Fabien Jourdan

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Publications

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PathIntegrate: Multivariate modelling approaches for pathway-based multi-omics data integration

Cecilia Wieder , Juliette Cooke , Clement Frainay , Nathalie Poupin , Russell Bowler et al.
PLoS Computational Biology, 2024, 20 (3), pp.e1011814. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011814⟩
Article dans une revue hal-04597222 v1
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Challenges and perspectives for naming lipids in the context of lipidomics

Michael Witting , Adnan Malik , Andrew Leach , Alan Bridge , Lucila Aimo et al.
Metabolomics, 2024, 20 (1), pp.15. ⟨10.1007/s11306-023-02075-x⟩
Article dans une revue hal-04596970 v1
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A strategy to detect metabolic changes induced by exposure to chemicals from large sets of condition-specific metabolic models computed with enumeration techniques

Louison Fresnais , Olivier Perin , Anne Riu , Romain Grall, , Alban Ott et al.
BMC Bioinformatics, 2024, 25 (1), pp.234. ⟨10.1186/s12859-024-05845-z⟩
Article dans une revue hal-04652792 v1
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Genome scale metabolic network modelling for metabolic profile predictions

Juliette Cooke , Maxime Delmas , Cecilia Wieder , Pablo Rodríguez Mier , Clément Frainay et al.
PLoS Computational Biology, 2024, 20 (2), pp.e1011381. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011381⟩
Article dans une revue hal-04596969 v1

PhysioFit: a software to quantify cell growth parameters and extracellular fluxes

Loïc Le Grégam , Yann Guitton , Floriant Bellvert , Stéphanie Heux , Fabien Jourdan et al.
Bioinformatics, 2024, 40 (8), pp.btae488. ⟨10.1101/2023.10.12.561695⟩
Article dans une revue hal-04253692 v1
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Scaling-up metabolomics: Current state and perspectives

Ghina Hajjar , Millena Cristina Barros Santos , Justine Bertrand-Michel , Cécile Canlet , Florence A Castelli et al.
Trends in Analytical Chemistry, 2023, 167 (20), pp.117225. ⟨10.1016/j.trac.2023.117225⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-04188505 v1
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Suggesting disease associations for overlooked metabolites using literature from metabolic neighbors

Maxime Delmas , Olivier Filangi , Christophe Duperier , Nils Paulhe , Florence Vinson et al.
GigaScience, 2023, 12, pp.giad065. ⟨10.1093/gigascience/giad065⟩
Article dans une revue hal-04223426 v1
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Gestational exposure to bisphenol A induces region-specific changes in brain metabolomic fingerprints in sheep

Davy Guignard , Cécile Canlet , Marie Tremblay-Franco , Elodie Chaillou , Roselyne Gautier et al.
Environment International, 2022, 165, pp.107336. ⟨10.1016/j.envint.2022.107336⟩
Article dans une revue hal-03701070 v1
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PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management

Nils Paulhe , Cécile Canlet , Annelaure Damont , Lindsay Peyriga , Stéphanie Durand et al.
Metabolomics, 2022, 18 (6), pp.40. ⟨10.1007/s11306-022-01899-3⟩
Article dans une revue hal-03695453 v1
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Networks and Graphs Discovery in Metabolomics Data Analysis and Interpretation

Adam Amara , Clément Frainay , Fabien Jourdan , Thomas Naake , Steffen Neumann et al.
Frontiers in Molecular Biosciences, 2022, 9, ⟨10.3389/fmolb.2022.841373⟩
Article dans une revue hal-03636716 v1
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Avoiding the Misuse of Pathway Analysis Tools in Environmental Metabolomics

Cecilia Wieder , Jacob Bundy , Clément Frainay , Nathalie Poupin , Pablo Rodríguez-Mier et al.
Environmental Science and Technology, In press, ⟨10.1021/acs.est.2c05588⟩
Article dans une revue hal-03799270 v1
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Multiplatform metabolomics for an integrative exploration of metabolic syndrome in older men

Blandine Comte , Stéphanie Monnerie , Marion Brandolini-Bunlon , Cécile Canlet , Florence Castelli et al.
EBioMedicine, 2021, 69, ⟨10.1016/j.ebiom.2021.103440⟩
Article dans une revue hal-03283772 v1
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Gaining Insights Into Metabolic Networks Using Chemometrics and Bioinformatics: Chronic Kidney Disease as a Clinical Model

Julien Boccard , Domitille Schvartz , Santiago Codesido , Mohamed Hanafi , Yoric Gagnebin et al.
Frontiers in Molecular Biosciences, 2021, 8, pp.682559. ⟨10.3389/fmolb.2021.682559⟩
Article dans une revue hal-03318230 v1
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ELIXIR and Toxicology: a community in development

Marvin Martens , Rob Stierum , Emma Schymanski , Chris Evelo , Reza Aalizadeh et al.
F1000Research, 2021, 10, pp.1129. ⟨10.12688/f1000research.74502.1⟩
Article dans une revue pasteur-03680151 v1
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FORUM: building a Knowledge Graph from public databases and scientific literature to extract associations between chemicals and diseases

Maxime Delmas , Olivier Filangi , Nils Paulhe , Florence Vinson , Christophe Duperier et al.
Bioinformatics, 2021, 37 (21), pp.3896-3904. ⟨10.1093/bioinformatics/btab627⟩
Article dans une revue hal-03361495 v2
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DEXOM: Diversity-based enumeration of optimal context-specific metabolic networks

Pablo Rodríguez-Mier , Nathalie Poupin , Carlo de Blasio , Laurent Le Cam , Fabien Jourdan
PLoS Computational Biology, 2021, 17 (2), ⟨10.1371/journal.pcbi.1008730⟩
Article dans une revue hal-03154775 v1
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Mitochondrial metabolism supports resistance to IDH mutant inhibitors in acute myeloid leukemia

Lucille Stuani , Marie Sabatier , Estelle Saland , Guillaume Cognet , Nathalie Poupin et al.
Journal of Experimental Medicine, 2021, 218 (5), pp.e20200924. ⟨10.1084/jem.20200924⟩
Article dans une revue hal-03563454 v1

Osteogenic Response of Human Mesenchymal Stem Cells Analysed Using Combined Intracellular and Extracellular Metabolomic Monitoring

Amal Surrati , Evseev Sergey , Fabien Jourdan , Dong-Hyun Kim , Virginie Sottile
Cellular Physiology and Biochemistry, 2021, 55 (3), pp.311-326. ⟨10.33594/000000377⟩
Article dans une revue hal-03312596 v1
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Milk metabolome reveals variations on enteric methane emissions from dairy cows fed a specific inhibitor of the methanogenesis pathway

Bénédict Yanibada , Ulli Hohenester , Mélanie Pétéra , Cécile Canlet , Stéphanie Durand et al.
Journal of Dairy Science, 2021, 104 (12), pp.12553-12566. ⟨10.3168/jds.2021-20477⟩
Article dans une revue hal-03351167 v1
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Pathway analysis in metabolomics: Recommendations for the use of over-representation analysis

Cecilia Wieder , Clément Frainay , Nathalie Poupin , Pablo Rodríguez-Mier , Florence Vinson et al.
PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), ⟨10.1371/journal.pcbi.1009105⟩
Article dans une revue hal-03344682 v1
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The GOLIATH Project: Towards an Internationally Harmonised Approach for Testing Metabolism Disrupting Compounds

Juliette Legler , Daniel Zalko , Fabien Jourdan , Miriam Jacobs , Bernard Fromenty et al.
International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21 (10: Special Issue Advances in the Research of Endocrine Disrupting Chemicals 2.0), pp.3480. ⟨10.3390/ijms21103480⟩
Article dans une revue hal-04707157 v1
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Improving lipid mapping in Genome Scale Metabolic Networks using ontologies

Nathalie Poupin , Florence Vinson , Arthur Moreau , Aurélie Batut , Maxime Chazalviel et al.
Metabolomics, 2020, 16 (4), ⟨10.1007/s11306-020-01663-5⟩
Article dans une revue hal-02935172 v1
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Inhibition of enteric methanogenesis in dairy cows induces changes in plasma metabolome highlighting metabolic shifts and potential markers of emission

Bénédict Yanibada , Ulli Hohenester , Mélanie Pétéra , Cécile Canlet , Stéphanie Durand et al.
Scientific Reports, 2020, 10 (1), ⟨10.1038/s41598-020-72145-w⟩
Article dans une revue hal-02949602 v1
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1H-NMR metabolomics response to a realistic diet contamination with the mycotoxin deoxynivalenol

Imourana Alassane-Kpembi , Cecile Canlet , Marie Tremblay-Franco , Fabien Jourdan , Maxime Chalzaviel et al.
Food and Chemical Toxicology, 2020, 138, pp.111222. ⟨10.1016/j.fct.2020.111222⟩
Article dans une revue hal-03331253 v1
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Postprandial NMR-Based Metabolic Exchanges Reflect Impaired Phenotypic Flexibility across Splanchnic Organs in the Obese Yucatan Mini-Pig

Marie Tremblay-Franco , Nathalie Poupin , Aurélien Amiel , Cécile Canlet , Didier Remond et al.
Nutrients, 2020, 12 (8), pp.2442. ⟨10.3390/nu12082442⟩
Article dans une revue hal-02927174 v1
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Arterio-venous metabolomics exploration reveals major changes across liver and intestine in the obese Yucatan minipig

Nathalie Poupin , Marie Tremblay-Franco , Aurélien Amiel , Cécile Canlet , Didier Remond et al.
Scientific Reports, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-019-48997-2⟩
Article dans une revue hal-02282295 v1
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Caractérisation des dangers des contaminants alimentaires : ce qui change; conséquences pour la recherche et l’évaluation

Jean Pierre J. P. Cravedi , Fabien Jourdan
Innovations Agronomiques, 2019, 73, pp.1-10. ⟨10.15454/ij9z4r⟩
Article dans une revue hal-02275513 v1
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Large-Scale Modeling Approach Reveals Functional Metabolic Shifts during Hepatic Differentiation

Nathalie Poupin , Anne Corlu , Nicolas J. Cabaton , Hélène Dubois-Pot-Schneider , Cécile Canlet et al.
Journal of Proteome Research, 2019, 18 (1), pp.204-216. ⟨10.1021/acs.jproteome.8b00524⟩
Article dans une revue hal-01937261 v1
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PhenoMeNal: processing and analysis of metabolomics data in the cloud

Kristian Peters , James Bradbury , Sven Bergmann , Marco Capuccini , Marta Cascante et al.
GigaScience, 2019, 8 (2), pp.giy149. ⟨10.1093/gigascience/giy149⟩
Article dans une revue hal-02627233 v1
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MetaboRank: network-based recommendation system to interpret and enrich metabolomics results

Clément Frainay , Sandrine Aros , Maxime Chazalviel , Thomas Garcia , Florence Vinson et al.
Bioinformatics, 2019, 35 (2), pp.274-283. ⟨10.1093/bioinformatics/bty577⟩
Article dans une revue hal-02627792 v1
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Targeted versus untargeted omics — the CAFSA story

Maria del Mar Amador , Benoit Colsch , Foudil Lamari , Claude Jardel , Farid Ichou et al.
Journal of Inherited Metabolic Disease, 2018, 41 (3), pp.1-10. ⟨10.1007/s10545-017-0134-3⟩
Article dans une revue hal-01777969 v1
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An untargeted metabolomics approach to explore the metabolic modulation of HepG2 cells exposed to low doses of bisphenol A and 17β-estradiol 2

Nicolas J. Cabaton , Nathalie Poupin , Cécile Canlet , Marie Tremblay-Franco , Marc Audebert et al.
Frontiers in Endocrinology, 2018, 9, ⟨10.3389/fendo.2018.00571⟩
Article dans une revue hal-02618654 v1
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Integrated transcriptomics and metabolomics reveal signatures of lipid metabolism dysregulation in HepaRG liver cells exposed to PCB 126

Robin Mesnage , Martina Biserni , Sucharitha Balu , Clément Frainay , Nathalie Poupin et al.
Archives of Toxicology, 2018, 92 (8), pp.2533-2547. ⟨10.1007/s00204-018-2235-7⟩
Article dans une revue hal-02621552 v1
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MetExploreViz: web component for interactive metabolic network visualization

Maxime Chazalviel , Clément Frainay , Nathalie Poupin , Florence Vinson , Benjamin Merlet et al.
Bioinformatics, 2018, 34 (2), pp.312-313. ⟨10.1093/bioinformatics/btx588⟩
Article dans une revue hal-02621786 v1
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MetExplore: collaborative edition and exploration of metabolic networks

Ludovic Cottret , Clément Frainay , Maxime Chazalviel , Floréal Cabanettes , Yoann Gloaguen et al.
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (W1), 8 p. ⟨10.1093/nar/gky301⟩
Article dans une revue hal-01886470 v1
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Mind the gap: mapping mass spectral databases in genome-scale metabolic networks reveals poorly covered Areas

Clément Frainay , Emma L. Schymanski , Steffen Neumann , Benjamin Merlet , Reza Mohammadi Salek et al.
Metabolites, 2018, 8 (3), ⟨10.3390/metabo8030051⟩
Article dans une revue hal-02627086 v1

PathQuant: A bioinformatic tool to quantitatively annotate the relationship between genes and metabolites through metabolic pathway mapping

Sandra Therrien-Laperriere , S. Cherkaoui , G. Boucher , . Igenomed Consortium , Fabien Jourdan et al.
FASEB Journal, 2017, 31 (1)
Article dans une revue hal-02622661 v1
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The future of metabolomics in ELIXIR

M. van Rijswijk , C. Beirnaert , C. Caron , M. Cascante , V. Dominguez et al.
F1000Research, 2017, 6 (Version 2), ⟨10.12688/f1000research.12342.2⟩
Article dans une revue hal-01630635 v1

Computational methods to identify metabolic sub-networks based on metabolomic profiles

Clément Frainay , Fabien Jourdan
Briefings in Bioinformatics, 2017, 18 (1), pp.43-56. ⟨10.1093/bib/bbv115⟩
Article dans une revue hal-01608721 v1
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MetaNetter 2: A Cytoscape plugin for ab initio network analysis and metabolite feature classification

Karl E.V. Burgess , Y. Borutzki , N. Rankin , R. Daly , Fabien Jourdan
Journal of Chromatography B - Analytical Technologies in the Biomedical and Life Sciences, 2017, 1071, pp.68-74. ⟨10.1016/j.jchromb.2017.08.015⟩
Article dans une revue hal-02620690 v1
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A computational solution to automatically map metabolite libraries in the context of genome scale metabolic networks

Benjamin Merlet , Nils Paulhe , Florence Vinson , Clément Frainay , Maxime Chazalviel et al.
Frontiers in Molecular Biosciences, 2016, 3, ⟨10.3389/fmolb.2016.00002⟩
Article dans une revue hal-02631089 v1
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Bisphenol A exposure disrupts neurotransmitters through modulation of transaminase activity in the brain of rodents

Daniel Zalko , Ana Soto , Cécile Canlet , Marie Tremblay-Franco , Fabien Jourdan et al.
Endocrinology, 2016, 157 (5), pp.1736-1739. ⟨10.1210/en.2016-1207⟩
Article dans une revue hal-02640118 v1
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Can we Trust Untargeted Metabolomics: Results of the Metabo-ring Initiative, a Large-scale Multi-instruments Inter-laboratoire Study

Jean-Charles Martin , Mathieu Maillot , Gerard Mazerolles , Alexandre Verdu , Bernard Lyan et al.
Metabolomics, 2015, 11 (4), pp.807-821. ⟨10.1007/s11306-014-0740-0⟩
Article dans une revue hal-01123343 v1
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Dynamic metabolic disruption in rats perinatally exposed to low doses of bisphenol-A

Marie Tremblay-Franco , Nicolas J. Cabaton , Cécile Canlet , Roselyne Gautier , Cheryl M Schaeberle et al.
PLoS ONE, 2015, 10 (10), ⟨10.1371/journal.pone.0141698⟩
Article dans une revue hal-02632321 v1
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TrypanoCyc: a community-led biochemical pathways database for <em>Trypanosoma brucei</em>

Sanu Shameer , Flora J. Logan-Klumpler , Florence Vinson , Ludovic Cottret , Benjamin Merlet et al.
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (D1), pp.D637 - D644. ⟨10.1093/nar/gku944⟩
Article dans une revue hal-02631222 v1
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Telling metabolic stories to explore metabolomics data: a case study on the yeast response to cadmium exposure

Paulo Vieira Milreu , Cecilia Coimbra Klein , Ludovic Cottret , Vicente Acuña , Etienne E. Birmelé et al.
Bioinformatics, 2014, 30 (1), pp.61-70. ⟨10.1093/bioinformatics/btt597⟩
Article dans une revue hal-00922567 v1
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ProbMetab: an R package for Bayesian probabilistic annotation of LC-MS-based metabolomics

Ricardo R. Silva , Fabien Jourdan , Diego M. Salvanha , Fabien Letisse , Emilien L. Jamin et al.
Bioinformatics, 2014, 30 (9), pp.1336 - 1337. ⟨10.1093/bioinformatics/btu019⟩
Article dans une revue hal-01268715 v1
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Telling stories: Enumerating maximal directed acyclic graphs with a constrained set of sources and targets

Vicente Acuña , Etienne Birmelé , Ludovic Cottret , Pierluigi Crescenzi , Fabien Jourdan et al.
Theoretical Computer Science, 2012, 457, pp.1--9. ⟨10.1016/j.tcs.2012.07.023⟩
Article dans une revue hal-00764025 v1
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Flux analysis of the Trypanosoma brucei glycolysis based on a multi-objective criteria bioinformatic approach, Advances in Bioinfromatics, 2012, in press. International conference with published acts

Amine Ghozlane , Frédéric Bringaud , Hayssam Soueidan , Isabelle Dutour , Fabien Jourdan et al.
Advances in Bioinformatics, 2012, 2012, 16 p., Article ID 159423. ⟨10.1155/2012/159423⟩
Article dans une revue hal-00723179 v1
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Intuitive Visualization and Analysis of Multi-Omics Dataand Application to Escherichia coli Carbon Metabolism

Brice Enjalbert , Fabien Jourdan , Jean-Charles Portais
PLoS ONE, 2011, 6 (6), pp.e21318. ⟨10.1371/journal.pone.0021318⟩
Article dans une revue hal-01137055 v1

Communities and hierarchical structures in dynamic social networks: analysis and visualization

Frédéric Gilbert , Paolo Simonetto , Faraz Zaidi , Fabien Jourdan , Romain Bourqui
Social Network Analysis and Mining, 2011, 1 (2), pp.85-95. ⟨10.1007/s13278-010-0002-8⟩
Article dans une revue hal-00520936 v1
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Use of reconstituted metabolic networks to assist in metabolomic data visualization and mining

Fabien Jourdan , Ludovic Cottret , Laurence Huc , David Wildridge , Richard Scheltema et al.
Metabolomics, 2010, 6 (2), pp.312-321. ⟨10.1007/s11306-009-0196-9⟩
Article dans une revue hal-02662801 v1
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MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks.

Ludovic Cottret , David Wildridge , Florence Vinson , Michael P Barrett , Hubert Charles et al.
Nucleic Acids Research, 2010, 38 (Web Server issue), pp.W132-7. ⟨10.1093/nar/gkq312⟩
Article dans une revue hal-00690651 v1

Graph methods for the investigation of metabolic networks in parasitology

Ludovic Cottret , Fabien Jourdan
Parasitology, 2010, 137, pp.1393-1407. ⟨10.1017/S0031182010000363⟩
Article dans une revue istex hal-02661590 v1
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Un algorithme stable de décomposition pour l'analyse des réseaux sociaux dynamiques

Romain Bourqui , Paolo Simonetto , Fabien Jourdan
Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, 2009, pp.337-348
Article dans une revue hal-00406437 v1

MetaNetter: inference and visualization of high-resolution metabolomic networks

Fabien Jourdan , Rainer Breitling , Michael Barrett , Gilbert David
Bioinformatics, 2008, 24 (1), pp.143-145. ⟨10.1093/bioinformatics/btm536⟩
Article dans une revue hal-03318375 v1

IsoDesign: substrate design for isotopic labelling experiments

Loïc Le Grégam , Rochelle Kouakou , Floriant Bellvert , Jean-Charles Portais , Fabien Jourdan et al.
Metabomeeting 2024, Nov 2024, Liverpool, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-04839994 v1

Automated workflows for 13C-fluxomics

Pierre Millard , Loïc Le Grégam , Floriant Bellvert , Yann Guitton , Fabien Jourdan et al.
Modeling metabolism 2nd edition, 2024, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-04941899 v1
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Exploration multi-omique et in silico des effets transgénérationels et sexe-spécifiques induits par le TBT, un composé obésogène, sur le métabolisme hépatique de la souris

Nathalie Poupin , Fabien Jourdan , Raquel Chamorro-García , Toshi Shioda , Richard C Chang et al.
15èmes journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF), May 2023, Perpignan, France
Communication dans un congrès hal-04596856 v1
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SAMBA, a recommendation system for biomarker discovery using metabolic networks

Juliette Cooke , Nathalie Poupin , Maxime Delmas , Clément Frainay , Florence Vinson et al.
8th Conference on Constraint-Based reconstruction and Analysis (COBRA 2022), Sep 2022, Galway, Ireland
Communication dans un congrès hal-03807772 v1
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Modelling the muscle metabolic response in anabolic and catabolic states using arterio-venous blood metabolomics profiles

Nathalie Poupin , Florence A Castelli , Emeline Chu-Van , Didier Remond , Dominique Dardevet et al.
8. Conference on Constraint-Based reconstruction and Analysis (COBRA 2022), Sep 2022, Galway, Ireland
Communication dans un congrès hal-03807737 v1
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Automatising 13 C-fluxomics flux calculations through a workflow hosted on the Workflow4Metabolomics Galaxy platform

Loïc Le Grégam , Pierre Millard , Serguei Sokol , Yann Guitton , Gildas Le Corguillé et al.
Analytics 2022, RFMF; AFSEP; AFSM, Sep 2022, Nantes (Cité des Congrès), France
Communication dans un congrès hal-04352460 v1
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Modelling intrahepatic metabolic rewiring during the onset of obesity using arterio- venous blood metabolomics profiles

Nathalie Poupin , Marie Tremblay-Franco , Cécile Canlet , Aurélien Amiel , Didier Rémond et al.
European RFMF Metabomeeting 2020, Jan 2020, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02948334 v1
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Inhibition of enteric methanogenesis in cows induces changes in plasma metabolome highlighting potential emission markers

Bénédict Yanibada , Ulli Hohenester , Mélanie Pétéra , Cécile Canlet , Stéphanie Durand et al.
7. Greenhouse Gas and Animal Agriculture Conference, Aug 2019, Foz do Iguassu, Brazil
Communication dans un congrès hal-02788492 v1
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Modélisation du réseau métabolique des cellules de Leucémies Aiguës Myéloïdes pour comprendre les différences métaboliques liées à la mutation sur IDH1

Laurent Fernando , Lucille Stuani , Tony Lionel Palama , Tony Kaoma , Jean-Emmanuel Sarry et al.
Congrès de Spectrométrie de Masse, Métabolomique et Fluxomique (SMMAP), Oct 2017, Marne-la-Vallée, France
Communication dans un congrès hal-02946080 v1

Reconstruction du réseau métabolique de la tomate

Florence Maurier , Clément Frainay , Fabien Jourdan , Sophie S. Colombie
9. Journées scientifiques du RFMF, Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF). FRA., Jun 2015, Lille, France
Communication dans un congrès hal-02742882 v1
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MetaboHUB and RFMF : two tools at the service of metabolomics and fluxomics in France

Dominique Rolin , Floriant Bellvert , Justine Bertrand-Michel , Cécile Canlet , Richard Cole et al.
MERLION Metabolomics Workshop Singapore 2014, Nov 2014, Singapour, Singapore
Communication dans un congrès hal-02798242 v1
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Visualization of time-series data in the context of metabolic networks with Systrip Software

Jonathan Dubois , Ludovic Cottret , Amine Ghozlane , David Auber , Frédéric Bringaud et al.
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2013), Jul 2013, France
Communication dans un congrès hal-00838725 v1

MetaboHUB: a french infrastructure dedicated to metabolomics and fluxomics

Dominique D. Rolin , Alice A. Agasse , Justine Bertrand-Michel , R. R. Cole , Sophie S. Colombie et al.
Metabolomics 2013 - 9. Annual conference of the Metabolomics Society, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-01002247 v1

MetaboHUB: une infrastructure nationale au service de la métabolomique

Dominique D. Rolin , Alice A. Agasse , Justine Bertrand-Michel , R. R. Cole , B. B. Colsch et al.
Séance thématique "La métabolomique : son application en recherche pharmaceutique et diagnostique", Académie Nationale de Pharmacie. FRA., Feb 2013, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01002248 v1

MetaboHUB: a national infrastructure dedicated to metabolomics and fluxomics

Dominique D. Rolin , Alice A. Agasse , Justine Bertrand-Michel , R. R. Cole , B. B. Colsch et al.
7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et de Fluxomique (RFMF), Jun 2013, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-01002241 v1
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Metabolomics for food and environmental toxicology : from targeted to global integrative approaches

Laurent Debrauwer , Emilien L. Jamin , Isabelle Jouanin , Sylvie S. Chevolleau , Marlène Z. Lacroix et al.
LC-MS Montreux Symposium 2012, Nov 2012, Montreux, Switzerland
Communication dans un congrès hal-02745532 v1
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Systrip: a visual environment for the investigation of time-series data in the context of metabolic networks

Jonathan Dubois , Ludovic Cottret , Amine Ghozlane , David Auber , Frédéric Bringaud et al.
16th International Conference on Information Visualization (IV'12), Jul 2012, Montpellier, France. pp.4771a204
Communication dans un congrès hal-00742176 v1

Peut-on faire confiance à la métabolomique: résultats de l'initiative MetaboRing

Alexandre Verdu , Bernard Lyan , Carole Migné , Catherine Defoort , Cécile Canlet et al.
6. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF), May 2012, Nantes, France
Communication dans un congrès hal-01594993 v1

Can we trust untargeted metabolomics: results of the metabo-ring study

Alexandre Verdu , Bernard Lyan , Carole Migné , Catherine Defoort , Cécile Canlet et al.
2. African-European Conference on Chemometrics - Afrodata 2012, Nov 2012, Stellenbosch, South Africa
Communication dans un congrès hal-01595486 v1

Use of reconstituted metabolic networks to assist in metabolomic data visualization and mining

Fabien Jourdan
Metabolomics 2011, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., Jun 2011, Cairns, Australia
Communication dans un congrès hal-02802559 v1

Extraction d'"histoires métaboliques" dans les réseaux métaboliques à partir de données métabolomiques

Fabien Jourdan
5eme journées du RFMF, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., May 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02803297 v1

Approche métabonomique pour l'étude in vivo, in vitro et in silico de la toxicologie des faibles doses

Daniel Zalko , Nicolas J. Cabaton , Cécile Canlet , Marie Tremblay-Franco , Fabien Jourdan
. 5emes Journées scientifiques TOXALIM, Ville service., Dec 2011, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02811476 v1
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Domain specific vs Generic Network Visualization: an evaluation with metabolic networks

Romain Bourqui , Helen Purchase , Fabien Jourdan
Australasian Conference on User Interface, Jan 2011, Australia. pp.9-18
Communication dans un congrès hal-00579230 v1

Development of metabolomics method associating NMR and UPLC-HRMS

Emilien L. Jamin , Cécile Canlet , Maria-Helena Meireles , Marc Dubois , Marie Tremblay-Franco et al.
SMAP 2011, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., Sep 2011, Avignon, France
Communication dans un congrès hal-02804072 v1

Metaboflux : a method to analyze flux distribution in metabolic networks

Amine Ghozlane , Frédéric Bringaud , Fabien Jourdan , Patricia Thebault
Workshop Metabolomics2010, AmsterdamRAI, the Netherlands, 2010, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-00648759 v1

Computing "metabolic stories" in genome scale metabolic networks based on metabolomics data.(2011)

Fabien Jourdan
Metabolomics 2011, Ville service., Jun 2011, Cairns, Australia
Communication dans un congrès hal-02803877 v1

Telling Stories

Vicente Acuña , Etienne Birmele , Ludovic Cottret , Pierluigi Crescenzi , Fabien Jourdan et al.
ICALP 2011 satellite workshop: Graph Algorithms and Applications (GA), 2011, Zurich, Switzerland. ⟨10.1016/j.tcs.2012.07.023⟩
Communication dans un congrès hal-00748788 v1
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Detecting structural changes and command hierarchies in dynamic social networks

Romain Bourqui , Frédéric Gilbert , Paolo Simonetto , Faraz Zaidi , Umang Sharan et al.
Advances in Social Network Analysis and Data Mining, 2009, Greece. pp.83-88
Communication dans un congrès hal-00406240 v1
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Revealing subnetwork roles using contextual visualization: comparison of metabolic networks

Romain Bourqui , Fabien Jourdan
12th International Conference on Information Visualisation, Jul 2008, London, United Kingdom. pp.638-643
Communication dans un congrès hal-00343889 v1

Multiscale scatterplot matrix for visual and interactive exploration of metabonomic data

Fabien Jourdan , Alain Paris , Pierre-Yves Koenig , Guy Melançon
1st Visual Information Expert Workshop (VIEW), Apr 2006, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02751211 v1

Comparaison Visuelle de Réseaux Métaboliques

Romain Bourqui , Fabien Jourdan
8èmes Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2007, France. pp.285-286
Communication dans un congrès hal-00306674 v1

Un Algorithme Contraint de Dessin de Graphe Planaire pour la Visualisation de Réseaux Métaboliques

Romain Bourqui , David Auber , Vincent Lacroix , Fabien Jourdan
Quatrième édition du congrés francophone de doctorants en STIC, MajecSTIC, 2006, France. pp.électronique
Communication dans un congrès hal-00306673 v1

Metabolic network visualization using constraint planar graph drawing Algorithm

Romain Bourqui , David Auber , Vincent Lacroix , Fabien Jourdan
IV 06: Proceedings of the 10 International Conference on Information Visualisation (IV06), 2006, United States. pp.489 - 496
Communication dans un congrès hal-00306676 v1
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Multiscale scatterplot matrix for visual and interactive exploration of metabonomics data

Fabien Jourdan , Alain Paris , Pierre-Yves Koenig , Guy Melançon
Visual Information Expert Workshop, Apr 2006, Paris, France. pp.202-215, ⟨10.1007/978-3-540-71027-1_18⟩
Communication dans un congrès lirmm-00091360 v1
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Une Approche MDS Hybride pour l'Exploration Visuelle Interactive

Fabien Jourdan , Guy Melançon , Christophe Douy , Alexandre Gasne
Conférence Francophone sur l'Interaction Homme-Machine, Sep 2005, Toulouse, France
Communication dans un congrès lirmm-00106468 v1
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Metric-Based Network Exploration and Multiscale Scatterplot

Yves Chiricota , Fabien Jourdan , Guy Melançon
InfoVis: Information Visualization, Oct 2004, Austin, United States. pp.135-142, ⟨10.1109/INFVIS.2004.47⟩
Communication dans un congrès lirmm-00108871 v1

Drawing, Clustering and Visualization of Biological Pathways

Fabien Jourdan
International Symposium on Networks in Bio-Informatics, Mar 2004, Paris, France
Communication dans un congrès lirmm-00109131 v1
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Multiscale hybrid MDS

Fabien Jourdan , Guy Melançon
IV: Information Visualization, Jul 2004, London, United Kingdom. pp.388-393, ⟨10.1109/IV.2004.1320173⟩
Communication dans un congrès lirmm-00108864 v1
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Software Components Capture using Graph Clustering

Yves Chiricota , Fabien Jourdan , Guy Melançon
IEEE International Workshop on Program Comprehension, 2003, Portland, Oregon, United States. pp.217-226
Communication dans un congrès lirmm-00269464 v1

A Tool for Metabolic and Regolatory Pathways Visual Analysis

Fabien Jourdan , Guy Melançon
Conference on Visualization and Data Analysis, Jan 2003, Santa Clara, United States. pp.46-55
Communication dans un congrès lirmm-00269772 v1
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Multiscale Visualization of Small World Networks

David Auber , Yves Chiricota , Fabien Jourdan , Guy Melançon
InfoVis: Information Visualization, Oct 2003, Seattle, WA, United States. pp.75-81
Communication dans un congrès lirmm-00269770 v1
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Software Components Capture using Graph Clustering

Yves Chiricota , Fabien Jourdan , Guy Melançon
IEEE International Workshop on Program Comprehension, 2003, Portland, Oregon, United States. pp.217-226
Communication dans un congrès lirmm-00191947 v1
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The CHaMP web-app:an interactive tool to infer biotransformation pathways from your MS peaks

Marine Valleix , Clément Frainay , Elodie Person , Jean-François Martin , Laurent Debrauwer et al.
15èmes journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2023, Perpignan, France
Poster de conférence hal-04405320 v1
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PhysioFit: Quantifying cell growth parameters and uptake and production fluxes

Loïc Le Grégam , Yann Guitton , Floriant Bellvert , Fabien Jourdan , Jean-Charles Portais et al.
15émes journées scientifiques du RFMF ( Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique ), May 2023, Perpignan, France. 2023
Poster de conférence hal-04321321 v1
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Métabolomique multiplateforme (MS, RMN) : étude de l’impact de l'ajout de TSP sur les données MS

benedict Yanibada , Cécile Canlet , Carla Orlandi , Roselyne Gautier , Fabien Jourdan et al.
Congrès Analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France
Poster de conférence hal-04357965 v1
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INPUT OF DEEP PHENOTYPING IN THE METABOLIC SYNDROME STRATIFICATION

Stéphanie Monnerie , Mélanie Pétéra , Cécile Canlet , Florence Castelli , Benoit Colsch et al.
European RFMF Metabomeeting 2020, Jan 2020, Toulouse, France. , 262 p., 2020, Oral and Poster Abstracts European RMF Metabomeeting 2020
Poster de conférence hal-02505908 v1
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MetExplore: Omics data analysis in the context of metabolic networks

Maxime Chazalviel , Adrien Rohan , Nathalie Poupin , Florence Vinson , Clément Frainay et al.
European RFMF Metabomeeting 2020, Jan 2020, Toulouse, France.
Poster de conférence hal-02948391 v1
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Improving prediction of essential genes using context-specific metabolic network ensembles

Pablo Rodríguez-Mier , Nathalie Poupin , Carlo de Blasio , Laurent Le Cam , Fabien Jourdan
European RFMF Metabomeeting 2020, Jan 2020, Toulouse, France
Poster de conférence hal-02948371 v1

Modelling hepatic metabolic changes during the onset of obesity using NMR metabolomics arterio-venous blood exploration in minipigs

Nathalie Poupin , Marie Tremblay-Franco , Aurélien Amiel , Cécile Canlet , Didier Remond et al.
12. Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2019, Clermont-Ferrand, France. 168 p., 2019, Livre des résumés
Poster de conférence hal-02162584 v1
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Hepatic metabolomics and transcriptomics provide valuable insights on inflammatory and metabolic features in rats fed on a high fat diet but showing similar clinical phenotyping alterations

Sergio Polakof , Marie Tremblay-Franco , Cécile Canlet , Jérémie David , Fabien Jourdan et al.
12. Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2019, Clermont-Ferrand, France. 168 p., 2019, Livre des résumés
Poster de conférence hal-02162582 v1

Study of the hepatic metabolic effects induced by PFOA exposure using a multiplatform metabolomics approach

Joran Villaret-Cazadamont , Noemie Butin , Cécile Canlet , Marie Tremblay-Franco , Roselyne Gautier et al.
55. Congress of the European-Societies-of-Toxicology (EUROTOX) - Toxicology - Science Providing Solutions, Sep 2019, Helsinki, Finland. ELSEVIER IRELAND LTD, 2019, TOXICOLOGY LETTERS
Poster de conférence hal-02306108 v1

Modeling hepatic metabolic changes during the onset of obesity from metabolomics arterio-venous blood exploration in minipigs

Nathalie Poupin , Marie Tremblay-Franco , Aurélien Amiel , Cécile Canlet , Didier Remond et al.
Copenhagen Bioscience Conference 2017: Where big-data gets translated into knowledge, May 2017, Copenhague, Netherlands. 2017, Bioscience Conference 2017
Poster de conférence hal-01606420 v1

Reconstruction du réseau métabolique de la tomate

Florence Maurier , Clément Frainay , Fabien Jourdan , Sophie S. Colombie
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02742705 v1

Reconstruction du réseau métabolique de la tomate

Florence Maurier , Fabien Jourdan , Sophie S. Colombie
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02799581 v1

Can we Trust Untargeted Metabolomics: Results of the Metabo-ring Initiative, a Large-scale Multi-instruments Inter-laboratoire Study

Jean-Charles Martin , Mathieu Maillot , Gerard Mazerolles , Alexandre Verdu , Bernard Lyan et al.
9. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom. 2013, 9th Annual Conference of the Metabolomics Society
Poster de conférence hal-01123136 v1

Can we trust untargeted metabolomics: first results of the metabo-ring study

Alexandre Verdu , Bernard Lyan , Carole Migné , Catherine Defoort , Cécile Canlet et al.
8. Annual International Meeting of the Metabolomics Society, Jun 2012, Washington, United States. , 2012
Poster de conférence hal-01595487 v1

TrypanoCyc: a community effort towards the development of a metabolic pathway database for Trypanosoma brucei.

Flora Logan-Klumpler , Ludovic Cottret , Florence Vinson , Fabien Jourdan , Michael Barrett
Kinetoplastid Molecular Cell Biology Meeting (KMCB 2011), 2011, Inconnue, France. 2011
Poster de conférence hal-02803549 v1

MetExplore, a framework for the analysis of metabolic networks: applications in the field of metabolomics data and the study of endocrine disruptors

Ludovic Cottret , Florence Vinson , Nicolas J. Cabaton , Maria-Helena Meireles , Daniel Zalko et al.
6th Copenhagen Workshop on Endocrine Disrupters, Apr 2011, Copenhagen, Denmark. 2011
Poster de conférence hal-02802904 v1

MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks

Ludovic Cottret , David Wildridge , Florence Vinson , Michael P. Barrett , Marie-France Sagot et al.
JOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France. , 1 p., 2010, JOBIM 2010 Montpellier, Journée Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Montpellier, France, 7 - 9 septembre 2010
Poster de conférence hal-02821730 v1

Plant genome-scale metabolic networks

Léo Gerlin , Clément Frainay , Fabien Jourdan , Caroline Baroukh , Sylvain Prigent
Science Direct. Plant Metabolomics in full swing, 98, 2021, Advances in Botanical Research, ⟨10.1016/bs.abr.2020.09.021⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03149497 v1

Genome-scale metabolic networks

Clément Frainay , Fabien Jourdan
Metabolomics: Practical Guide to Design and Analysis, 1ère édition, Chapman and Hall, 290 p., 2019, 9781315370583. ⟨10.1201/9781315370583-8⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02786295 v1

Understanding Protozoan Parasite Metabolism and Identifying Drug Targets through Constraint-Based Modeling

Francis Isidore Totanes , Sanu Shameer , David Westhead , Fabien Jourdan , Glenn Mcconkey
Comprehensive Analysis of Parasite Biology: From Metabolism to Drug Discovery, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, pp.487-512, 2016, ⟨10.1002/9783527694082.ch21⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03318814 v1

Analysing human metabolic networks using metabolomics

Nathalie Poupin , Fabien Jourdan
Metabolomics as a Tool in Nutrition Research, Elsevier, pp.85-114, 2015, ⟨10.1016/B978-1-78242-084-2.00005-8⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03318813 v1

Human metabolic networks and metabolomics

Fabien Jourdan , Nathalie Poupin
Metabolomics as tool in nutrition research, Woodhead publishing Limited, 2014
Chapitre d'ouvrage hal-01187878 v1

Qualitative modelling of metabolic networks

Fabien Jourdan
Metabolomics coming of age with its technological diversity, 67, 2013, Advances in Botanical Research, ⟨10.1016/B978-0-12-397922-3.00012-5⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02803214 v1
Image document

A stable decomposition algorithm for dynamical social network analysis

Romain Bourqui , Paolo Simonetto , Fabien Jourdan
Fabrice Guillet; Gilbert Ritschard; Djamel Abdelkader Zighed and Henri Briand. Advances in Knowledge Discovery and Management, Springer, pp.167-178, 2010, Studies in Computational Intelligence, ⟨10.1007/978-3-642-00580-0_10⟩
Chapitre d'ouvrage hal-00543175 v1