-04599853v1