Géraldine Pascal

Ph. D., Ingénieure de Recherche en Bioinformatique - INRAE GenPhySE, Centre Occitanie-Toulouse
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Documents

Présentation

Je suis ingénieure de recherche spécialisée en bioinformatique appliquée aux études de la diversité microbienne. Je coordonne des projets axés sur l'analyse et le traitement de données de métabarcoding et de métagénomique. Je supervise le développement et l'intégration de plusieurs outils bioinformatiques, dont FROGS, TAD, LEAP et metagWGS. Je coordonne également le réseau CATI B4B, qui promeut les approches collaboratives et l'innovation en matière d'outils dans les analyses omiques au sein d'INRAE.

Domaines de recherche

Bio-informatique [q-bio.QM] Médecine vétérinaire et santé animale Génomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN] Biodiversité

Compétences

project coordination workflow development Data analysis Comparative genomics

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Publications

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Nested PCR to optimize rpoB metabarcoding for lowconcentration and host-associated bacterial DNA

Laëtitia Leclerc , Gabryelle Agoutin , Thierry Brévault , Antony Champion , Jean Mainguy et al.

Microbiology Spectrum, 2025, ⟨10.1186/s12866-019-1546⟩

Article dans une revue hal-05220858v1
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The bacterial faecal microbiota shifts during the transition period in dairy cows

Lisa Arnalot , Géraldine Pascal , Laurent Cauquil , Elise Vanbergue , Gilles Foucras et al.

Animal Microbiome, 2025, 7 (1), pp.79. ⟨10.1186/s42523-025-00443-7⟩

Article dans une revue hal-05194921v1
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Building a reliable 16S mini-barcode library of wild bees from Occitania, south-west of France

Anaïs Marquisseau , Kamila Canale-Tabet , Emmanuelle Labarthe , Géraldine Pascal , Christophe Klopp et al.

Biodiversity Data Journal, 2025, 13, pp.e137540. ⟨10.3897/BDJ.12.e137540⟩

Article dans une revue hal-04877671v1

The Diversity of Oligosaccharide Composition in Rabbit Milk and Its Association with the Development of the Cecal Microbiota and the Survival of Young Rabbits

Sylvie Combes , Christelle Knudsen , Mathilde Rumeau , Géraldine Pascal , Laurent Cauquil et al.

Journal of Nutrition, 2025, 155 (12), pp.4222-4238. ⟨10.1016/j.tjnut.2025.10.013⟩

Article dans une revue hal-05515081v1

The Diversity of Oligosaccharide Composition in Rabbit Milk and Its Association with the Development of the Cecal Microbiota and the Survival of Young Rabbits

Sylvie Combes , Christelle Knudsen , Mathilde Rumeau , Géraldine Pascal , Laurent Cauquil et al.

Journal of Nutrition, 2025, 155 (12), pp.4222-4238. ⟨10.1016/j.tjnut.2025.10.013⟩

Article dans une revue hal-05403529v1
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CORE GUT MICROBIOTA IN RABBIT: OPPORTUNITIES TO STRENGTHEN THE INTESTINAL BARRIER

Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Mathilde Rumeau , Charlotte Paës , Géraldine Pascal et al.

World Rabbit Science, 2025, 33 (2), pp.103-125. ⟨10.4995/wrs.2025.23465⟩

Article dans une revue hal-04754818v2

Do Digestive Bacteria Suffer from Oxidative Stress: A Study on Ruminal Bacteria

Muhammad Kaleem , Yves Farizon , Géraldine Pascal , Tiphaine Blanchard , Laurent Cauquil et al.

Journal of Food Science and Nutrition Research, 2025, 8 (4), ⟨10.26502/jfsnr.2642-110000185⟩

Article dans une revue hal-05408391v1
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Milk replacer feeding once or twice a day did not change the ruminal metabolomic profile and the microbial diversity of dairy calves from birth to weaning

A. Zened , C. Julien , L. Cauquil , Géraldine Pascal , C. Canlet et al.

Journal of Dairy Science, 2024, 107 (8), pp.5574-5586. ⟨10.3168/jds.2023-24327⟩

Article dans une revue hal-04667561v1
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A pile of pipelines: An overview of the bioinformatics software for metabarcoding data analyses

Ali Hakimzadeh , Alejandro Abdala Asbun , Davide Albanese , Maria Bernard , Dominik Buchner et al.

Molecular Ecology Resources, 2024, 24 (5), ⟨10.1111/1755-0998.13847⟩

Article dans une revue hal-04183770v1
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A multi-omics dataset of the response to early plant polysaccharide ingestion in rabbits

Charlotte Paës , Martin Beaumont , Thierry Gidenne , Karine Bébin , Joël Duperray et al.

Scientific Data , 2024, 11 (1), pp.684. ⟨10.1038/s41597-024-03471-1⟩

Article dans une revue hal-04634098v1
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Relationship between feed efficiency and gut microbiota in laying chickens under contrasting feeding conditions

Maria Bernard , Alexandre Lecoeur , Jean-Luc Coville , Nicolas Bruneau , Deborah Jardet et al.

Scientific Reports, 2024, 14 (1), pp.8210. ⟨10.1038/s41598-024-58374-3⟩

Article dans une revue hal-04538081v1
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A large database linking the rumen bacterial composition and milk traits in Lacaune sheep

Guillermo Martinez Boggio , Christel Marie-Etancelin , Jean-Marie Menras , Regis Tomas , Marie-Luce Chemit et al.

Scientific Data , 2023, 10 (1), pp.17. ⟨10.1038/S41597-022-01912-3⟩

Article dans une revue (data paper) hal-03933175v1
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A carvacrol‐based product reduces Campylobacter jejuni load and alters microbiota composition in the caeca of chickens

Marion Allaoua , Elsa Bonnafé , Pierre Etienne , Virginie Noirot , Jean‐françois Gabarrou et al.

Journal of Applied Microbiology, 2022, 132 (6), pp.4501-4516. ⟨10.1111/jam.15521⟩

Article dans une revue hal-03607325v1
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Early Introduction of Plant Polysaccharides Drives the Establishment of Rabbit Gut Bacterial Ecosystems and the Acquisition of Microbial Functions

Charlotte Paës , Thierry Gidenne , Karine Bébin , Joël Duperray , Charly Gohier et al.

mSystems, 2022, 18 p. ⟨10.1128/msystems.00243-22⟩

Article dans une revue hal-03699002v1
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Apart From the Diet, the Ruminal Microbiota of Lambs Is Modified in Relation to Their Genetic Potential for Feed Efficiency or Feeding Behavior

Christel Marie-Etancelin , Flavie Tortereau , Beatrice Gabinaud , Guillermo Martinez Boggio , Quentin Le Graverand et al.

Frontiers in Microbiology, 2021, 12 (7), 15 p. ⟨10.3389/fmicb.2021.759432⟩

Article dans une revue hal-03480852v1
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FROGS: a powerful tool to analyse the diversity of fungi with special management of internal transcribed spacers

Maria Bernard , Olivier Rué , Mahendra Mariadassou , Géraldine Pascal

Briefings in Bioinformatics, 2021, 22 (6), ⟨10.1093/bib/bbab318⟩

Article dans une revue hal-03323846v1

Gut Microbiota-Derived Metabolite Signature in Suckling and Weaned Piglets

Martin Beaumont , Laurent Cauquil , Allan Bertide , Ingrid Ahn , Céline Barilly et al.

Journal of Proteome Research, 2021, 20 (1), pp.982-994. ⟨10.1021/acs.jproteome.0c00745⟩

Article dans une revue hal-03087209v1
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The intestinal microbial composition in Greylag geese differs with steatosis induction mode: spontaneous or induced by overfeeding

Christelle Knudsen , Julien Arroyo , Maxime Even , Laurent Cauquil , Géraldine Pascal et al.

Animal Microbiome, 2021, 3 (1), ⟨10.1186/s42523-020-00067-z⟩

Article dans une revue hal-03109374v1
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Dietary composition and yeast-microalgae combination supplementation modulate the microbial ecosystem in the caecum, colon and faeces of horses

Pauline Grimm , Sylvie Combes , Géraldine Pascal , Laurent Cauquil , Véronique Julliand

British Journal of Nutrition, 2020, 123 (4), pp.372-382. ⟨10.1017/S0007114519002824⟩

Article dans une revue hal-02381031v1
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Culture of rabbit caecum organoids by reconstituting the intestinal stem cell niche in vitro with pharmacological inhibitors or L-WRN conditioned medium

Eloïse Mussard , Cécile Pouzet , Virginie Helies , Géraldine Pascal , Sandra Fourre et al.

Stem Cell Research, 2020, 48, pp.1-10. ⟨10.1016/j.scr.2020.101980⟩

Article dans une revue hal-02983697v1
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The MACADAM database: a MetAboliC pAthways DAtabase for Microbial taxonomic groups for mining potential metabolic capacities of archaeal and bacterial taxonomic groups

Malo Le Boulch , Patrice Dehais , Sylvie Combes , Géraldine Pascal

Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2019, 2019, pp.1-14. ⟨10.1093/database/baz049⟩

Article dans une revue hal-02276653v1
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Diversity and Co-occurrence Pattern Analysis of Cecal Microbiota Establishment at the Onset of Solid Feeding in Young Rabbits

Tehya Read , Laurence Fortun-Lamothe , Géraldine Pascal , Malo Le Boulch , Laurent Cauquil et al.

Frontiers in Microbiology, 2019, 10, Non paginé. ⟨10.3389/fmicb.2019.00973⟩

Article dans une revue hal-02154596v1
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Guide pratique à destination des biologistes, bioinformaticiens et statisticiens qui souhaitent s’initier aux analyses métabarcoding

Hélène Falentin , Lucas Auer , Mahendra Mariadassou , Géraldine Pascal , Olivier Rué et al.

Cahier des Techniques de l'INRA, 2019, 97, pp.46-69

Article dans une revue (article de synthèse) hal-02311421v1
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Probiotics Strains Modulate Gut Microbiota and Lipid Metabolism in Mule Ducks

Maxime Even , Stéphane Davail , Mikael Rey , Annabelle Tavernier , Marianne Houssier et al.

Open Microbiology Journal, 2018, 12 (1), pp.71-93. ⟨10.2174/1874285801812010071⟩

Article dans une revue hal-01901329v1
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Fumonisin-Exposure Impairs Age-Related Ecological Succession of Bacterial Species in Weaned Pig Gut Microbiota

Ivan Mateos , Sylvie Combes , Géraldine Pascal , Laurent Cauquil , Céline Barilly et al.

Toxins, 2018, 10 (6), pp.230. ⟨10.3390/toxins10060230⟩

Article dans une revue hal-01829232v1
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FROGS: Find, Rapidly, OTUs with Galaxy Solution

Frédéric Escudié , Lucas Auer , Maria Bernard , Mahendra Mariadassou , Laurent Cauquil et al.

Bioinformatics, 2018, 34 (8), pp.1287-1294. ⟨10.1093/bioinformatics/btx791⟩

Article dans une revue hal-02626808v1
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Impact of feed restriction and housing hygiene conditions on specific and inflammatory immune response, the cecal bacterial community and the survival of young rabbits

Sylvie Combes , Katia Julian , Océane Martin , Hauteclaire Furbeyre , Laurent Cauquil et al.

Animal, 2017, 11 (5), pp.854-863. ⟨10.1017/S1751731116002007⟩

Article dans une revue hal-01605508v1
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Phylogenesis and biological characterization of a new glucose transporter in the chicken (Gallus gallus), GLUT12

Edouard Coudert , Géraldine Pascal , Joëlle Dupont , Jean Simon , Estelle Audouin et al.

PLoS ONE, 2015, 10 (10), pp.1-18. ⟨10.1371/journal.pone.0139517⟩

Article dans une revue hal-01594233v1
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Evolutionary origin of Bone Morphogenetic Protein 15 and growth and differentiation factor 9 and differential selective pressure between mono- and polyovulating species

Olivier Monestier , Bertrand Servin , Sylvain Auclair , Thomas Bourquard , Anne Poupon et al.

Biology of Reproduction, 2014, 91 (4), pp.1-13. ⟨10.1095/biolreprod.114.119735⟩

Article dans une revue hal-01129871v1

Deleted in malignant brain tumor 1 is secreted in the oviduct and involved in the mechanism of fertilization in equine and porcine species

Barbara Ambruosi , Gianluca Accogli , Cécile Lahuec , Sylvie Canepa , Géraldine Pascal et al.

Reproduction [Cambridge], 2013, 146 (2), pp.119-133. ⟨10.1530/REP-13-0007⟩

Article dans une revue hal-01129750v1
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Positive selection in bone morphogenetic protein 15 targets a natural mutation associated with primary ovarian insufficiency in human

Sylvain Auclair , Raffaella Rossetti , Camille Meslin , Olivier Monestier , Elisa Di Pasquale et al.

PLoS ONE, 2013, 8, online (10), Non paginé. ⟨10.1371/journal.pone.0078199⟩

Article dans une revue hal-01129774v1
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Structural and functional annotation of the porcine immunome

Harry D Dawson , Jane E Loveland , Géraldine Pascal , James G R Gilbert , Hirohide Uenishi et al.

BMC Genomics, 2013, 14, online (may), Non paginé. ⟨10.1186/1471-2164-14-332⟩

Article dans une revue hal-01019897v1

Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution

Martien A. M. Groenen , Alan L. Archibald , Hirohide Uenishi , Christopher K. Tuggle , Yasuhiro Takeuchi et al.

Nature, 2012, 491 (7426), pp.393-398. ⟨10.1038/nature11622⟩

Article dans une revue cea-00880676v1

An oocyte-preferential histone mRNA stem-loop-binding protein like is expressed in several mammalian species

Aurore Thelie , Géraldine Pascal , Leslie Angulo , Christine Perreau , Pascal Papillier et al.

Molecular Reproduction and Development, 2012, 79 (6), pp.380-391. ⟨10.1002/mrd.22040⟩

Article dans une revue istex hal-01129625v1
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Evolution of genes involved in gamete interaction: Evidence for positive selection, duplications and losses in vertebrates

Camille Meslin , Sylvie Mugnier , Isabelle Callebaut , Michel Laurin , Géraldine Pascal et al.

PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp.1-8. ⟨10.1371/journal.pone.0044548⟩

Article dans une revue hal-01136282v1

Ovocalyxin-36 and other LBP/BPI/PLUNC-like proteins as molecular actors of the mechanisms of the avian egg natural defences

Joël Gautron , Sophie Réhault-Godbert , Géraldine Pascal , Yves Nys , M.T. Hincke

Biochemical Society Transactions, 2011, 39 (4), pp.971-976. ⟨10.1042/BST0390971⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-01129577v1
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The evolutionary history of the SAL1 gene family in eutherian mammals

Camille Meslin , Fanny Brimau , Patricia Nagnan-Le Meillour , I. Callebaut , Géraldine Pascal et al.

BMC Evolutionary Biology, 2011, 11 (148), pp.1-14. ⟨10.1186/1471-2148-11-148⟩

Article dans une revue hal-02652257v1
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PhyleasProg: a user-oriented web server for wide evolutionary analyses

Joël Busset , Cédric Cabau , Camille Meslin , Géraldine Pascal

Nucleic Acids Research, 2011, 39 (Web Server issue), pp.W479-W485. ⟨10.1093/nar/gkr243⟩

Article dans une revue hal-01129520v1

ICEEc2, a new integrative and conjugative element belonging to the pKLC102/PAGI-2 family, identified in Escherichia coli strain BEN374

D. Roche , Maud Flechard , Nathalie Lallier , Maryline Ferter , Annie Brée et al.

Journal of Bacteriology, 2010, 192 (19), pp.5026-5036. ⟨10.1128/JB.00609-10⟩

Article dans une revue hal-01129464v1

What makes an egg unique? Clues from evolutionary scenarios of egg-specific genes

X. Tian , Joël Gautron , Philippe Monget , Géraldine Pascal

Biology of Reproduction, 2010, 83 (6), pp.893-900. ⟨10.1095/biolreprod.110.085019⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-01129421v1
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Gene birth, death, and divergence: the different scenarios of reproduction-related gene evolution.

Xin Tian , Géraldine Pascal , Sophie Fouchécourt , Pierre Pontarotti , Philippe Monget

Biology of Reproduction, 2009, 80 (4), pp.616-21. ⟨10.1095/biolreprod.108.073684⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-00831221v1
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Evolution and functional divergence of NLRP genes in mammalian reproductive systems

Xin Tian , Géraldine Pascal , Philippe Monget

BMC Evolutionary Biology, 2009, 9:202, pp.1-13. ⟨10.1186/1471-2148-9-202⟩

Article dans une revue hal-02664172v1
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The secretions of oviduct epithelial cells increase the equine in vitro fertilization rate: are osteopontin, atrial natriuretic peptide A and oviductin involved?

Sylvie Mugnier , Morgane Kervella , Cécile Douet , Sylvie Canepa , Géraldine Pascal et al.

Reproductive Biology and Endocrinology, 2009, 7, pp.1-16. ⟨10.1186/1477-7827-7-129⟩

Article dans une revue hal-02661859v1

Genome sequence of the -rhizobium Cupriavidus taiwanensis and comparative genomics of rhizobia

Claire Amadou , Géraldine Pascal , Sophie Mangenot , Michelle Glew , Cyril Bontemps et al.

Genome Research, 2008, 18 (9), pp.1472 - 1483. ⟨10.1101/gr.076448.108⟩

Article dans une revue hal-01655676v1

Persistent biases in the amino acid composition of prokaryotic proteins

Géraldine Pascal , Claudine Médigue , Antoine Danchin

BioEssays, 2006, 28 (7), pp.726-738. ⟨10.1002/BIES.20431⟩

Article dans une revue istex hal-02985564v1

Proteome analysis of the phenotypic variation process in Photorhabdus luminescens

Evelyne Turlin , Géraldine Pascal , Jean-Claude Rousselle , Pascal Lenormand , Saravuth Ngo et al.

Proteomics, 2006, 6 (9), pp.2705-2725. ⟨10.1002/PMIC.200500646⟩

Article dans une revue istex hal-02985560v1

Universal biases in protein composition of model prokaryotes

Géraldine Pascal , Claudine Médigue , Antoine Danchin

Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, 2005, 60 (1), pp.27-35. ⟨10.1002/PROT.20475⟩

Article dans une revue istex hal-02985536v1

Exploring the Penicillium marneffei genome

Kwok-Yung Yuen , Géraldine Pascal , Samson Wong , Philippe Glaser , Patrick Woo et al.

Archives of Microbiology, 2003, 179 (5), pp.339-353. ⟨10.1007/S00203-003-0533-8⟩

Article dans une revue istex hal-02985518v1

Limites et avantages du séquençage métabarcoding long-reads ?

Géraldine Pascal , Jean Mainguy , Maelle Pomies , Adrien Castinel , Sylvie Combes et al.

FROGSDays 2025, INRAE, Dec 2025, Castanet Tolosan, France

Communication dans un congrès hal-05492424v1
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Rétrospective FROGS 2015–2025

Géraldine Pascal , Maria Bernard , Olivier Rué , Mahendra Mariadassou , Frédéric Escudié et al.

Symposium FROGSDays, INRAE Toulouse, Dec 2025, Castanet Tolosan, France

Communication dans un congrès hal-05492401v1

LEAP - Learn and Evaluate Affiliation databanks on an online Platform

Olivier Rué , Maria Bernard , Lucas Auer , Gabryelle Agoutin , Maelle Pomies et al.

FROGSDays, FROGS team, Dec 2025, Toulouse, France

Communication dans un congrès hal-05397586v1

FROGS5 - News

Olivier Rué , Maelle Pomies , Maria Bernard , Lucas Auer , Gabryelle Agoutin et al.

FROGSDays, FROGS team, Dec 2025, Toulouse, France

Communication dans un congrès hal-05397597v1
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Fecal microbiota shifts during transition in dairy cows

Lisa Arnalot , Salomé Ducluzeau , Marion Julhes , Laurent Cauquil , Géraldine Pascal et al.

Séminaire HOLO-AE (Holobiontes des Animaux d’Elevage), INRAE métaprogramme HOLOFLUX, Dec 2024, Paris, France

Communication dans un congrès hal-04872729v1

News about FROGS

Olivier Rué , Lucas Auer , Gabryelle Agoutin , Maria Bernard , Géraldine Pascal

PEPI IBIS, Nov 2024, Virtuel, France

Communication dans un congrès hal-04786277v1

A richer gut microbiota is related to better feed efficiency and diet adaptability in laying hens

Maria Bernard , Alexandre Lecoeur , Jean-Luc Coville , Nicolas Bruneau , Deborah Jardet et al.

74. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), EAAP, Aug 2023, Lyon, France. pp.740

Communication dans un congrès hal-04199104v1

metagWGS : a workflow to analyse short or long HiFi metagenomic reads

Joanna Fourquet , Maïna Vienne , Jean Mainguy , Vincent Darbot , Pierre Martin et al.

Bioinfo Biosta Genotoul day, Dec 2022, Castanet-Tolosan, France

Communication dans un congrès hal-03944382v1
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The benefits of long read HiFi sequencing for metabarcoding analysis

Adrien Castinel , Jean Mainguy , Sylvie Combes , Carole Iampietro , Christine Gaspin et al.

PACBIO DISCOVERIES ROADSHOW PARIS, PACBIO, May 2022, Paris, France

Communication dans un congrès hal-03740586v1
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The benefits of long read HiFi sequencing for metagenomic analysis

Adrien Castinel , Jean Mainguy , Sylvie Combes , Carole Iampietro , Christine Gaspin et al.

France génomique - VIIème Animation Wetlab et Bioinfo, Nov 2022, Strasbourg, France

Communication dans un congrès hal-03896074v1
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Both quantitative and energetic intake level affect caecal microbiota composition and activity in the growing rabbit

Christelle Knudsen , Thierry Gidenne , Laurent Cauquil , Géraldine Pascal , Christophe Briens et al.

12th World Rabbit Congress, Nov 2021, Nantes, France

Communication dans un congrès hal-03649231v1
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Stimuler l'ingestion d'aliments solides au début de la vie : une stratégie prometteuse pour piloter la co-maturation du microbiote et de la muqueuse intestinale

Martin Beaumont , Charlotte Paes , Eloïse Mussard , Laurence Lamothe , Thierry Gidenne et al.

Séminaire Défis Scientifiques, Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Nov 2019, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-02884240v1

The journey of a team of engineers in learning packaging technology

Laure Quintric , Patrick Durand , Olivier Inizan , Valentin Marcon , Caroline Dussart et al.

Galaxy Community Conference - GCC2018, Jun 2018, Portland, United States

Communication dans un congrès hal-02784992v1
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MACADAM a user-friendly MetAboliC pAthway DAtabase for complex Microbial community function analysis

Malo Le Boulch , Patrice Dehais , Sylvie Combes , Géraldine Pascal

Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jul 2018, Marseille, France

Communication dans un congrès hal-02789596v1

Microbiota as a tool to promote spontaneous liver steatosis in Greylag geese: promising results

Christelle Knudsen , Maxime Even , Julien Arroyo , Sylvie Combes , Laurent Cauquil et al.

69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia

Communication dans un congrès hal-01901325v1
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Genetic determinism of dairy sheep ruminal microbiota

Christel Marie-Etancelin , Beatrice Gabinaud , Géraldine Pascal , Regis Tomas , Jean Marie Menras et al.

69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia. 705 p

Communication dans un congrès hal-02737262v1

Microbial metacommunity: a METABAR coding approach

Marc Buée , Matthieu Barret , Maria Bernard , Didier Debroas , Isabelle Domaizon et al.

2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01607836v1
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Effect of feeding strategy on the maturation of ceacal microbiota in young rabbits

Tehya Read , Laurence Fortun-Lamothe , Thierry Gidenne , N. Destombes , Laurent Cauquil et al.

11. World Rabbit Congress, Jun 2016, Qingdao, China. 417 p

Communication dans un congrès hal-02739131v1
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Modulation de la composition l'écosystème digestif caecal du lapereau par voie alimentaire et relation avec son fonctionnement

Vincent Jacquier , Sylvie Combes , Géraldine Pascal , Laurent Cauquil , Beatrice Gabinaud et al.

16. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2015, Le Mans, France. 264 p

Communication dans un congrès hal-02742208v1

Find Rapidly OTU with Galaxy Solution

Frédéric Escudie , Lucas Auer , Maria Bernard , Laurent Cauquil , Katia Vidal et al.

JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-01535378v1

Implantation du microbiote intestinal dans l'iléon et les ceca des canetons Barbarie, Pékin et Mulard par séquençage miseQ

Mickael Rey , Karine Ricaud , Marie-Dominique M.-D. Bernadet , Géraldine Pascal , Sylvie Combes et al.

11. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2015, Tours, France

Communication dans un congrès hal-02739751v1

Rôle des cellules d'oviducte dans la fécondation équine et identification des protéines impliquées

Barbara Ambruosi , Sylvie Mugnier , Cécile Douet , Géraldine Pascal , Guy Duchamp et al.

38. Journée de la Recherche Equine, Institut Français du Cheval et de l'Equitation (IFCE). Labo/service de l'auteur, Le Pin, FRA., Mar 2012, Paris, France. 232 p

Communication dans un congrès hal-02748627v1

Etude des mécanismes de la fécondation dans l'espèce équine par une approche comparative entre les modèles équin et porcin.

Sylvie Mugnier , Stéphane Boittin , Sylvie Canepa , Bernadette Delaleu , Cécile Douet et al.

36. Journée de la Recherche Equine, Mar 2010, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02752835v1

Identification et rôle fonctionnel des acides aminés sous sélection positive des Odorant Binding Proteins: implication dans la spéciation

Camille Meslin , Fanny Brimau , A Leroy , Géraldine Pascal , Patricia Nagnan-Le Meillour et al.

Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase), 2010, Tours, France

Communication dans un congrès hal-01607662v1
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LEAP: Learn and Evaluate Affiliation databanks on an online Platform

Olivier Rué , Gabryelle Agoutin , Lucas Auer , Lynn Bekaï , Maria Bernard et al.

JOBIM, Jul 2025, Bordeaux, France

Poster de conférence hal-05143055v1
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The faecal microbiota of lactating Holstein dairy cows: a meta-analysis highlighting methodological challenges and key microbial profiles

Lisa Arnalot , Géraldine Pascal , Sébastien Dejean , Gilles Foucras , Asma Zened

International Gut Microbiota Symposium, Jun 2025, Clermont-Ferrand, France. 2025

Poster de conférence hal-05144107v1
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Long-read sequencing of the 16S-ITS-23S operon enables maternal microbiota transmission study at the putative strain-level resolution

Maëlle Pomiès , Lucas Auer , Gabryelle Agoutin , Géraldine Pascal , Sylvie Combes

JOBIM, Jul 2025, Bordeaux, France. 2025

Poster de conférence hal-05142789v1
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The richer the better: 16S metabarcoding analysis of gut microbiota of laying hens in relation to feed efficiency and adaptation to diet change

Maria Bernard , Alexandre Lecoeur , Jean-Luc Coville , Nicolas Bruneau , Deborah Jardet et al.

13. International Gut Microbiology Symposium 2023, Jun 2023, Aberdeen, United Kingdom. , 2023, Programme and book of abstracts

Poster de conférence hal-04127869v1

Construction of a 16S mini barcode library for french wild bees

Pichon Magalie , Vignal Alain , Labarthe Emmanuelle , Escaravage Nathalie , Géraldine Pascal et al.

APIMONDIA, Sep 2023, Santiago, Chile. 2023

Poster de conférence hal-04220138v1
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Avancées réalisées en métabarcoding et en métagénomique dans le cadre du projet SeqOccIn grâce au séquençage longs fragments

Denis Milan , Jean Mainguy , Adrien Castinel , Olivier Bouchez , Sylvie Combes et al.

Colloque INRAE Genomics 2022, May 2022, Orléans, France. , 2022

Poster de conférence hal-03776011v1
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Impact of host genetics and abiotic stresses on caecal microbiota composition in four different laying hen lines?

Maria Bernard , Jean-Luc Coville , Nicolas Bruneau , Deborah Jardet , Sandrine Lagarrigue et al.

Journées Scientifiques du Département de Génétique Animale, Sep 2022, Bordeaux, France

Poster de conférence hal-03930049v1
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metagWGS: a workflow to analyse short and long HiFi metagenomic reads

Joanna Fourquet , Maïna Vienne , Jean Mainguy , Vincent Darbot , Pierre Martin et al.

ECCB2022, Sep 2022, Sitges, Spain

Poster de conférence hal-03788263v1

CONSTRUCTION OF A 16S MINI BARCODE LIBRARY FOR FRENCH WILD BEES

Kamila Canale-Tabet , Emmanuelle Labarthe , Alain Vignal , Nathalie Escaravage , Géraldine Pascal et al.

9. European Congress of Apidology, Sep 2022, Belgrade, Serbia

Poster de conférence hal-03855355v1
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PERFORM PROTOCOL TESTS AND SEQUENCE CHECKS ? THE EXPERIENCE FROM MULTIOMICS MICROBIOTA DATA

Maria Bernard , Jean-Luc Coville , Nicolas Bruneau , Deborah Jardet , Fanny Calenge et al.

25ème Séminaire des Doctorants du Département de Génétique Animale (SDDGA 2022), Sep 2022, Bordeaux, France.

Poster de conférence hal-03930031v1
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FROGSFUNC: Smart integration of PICRUSt2 software into FROGS pipeline

Vincent Darbot , Moussa Samb , Maria Bernard , Olivier Rué , Géraldine Pascal

JOBIM 2022, Jul 2022, Rennes, France.

Poster de conférence hal-03806133v1
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Implementation of new methods for metagenomics analysis using PacBio HiFi sequencing

Adrien Castinel , Jean Mainguy , Sylvie Combes , Carole Iampietro , Christine Gaspin et al.

Plant & Animal Genome Conference (PAG) 2022, Jan 2022, San Diego, United States

Poster de conférence hal-03541346v1
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metagWGS: a workflow to analyse short and long HiFi metagenomic reads Taxonomic profile HiFi vs Short reads assembly

Joanna Fourquet , Jean Mainguy , Maïna Vienne , Céline Noirot , Pierre Martin et al.

JOBIM 2022, Jul 2022, Rennes, France. Actes des exposés (keynotes, contributions orales, mini-symposia) : JOBIM2022_proceedings_oral.pdf (23 Mo) et actes des posters et démos : JOBIM2022_proceedings_posters_demos.pdf (19 Mo). ⟨10.15454/1.5572369328961167E12⟩

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Strengths and limits of long read metabarcoding

Jean Mainguy , Adrien Castinel , Olivier Bouchez , Sylvie Combes , Carole Iampietro et al.

ECCB 2022, Sep 2022, Meliá Sitges, Spain

Poster de conférence hal-03848228v1
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Benefits of PacBio HiFi long reads for metagenomic whole genome analysis

Adrien Castinel , Jean Mainguy , Olivier Bouchez , Sylvie Combes , Carole Iampietro et al.

Environmental And Agronomical Genomics Symposium, Oct 2021, Tours, France

Poster de conférence hal-03538657v1
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A Long Read project to find optimal technologic combinations for genome assembly and variability, epigenetic marks detection and metagenomic analysis

Carole Iampietro , Camille Eché , Adrien Castinel , Rémy-Félix Serre , Christophe Klopp et al.

PAG XXVIII, Plant and Animal Genome, Jan 2020, San Diego, United States. 2020

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Functional inference integrated in the FROGS suite

Moussa Samb , Maria Bernard , Géraldine Pascal

JOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France. , ⟨10.1038/s41587-⟩

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Whole metagenome analysis with metagWGS

Joanna Fourquet , Céline Noirot , Christophe Klopp , Philippe Pinton , Sylvie Combes et al.

JOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France

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Improving microbial taxonomic profiling with long read technologies

Jean Mainguy , Adrien Castinel , Olivier Bouchez , Sylvie Combes , Carole Iampietro et al.

JOBIM2020, Jun 2020, Online, France

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Des solutions informatiques innovantes pour l’utilisation et le développement de biomarqueurs de diversité du microbiote.

Maria Bernard , Olivier Rué , Malo Le Boulch , Jean Mainguy , Laurent Cauquil et al.

DefisPHASE 2019, 2019, Rennes, France

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Identification of genomic regions for high-resolution taxonomic profiling using long-read sequencing technology

Jean Mainguy , Olivier Bouchez , Adrien Castinel , Sylvie Combes , Christine Gaspin et al.

JOBIM : Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. , 2019

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Rumen bacteria in sheep : first evidence of host’s genetic control

Annabelle Meynadier , Beatrice Gabinaud , Regis Tomas , Jean Marie Menras , Géraldine Pascal et al.

10. International Symposium on the Nutrition of Herbivores (ISNH10), Sep 2018, Clermont-Ferrand, France. Cambridge University Press, Advances in Animal Biosciences, 9 (3), 2018, 10th. International Symposium on the Nutrition of Herbivores (ISNH10)

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MACADAM: A user-friendly MetAboliC pAthways DAtabase for complex Microbial community function Analysis

Malo Le Boulch , Patrice Dehais , Sylvie Combes , Géraldine Pascal

17. European Conference on Computational Biology (ECCB 2018, Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2018, Athens, Greece. 2018

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Genetic links between feeding behavior and microbiota of Romane lambs

Christel Marie-Etancelin , Beatrice Gabinaud , Didier Marcon , Flavie Tortereau , Dominique Francois et al.

11. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Feb 2018, Auckland, New Zealand. Massey University, 1130 p., 2018, Proceedings of the 11th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP)

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The journey of a team of engineers in learning packaging technology

Valentin Marcon , Laure Quintric , Patrick Durand , Olivier Inizan , Caroline Dussart et al.

Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jul 2018, Marseille, France. , 2018, JOBIM 2018

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ARMOr project : genome-wide association analysis of ruminal microbiota in ovis

Christel Marie-Etancelin , Annabelle Meynadier , Regis Tomas , Jean Marie Menras , Beatrice Gabinaud et al.

CRB ANIM - Réunion du Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques, May 2017, Paris, France. 2017

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How to design an efficient and robust pipeline for 16S rRNA-gene sequence analysis to improve our understanding on microbial communities?

Lucas Auer , Laurent Cauquil , Stephane Chaillou , Céline Delbès , Eric Dugat-Bony et al.

JOBIM 16. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015

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FROGS : Find Rapidly OTUs with Galaxy Solution

Frédéric Escudie , Lucas Auer , Maria Bernard , Laurent Cauquil , Katia Vidal et al.

Colloque d'Écologie Microbienne organisé par l'Association Française d'Écologie Microbienne (AFEM), Nov 2015, Anglet, France. Oxford University Press, 34, 7 p., 2015, Bioinformatics

Poster de conférence hal-01886389v1
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Evolutionary aspect of BMP15 function in folliculogenesis

Olivier O. Monestier , Sylvain Auclair , Bertrand Servin , Raffaella Rossetti , Camille Meslin et al.

17. Evolutionary Biology Meeting, Sep 2013, Marseille, France. 2013

Poster de conférence hal-02806825v1

Oviductal secretions have a positive effect on fertilization in equine species, which involves DMBT1

Cécile Douet , Barbara Ambruosi , Géraldine Pascal , Philippe Monget , C. Moros Nicolas et al.

64. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, Aug 2013, Nantes, France. Wageningen Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, 19, 660 p., 2013, 64th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science

Poster de conférence hal-02749534v1

The ovarian failure associated Y235 residue of human BMP15 gene is target of evolutionary positive selection

Raffaella Rossetti , Sylvain Auclair , Camille Meslin , Géraldine Pascal , Stéphane Fabre et al.

15. International and 14. European Congress on Endocrinology, May 2012, Florence, Italy. BioScientifica, Endocrine Abstracts, 29, 2012, 15th International and 14th European Congress on Endocrinology

Poster de conférence hal-02746767v1

An evolutionary signature of sperm-egg interaction in vertebrates

Camille Meslin , Sylvie Mugnier , Géraldine Pascal , I. Callebaut , Ghylène Goudet et al.

Evolution 2011, Jun 2011, Norman, United States. 1 p., 2011

Poster de conférence hal-02804899v1

Evolution et reproduction

Philippe Monget , Julien Bobe , Jean-Louis Couderc , Sylvie Dufour , Michel Guillomot et al.

La Reproduction animale et humaine, Editions Quae, 751 p., 2014, Collection Synthèses, 978-2-7592-2208-7

Chapitre d'ouvrage hal-01205107v1

Habilitation à Diriger des Recherches

Géraldine Pascal

Autre [q-bio.OT]. Université François Rabelais (Tours), 2013

HDR tel-02809214v1
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Metabarcoding, FROGS training - May/june 2024

Géraldine Pascal , Lucas Auer

Master. France. 2024

Cours hal-04885674v1
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Metabarcoding, FROGS training - Oct. 2024

Géraldine Pascal , Lucas Auer

Master. FROGS metabarcoding training - Oct 2024, https://web-genobioinfo.toulouse.inrae.fr/~formation/15_FROGS/current/, France. 2024

Cours hal-04885591v1
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Metabarcoding, FROGS training – March 2024

Géraldine Pascal , Lucas Auer

Doctoral. France. 2024

Cours hal-04885687v1
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Les mardis de la grenouilles - Jan./Fev. 2024 - 1:FROGS 4 - 2: FROGSSTAT - 3: Functional Inferencce - 4: FROGS in command lines

Géraldine Pascal , Lucas Auer , Gabryelle Agoutin

Master. France. 2024

Cours hal-04885860v1
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Metabarcoding, FROGS training - Oct. 2023

Géraldine Pascal , Lucas Auer

Master. France. 2023

Cours hal-04885704v1
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Metabarcoding, FROGS training - April 2023

Géraldine Pascal , Lucas Auer

Master. France. 2023

Cours hal-04885719v1
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Metabarcoding, FROGS training - Oct 2022

Géraldine Pascal , Lucas Auer

Master. France. 2022

Cours hal-04885780v1
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Metabarcoding, FROGS training - May 2022

Géraldine Pascal , Lucas Auer

Master. France. 2022

Cours hal-04885802v1
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Metabarcoding, FROGS training - June 2022

Géraldine Pascal , Lucas Auer

Master. France. 2022

Cours hal-04885794v1
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Metabarcoding, FROGS training - June 2021

Géraldine Pascal , Lucas Auer

Doctoral. France. 2021

Cours hal-04885818v1
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Metabarcoding, FROGS training- Dec. 2021

Géraldine Pascal , Lucas Auer

Master. France. 2021

Cours hal-04885812v1
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Metabarcoding, FROGS training - March 2021

Géraldine Pascal , Lucas Auer

Master. France. 2021

Cours hal-04885826v1
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Metabarcoding, FROGS training - March 2020

Géraldine Pascal , Lucas Auer

Master. France. 2020

Cours hal-04885837v1
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Metabarcoding, FROGS training - Jan. 2020

Géraldine Pascal , Laurent Cauquil

Master. France. 2020

Cours hal-04885843v1
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Formation FROGS juillet 2019

Géraldine Pascal , Laurent Cauquil

Master. (Trainingon Galaxy : Metagenomics / ITS analysisin FROGS ? / Trainingon Galaxy: Statistics to explore metagenomics), 2019

Cours hal-02790029v1
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FROGS Training on Galaxy : Metagenomics November 2017

Frédéric Escudié , Lucas Auer , Maria Bernard , Laurent Cauquil , Sarah Maman et al.

Formation Métagénomique avec le logiciel FROGS (Find, Rapidly, Otus with Galaxy Solution), 2017, 270 p

Cours hal-02791696v1
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FROGS Training on Galaxy : Statistics to Explore Metagenomics

Maria Bernard , Géraldine Pascal , Mahendra Mariadassou , Laurent Cauquil , Stephane Chaillou

Training on Galaxy : Statistics to Explore Metagenomics - FROGS (Find, Rapidly, Otus with Galaxy Solution), 2017, 116 p

Cours hal-02788316v1
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Février_2017_Formation Métagénomique avec le logiciel FROGS

Géraldine Pascal , Laurent Cauquil , Maria Bernard

2017

Cours hal-02785427v1