
Géraldine Pascal
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Bioinformatics - Comparative Genomics & Metagenomics
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Publications
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CORE GUT MICROBIOTA IN RABBIT: OPPORTUNITIES TO STRENGTHEN THE INTESTINAL BARRIER13th World Rabbit Congress, WRSA, Oct 2024, Tarragona, Spain, Spain. pp.BP24-BP48
Communication dans un congrès
hal-04754818
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Fecal microbiota shifts during transition in dairy cowsSéminaire HOLO-AE (Holobiontes des Animaux d’Elevage), INRAE métaprogramme HOLOFLUX, Dec 2024, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-04872729
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News about FROGSPEPI IBIS, Nov 2024, Visio Conférence, France
Communication dans un congrès
hal-04786277
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A richer gut microbiota is related to better feed efficiency and diet adaptability in laying hens74. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), EAAP, Aug 2023, Lyon, France. pp.740
Communication dans un congrès
hal-04199104
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metagWGS : a workflow to analyse short or long HiFi metagenomic readsBioinfo Biosta Genotoul day, Dec 2022, Castanet Tolosan, France
Communication dans un congrès
hal-03944382
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The benefits of long read HiFi sequencing for metabarcoding analysisPACBIO DISCOVERIES ROADSHOW PARIS, PACBIO, May 2022, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-03740586
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The benefits of long read HiFi sequencing for metagenomic analysisFrance génomique - VIIème Animation Wetlab et Bioinfo, Nov 2022, Strasbourg, France
Communication dans un congrès
hal-03896074
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Both quantitative and energetic intake level affect caecal microbiota composition and activity in the growing rabbit12th World Rabbit Congress, Nov 2021, Nantes, France
Communication dans un congrès
hal-03649231
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Stimuler l'ingestion d'aliments solides au début de la vie : une stratégie prometteuse pour piloter la co-maturation du microbiote et de la muqueuse intestinaleSéminaire Défis Scientifiques, Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Nov 2019, Rennes, France
Communication dans un congrès
hal-02884240
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The journey of a team of engineers in learning packaging technologyGalaxy Community Conference - GCC2018, Jun 2018, Portland, United States
Communication dans un congrès
hal-02784992
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Microbiota as a tool to promote spontaneous liver steatosis in Greylag geese: promising results69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia
Communication dans un congrès
hal-01901325
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MACADAM a user-friendly MetAboliC pAthway DAtabase for complex Microbial community function analysisJobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jul 2018, Marseille, France
Communication dans un congrès
hal-02789596
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Genetic determinism of dairy sheep ruminal microbiota69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia. 705 p
Communication dans un congrès
hal-02737262
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Microbial metacommunity: a METABAR coding approach2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-01607836
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Effect of feeding strategy on the maturation of ceacal microbiota in young rabbits11. World Rabbit Congress, Jun 2016, Qingdao, China. 417 p
Communication dans un congrès
hal-02739131
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Find Rapidly OTU with Galaxy SolutionJOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès
hal-01535378
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Modulation de la composition l'écosystème digestif caecal du lapereau par voie alimentaire et relation avec son fonctionnement16. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2015, Le Mans, France. 264 p
Communication dans un congrès
hal-02742208
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Implantation du microbiote intestinal dans l'iléon et les ceca des canetons Barbarie, Pékin et Mulard par séquençage miseQ11. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2015, Tours, France
Communication dans un congrès
hal-02739751
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Rôle des cellules d'oviducte dans la fécondation équine et identification des protéines impliquées38. Journée de la Recherche Equine, Institut Français du Cheval et de l'Equitation (IFCE). Labo/service de l'auteur, Le Pin, FRA., Mar 2012, Paris, France. 232 p
Communication dans un congrès
hal-02748627
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Etude des mécanismes de la fécondation dans l'espèce équine par une approche comparative entre les modèles équin et porcin.36. Journée de la Recherche Equine, Mar 2010, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-02752835
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Identification et rôle fonctionnel des acides aminés sous sélection positive des Odorant Binding Proteins: implication dans la spéciationJournées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase), 2010, Tours, France
Communication dans un congrès
hal-01607662
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Structure-dependent degradation of milk oligosaccharides by newly isolated intestinal commensal bacterial strains from suckling piglets and rabbitsInternational Human Microbiome Consortium Congress (IHMC), Jun 2024, Rome, Italy
Poster de conférence
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The richer the better: 16S metabarcoding analysis of gut microbiota of laying hens in relation to feed efficiency and adaptation to diet change13. International Gut Microbiology Symposium 2023, Jun 2023, Aberdeen, United Kingdom. , 2023, Programme and book of abstracts
Poster de conférence
hal-04127869
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Construction of a 16S mini barcode library for french wild beesAPIMONDIA, Sep 2023, SANTIAGO DU CHILI, Chile. 2023
Poster de conférence
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Avancées réalisées en métabarcoding et en métagénomique dans le cadre du projet SeqOccIn grâce au séquençage longs fragmentsColloque INRAE Genomics 2022, May 2022, Orléans, France. , 2022
Poster de conférence
hal-03776011
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Impact of host genetics and abiotic stresses on caecal microbiota composition in four different laying hen lines?Journées Scientifiques du Département de Génétique Animale, Sep 2022, Bordeaux, France
Poster de conférence
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metagWGS: a workflow to analyse short and long HiFi metagenomic readsECCB2022, Sep 2022, Sitges, Spain
Poster de conférence
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CONSTRUCTION OF A 16S MINI BARCODE LIBRARY FOR FRENCH WILD BEES9th European Congress of Apidology, Sep 2022, belgrade, Serbia
Poster de conférence
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FROGSFUNC: Smart integration of PICRUSt2 software into FROGS pipelineJOBIM 2022, Jul 2022, Rennes, France.
Poster de conférence
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PERFORM PROTOCOL TESTS AND SEQUENCE CHECKS ? THE EXPERIENCE FROM MULTIOMICS MICROBIOTA DATA25ème Séminaire des Doctorants du Département de Génétique Animale (SDDGA 2022), Sep 2022, Bordeaux, France.
Poster de conférence
hal-03930031
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Implementation of new methods for metagenomics analysis using PacBio HiFi sequencingPlant & Animal Genome Conference (PAG) 2022, Jan 2022, San Diego, United States
Poster de conférence
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metagWGS: a workflow to analyse short and long HiFi metagenomic reads Taxonomic profile HiFi vs Short reads assemblyJOBIM 2022, Jul 2022, Rennes, France. Actes des exposés (keynotes, contributions orales, mini-symposia) : JOBIM2022_proceedings_oral.pdf (23 Mo) et actes des posters et démos : JOBIM2022_proceedings_posters_demos.pdf (19 Mo). ⟨10.15454/1.5572369328961167E12⟩
Poster de conférence
hal-03771202
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Strengths and limits of long read metabarcodingECCB 2022, Sep 2022, Meliá Sitges, Spain
Poster de conférence
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Benefits of PacBio HiFi long reads for metagenomic whole genome analysisEnvironmental And Agronomical Genomics Symposium, Oct 2021, Tours, France
Poster de conférence
hal-03538657
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A Long Read project to find optimal technologic combinations for genome assembly and variability, epigenetic marks detection and metagenomic analysisPAG XXVIII, Plant and Animal Genome, Jan 2020, San Diego, United States. 2020
Poster de conférence
hal-02947690
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Functional inference integrated in the FROGS suiteJOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France. , ⟨10.1038/s41587-⟩
Poster de conférence
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Whole metagenome analysis with metagWGSJOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France
Poster de conférence
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Improving microbial taxonomic profiling with long read technologiesJOBIM2020, Jun 2020, Montpellier (virtuel), France
Poster de conférence
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Des solutions informatiques innovantes pour l’utilisation et le développement de biomarqueurs de diversité du microbiote.DefisPHASE 2019, 2019, Rennes, France
Poster de conférence
hal-03851900
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Identification of genomic regions for high-resolution taxonomic profiling using long-read sequencing technologyJOBIM : Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. , 2019
Poster de conférence
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Rumen bacteria in sheep : first evidence of host’s genetic control10. International Symposium on the Nutrition of Herbivores (ISNH10), Sep 2018, Clermont-Ferrand, France. Cambridge University Press, Advances in Animal Biosciences, 9 (3), 2018, 10th. International Symposium on the Nutrition of Herbivores (ISNH10)
Poster de conférence
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MACADAM: A user-friendly MetAboliC pAthways DAtabase for complex Microbial community function Analysis17. European Conference on Computational Biology (ECCB 2018, Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2018, Athens, Greece. 2018
Poster de conférence
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Genetic links between feeding behavior and microbiota of Romane lambs11. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Feb 2018, Auckland, New Zealand. Massey University, 1130 p., 2018, Proceedings of the 11th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP)
Poster de conférence
hal-02736414
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The journey of a team of engineers in learning packaging technologyJobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jul 2018, Marseille, France. , 2018, JOBIM 2018
Poster de conférence
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ARMOr project : genome-wide association analysis of ruminal microbiota in ovisCRB ANIM - Réunion du Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques, May 2017, Paris, France. 2017
Poster de conférence
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How to design an efficient and robust pipeline for 16S rRNA-gene sequence analysis to improve our understanding on microbial communities?JOBIM 16. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015
Poster de conférence
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FROGS : Find Rapidly OTUs with Galaxy SolutionColloque d'Écologie Microbienne organisé par l'Association Française d'Écologie Microbienne (AFEM), Nov 2015, Anglet, France. Oxford University Press, 34, 7 p., 2015, Bioinformatics
Poster de conférence
hal-01886389
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Evolutionary aspect of BMP15 function in folliculogenesis17. Evolutionary Biology Meeting, Sep 2013, Marseille, France. 2013
Poster de conférence
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Oviductal secretions have a positive effect on fertilization in equine species, which involves DMBT164. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, Aug 2013, Nantes, France. Wageningen Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, 19, 660 p., 2013, 64th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science
Poster de conférence
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The ovarian failure associated Y235 residue of human BMP15 gene is target of evolutionary positive selection15. International and 14. European Congress on Endocrinology, May 2012, Florence, Italy. BioScientifica, Endocrine Abstracts, 29, 2012, 15th International and 14th European Congress on Endocrinology
Poster de conférence
hal-02746767
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An evolutionary signature of sperm-egg interaction in vertebratesEvolution 2011, Jun 2011, Norman, United States. 1 p., 2011
Poster de conférence
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Evolution et reproductionLa Reproduction animale et humaine, Editions Quae, 751 p., 2014, Collection Synthèses, 978-2-7592-2208-7
Chapitre d'ouvrage
hal-01205107
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FROGS : Find Rapidly OTU with Galaxy Solution2017
Autre publication scientifique
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metagWGS, a comprehensive workflow to analyze metagenomic data using Illumina or PacBio HiFi reads2024
Pré-publication, Document de travail
hal-04841815
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Reconstitution of intestinal stem cell niche in vitro with pharmacological inhibitors or L-WRN conditioned medium differentially regulates epithelial proliferation, differentiation and barrier function in rabbit caecum organoids2020
Pré-publication, Document de travail
(preprint/prepublication)
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Etude des biais de composition en acides aminés des protéines microbiennesAutre [q-bio.OT]. Université d'Evry-Val d'Essonne, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-00011839
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Habilitation à Diriger des RecherchesAutre [q-bio.OT]. Université François Rabelais (Tours), 2013
HDR
tel-02809214
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Extracting and displaying information from the databanks used for metabarcodingBio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2024
Mémoire d'étudiant
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FROGSLogiciel hal-04384514 v1 |
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metagWGSLogiciel hal-04694918 v1 |
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