Francois Moreews

INRAE - PEGASE - Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage
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Présentation

François Moreews est ingénieur et chef de projet en informatique à INRAE, dans l'UMR PEGASE.

Il est titulaire d'une thèse d'informatique soutenue en 2015 à l’Université de Rennes concernant la conception et le partage de workflows d’analyse pour traitements intensifs en bioinformatique.

Ces activités concernent notamment la gestion de projet informatique, le web sémantique (RDF/SPARQL), le développement de workflows analytiques, la reproductibilité pour les sciences du vivant.

Il conduit actuellement des travaux autour de la mise en œuvre de solutions pour faciliter l'intégration des technologies du web sémantique, telles que BioPAX-Explorer, un outil Python facilitant la requête de réseaux biologiques. Il travaille également sur la création de moteurs de recherche utilisant les LLM (Large Language models) et le RAG (Retrieval-Augmented Generation). Ses domaines d’expertise couvrent le web sémantique, l'IA, la bio-informatique, le cloud computing, le parallélisme, la gestion de données, et l’analyse de transcriptomes, notamment en contexte animal.


Compétences

biological network modelisation software development bioinformatics semantic web

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Publications

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Fixing molecular complexes in BioPAX standards to enrich interactions and detect redundancies using Semantic Web Technologies

Camille Juigné , Olivier Dameron , François Moreews , Florence Gondret , Emmanuelle Becker
Bioinformatics, 2023, 39 (5), pp.btad257. ⟨10.1093/bioinformatics/btad257⟩
Article dans une revue hal-04084869 v1
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PAX2GRAPHML: a Python library for large-scale regulation network analysis using BIOPAX

François Moreews , Hugo Simon , Anne Siegel , Florence Gondret , Emmanuelle Becker
Bioinformatics, 2021, 37 (24), pp.4889-4891. ⟨10.1093/bioinformatics/btab441⟩
Article dans une revue hal-03265223 v1

An integrated approach to bovine oocyte quality: from phenotype to genes

Leslie Angulo , Catherine Guyader-Joly , Sylvain Auclair , Christelle Hennequet-Antier , Pascal Papillier et al.
Reproduction, Fertility and Development, 2015, 28 (9), ⟨10.1071/RD14353⟩
Article dans une revue hal-01194139 v1
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The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories

Damian Smedley , Syed Haider , Steffen Durinck , Luca Pandini , Paolo Provero et al.
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.W589-W598. ⟨10.1093/nar/gkv350⟩
Article dans une revue hal-01146849 v1
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BioShaDock: a community driven bioinformatics shared Docker-based tools registry

François Moreews , Olivier Sallou , Hervé Ménager , Yvan Le Bras , Cyril Monjeaud et al.
Article dans une revue hal-01243520 v1
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Characterization of rainbow trout gonad, brain and gill deep cDNA repertoires using a Roche 454-Titanium sequencing approach

Aurélie Le Cam , Julien Bobe , Olivier Bouchez , Cédric Cabeau , Olivier Kah et al.
Gene, 2012, 500 (1), pp.32-39. ⟨10.1016/j.gene.2012.03.053⟩
Article dans une revue istex hal-01205069 v1
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Oocyte-somatic cells interactions, lessons from evolution.

Cathy Charlier , Jérôme Montfort , Olivier Chabrol , Daphné Brisard , Thuy Thao Vi Nguyen et al.
BMC Genomics, 2012, 13 (1), pp.560. ⟨10.1186/1471-2164-13-560⟩
Article dans une revue hal-00753310 v1
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SigReannot-mart: a query environment for expression microarray probe re-annotations.

François Moreews , Gaelle Rauffet , Patrice Dehais , Christophe Klopp
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, 2011, pp.bar025. ⟨10.1093/database/bar025⟩
Article dans une revue inria-00638684 v1
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BioMart Central Portal: an open database network for the biological community

Jonathan M. Guberman , J. Ai , O. Arnaiz , Baran Joachim , Andrew Blake et al.
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, pp.bar041. ⟨10.1093/database/bar041⟩
Article dans une revue inria-00638749 v1
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Generation and analysis of a 29,745 unique Expressed Sequence Tags from the Pacific oyster (Crassostrea gigas) assembled into a publicly accessible database: the GigasDatabase

Elodie Fleury , Arnaud Huvet , Christophe Lelong , Julien de Lorgeril , Viviane Boulo et al.
BMC Genomics, 2009, 10 (341), pp.341. ⟨10.1186/1471-2164-10-341⟩
Article dans une revue inria-00435769 v1
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BioQuali Cytoscape plugin: analysing the global consistency of regulatory networks

Carito Guziolowski , Annabel Bourdé , François Moreews , Anne Siegel
BMC Genomics, 2009, 26 (10), pp.244. ⟨10.1186/1471-2164-10-244⟩
Article dans une revue inria-00429804 v1
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sigReannot: an oligo-set re-annotation pipeline based on similarities with the Ensembl transcripts and Unigene clusters.

Casel Pierrot , François Moreews , Christophe Klopp
BMC Proceedings, 2009, 3 (4), pp.1-5. ⟨10.1186/1753-6561-3-S4-S3⟩
Article dans une revue inria-00435746 v1
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Transcriptome profiling of the feeding-to-fasting transition in chicken liver.

Colette Désert , Michel Jacques M.J. Duclos , Pierre Blavy , Frédéric Lecerf , François Moreews et al.
BMC Genomics, 2008, 9 (611), pp.611. ⟨10.1186/1471-2164-9-611⟩
Article dans une revue hal-00729919 v1

Accurate prediction of BRCA1 and BRCA2 heterozygous genotype using expression profiling after induced DNA damage.

Zsofia Kote-Jarai , Lucy Matthews , Ana Osorio , Susan Shanley , Ian Giddings et al.
Clinical Cancer Research, 2006, Clin Cancer Res. 2006 Jul 1;12(13):3896-901
Article dans une revue inria-00180301 v1
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RPBS: a web resource for structural bioinformatics

Cynthia Alland , François Moreews , D. Boens , Mathilde Carpentier , Sylvain Chiusa et al.
Nucleic Acids Research, 2005, 33 (2), pp.W44-W49. ⟨10.1093/nar/gki477⟩
Article dans une revue hal-04712180 v1
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Detection and correction of non-conformities and redundancies in complexes of molecules in BioPAX

Camille Juigné , Olivier Dameron , François Moreews , Florence Gondret , Emmanuelle Becker
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. pp.1-25
Communication dans un congrès hal-03752473 v1

An application suite based on the IFB Container as a Service platform

François Moreews , Olivier Sallou , Olivier Collin
ECCB 2016 (Elixir Talks) , ISCB, Sep 2016, Den Haag, Netherlands
Communication dans un congrès hal-01394295 v1
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A curated Domain centric shared Docker registry linked to the Galaxy toolshed

François Moreews , Olivier Sallou , Yvan Le Bras , Grosjean Marie , Cyril Monjeaud et al.
Galaxy Community Conference 2015, Jul 2015, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-01160514 v1

Integrating GALAXY workflows in a metadata management environment

François Moreews , Yvan Le Bras , Olivier Dameron , Cyril Monjeaud , Olivier Collin
Galaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States
Communication dans un congrès hal-01093058 v1

OBIWEE : an open source bioinformatics cloud environment

François Moreews , Jonathan Piat , Olivier Sallou
BOSC 2011 - 12th Annual Bioinformatics Open Source Conference, Jul 2011, Vienne, Austria
Communication dans un congrès inria-00638715 v1
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SLICEE: A Service oriented middleware for intensive scientific computation

Jonathan Piat , François Moreews , Olivier Collin , Dominique Lavenier , Alexandre Cornu
SERVICES 2011, Jul 2011, WASHINGTON DC, United States
Communication dans un congrès inria-00638694 v1
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A new method for modeling reactions and regulations to analyze high-throughout data

Pierre Blavy , Florence Gondret , Sven Thiele , Carito Guziolowski , Sandrine Lagarrigue et al.
4. International Symposium on Animal Functional Genomics, Sorcha De Gras; Sorcha De Gras, Oct 2011, Dublin, Ireland
Communication dans un congrès hal-02748096 v1

BioDesc : gestion d'un entrepôt multiformat de descriptions de ressources bioinformatiques

Philippe Picouet , Z. Doughi , Loraine Brillet , Erwan Corre , Christophe Caron et al.
JOBIM, Sep 2010, Montpellier, France
Communication dans un congrès inria-00540815 v1

Oscile

Cathy Charlier , Jérôme Montfort , Olivier Chabrol , François Moreews , M. Salhab et al.
VIIIe Colloque Agenae / Genanimal, Nov 2010, Bordeaux, France
Communication dans un congrès inria-00540830 v1

A framework for building reliable distributed bioinformatics service repositories

François Moreews
ICWS 2009 International Conference on Web Services, Jul 2009, Los Angeles, United States. ⟨10.1109/ICWS.2009.143⟩
Communication dans un congrès inria-00435752 v1

QBIOS: driving toward a trusted distributed bioinformatics service infrastructure

François Moreews
ISMB 2009 - International Conference On Intelligent Systems for Molecular Biology, Jun 2009, Stockholm, Sweden
Communication dans un congrès inria-00435755 v1

Profils transcriptomiques de foies de poulet soumis au jeûne : utilisation d'une puce à ADN de 20000 oligonucléotides

Marc Aubry , Colette Désert , Pierre Blavy , Frédéric Lecerf , Michel Jacques M.J. Duclos et al.
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau, France
Communication dans un congrès hal-00729786 v1

BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence network

Marc Wessner , Martin Senger , Franck Samson , Philippe Picouet , François Moreews et al.
Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jun 2008, Lille, France
Communication dans un congrès inria-00327528 v1

GEO EXPORTER : a tools to automate publishing of microarray data to Gene Expression Omnibus

François Moreews
ISMB 2008, The International Society for Computational Biology, Jul 2008, Toronto, Canada
Communication dans un congrès inria-00329898 v1