Fabien Jourdan

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Publications

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Wurtzite vs zinc blende phase selection in GaN nanowires

Corentin Guérin , Fabien Jourdan , Bérangère Moreau , Bruno Gayral , Jean-Luc Rouvière et al.

Journal of Applied Physics, 2025, 138 (3), pp.035304. ⟨10.1063/5.0279475⟩

Article dans une revue hal-05345102v1
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Simulated metabolic profiles reveal biases in pathway analysis methods

Juliette Cooke , Cecilia Wieder , Nathalie Poupin , Clément Frainay , Timothy Ebbels et al.

Metabolomics, 2025, 21 (5), pp.136. ⟨10.1007/s11306-025-02335-y⟩

Article dans une revue hal-05306419v1
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Optical properties of basal plane stacking faults in AlN nanowires

Corentin Guérin , Fabien Jourdan , Jean-Luc Rouvière , Bruno Gayral , Gwénolé Jacopin et al.

Journal of Applied Physics, 2025, 137 (17), pp.174303. ⟨10.1063/5.0252320⟩

Article dans une revue hal-05345072v1
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Challenges and perspectives for naming lipids in the context of lipidomics

Michael Witting , Adnan Malik , Andrew Leach , Alan Bridge , Lucila Aimo et al.

Metabolomics, 2024, 20 (1), pp.15. ⟨10.1007/s11306-023-02075-x⟩

Article dans une revue hal-04596970v1
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Genome scale metabolic network modelling for metabolic profile predictions

Juliette Cooke , Maxime Delmas , Cecilia Wieder , Pablo Rodríguez Mier , Clément Frainay et al.

PLoS Computational Biology, 2024, 20 (2), pp.e1011381. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011381⟩

Article dans une revue hal-04596969v1
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A strategy to detect metabolic changes induced by exposure to chemicals from large sets of condition-specific metabolic models computed with enumeration techniques

Louison Fresnais , Olivier Perin , Anne Riu , Romain Grall, , Alban Ott et al.

BMC Bioinformatics, 2024, 25 (1), pp.234. ⟨10.1186/s12859-024-05845-z⟩

Article dans une revue hal-04652792v1
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PhysioFit: a software to quantify cell growth parameters and extracellular fluxes

Loïc Le Grégam , Yann Guitton , Floriant Bellvert , Stéphanie Heux , Fabien Jourdan et al.

Bioinformatics, 2024, 40 (8), pp.btae488. ⟨10.1101/2023.10.12.561695⟩

Article dans une revue hal-04253692v1
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PathIntegrate: Multivariate modelling approaches for pathway-based multi-omics data integration

Cecilia Wieder , Juliette Cooke , Clement Frainay , Nathalie Poupin , Russell Bowler et al.

PLoS Computational Biology, 2024, 20 (3), pp.e1011814. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011814⟩

Article dans une revue hal-04597222v1
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Scaling-up metabolomics: Current state and perspectives

Ghina Hajjar , Millena Cristina Barros Santos , Justine Bertrand-Michel , Cécile Canlet , Florence A Castelli et al.

Trends in Analytical Chemistry, 2023, 167 (20), pp.117225. ⟨10.1016/j.trac.2023.117225⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-04188505v1
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Suggesting disease associations for overlooked metabolites using literature from metabolic neighbors

Maxime Delmas , Olivier Filangi , Christophe Duperier , Nils Paulhe , Florence Vinson et al.

GigaScience, 2023, 12, pp.giad065. ⟨10.1093/gigascience/giad065⟩

Article dans une revue hal-04223426v1
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PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management

Nils Paulhe , Cécile Canlet , Annelaure Damont , Lindsay Peyriga , Stéphanie Durand et al.

Metabolomics, 2022, 18 (6), pp.40. ⟨10.1007/s11306-022-01899-3⟩

Article dans une revue hal-03695453v1
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Networks and Graphs Discovery in Metabolomics Data Analysis and Interpretation

Adam Amara , Clément Frainay , Fabien Jourdan , Thomas Naake , Steffen Neumann et al.

Frontiers in Molecular Biosciences, 2022, 9, ⟨10.3389/fmolb.2022.841373⟩

Article dans une revue hal-03636716v1
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Avoiding the Misuse of Pathway Analysis Tools in Environmental Metabolomics

Cecilia Wieder , Jacob Bundy , Clément Frainay , Nathalie Poupin , Pablo Rodríguez-Mier et al.

Environmental Science and Technology, In press, ⟨10.1021/acs.est.2c05588⟩

Article dans une revue hal-03799270v1
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Gestational exposure to bisphenol A induces region-specific changes in brain metabolomic fingerprints in sheep

Davy Guignard , Cécile Canlet , Marie Tremblay-Franco , Elodie Chaillou , Roselyne Gautier et al.

Environment International, 2022, 165, pp.107336. ⟨10.1016/j.envint.2022.107336⟩

Article dans une revue hal-03701070v1
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Multiplatform metabolomics for an integrative exploration of metabolic syndrome in older men

Blandine Comte , Stéphanie Monnerie , Marion Brandolini-Bunlon , Cécile Canlet , Florence Castelli et al.

EBioMedicine, 2021, 69, ⟨10.1016/j.ebiom.2021.103440⟩

Article dans une revue hal-03283772v1
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FORUM: building a Knowledge Graph from public databases and scientific literature to extract associations between chemicals and diseases

Maxime Delmas , Olivier Filangi , Nils Paulhe , Florence Vinson , Christophe Duperier et al.

Bioinformatics, 2021, 37 (21), pp.3896-3904. ⟨10.1093/bioinformatics/btab627⟩

Article dans une revue hal-03361495v2
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ELIXIR and Toxicology: a community in development

Marvin Martens , Rob Stierum , Emma Schymanski , Chris Evelo , Reza Aalizadeh et al.

F1000Research, 2021, 10, pp.1129. ⟨10.12688/f1000research.74502.1⟩

Article dans une revue pasteur-03680151v1
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Gaining Insights Into Metabolic Networks Using Chemometrics and Bioinformatics: Chronic Kidney Disease as a Clinical Model

Julien Boccard , Domitille Schvartz , Santiago Codesido , Mohamed Hanafi , Yoric Gagnebin et al.

Frontiers in Molecular Biosciences, 2021, 8, pp.682559. ⟨10.3389/fmolb.2021.682559⟩

Article dans une revue hal-03318230v1
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DEXOM: Diversity-based enumeration of optimal context-specific metabolic networks

Pablo Rodríguez-Mier , Nathalie Poupin , Carlo de Blasio , Laurent Le Cam , Fabien Jourdan

PLoS Computational Biology, 2021, 17 (2), ⟨10.1371/journal.pcbi.1008730⟩

Article dans une revue hal-03154775v1
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Mitochondrial metabolism supports resistance to IDH mutant inhibitors in acute myeloid leukemia

Lucille Stuani , Marie Sabatier , Estelle Saland , Guillaume Cognet , Nathalie Poupin et al.

Journal of Experimental Medicine, 2021, 218 (5), pp.e20200924. ⟨10.1084/jem.20200924⟩

Article dans une revue hal-03563454v1

Osteogenic Response of Human Mesenchymal Stem Cells Analysed Using Combined Intracellular and Extracellular Metabolomic Monitoring

Amal Surrati , Evseev Sergey , Fabien Jourdan , Dong-Hyun Kim , Virginie Sottile

Cellular Physiology and Biochemistry, 2021, 55 (3), pp.311-326. ⟨10.33594/000000377⟩

Article dans une revue hal-03312596v1
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Milk metabolome reveals variations on enteric methane emissions from dairy cows fed a specific inhibitor of the methanogenesis pathway

Bénédict Yanibada , Ulli Hohenester , Mélanie Pétéra , Cécile Canlet , Stéphanie Durand et al.

Journal of Dairy Science, 2021, 104 (12), pp.12553-12566. ⟨10.3168/jds.2021-20477⟩

Article dans une revue hal-03351167v1
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Pathway analysis in metabolomics: Recommendations for the use of over-representation analysis

Cecilia Wieder , Clément Frainay , Nathalie Poupin , Pablo Rodríguez-Mier , Florence Vinson et al.

PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), ⟨10.1371/journal.pcbi.1009105⟩

Article dans une revue hal-03344682v1
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Postprandial NMR-Based Metabolic Exchanges Reflect Impaired Phenotypic Flexibility across Splanchnic Organs in the Obese Yucatan Mini-Pig

Marie Tremblay-Franco , Nathalie Poupin , Aurélien Amiel , Cécile Canlet , Didier Remond et al.

Nutrients, 2020, 12 (8), pp.2442. ⟨10.3390/nu12082442⟩

Article dans une revue hal-02927174v1
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1H-NMR metabolomics response to a realistic diet contamination with the mycotoxin deoxynivalenol

Imourana Alassane-Kpembi , Cecile Canlet , Marie Tremblay-Franco , Fabien Jourdan , Maxime Chalzaviel et al.

Food and Chemical Toxicology, 2020, 138, pp.111222. ⟨10.1016/j.fct.2020.111222⟩

Article dans une revue hal-03331253v1
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The GOLIATH Project: Towards an Internationally Harmonised Approach for Testing Metabolism Disrupting Compounds

Juliette Legler , Daniel Zalko , Fabien Jourdan , Miriam Jacobs , Bernard Fromenty et al.

International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21 (10: Special Issue Advances in the Research of Endocrine Disrupting Chemicals 2.0), pp.3480. ⟨10.3390/ijms21103480⟩

Article dans une revue hal-04707157v1
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Inhibition of enteric methanogenesis in dairy cows induces changes in plasma metabolome highlighting metabolic shifts and potential markers of emission

Bénédict Yanibada , Ulli Hohenester , Mélanie Pétéra , Cécile Canlet , Stéphanie Durand et al.

Scientific Reports, 2020, 10 (1), ⟨10.1038/s41598-020-72145-w⟩

Article dans une revue hal-02949602v1
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Improving lipid mapping in Genome Scale Metabolic Networks using ontologies

Nathalie Poupin , Florence Vinson , Arthur Moreau , Aurélie Batut , Maxime Chazalviel et al.

Metabolomics, 2020, 16 (4), pp.44. ⟨10.1007/s11306-020-01663-5⟩

Article dans une revue hal-02935172v1
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Arterio-venous metabolomics exploration reveals major changes across liver and intestine in the obese Yucatan minipig

Nathalie Poupin , Marie Tremblay-Franco , Aurélien Amiel , Cécile Canlet , Didier Remond et al.

Scientific Reports, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-019-48997-2⟩

Article dans une revue hal-02282295v1
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Caractérisation des dangers des contaminants alimentaires : ce qui change; conséquences pour la recherche et l’évaluation

Jean Pierre J. P. Cravedi , Fabien Jourdan

Innovations Agronomiques, 2019, 73, pp.1-10. ⟨10.15454/ij9z4r⟩

Article dans une revue hal-02275513v1
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PhenoMeNal: processing and analysis of metabolomics data in the cloud

Kristian Peters , James Bradbury , Sven Bergmann , Marco Capuccini , Marta Cascante et al.

GigaScience, 2019, 8 (2), pp.giy149. ⟨10.1093/gigascience/giy149⟩

Article dans une revue hal-02627233v1
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Large-Scale Modeling Approach Reveals Functional Metabolic Shifts during Hepatic Differentiation

Nathalie Poupin , Anne Corlu , Nicolas J. Cabaton , Hélène Dubois-Pot-Schneider , Cécile Canlet et al.

Journal of Proteome Research, 2019, 18 (1), pp.204-216. ⟨10.1021/acs.jproteome.8b00524⟩

Article dans une revue hal-01937261v1
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MetaboRank: network-based recommendation system to interpret and enrich metabolomics results

Clément Frainay , Sandrine Aros , Maxime Chazalviel , Thomas Garcia , Florence Vinson et al.

Bioinformatics, 2019, 35 (2), pp.274-283. ⟨10.1093/bioinformatics/bty577⟩

Article dans une revue hal-02627792v1
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An untargeted metabolomics approach to explore the metabolic modulation of HepG2 cells exposed to low doses of bisphenol A and 17β-estradiol 2

Nicolas J. Cabaton , Nathalie Poupin , Cécile Canlet , Marie Tremblay-Franco , Marc Audebert et al.

Frontiers in Endocrinology, 2018, 9, ⟨10.3389/fendo.2018.00571⟩

Article dans une revue hal-02618654v1
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Integrated transcriptomics and metabolomics reveal signatures of lipid metabolism dysregulation in HepaRG liver cells exposed to PCB 126

Robin Mesnage , Martina Biserni , Sucharitha Balu , Clément Frainay , Nathalie Poupin et al.

Archives of Toxicology, 2018, 92 (8), pp.2533-2547. ⟨10.1007/s00204-018-2235-7⟩

Article dans une revue hal-02621552v1
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Mind the gap: mapping mass spectral databases in genome-scale metabolic networks reveals poorly covered Areas

Clément Frainay , Emma L. Schymanski , Steffen Neumann , Benjamin Merlet , Reza Mohammadi Salek et al.

Metabolites, 2018, 8 (3), ⟨10.3390/metabo8030051⟩

Article dans une revue hal-02627086v1
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MetExplore: collaborative edition and exploration of metabolic networks

Ludovic Cottret , Clément Frainay , Maxime Chazalviel , Floréal Cabanettes , Yoann Gloaguen et al.

Nucleic Acids Research, 2018, 46 (W1), 8 p. ⟨10.1093/nar/gky301⟩

Article dans une revue hal-01886470v1
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MetExploreViz: web component for interactive metabolic network visualization

Maxime Chazalviel , Clément Frainay , Nathalie Poupin , Florence Vinson , Benjamin Merlet et al.

Bioinformatics, 2018, 34 (2), pp.312-313. ⟨10.1093/bioinformatics/btx588⟩

Article dans une revue hal-02621786v1
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Targeted versus untargeted omics — the CAFSA story

Maria del Mar Amador , Benoit Colsch , Foudil Lamari , Claude Jardel , Farid Ichou et al.

Journal of Inherited Metabolic Disease, 2018, 41 (3), pp.1-10. ⟨10.1007/s10545-017-0134-3⟩

Article dans une revue hal-01777969v1
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The future of metabolomics in ELIXIR

M. van Rijswijk , C. Beirnaert , C. Caron , M. Cascante , V. Dominguez et al.

F1000Research, 2017, 6 (Version 2), ⟨10.12688/f1000research.12342.2⟩

Article dans une revue hal-01630635v1

Computational methods to identify metabolic sub-networks based on metabolomic profiles

Clément Frainay , Fabien Jourdan

Briefings in Bioinformatics, 2017, 18 (1), pp.43-56. ⟨10.1093/bib/bbv115⟩

Article dans une revue hal-01608721v1
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MetaNetter 2: A Cytoscape plugin for ab initio network analysis and metabolite feature classification

Karl E.V. Burgess , Y. Borutzki , N. Rankin , R. Daly , Fabien Jourdan

Journal of Chromatography B - Analytical Technologies in the Biomedical and Life Sciences, 2017, 1071, pp.68-74. ⟨10.1016/j.jchromb.2017.08.015⟩

Article dans une revue hal-02620690v1

PathQuant: A bioinformatic tool to quantitatively annotate the relationship between genes and metabolites through metabolic pathway mapping

Sandra Therrien-Laperriere , S. Cherkaoui , G. Boucher , . Igenomed Consortium , Fabien Jourdan et al.

FASEB Journal, 2017, 31 (1)

Article dans une revue hal-02622661v1
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A computational solution to automatically map metabolite libraries in the context of genome scale metabolic networks

Benjamin Merlet , Nils Paulhe , Florence Vinson , Clément Frainay , Maxime Chazalviel et al.

Frontiers in Molecular Biosciences, 2016, 3, ⟨10.3389/fmolb.2016.00002⟩

Article dans une revue hal-02631089v1
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Bisphenol A exposure disrupts neurotransmitters through modulation of transaminase activity in the brain of rodents

Daniel Zalko , Ana Soto , Cécile Canlet , Marie Tremblay-Franco , Fabien Jourdan et al.

Endocrinology, 2016, 157 (5), pp.1736-1739. ⟨10.1210/en.2016-1207⟩

Article dans une revue hal-02640118v1
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Dynamic metabolic disruption in rats perinatally exposed to low doses of bisphenol-A

Marie Tremblay-Franco , Nicolas J. Cabaton , Cécile Canlet , Roselyne Gautier , Cheryl M Schaeberle et al.

PLoS ONE, 2015, 10 (10), ⟨10.1371/journal.pone.0141698⟩

Article dans une revue hal-02632321v1
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TrypanoCyc: a community-led biochemical pathways database for <em>Trypanosoma brucei</em>

Sanu Shameer , Flora J. Logan-Klumpler , Florence Vinson , Ludovic Cottret , Benjamin Merlet et al.

Nucleic Acids Research, 2015, 43 (D1), pp.D637 - D644. ⟨10.1093/nar/gku944⟩

Article dans une revue hal-02631222v1
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Can we Trust Untargeted Metabolomics: Results of the Metabo-ring Initiative, a Large-scale Multi-instruments Inter-laboratoire Study

Jean-Charles Martin , Mathieu Maillot , Gerard Mazerolles , Alexandre Verdu , Bernard Lyan et al.

Metabolomics, 2015, 11 (4), pp.807-821. ⟨10.1007/s11306-014-0740-0⟩

Article dans une revue hal-01123343v1
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ProbMetab: an R package for Bayesian probabilistic annotation of LC-MS-based metabolomics

Ricardo R. Silva , Fabien Jourdan , Diego M. Salvanha , Fabien Letisse , Emilien L. Jamin et al.

Bioinformatics, 2014, 30 (9), pp.1336 - 1337. ⟨10.1093/bioinformatics/btu019⟩

Article dans une revue hal-01268715v1
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Telling metabolic stories to explore metabolomics data: a case study on the yeast response to cadmium exposure

Paulo Vieira Milreu , Cecilia Coimbra Klein , Ludovic Cottret , Vicente Acuña , Etienne E. Birmelé et al.

Bioinformatics, 2014, 30 (1), pp.61-70. ⟨10.1093/bioinformatics/btt597⟩

Article dans une revue hal-00922567v1
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Telling stories: Enumerating maximal directed acyclic graphs with a constrained set of sources and targets

Vicente Acuña , Etienne Birmelé , Ludovic Cottret , Pierluigi Crescenzi , Fabien Jourdan et al.

Theoretical Computer Science, 2012, 457, pp.1--9. ⟨10.1016/j.tcs.2012.07.023⟩

Article dans une revue istex hal-00764025v1
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Flux analysis of the Trypanosoma brucei glycolysis based on a multi-objective criteria bioinformatic approach, Advances in Bioinfromatics, 2012, in press. International conference with published acts

Amine Ghozlane , Frédéric Bringaud , Hayssam Soueidan , Isabelle Dutour , Fabien Jourdan et al.

Advances in Bioinformatics, 2012, 2012, 16 p., Article ID 159423. ⟨10.1155/2012/159423⟩

Article dans une revue hal-00723179v1
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Intuitive Visualization and Analysis of Multi-Omics Dataand Application to Escherichia coli Carbon Metabolism

Brice Enjalbert , Fabien Jourdan , Jean-Charles Portais

PLoS ONE, 2011, 6 (6), pp.e21318. ⟨10.1371/journal.pone.0021318⟩

Article dans une revue hal-01137055v1

Communities and hierarchical structures in dynamic social networks: analysis and visualization

Frédéric Gilbert , Paolo Simonetto , Faraz Zaidi , Fabien Jourdan , Romain Bourqui

Social Network Analysis and Mining, 2011, 1 (2), pp.85-95. ⟨10.1007/s13278-010-0002-8⟩

Article dans une revue hal-00520936v1

Graph methods for the investigation of metabolic networks in parasitology

Ludovic Cottret , Fabien Jourdan

Parasitology, 2010, 137, pp.1393-1407. ⟨10.1017/S0031182010000363⟩

Article dans une revue istex hal-02661590v1
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MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks.

Ludovic Cottret , David Wildridge , Florence Vinson , Michael P Barrett , Hubert Charles et al.

Nucleic Acids Research, 2010, 38 (Web Server issue), pp.W132-7. ⟨10.1093/nar/gkq312⟩

Article dans une revue hal-00690651v1
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Use of reconstituted metabolic networks to assist in metabolomic data visualization and mining

Fabien Jourdan , Ludovic Cottret , Laurence Huc , David Wildridge , Richard Scheltema et al.

Metabolomics, 2010, 6 (2), pp.312-321. ⟨10.1007/s11306-009-0196-9⟩

Article dans une revue hal-02662801v1
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Un algorithme stable de décomposition pour l'analyse des réseaux sociaux dynamiques

Romain Bourqui , Paolo Simonetto , Fabien Jourdan

Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, 2009, pp.337-348

Article dans une revue hal-00406437v1

MetaNetter: inference and visualization of high-resolution metabolomic networks

Fabien Jourdan , Rainer Breitling , Michael Barrett , Gilbert David

Bioinformatics, 2008, 24 (1), pp.143-145. ⟨10.1093/bioinformatics/btm536⟩

Article dans une revue hal-03318375v1

IsoDesign: software for optimizing the isotopic composition of labeled substrates in 13C-fluxomics experiments

Rochelle Kouakou , Loïc Le Grégam , Floriant Bellvert , Fabien Jourdan , Jean-Charles Portais et al.

RFMF 2025, Jun 2025, Paris, France

Communication dans un congrès hal-05168002v1

IsoDesign: substrate design for isotopic labelling experiments

Loïc Le Grégam , Rochelle Kouakou , Floriant Bellvert , Jean-Charles Portais , Fabien Jourdan et al.

Metabomeeting 2024, Nov 2024, Liverpool, United Kingdom

Communication dans un congrès hal-04839994v1

Automated workflows for 13C-fluxomics

Pierre Millard , Loïc Le Grégam , Floriant Bellvert , Yann Guitton , Fabien Jourdan et al.

Modeling metabolism 2nd edition, 2024, Toulouse, France

Communication dans un congrès hal-04941899v1
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Exploration multi-omique et in silico des effets transgénérationels et sexe-spécifiques induits par le TBT, un composé obésogène, sur le métabolisme hépatique de la souris

Nathalie Poupin , Fabien Jourdan , Raquel Chamorro-García , Toshi Shioda , Richard C Chang et al.

15èmes journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF), May 2023, Perpignan, France

Communication dans un congrès hal-04596856v1
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Modelling the muscle metabolic response in anabolic and catabolic states using arterio-venous blood metabolomics profiles

Nathalie Poupin , Florence A Castelli , Emeline Chu-Van , Didier Remond , Dominique Dardevet et al.

8. Conference on Constraint-Based reconstruction and Analysis (COBRA 2022), Sep 2022, Galway, Ireland

Communication dans un congrès hal-03807737v1
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Automatising 13 C-fluxomics flux calculations through a workflow hosted on the Workflow4Metabolomics Galaxy platform

Loïc Le Grégam , Pierre Millard , Serguei Sokol , Yann Guitton , Gildas Le Corguillé et al.

Analytics 2022, RFMF; AFSEP; AFSM, Sep 2022, Nantes, France

Communication dans un congrès hal-04352460v1
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SAMBA, a recommendation system for biomarker discovery using metabolic networks

Juliette Cooke , Nathalie Poupin , Maxime Delmas , Clément Frainay , Florence Vinson et al.

8th Conference on Constraint-Based reconstruction and Analysis (COBRA 2022), Sep 2022, Galway, Ireland

Communication dans un congrès hal-03807772v1
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Modelling intrahepatic metabolic rewiring during the onset of obesity using arterio- venous blood metabolomics profiles

Nathalie Poupin , Marie Tremblay-Franco , Cécile Canlet , Aurélien Amiel , Didier Rémond et al.

European RFMF Metabomeeting 2020, Jan 2020, Toulouse, France

Communication dans un congrès hal-02948334v1
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Inhibition of enteric methanogenesis in cows induces changes in plasma metabolome highlighting potential emission markers

Bénédict Yanibada , Ulli Hohenester , Mélanie Pétéra , Cécile Canlet , Stéphanie Durand et al.

7. Greenhouse Gas and Animal Agriculture Conference, Aug 2019, Foz do Iguassu, Brazil

Communication dans un congrès hal-02788492v1
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Modélisation du réseau métabolique des cellules de Leucémies Aiguës Myéloïdes pour comprendre les différences métaboliques liées à la mutation sur IDH1

Laurent Fernando , Lucille Stuani , Tony Lionel Palama , Tony Kaoma , Jean-Emmanuel Sarry et al.

Congrès de Spectrométrie de Masse, Métabolomique et Fluxomique (SMMAP), Oct 2017, Marne-la-Vallée, France

Communication dans un congrès hal-02946080v1

Reconstruction du réseau métabolique de la tomate

Florence Maurier , Clément Frainay , Fabien Jourdan , Sophie S. Colombie

9. Journées scientifiques du RFMF, Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF). FRA., Jun 2015, Lille, France

Communication dans un congrès hal-02742882v1
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MetaboHUB and RFMF : two tools at the service of metabolomics and fluxomics in France

Dominique Rolin , Floriant Bellvert , Justine Bertrand-Michel , Cécile Canlet , Richard Cole et al.

MERLION Metabolomics Workshop Singapore 2014, Nov 2014, Singapore, Singapore

Communication dans un congrès hal-02798242v1
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Visualization of time-series data in the context of metabolic networks with Systrip Software

Jonathan Dubois , Ludovic Cottret , Amine Ghozlane , David Auber , Frédéric Bringaud et al.

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2013), Jul 2013, France

Communication dans un congrès hal-00838725v1

MetaboHUB: une infrastructure nationale au service de la métabolomique

Dominique D. Rolin , Alice A. Agasse , Justine Bertrand-Michel , R. R. Cole , B. B. Colsch et al.

Séance thématique "La métabolomique : son application en recherche pharmaceutique et diagnostique", Académie Nationale de Pharmacie. FRA., Feb 2013, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01002248v1

MetaboHUB: a french infrastructure dedicated to metabolomics and fluxomics

Dominique D. Rolin , Alice A. Agasse , Justine Bertrand-Michel , R. R. Cole , Sophie S. Colombie et al.

Metabolomics 2013 - 9. Annual conference of the Metabolomics Society, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom

Communication dans un congrès hal-01002247v1

MetaboHUB: a national infrastructure dedicated to metabolomics and fluxomics

Dominique D. Rolin , Alice A. Agasse , Justine Bertrand-Michel , R. R. Cole , B. B. Colsch et al.

7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et de Fluxomique (RFMF), Jun 2013, Amiens, France

Communication dans un congrès hal-01002241v1
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Systrip: a visual environment for the investigation of time-series data in the context of metabolic networks

Jonathan Dubois , Ludovic Cottret , Amine Ghozlane , David Auber , Frédéric Bringaud et al.

16th International Conference on Information Visualization (IV'12), Jul 2012, Montpellier, France. pp.4771a204

Communication dans un congrès hal-00742176v1

Peut-on faire confiance à la métabolomique: résultats de l'initiative MetaboRing

Alexandre Verdu , Bernard Lyan , Carole Migné , Catherine Defoort , Cécile Canlet et al.

6. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF), May 2012, Nantes, France

Communication dans un congrès hal-01594993v1

Can we trust untargeted metabolomics: results of the metabo-ring study

Alexandre Verdu , Bernard Lyan , Carole Migné , Catherine Defoort , Cécile Canlet et al.

2. African-European Conference on Chemometrics - Afrodata 2012, Nov 2012, Stellenbosch, South Africa

Communication dans un congrès hal-01595486v1
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Metabolomics for food and environmental toxicology : from targeted to global integrative approaches

Laurent Debrauwer , Emilien L. Jamin , Isabelle Jouanin , Sylvie S. Chevolleau , Marlène Z. Lacroix et al.

LC-MS Montreux Symposium 2012, Nov 2012, Montreux, Switzerland

Communication dans un congrès hal-02745532v1

Approche métabonomique pour l'étude in vivo, in vitro et in silico de la toxicologie des faibles doses

Daniel Zalko , Nicolas J. Cabaton , Cécile Canlet , Marie Tremblay-Franco , Fabien Jourdan

. 5emes Journées scientifiques TOXALIM, Ville service., Dec 2011, Toulouse, France

Communication dans un congrès hal-02811476v1

Use of reconstituted metabolic networks to assist in metabolomic data visualization and mining

Fabien Jourdan

Metabolomics 2011, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., Jun 2011, Cairns, Australia

Communication dans un congrès hal-02802559v1

Extraction d'"histoires métaboliques" dans les réseaux métaboliques à partir de données métabolomiques

Fabien Jourdan

5eme journées du RFMF, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., May 2011, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02803297v1

Development of metabolomics method associating NMR and UPLC-HRMS

Emilien L. Jamin , Cécile Canlet , Maria-Helena Meireles , Marc Dubois , Marie Tremblay-Franco et al.

SMAP 2011, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., Sep 2011, Avignon, France

Communication dans un congrès hal-02804072v1
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Domain specific vs Generic Network Visualization: an evaluation with metabolic networks

Romain Bourqui , Helen Purchase , Fabien Jourdan

Australasian Conference on User Interface, Jan 2011, Australia. pp.9-18

Communication dans un congrès hal-00579230v1

Metaboflux : a method to analyze flux distribution in metabolic networks

Amine Ghozlane , Frédéric Bringaud , Fabien Jourdan , Patricia Thebault

Workshop Metabolomics2010, AmsterdamRAI, the Netherlands, 2010, Amsterdam, Netherlands

Communication dans un congrès hal-00648759v1

Computing "metabolic stories" in genome scale metabolic networks based on metabolomics data.(2011)

Fabien Jourdan

Metabolomics 2011, Ville service., Jun 2011, Cairns, Australia

Communication dans un congrès hal-02803877v1

Telling Stories

Vicente Acuña , Etienne Birmele , Ludovic Cottret , Pierluigi Crescenzi , Fabien Jourdan et al.

ICALP 2011 satellite workshop: Graph Algorithms and Applications (GA), 2011, Zurich, Switzerland. ⟨10.1016/j.tcs.2012.07.023⟩

Communication dans un congrès hal-00748788v1
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Detecting structural changes and command hierarchies in dynamic social networks

Romain Bourqui , Frédéric Gilbert , Paolo Simonetto , Faraz Zaidi , Umang Sharan et al.

Advances in Social Network Analysis and Data Mining, 2009, Greece. pp.83-88

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Revealing subnetwork roles using contextual visualization: comparison of metabolic networks

Romain Bourqui , Fabien Jourdan

12th International Conference on Information Visualisation, Jul 2008, London, United Kingdom. pp.638-643

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Multiscale scatterplot matrix for visual and interactive exploration of metabonomic data

Fabien Jourdan , Alain Paris , Pierre-Yves Koenig , Guy Melançon

1st Visual Information Expert Workshop (VIEW), Apr 2006, Paris, France

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Comparaison Visuelle de Réseaux Métaboliques

Romain Bourqui , Fabien Jourdan

8èmes Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2007, France. pp.285-286

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Metabolic network visualization using constraint planar graph drawing Algorithm

Romain Bourqui , David Auber , Vincent Lacroix , Fabien Jourdan

IV 06: Proceedings of the 10 International Conference on Information Visualisation (IV06), 2006, United States. pp.489 - 496

Communication dans un congrès hal-00306676v1
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Multiscale scatterplot matrix for visual and interactive exploration of metabonomics data

Fabien Jourdan , Alain Paris , Pierre-Yves Koenig , Guy Melançon

Visual Information Expert Workshop, Apr 2006, Paris, France. pp.202-215, ⟨10.1007/978-3-540-71027-1_18⟩

Communication dans un congrès lirmm-00091360v1

Un Algorithme Contraint de Dessin de Graphe Planaire pour la Visualisation de Réseaux Métaboliques

Romain Bourqui , David Auber , Vincent Lacroix , Fabien Jourdan

Quatrième édition du congrés francophone de doctorants en STIC, MajecSTIC, 2006, France. pp.électronique

Communication dans un congrès hal-00306673v1
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Une Approche MDS Hybride pour l'Exploration Visuelle Interactive

Fabien Jourdan , Guy Melançon , Christophe Douy , Alexandre Gasne

Conférence Francophone sur l'Interaction Homme-Machine, Sep 2005, Toulouse, France

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Drawing, Clustering and Visualization of Biological Pathways

Fabien Jourdan

International Symposium on Networks in Bio-Informatics, Mar 2004, Paris, France

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Metric-Based Network Exploration and Multiscale Scatterplot

Yves Chiricota , Fabien Jourdan , Guy Melançon

InfoVis: Information Visualization, Oct 2004, Austin, United States. pp.135-142, ⟨10.1109/INFVIS.2004.47⟩

Communication dans un congrès lirmm-00108871v1
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Multiscale hybrid MDS

Fabien Jourdan , Guy Melançon

IV: Information Visualization, Jul 2004, London, United Kingdom. pp.388-393, ⟨10.1109/IV.2004.1320173⟩

Communication dans un congrès lirmm-00108864v1

A Tool for Metabolic and Regolatory Pathways Visual Analysis

Fabien Jourdan , Guy Melançon

Conference on Visualization and Data Analysis, Jan 2003, Santa Clara, United States. pp.46-55

Communication dans un congrès lirmm-00269772v1
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Multiscale Visualization of Small World Networks

David Auber , Yves Chiricota , Fabien Jourdan , Guy Melançon

InfoVis: Information Visualization, Oct 2003, Seattle, WA, United States. pp.75-81

Communication dans un congrès lirmm-00269770v1
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Software Components Capture using Graph Clustering

Yves Chiricota , Fabien Jourdan , Guy Melançon

IEEE International Workshop on Program Comprehension, 2003, Portland, Oregon, United States. pp.217-226

Communication dans un congrès lirmm-00191947v1
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Software Components Capture using Graph Clustering

Yves Chiricota , Fabien Jourdan , Guy Melançon

IEEE International Workshop on Program Comprehension, 2003, Portland, Oregon, United States. pp.217-226

Communication dans un congrès lirmm-00269464v1
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A refined strategy linking transcriptomics and metabolic models for deciphering chemical induced changes

Maxime Lecomte , Fabien Jourdan , Louison Fresnais , Kahina Abed , Mickael Le Balch et al.

JOBIM 2025 (Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques), Jul 2025, Bordeaux, France

Poster de conférence hal-05445077v1
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MetExploreViz, online visualisation tool for metabolic networks

Jean-clément Gallardo , Marion Liotier , Florence Vinson , Fabien Jourdan , Ludovic Cottret

Metabolomics 2025, Jun 2025, Prague, Czech Republic. 12, 2016

Poster de conférence hal-05180188v1
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Multi-omics data integration in constraint-based modeling of metabolic networks to study the metabolism of adipose-derived stem cells

Maximilian Stingl , Juliette Cooke , Julie Gering , Yannick Jeanson , Agnès Emans et al.

JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux & Online, France.

Poster de conférence hal-05181742v1
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A multi-omics and modelling investigation reveals transgenerational, sex-specific effects of the obesogenic compound TBT on hepatic metabolism in mice

Nathalie Poupin , Fabien Jourdan , Raquel Chamorro-García , Toshi Shioda , Richard C Chang et al.

Eurotox congress 2025, Sep 2025, Athenes, Grece, Greece

Poster de conférence hal-05445062v1
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Functional analysis of metabolic networks and host-microbiota interactions using multimodal Metabolomics. A Methodological Approach Using Mass Spectrometry, NMR, DESI Imaging, and Modeling.

Hanna Kulyk , Pavel Melentev , Edern Cahoreau , Pauline Le Faouder , Lindsay Peyriga et al.

RFMF 2025, Jun 2025, Paris, France

Poster de conférence hal-05479492v1
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The CHaMP web-app:an interactive tool to infer biotransformation pathways from your MS peaks

Marine Valleix , Clément Frainay , Elodie Person , Jean-François Martin , Laurent Debrauwer et al.

15èmes journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2023, Perpignan, France

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PhysioFit: Quantifying cell growth parameters and uptake and production fluxes

Loïc Le Grégam , Yann Guitton , Floriant Bellvert , Fabien Jourdan , Jean-Charles Portais et al.

15émes journées scientifiques du RFMF ( Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique ), May 2023, Perpignan, France. 2023

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Métabolomique multiplateforme (MS, RMN) : étude de l’impact de l'ajout de TSP sur les données MS

benedict Yanibada , Cécile Canlet , Carla Orlandi , Roselyne Gautier , Fabien Jourdan et al.

Congrès Analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France

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Improving prediction of essential genes using context-specific metabolic network ensembles

Pablo Rodríguez-Mier , Nathalie Poupin , Carlo de Blasio , Laurent Le Cam , Fabien Jourdan

European RFMF Metabomeeting 2020, Jan 2020, Toulouse, France

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INPUT OF DEEP PHENOTYPING IN THE METABOLIC SYNDROME STRATIFICATION

Stéphanie Monnerie , Mélanie Pétéra , Cécile Canlet , Florence Castelli , Benoit Colsch et al.

European RFMF Metabomeeting 2020, Jan 2020, Toulouse, France. , 262 p., 2020, Oral and Poster Abstracts European RMF Metabomeeting 2020

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MetExplore: Omics data analysis in the context of metabolic networks

Maxime Chazalviel , Adrien Rohan , Nathalie Poupin , Florence Vinson , Clément Frainay et al.

European RFMF Metabomeeting 2020, Jan 2020, Toulouse, France.

Poster de conférence hal-02948391v1

Study of the hepatic metabolic effects induced by PFOA exposure using a multiplatform metabolomics approach

Joran Villaret-Cazadamont , Noemie Butin , Cécile Canlet , Marie Tremblay-Franco , Roselyne Gautier et al.

55. Congress of the European-Societies-of-Toxicology (EUROTOX) - Toxicology - Science Providing Solutions, Sep 2019, Helsinki, Finland. ELSEVIER IRELAND LTD, 2019, TOXICOLOGY LETTERS

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Hepatic metabolomics and transcriptomics provide valuable insights on inflammatory and metabolic features in rats fed on a high fat diet but showing similar clinical phenotyping alterations

Sergio Polakof , Marie Tremblay-Franco , Cécile Canlet , Jérémie David , Fabien Jourdan et al.

12. Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2019, Clermont-Ferrand, France. 168 p., 2019, Livre des résumés

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Modelling hepatic metabolic changes during the onset of obesity using NMR metabolomics arterio-venous blood exploration in minipigs

Nathalie Poupin , Marie Tremblay-Franco , Aurélien Amiel , Cécile Canlet , Didier Remond et al.

12. Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2019, Clermont-Ferrand, France. 168 p., 2019, Livre des résumés

Poster de conférence hal-02162584v1

Modeling hepatic metabolic changes during the onset of obesity from metabolomics arterio-venous blood exploration in minipigs

Nathalie Poupin , Marie Tremblay-Franco , Aurélien Amiel , Cécile Canlet , Didier Remond et al.

Copenhagen Bioscience Conference 2017: Where big-data gets translated into knowledge, May 2017, Copenhague, Netherlands. 2017, Bioscience Conference 2017

Poster de conférence hal-01606420v1

Reconstruction du réseau métabolique de la tomate

Florence Maurier , Clément Frainay , Fabien Jourdan , Sophie S. Colombie

9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015

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Reconstruction du réseau métabolique de la tomate

Florence Maurier , Fabien Jourdan , Sophie S. Colombie

8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014

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Can we Trust Untargeted Metabolomics: Results of the Metabo-ring Initiative, a Large-scale Multi-instruments Inter-laboratoire Study

Jean-Charles Martin , Mathieu Maillot , Gerard Mazerolles , Alexandre Verdu , Bernard Lyan et al.

9. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom. 2013, 9th Annual Conference of the Metabolomics Society

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Can we trust untargeted metabolomics: first results of the metabo-ring study

Alexandre Verdu , Bernard Lyan , Carole Migné , Catherine Defoort , Cécile Canlet et al.

8. Annual International Meeting of the Metabolomics Society, Jun 2012, Washington, United States. , 2012

Poster de conférence hal-01595487v1

TrypanoCyc: a community effort towards the development of a metabolic pathway database for Trypanosoma brucei.

Flora Logan-Klumpler , Ludovic Cottret , Florence Vinson , Fabien Jourdan , Michael Barrett

Kinetoplastid Molecular Cell Biology Meeting (KMCB 2011), 2011, Inconnue, France. 2011

Poster de conférence hal-02803549v1

MetExplore, a framework for the analysis of metabolic networks: applications in the field of metabolomics data and the study of endocrine disruptors

Ludovic Cottret , Florence Vinson , Nicolas J. Cabaton , Maria-Helena Meireles , Daniel Zalko et al.

6th Copenhagen Workshop on Endocrine Disrupters, Apr 2011, Copenhague, Denmark. 2011

Poster de conférence hal-02802904v1

MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks

Ludovic Cottret , David Wildridge , Florence Vinson , Michael P. Barrett , Marie-France Sagot et al.

JOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France. , 1 p., 2010, JOBIM 2010 Montpellier, Journée Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Montpellier, France, 7 - 9 septembre 2010

Poster de conférence hal-02821730v1

Plant genome-scale metabolic networks

Léo Gerlin , Clément Frainay , Fabien Jourdan , Caroline Baroukh , Sylvain Prigent

Science Direct. Plant Metabolomics in full swing, 98, 2021, Advances in Botanical Research, ⟨10.1016/bs.abr.2020.09.021⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03149497v1

Genome-scale metabolic networks

Clément Frainay , Fabien Jourdan

Metabolomics: Practical Guide to Design and Analysis, 1ère édition, Chapman and Hall, 290 p., 2019, 9781315370583. ⟨10.1201/9781315370583-8⟩

Chapitre d'ouvrage hal-02786295v1

Understanding Protozoan Parasite Metabolism and Identifying Drug Targets through Constraint-Based Modeling

Francis Isidore Totanes , Sanu Shameer , David Westhead , Fabien Jourdan , Glenn Mcconkey

Comprehensive Analysis of Parasite Biology: From Metabolism to Drug Discovery, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, pp.487-512, 2016, ⟨10.1002/9783527694082.ch21⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03318814v1

Analysing human metabolic networks using metabolomics

Nathalie Poupin , Fabien Jourdan

Metabolomics as a Tool in Nutrition Research, Elsevier, pp.85-114, 2015, ⟨10.1016/B978-1-78242-084-2.00005-8⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03318813v1

Human metabolic networks and metabolomics

Fabien Jourdan , Nathalie Poupin

Metabolomics as tool in nutrition research, Woodhead publishing Limited, 2014

Chapitre d'ouvrage hal-01187878v1

Qualitative modelling of metabolic networks

Fabien Jourdan

Metabolomics coming of age with its technological diversity, 67, 2013, Advances in Botanical Research, ⟨10.1016/B978-0-12-397922-3.00012-5⟩

Chapitre d'ouvrage hal-02803214v1
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A stable decomposition algorithm for dynamical social network analysis

Romain Bourqui , Paolo Simonetto , Fabien Jourdan

Fabrice Guillet; Gilbert Ritschard; Djamel Abdelkader Zighed and Henri Briand. Advances in Knowledge Discovery and Management, Springer, pp.167-178, 2010, Studies in Computational Intelligence, ⟨10.1007/978-3-642-00580-0_10⟩

Chapitre d'ouvrage hal-00543175v1