Gautier Richard

Chargé de projet de recherche en épidémiologie moléculaire. Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses). Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort. 2022 - aujourd'hui.
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Affiliations actuelles
  • Virologie et Immunologie Porcines (VIP)
  • Virologie Porcine, Innovation et Génomique (VIRPIG)

Présentation

Travaille en tant que chercheur permanent sur l'évolution du génome des virus porcins à l'Unité d’Immunologie et de Virologie Porcines de l’ANSES à Ploufragan, en utilisant des approches de séquençage, phylogénétiques, phylodynamiques et phylogéographiques. Responsable du groupe de travail 2 (WG2) de l'action COST ESFLU, coordonnant la collecte et l’analyse des séquences des virus influenza A porcins en Europe. A travaillé pendant 7 ans en tant que doctorant puis post-doctorant sur l'évolution de la relation structure/fonction des génomes chez divers organismes modèles et non modèles, en intégrant des données de traits hétérogènes et de séquençage (RNA/BS/ChIP/ATAC/FAIRE-seq, Hi-C), et en développant des outils et pipelines bioinformatiques utilisant Python, R, Bash, Snakemake et Galaxy.

Domaines de recherche

Bio-informatique [q-bio.QM] Virologie Calcul [stat.CO]

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Publications

Major change in swine influenza virus diversity in France owing to emergence and widespread dissemination of a newly introduced H1N2 1C genotype in 2020

Gautier Richard , Séverine Hervé , Amélie Chastagner , Stéphane Quéguiner , Véronique Beven et al.
Virus Evolution, In press, 11 (1), ⟨10.1093/ve/veae112⟩
Article dans une revue anses-04941050 v1

Quantifying the zoonotic risk profile of European influenza A viruses in swine from 2010 to 2020 inclusive

Amelia Coggon , Sara Lopes , Gaëlle Simon , Zebulun Arendsee , Kuan-Fu Chen et al.
Journal of Virology, 2025, 99 (7), ⟨10.1128/jvi.00306-25⟩
Article dans une revue anses-05251351 v1
Image document

Alternating between even and odd ploidy levels switches on and off the recombination control, even near the centromeres

Franz Boideau , Virginie Huteau , Loeiz Maillet , Anael Brunet , Olivier Coriton et al.
The Plant cell, 2024, 36 (10), pp.4472-4490. ⟨10.1093/plcell/koae208⟩
Article dans une revue hal-04682098 v1
Image document

Pathogenesis, Transmission, and Within-Host Evolution of Bovine-Origin Influenza D Virus in Pigs

Stéphane Gorin , Gautier Richard , Stéphane Quéguiner , Amélie Chastagner , Nicolas Barbier et al.
Transboundary and emerging diseases, 2024, 2024 (1), pp.9009051. ⟨10.1155/2024/9009051⟩
Article dans une revue hal-04661286 v1
Image document

Masculinization of the X-chromosome in aphid soma and gonads

Julie Jaquiéry , Jean-Christophe Simon , Stéphanie Robin , Gautier Richard , Jean Peccoud et al.
Peer Community Journal, 2022, 2, pp.e53. ⟨10.24072/pcjournal.166⟩
Article dans une revue hal-03999192 v1

Epigenomic and structural events preclude recombination in Brassica napus

Franz Boideau , Gautier Richard , Olivier Coriton , Virginie Huteau , Caroline Belser et al.
New Phytologist, 2022, 234 (2), pp.545-559. ⟨10.1111/nph.18004⟩
Article dans une revue hal-03651949 v1
Image document

The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae

Nicolas Parisot , Carlos Vargas-Chávez , Clément Goubert , Patrice Baa-Puyoulet , Séverine Balmand et al.
BMC Biology, 2021, 19 (1), pp.241. ⟨10.1186/s12915-021-01158-2⟩
Article dans une revue hal-03627264 v1

Intergenerationally Maintained Histone H4 Lysine 16 Acetylation Is Instructive for Future Gene Activation

Maria Samata , Anastasios Alexiadis , Gautier Richard , Plamen Georgiev , Johannes Nuebler et al.
Cell, 2020, 182 (1), pp.127-144.e23. ⟨10.1016/j.cell.2020.05.026⟩
Article dans une revue hal-03141899 v1
Image document

Galaxy HiCExplorer 3: a web server for reproducible Hi-C, capture Hi-C and single-cell Hi-C data analysis, quality control and visualization

Joachim Wolff , Leily Rabbani , Ralf Gilsbach , Gautier Richard , Thomas Manke et al.
Nucleic Acids Research, 2020, 48 (W1), pp.W177-W184. ⟨10.1093/nar/gkaa220⟩
Article dans une revue hal-03141913 v1
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Long-read assembly of the Brassica napus reference genome Darmor-bzh

Mathieu Rousseau-Gueutin , Caroline Belser , Corinne Da silva , Gautier Richard , Benjamin Istace et al.
GigaScience, 2020, 9 (12), pp.giaa137. ⟨10.1093/gigascience/giaa137⟩
Article dans une revue (data paper) hal-03283975 v1
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Selection following Gene Duplication Shapes Recent Genome Evolution in the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum

Rosa Fernández , Marina Marcet-Houben , Fabrice Legeai , Gautier Richard , Stéphanie Robin et al.
Molecular Biology and Evolution, 2020, 37 (9), pp.2601-2615. ⟨10.1093/molbev/msaa110⟩
Article dans une revue hal-03065353 v1
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Hi-C guided assemblies reveal conserved regulatory topologies on X and autosomes despite extensive genome shuffling.

Gina Renschler , Gautier Richard , Claudia Isabelle Keller Valsecchi , Sarah Toscano , Laura Arrigoni et al.
Genes and Development, 2019, 33 (21-22), pp.1591-1612. ⟨10.1101/gad.328971.119⟩
Article dans une revue hal-02619704 v1