Francois Moreews
Présentation
François Moreews est ingénieur et chef de projet en informatique à INRAE, dans l'UMR PEGASE. Il est titulaire d'une thèse d'informatique soutenue en 2015 à l’Université de Rennes concernant la conception et le partage de workflows d’analyse pour traitements intensifs en bioinformatique. Ces activités concernent notamment la gestion de projet informatique, le web sémantique (RDF/SPARQL), le développement de workflows analytiques, la reproductibilité pour les sciences du vivant. Il conduit actuellement des travaux autour de la mise en œuvre de solutions pour faciliter l'intégration des technologies du web sémantique, telles que BioPAX-Explorer, un outil Python facilitant la requête de réseaux biologiques. Il travaille également sur la création de moteurs de recherche utilisant les LLM (Large Language models) et le RAG (Retrieval-Augmented Generation).
Ses domaines d’expertise couvrent le web sémantique, l'IA, la bio-informatique, le cloud computing, le parallélisme, la gestion de données, et l’analyse de transcriptomes, notamment en contexte animal.
Compétences
Publications
Publications
|
|
Detection and correction of non-conformities and redundancies in complexes of molecules in BioPAXJournées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. pp.1-25 |
An application suite based on the IFB Container as a Service platformECCB 2016 (Elixir Talks) , ISCB, Sep 2016, Den Haag, Netherlands |
|
|
|
A curated Domain centric shared Docker registry linked to the Galaxy toolshedGalaxy Community Conference 2015, Jul 2015, Norwich, United Kingdom |
Integrating GALAXY workflows in a metadata management environmentGalaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States |
|
OBIWEE : an open source bioinformatics cloud environmentBOSC 2011 - 12th Annual Bioinformatics Open Source Conference, Jul 2011, Vienne, Austria |
|
|
|
A new method for modeling reactions and regulations to analyze high-throughout data4. International Symposium on Animal Functional Genomics, Sorcha De Gras; Sorcha De Gras, Oct 2011, Dublin, Ireland |
|
|
SLICEE: A Service oriented middleware for intensive scientific computationSERVICES 2011, Jul 2011, WASHINGTON DC, United States |
BioDesc : gestion d'un entrepôt multiformat de descriptions de ressources bioinformatiquesJOBIM, Sep 2010, Montpellier, France |
|
OscileVIIIe Colloque Agenae / Genanimal, Nov 2010, Bordeaux, France |
|
A framework for building reliable distributed bioinformatics service repositoriesICWS 2009 International Conference on Web Services, Jul 2009, Los Angeles, United States. ⟨10.1109/ICWS.2009.143⟩ |
|
QBIOS: driving toward a trusted distributed bioinformatics service infrastructureISMB 2009 - International Conference On Intelligent Systems for Molecular Biology, Jun 2009, Stockholm, Sweden |
|
Profils transcriptomiques de foies de poulet soumis au jeûne : utilisation d'une puce à ADN de 20000 oligonucléotidesJournées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau, France |
|
BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence networkJobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jun 2008, Lille, France |
|
GEO EXPORTER : a tools to automate publishing of microarray data to Gene Expression OmnibusISMB 2008, The International Society for Computational Biology, Jul 2008, Toronto, Canada |
Yet another Galaxy Genome viewerGCC, Jul 2015, Norwich, United Kingdom |
|
Contribution to the annotation of the chicken 20K oligo microarray of ARK-genomicsPlant & Animal Genomes, XVI Conference, Jan 2008, San Diego (US), United States. , 2008 |
|
Transcriptome Profiling Of Feeding-To-Fasting Transition In Chicken Liver Using A Chicken 20K Oligo MicroarrayInternational Plant & Animal Genomes XVI Conference, Jan 2008, San Diego, United States. , 2008 |
|
|
BioPAX-Explorer: a Python Object-Oriented framework for overcoming the complexity of querying biological networks2024 |
|
|
Seamless Coarse Grained Parallelism Integration in Intensive Bioinformatics Workflows2016 |
|
|
Plan de gestion de données de l'unité Physiologie, environnement et génétique pour l'animal et les systèmes d’élevageINRAE. 2025, 14 p |
|
|
Concevoir et partager des workflows d’analyse de données : application aux traitements intensifs en bioinformatiqueBio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S089⟩ |