Frederic Geniet

Maître de Conférences HC/CE Coordonnateur axe Théorie Équipe SCPN - Axe Théorie Laboratoire Charles Coulomb Université de Montpellier
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Documents
Affiliations actuelles
  • Laboratoire Charles Coulomb (L2C)
  • Systèmes Complexes et Phénomènes Nonlinéaires (SCPN)
  • Systèmes Complexes et Phénomènes Nonlinéaires (SCPN)
  • Axe Physique Théorique (L2C) (PTH)
  • Laboratoire Charles Coulomb (L2C)
  • Axe Physique Théorique (L2C) (PTH)

Présentation

Je suis actuellement enseignant chercheur au L2C et au département de physique de l'université de Montpellier. Je suis théoricien, et à l'origine de ma carrière j'ai travaillé en physique des particules. Je me suis ensuite orienté vers la physique non linéaire (découverte de la supratransmission non-linéaire avec Jérôme Léon) et la physique statistique hors équilibre que j'applique en particulier à la physique du vivant (mécanismes de partition du génôme bactérien, mécanismes de la traduction...). Mes activités d'enseignements sont assez diverses, mais actuellement j'enseigne entre autre l'hydrodynamique et la matière active en master 1 et 2. J'ai également été responsable d'une licence professionnelle sur les métiers de la couleur et membre du jury de l'agrégation de Sciences Physiques.

Domaines de recherche

Science non linéaire [physics] Physique [physics] Biophysique [physics.bio-ph]

Publications

Publications

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Exit times of totally asymmetric simple exclusion processes

Jerome Dorignac , Fred Geniet , Estelle Pitard
Physical Review E , 2024, 109 (3), pp.034116. ⟨10.1103/physreve.109.034116⟩
Article dans une revue hal-04543017 v1
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Physical modeling of ribosomes along messenger RNA: estimating kinetic rates from ribosome profiling experiments with a ballistic model

Carole Chevalier , Jerome Dorignac , Yahaya Ibrahim , Armelle Choquet , Alexandre David et al.
PLoS Computational Biology, 2023, 19 (10), pp.e1011522. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011522⟩
Article dans une revue hal-03832368 v1
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TASEP Exit Times

Jérôme Dorignac , Fred Geniet , Estelle Pitard
Physical Review E , 2023, 109 (3), pp.034116. ⟨10.1103/PhysRevE.109.034116⟩
Article dans une revue hal-04279672 v1
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Relaxation time asymmetry in stator dynamics of the bacterial flagellar motor

Ruben Perez-Carrasco , Maria-José Franco-Oñate , Jean-Charles Walter , Jerome Dorignac , Frederic Geniet et al.
Science Advances , 2022, 8 (12), pp.eabl8112. ⟨10.1126/sciadv.abl8112⟩
Article dans une revue hal-03351194 v1
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Supercoiled DNA and non-equilibrium formation of protein complexes: A quantitative model of the nucleoprotein ParBS partition complex

Jean-Charles Walter , Thibaut Lepage , Jerome Dorignac , Frédéric Geniet , Andrea Parmeggiani et al.
PLoS Computational Biology, 2021, 17 (4), pp.e1008869. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008869⟩
Article dans une revue hal-03438826 v1
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Modelling the effect of ribosome mobility on the rate of protein synthesis

Olivier Dauloudet , Izaak Neri , Jean-Charles Walter , Jérôme Dorignac , Frédéric Geniet et al.
European Physical Journal E: Soft matter and biological physics, 2021, 44, pp.19. ⟨10.1140/epje/s10189-021-00019-8⟩
Article dans une revue hal-02989969 v1
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Modeling supercoiled DNA interacting with an anchored cluster of proteins: towards a quantitative estimation of chromosomal DNA supercoiling

Jean-Charles Walter , Thibaut Lepage , Jérôme Dorignac , Frédéric Geniet , Andrea Parmeggiani et al.
International Journal of Antimicrobial Agents, 2020, 56 (6), pp.106153. ⟨10.48550/arXiv.2002.00111⟩
Article dans une revue hal-04851307 v1
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Physical modeling of a sliding clamp mechanism for the spreading of ParB at short genomic distance from bacterial centromere sites

Jean-Charles Walter , Jerome Rech , Nils-Ole Walliser , Jerome Dorignac , Frederic Geniet et al.
iScience, 2020, 23 (12), pp.101861. ⟨10.1016/j.isci.2020.101861⟩
Article dans une revue hal-03052753 v2
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Phase separation of polymer-bound particles induced by loop-mediated one dimensional effective long-range interactions

Gabriel David , Jean-Charles Walter , Chase P. Broedersz , Jerome Dorignac , Frederic Geniet et al.
Physical Review Research, 2020, 2 (3), ⟨10.1103/PhysRevResearch.2.033377⟩
Article dans une revue hal-02950974 v1
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Looping and clustering model for the organization of protein-DNA complexes on the bacterial genome

Jean-Charles Walter , Nils-Ole Walliser , Gabriel David , Jerome Dorignac , Frederic Geniet et al.
New Journal of Physics, 2018, 20, pp.035002. ⟨10.1088/1367-2630/aaad39⟩
Article dans une revue hal-01561696 v1
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A conserved mechanism drives partition complex assembly on bacterial chromosomes and plasmids

Roxanne Debaugny , Aurore Sanchez , Jérôme Rech , Delphine Labourdette , Jerome Dorignac et al.
Molecular Systems Biology, 2018, 14 (11), pp.e8516. ⟨10.15252/msb.20188516⟩
Article dans une revue hal-01926457 v1
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Surfing on protein waves: proteophoresis as a mechanism for bacterial genome partitioning

Jean-Charles Walter , Jerome Dorignac , Vladimir Lorman , Jérôme Rech , Jean-Yves Bouet et al.
Physical Review Letters, 2017, 119 (2), pp.028101. ⟨10.1103/PhysRevLett.119.028101⟩
Article dans une revue hal-01493262 v1

Generation and dynamics of quadratic birefringent spatial gap solitons

Petrutza Anghel-Vasilescu , Jérôme Dorignac , Frédéric Geniet , Jérôme Léon , Abdelmajid Taki
Physical Review A : Atomic, molecular, and optical physics [1990-2015], 2011, 83 (4), pp.043836. ⟨10.1103/PhysRevA.83.043836⟩
Article dans une revue hal-00628026 v1

Nonlinear supratransmission in multicomponent systems

Petrutza Anghel-Vasilescu , Jerome Dorignac , Frédéric Geniet , Jerome Leon , Majid Taki
Physical Review Letters, 2010, 105, pp.074101. ⟨10.1103/PhysRevLett.105.074101⟩
Article dans une revue hal-00510988 v1

L'Option Sciences : un atout pour le dialogue entre disciplines

Luc Andral , Abdallah Sabir , Fabienne Soulier , Christophe Chaubet , Maryse Noguès et al.
Repères IREM, 2006, 65, pp.91-103
Article dans une revue hal-00818699 v1
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Nonlinear Supratransmission

Jérôme Leon , Frédéric Geniet
Journal of Physics: Condensed Matter, 2003, 15, pp.2933
Article dans une revue hal-00000362 v1

Energy transmission in the forbidden bandgap of a nonlinear chain

F. Geniet , J. Leon
Physical Review Letters, 2002, 89 (13), pp.134102. ⟨10.1103/PhysRevLett.89.134102⟩
Article dans une revue hal-00178203 v1

Signature of (anti)cooperativity in the stochastic fluctuations of small systems: application to the bacterial flagellar motor

John Palmeri , Maria-José Franco-Oñate , Nils-Ole Walliser , Andrea Parmeggiani , Jérôme Dorignac et al.
International Physics of Living Systems (IPOLS) 2023, Daniel Goldman, Georgia Tech, Aug 2023, Atlanta, United States
Communication dans un congrès hal-04890444 v1

Kinetics of stator recruitment and release in the bacterial flagellar motor

Maria-José Franco-Oñate , Ruben Perez-Carrasco , Jean-Charles Walter , Jerome Dorignac , Frederic Geniet et al.
International Physics of Living Systems (IPOLS) 2022, CNRS, May 2022, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-04901816 v1

Phase separation of polymer-bound particles induced by loop-mediated 1D effective long-range interactions

Gabriel David , Jean-Charles Walter , Chase Broedersz , Jerome Dorignac , Frederic Geniet et al.
Statistical Physics and Low Dimensional Systems, Martin Michael Müller, Oct 2020, Pont-à-Mousson, France
Communication dans un congrès hal-04890693 v1

Effective long range interactions generated by polymer (DNA) fluctuations induce bound particle (protein) phase separation

Gabriel David , Jean-Charles Walter , Chase Broedersz , Jerome Dorignac , Frederic Geniet et al.
APS March Meeting 2019, APS, Mar 2019, Boston (MA), United States
Communication dans un congrès hal-04894725 v1

Séparation de phase des à protéines liées l’ADN

Gabriel David , Jean-Charles Walter , Chase Broedersz , Jerome Dorignac , Frederic Geniet et al.
GDR ADN Annual meeting, GDR ADN, Mar 2019, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-04894746 v1
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Physical Modeling of Translation with a Ballistic Model: Application to the Estimation of the Kinetic Parameters from Ribosome Sequencing Experiments

Carole Chevalier , Jerome Dorignac , Yahaya Ibrahim , Armelle Choquet , Alexandre David et al.
Annual Meeting of the International Physics of Living Systems (iPoLS) Network, May 2022, Montpellier, France
Poster de conférence hal-03691814 v1
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Modelling Spatio-temporal Dynamic of Ribosome During Translation

Carole Chevalier , Jean-Charles Walter , John Palmeri , Andrea Parmeggiani , Frederic Geniet et al.
7ème Journées Scientifiques du LabEx NUMEV, Nov 2018, Montpellier, France
Poster de conférence hal-01950298 v1

Looping and Clustering: a statistical physics approach to protein-DNA complexes in bacteria

Jean-Charles Walter , Nils-Ole Walliser , Gabriel David , Jerome Dorignac , Frederic Geniet et al.
EMBO | EMBL Symposium: Cellular Mechanisms Driven by Liquid Phase Separation, May 2018, Heidelberg, Germany
Poster de conférence hal-01939915 v1

Physical modeling of active bacterial DNA segregation

Jean-Charles Walter , Jean-Yves Bouet , Jerome Dorignac , Frederic Geniet , V. Lorman et al.
6ème Journées Scientifiques du LabEx NUMEV, Nov 2017, Montpellier, France
Poster de conférence hal-01950263 v1

Physical modeling of active bacterial DNA segregation

Jean-Charles Walter , Jean-Yves Bouet , Jerome Dorignac , Frederic Geniet , Vladimir Lorman et al.
Défi Inphyniti Workshop (CNRS, MI), Nov 2016, Paris, France
Poster de conférence hal-01950249 v1

Physical modeling of active bacterial DNA segregation

Jean-Charles Walter , Jean-Yves Bouet , Jerome Dorignac , Frederic Geniet , Vladimir Lorman et al.
5ème Journées Scientifiques du LabEx NUMEV, Oct 2016, Montpellier, France
Poster de conférence hal-01950151 v1

3d Architecture of a Bacterial DNA Segregation Apparatus

Jean-Yves Bouet , Jerome Dorignac , Frederic Geniet , Vladimir Lorman , Marcelo Nollmann et al.
4ème Journée Scientifique du LabEx NUMEV, Jul 2015, Montpellier, France
Poster de conférence hal-01950016 v1

Architecture of a Bacterial DNA Segregation Apparatus : Experiments and Modeling

Jean-Yves Bouet , Jerome Dorignac , Frederic Geniet , Vladimir Lorman , Marcelo Nollmann et al.
3ème Journée Scientifique du LabEx NUMEV, Jul 2014, Montpellier, France
Poster de conférence hal-01948428 v1