Géraldine Pascal
Présentation
Je suis ingénieure de recherche spécialisée en bioinformatique appliquée aux études de la diversité microbienne.
Je coordonne des projets axés sur l'analyse et le traitement de données de métabarcoding et de métagénomique.
Je supervise le développement et l'intégration de plusieurs outils bioinformatiques, dont FROGS, TAD, LEAP et metagWGS.
Je coordonne également le réseau CATI B4B, qui promeut les approches collaboratives et l'innovation en matière d'outils dans les analyses omiques au sein d'INRAE.
Domaines de recherche
Compétences
Publications
Publications
Limites et avantages du séquençage métabarcoding long-reads ?FROGSDays 2025, INRAE, Dec 2025, Castanet Tolosan, France |
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Rétrospective FROGS 2015–2025Symposium FROGSDays, INRAE Toulouse, Dec 2025, Castanet Tolosan, France |
LEAP - Learn and Evaluate Affiliation databanks on an online PlatformFROGSDays, FROGS team, Dec 2025, Toulouse, France |
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FROGS5 - NewsFROGSDays, FROGS team, Dec 2025, Toulouse, France |
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Fecal microbiota shifts during transition in dairy cowsSéminaire HOLO-AE (Holobiontes des Animaux d’Elevage), INRAE métaprogramme HOLOFLUX, Dec 2024, Paris, France |
News about FROGSPEPI IBIS, Nov 2024, Virtuel, France |
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A richer gut microbiota is related to better feed efficiency and diet adaptability in laying hens74. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), EAAP, Aug 2023, Lyon, France. pp.740 |
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metagWGS : a workflow to analyse short or long HiFi metagenomic readsBioinfo Biosta Genotoul day, Dec 2022, Castanet-Tolosan, France |
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The benefits of long read HiFi sequencing for metabarcoding analysisPACBIO DISCOVERIES ROADSHOW PARIS, PACBIO, May 2022, Paris, France |
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The benefits of long read HiFi sequencing for metagenomic analysisFrance génomique - VIIème Animation Wetlab et Bioinfo, Nov 2022, Strasbourg, France |
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Both quantitative and energetic intake level affect caecal microbiota composition and activity in the growing rabbit12th World Rabbit Congress, Nov 2021, Nantes, France |
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Stimuler l'ingestion d'aliments solides au début de la vie : une stratégie prometteuse pour piloter la co-maturation du microbiote et de la muqueuse intestinaleSéminaire Défis Scientifiques, Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Nov 2019, Rennes, France |
The journey of a team of engineers in learning packaging technologyGalaxy Community Conference - GCC2018, Jun 2018, Portland, United States |
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MACADAM a user-friendly MetAboliC pAthway DAtabase for complex Microbial community function analysisJobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jul 2018, Marseille, France |
Microbiota as a tool to promote spontaneous liver steatosis in Greylag geese: promising results69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia |
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Genetic determinism of dairy sheep ruminal microbiota69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia. 705 p |
Microbial metacommunity: a METABAR coding approach2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France |
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Effect of feeding strategy on the maturation of ceacal microbiota in young rabbits11. World Rabbit Congress, Jun 2016, Qingdao, China. 417 p |
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Modulation de la composition l'écosystème digestif caecal du lapereau par voie alimentaire et relation avec son fonctionnement16. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2015, Le Mans, France. 264 p |
Find Rapidly OTU with Galaxy SolutionJOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France |
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Implantation du microbiote intestinal dans l'iléon et les ceca des canetons Barbarie, Pékin et Mulard par séquençage miseQ11. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2015, Tours, France |
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Rôle des cellules d'oviducte dans la fécondation équine et identification des protéines impliquées38. Journée de la Recherche Equine, Institut Français du Cheval et de l'Equitation (IFCE). Labo/service de l'auteur, Le Pin, FRA., Mar 2012, Paris, France. 232 p |
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Etude des mécanismes de la fécondation dans l'espèce équine par une approche comparative entre les modèles équin et porcin.36. Journée de la Recherche Equine, Mar 2010, Paris, France |
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Identification et rôle fonctionnel des acides aminés sous sélection positive des Odorant Binding Proteins: implication dans la spéciationJournées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase), 2010, Tours, France |
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LEAP: Learn and Evaluate Affiliation databanks on an online PlatformJOBIM, Jul 2025, Bordeaux, France |
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The faecal microbiota of lactating Holstein dairy cows: a meta-analysis highlighting methodological challenges and key microbial profilesInternational Gut Microbiota Symposium, Jun 2025, Clermont-Ferrand, France. 2025 |
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Long-read sequencing of the 16S-ITS-23S operon enables maternal microbiota transmission study at the putative strain-level resolutionJOBIM, Jul 2025, Bordeaux, France. 2025 |
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The richer the better: 16S metabarcoding analysis of gut microbiota of laying hens in relation to feed efficiency and adaptation to diet change13. International Gut Microbiology Symposium 2023, Jun 2023, Aberdeen, United Kingdom. , 2023, Programme and book of abstracts |
Construction of a 16S mini barcode library for french wild beesAPIMONDIA, Sep 2023, Santiago, Chile. 2023 |
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Avancées réalisées en métabarcoding et en métagénomique dans le cadre du projet SeqOccIn grâce au séquençage longs fragmentsColloque INRAE Genomics 2022, May 2022, Orléans, France. , 2022 |
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Impact of host genetics and abiotic stresses on caecal microbiota composition in four different laying hen lines?Journées Scientifiques du Département de Génétique Animale, Sep 2022, Bordeaux, France |
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metagWGS: a workflow to analyse short and long HiFi metagenomic readsECCB2022, Sep 2022, Sitges, Spain |
CONSTRUCTION OF A 16S MINI BARCODE LIBRARY FOR FRENCH WILD BEES9. European Congress of Apidology, Sep 2022, Belgrade, Serbia |
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PERFORM PROTOCOL TESTS AND SEQUENCE CHECKS ? THE EXPERIENCE FROM MULTIOMICS MICROBIOTA DATA25ème Séminaire des Doctorants du Département de Génétique Animale (SDDGA 2022), Sep 2022, Bordeaux, France. |
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FROGSFUNC: Smart integration of PICRUSt2 software into FROGS pipelineJOBIM 2022, Jul 2022, Rennes, France. |
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Implementation of new methods for metagenomics analysis using PacBio HiFi sequencingPlant & Animal Genome Conference (PAG) 2022, Jan 2022, San Diego, United States |
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metagWGS: a workflow to analyse short and long HiFi metagenomic reads Taxonomic profile HiFi vs Short reads assemblyJOBIM 2022, Jul 2022, Rennes, France. Actes des exposés (keynotes, contributions orales, mini-symposia) : JOBIM2022_proceedings_oral.pdf (23 Mo) et actes des posters et démos : JOBIM2022_proceedings_posters_demos.pdf (19 Mo). ⟨10.15454/1.5572369328961167E12⟩ |
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Strengths and limits of long read metabarcodingECCB 2022, Sep 2022, Meliá Sitges, Spain |
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Benefits of PacBio HiFi long reads for metagenomic whole genome analysisEnvironmental And Agronomical Genomics Symposium, Oct 2021, Tours, France |
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A Long Read project to find optimal technologic combinations for genome assembly and variability, epigenetic marks detection and metagenomic analysisPAG XXVIII, Plant and Animal Genome, Jan 2020, San Diego, United States. 2020 |
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Functional inference integrated in the FROGS suiteJOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France. , ⟨10.1038/s41587-⟩ |
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Whole metagenome analysis with metagWGSJOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France |
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Improving microbial taxonomic profiling with long read technologiesJOBIM2020, Jun 2020, Online, France |
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Des solutions informatiques innovantes pour l’utilisation et le développement de biomarqueurs de diversité du microbiote.DefisPHASE 2019, 2019, Rennes, France |
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Identification of genomic regions for high-resolution taxonomic profiling using long-read sequencing technologyJOBIM : Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. , 2019 |
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Rumen bacteria in sheep : first evidence of host’s genetic control10. International Symposium on the Nutrition of Herbivores (ISNH10), Sep 2018, Clermont-Ferrand, France. Cambridge University Press, Advances in Animal Biosciences, 9 (3), 2018, 10th. International Symposium on the Nutrition of Herbivores (ISNH10) |
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MACADAM: A user-friendly MetAboliC pAthways DAtabase for complex Microbial community function Analysis17. European Conference on Computational Biology (ECCB 2018, Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2018, Athens, Greece. 2018 |
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Genetic links between feeding behavior and microbiota of Romane lambs11. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Feb 2018, Auckland, New Zealand. Massey University, 1130 p., 2018, Proceedings of the 11th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP) |
The journey of a team of engineers in learning packaging technologyJobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jul 2018, Marseille, France. , 2018, JOBIM 2018 |
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ARMOr project : genome-wide association analysis of ruminal microbiota in ovisCRB ANIM - Réunion du Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques, May 2017, Paris, France. 2017 |
How to design an efficient and robust pipeline for 16S rRNA-gene sequence analysis to improve our understanding on microbial communities?JOBIM 16. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015 |
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FROGS : Find Rapidly OTUs with Galaxy SolutionColloque d'Écologie Microbienne organisé par l'Association Française d'Écologie Microbienne (AFEM), Nov 2015, Anglet, France. Oxford University Press, 34, 7 p., 2015, Bioinformatics |
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Evolutionary aspect of BMP15 function in folliculogenesis17. Evolutionary Biology Meeting, Sep 2013, Marseille, France. 2013 |
Oviductal secretions have a positive effect on fertilization in equine species, which involves DMBT164. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, Aug 2013, Nantes, France. Wageningen Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, 19, 660 p., 2013, 64th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science |
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The ovarian failure associated Y235 residue of human BMP15 gene is target of evolutionary positive selection15. International and 14. European Congress on Endocrinology, May 2012, Florence, Italy. BioScientifica, Endocrine Abstracts, 29, 2012, 15th International and 14th European Congress on Endocrinology |
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An evolutionary signature of sperm-egg interaction in vertebratesEvolution 2011, Jun 2011, Norman, United States. 1 p., 2011 |
Evolution et reproductionLa Reproduction animale et humaine, Editions Quae, 751 p., 2014, Collection Synthèses, 978-2-7592-2208-7 |
FROGS : Find Rapidly OTU with Galaxy Solution2017 |
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metagWGS, a comprehensive workflow to analyze metagenomic data using Illumina or PacBio HiFi reads2024 |
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Reconstitution of intestinal stem cell niche in vitro with pharmacological inhibitors or L-WRN conditioned medium differentially regulates epithelial proliferation, differentiation and barrier function in rabbit caecum organoids2020 |
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Etude des biais de composition en acides aminés des protéines microbiennesAutre [q-bio.OT]. Université d'Evry-Val d'Essonne, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩ |
Habilitation à Diriger des RecherchesAutre [q-bio.OT]. Université François Rabelais (Tours), 2013 |
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Extracting and displaying information from the databanks used for metabarcodingBio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2024 |
FROGSLogiciel hal-04384514v1 |
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metagWGSLogiciel hal-04694918v1 |