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RepetDB: A transposable element database
Nicolas Francillonne
,
Johann Confais
Plant and Genome Conference PAG, Jan 2025, San Diego (California), United States
Communication dans un congrès
hal-04946701
v1
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The Brachypodium distachyon Pangenome Highlights Transposable Element Dynamics in the Species
Johann Confais
,
Somia Saidi
,
Hadi Quesneville
International Plant & Animal Genome (PAG 32), Jan 2025, San Diego (California), United States
Communication dans un congrès
hal-04947937
v1
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The Brachypodium distachyon pangenome highlights Transposable Element dynamics in the species
Johann Confais
,
Somia Saidi
,
Hadi Quesneville
Journées "BioinfOmics" sur la pangénomique, BioinfOmics, Dec 2024, Toulouse, France
Communication dans un congrès
hal-04944985
v1
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Evolutionary Dynamics of Transposable Elements in Brachypodium distachyon Based on a Pangenomic Approach
Somia Saidi
,
Johann Confais
,
Hadi Quesneville
International Plant & Animal Genome (PAG 31), Jan 2024, San Diego, United States
Communication dans un congrès
hal-04419364
v1
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Characterization of Transposable Elements in Pangenomes
Somia Saidi
,
Johann Confais
,
Hadi Quesneville
24th National Congress on Transposable Elements 2023 (CNET 2023), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2023, Perpignan, France
Communication dans un congrès
hal-04158362
v1
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Practical training III : REPET pipeline
Johann Confais
11th RepeatExplorer Workshop on the Application of Next Generation Sequencing to Repetitive DNA Analysis, Laboratory of Molecular Cytogenetics of the Biology Centre CAS, May 2023, České Budějovice, Czech Republic
Communication dans un congrès
hal-04117938
v1
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PlantBioinfoPF (URGI) et son offre de service d'annotation des éléments transposables dans les génomes
Johann Confais
Journées du PEPI IBIS 2023, PEPI Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS), Sep 2023, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-04195707
v1
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Characterization of Transposable Elements in Pangenomes
Somia Saidi
,
Johann Confais
,
Hadi Quesneville
Journées du PEPI IBIS 2023, PEPI Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS), Sep 2023, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-04283863
v1
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How to use REPET for de novo TE annotation
Johann Confais
,
Mariène Wan
,
Somia Saidi
,
Hadi Quesneville
11th RepeatExplorer Workshop on the Application of Next Generation Sequencing to Repetitive DNA Analysis, Laboratory of Molecular Cytogenetics of the Biology Centre CAS, May 2023, České Budějovice, Czech Republic
Communication dans un congrès
hal-04117937
v1
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Insertion et exploitation de données hétérogènes dans un graphe de connaissance
Johann Confais
,
Nicolas Francillonne
,
Maela Semery
,
Iphigénie Gonnet
Journées du PEPI IBIS 2023, PEPI Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS), Sep 2023, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-04208925
v1
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REPET novelties : a versatile and modular package
Johann Confais
,
Mariène Wan
,
Somia Saidi
,
Hadi H. Quesneville
CNET 2023 : 24th National Congress on Transposable Elements 2023, French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2023, Perpignan, France
Communication dans un congrès
hal-04156193
v1
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Linking heterogeneous data from model plant species in a graph database
Johann Confais
,
Nicolas Francillonne
Séminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data édition 2023, réseau IN-OVIVE "Intégration de sources/masses de données hétérogènes et ontologies", Oct 2023, Agde, France
Communication dans un congrès
hal-04237621
v1
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Demo session : REPET
Johann Confais
6th Uppsala Transposon Symposium, Oct 2022, Uppsala, Sweden
Communication dans un congrès
hal-03838843
v1
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Multiple expansion and contraction events in two major chemosensory gene families in aphids
Sergio Gabriel Olvera-Vazquez
,
Xilong Chen
,
Camille Meslin
,
Yann Bourgeois
,
Lougmani, Célia
et al.
Congrès de la Société Européenne de Biologie Evolutive, Aug 2022, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès
anses-04546901
v1
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REPET evolutions: faster and easier
Johann Confais
,
Mariène Wan
,
Hadi Quesneville
23rd National Congress on Transposable Elements (CNET 2022), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2022, Gif-Sur-Yvette, France
Communication dans un congrès
hal-03815061
v1
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Characterization of Transposable Elements in Pangenomes
Somia Saidi
,
Johann Confais
,
Hadi Quesneville
GDR CNRS 3546 Mobil-ET Annual Meeting, Mobil-ET GDR CNRS 3546, Dec 2022, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-03890780
v1
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Characterization of Transposable Elements in Pangenomes
Somia Saidi
,
Johann Confais
,
Hadi Quesneville
23rd National Congress on Transposable Elements (CNET 2022), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2022, Gif-Sur-Yvette, France
Communication dans un congrès
hal-03819044
v1
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Transposable elements, from their annotation to their integration into knowledge graphs
Johann Confais
,
Mariène Wan
,
Somia Saidi
,
Nicolas Francillonne
,
Hadi Quesneville
Journée thématique - Annotation, Intelligence Artificielle et Text-mining, PEPI IBIS, Nov 2022, Jouy-en-Josas, France
Communication dans un congrès
hal-03876510
v1
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Mise en relation de données hétérogènes chez l’espèce modèle Arabidopsis thaliana dans une base de données graphe
Johann Confais
,
Nicolas Francillonne
,
Yanis Toumert
Work4Graph Integration, Dec 2021, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-03877594
v1
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RepetDB: a unified resource for transposable element references
Mariène Wan
,
Nicolas Francillonne
,
Raphaël Flores
,
Françoise Alfama
,
Johann Confais
et al.
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, SFBI; IFB; GDR BIM, Jul 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès
hal-03819882
v1
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A first glimpse into the genetic architecture of pathogenicity of Zymoseptoria tritici on bread wheat
Thierry Marcel
,
Aurélie Ducasse
,
Jérome Compain
,
Nicolas Lapalu
,
Z Chang Zhong Chen
et al.
29. Fungal genetics conference Asilomar 17, Mar 2017, Pacific Grove, CA, United States. p.246
Communication dans un congrès
hal-01530825
v1
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Resolution of population structure in the wheat pathogen Zymoseptoria tritici using either 12 or 4000 microsatellite markers
Johann J. Confais
,
Aurélie Ducasse
,
Anne Genissel
,
Lilian Gout
9.International symposium on Septoria diseases of cereals, Apr 2016, Paris, France. p.68
Communication dans un congrès
hal-01531631
v1
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Leaf blotch on durum wheat in France:characterization of the species complex responsible of the disease with a focus on Parastagonospora nodorum
Romain Valade
,
Thomas Caparroy
,
Cindy Vitry
,
Oriane Beaudouin
,
Johann J. Confais
et al.
9.International symposium on Septoria diseases of cereals, Apr 2016, Paris, France. p.31
Communication dans un congrès
hal-02799258
v1
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Spécialisation d’hôte et structuration des populations de Zymoseptoria tritici
Johann J. Confais
,
A. Massot
,
Aurélie Ducasse
,
Romain Valade
,
Lilian Gout
Journées Jean Chevaugeon 2016 (JJC) - 11èmes Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2016, Aussois, France. p.15
Communication dans un congrès
hal-02796908
v1
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The power of GWAS to detect natural genetic variation associated with pathogeny in Zymoseptoria tritici
Anne Genissel
,
Marie-Pierre Guillot
,
Johann J. Confais
,
Lilian Gout
,
Marc-Henri Lebrun
9.International symposium on Septoria diseases of cereals, Apr 2016, Paris, France. p.17
Communication dans un congrès
hal-01531629
v1
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Population genetic structure and host specialization in the fungal plant pathogen Zymoseptoria tritici
Lilian L. Gout
,
Johann J. Confais
,
M. Massot
,
Aurélie Ducasse
,
R. Valade
9.International symposium on Septoria diseases of cereals, Apr 2016, Paris, France. p.16
Communication dans un congrès
hal-02799804
v1
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Host specialization and structure of Mycosphaerella graminicola populations
Johann J. Confais
,
Lilian L. Gout
,
Marie Massot
Mycosphaerella graminicola / Zymoseptoria tritici European Workshop, Sep 2014, exeter, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02793825
v1
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Spécialisation d’hôte et structure des populations de Mycosphaerella graminicola, agent de la Septoriose du blé
Johann Confais
,
Lilian Gout
,
Marie Massot
36ème colloque « Petit pois déridé », Aug 2014, Orsay, France
Communication dans un congrès
hal-01584444
v1
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Expression profiles of Mycosphaerella graminicola candidate effector genes
Johann J. Confais
,
Houda Fartoun
,
Lilian Gout
,
Marc-Henri Lebrun
,
Thierry Marcel
10es Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2014, Aussois, France. p. 101
Communication dans un congrès
hal-01019611
v1
|
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Expression patterns of candidate effector genes
Johann J. Confais
Mycosphaerella graminicola / Zymoseptoria tritici European Workshop, Aug 2013, Harpenden, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02804080
v1
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Comparaison de méthodes de suivi de la sensibilité de Botrytis cinerea aux fongicides Carboxamides
Johann J. Confais
,
Daniel D. Martinho
,
Anne Sophie A. S. Walker
9. Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2012, Aussois, France. pp.87-87
Communication dans un congrès
hal-01000248
v1
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Recent evolution of fungicide resistance in French populations of Mycosphaerella graminicola
Anne Sophie A. S. Walker
,
Johann J. Confais
,
Daniel Martinho
,
G. Couleaud
,
G. Beauvallet
et al.
Crop protection in Southern Britain A.o.A. Biologists, Feb 2011, Cambridge, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02748327
v1
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Experimental strategies to unravel the MDR mechanism in new emergent phenotypes of M. graminicola highly resistant to several DMIs
Selim Omrane
,
Anne Sophie A. S. Walker
,
Johann J. Confais
,
Daniel Martinho
,
Catherine Lanen
et al.
8. International Symposium on Mycosphaerella and Stagonospora Diseases of Cereals, Sep 2011, Mexico, Mexico. pp.38
Communication dans un congrès
hal-01019310
v1
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Evolution of resistance to fungicides in populations of Mycosphaerella graminicola:emergence of new phenotypes highly resistant to DMIs
Anne Sophie A. S. Walker
,
Johann J. Confais
,
Daniel Martinho
,
Selim Omrane
,
Pierre P. Leroux
EPPO Workshop on Azole fungicides and Septoria leaf blotch control, Dec 2010, harpenden, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02814825
v1
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Characterisation of French powdery mildew populations infecting triticale
Anne Sophie A. S. Walker
,
Annaig A. Bouguennec
,
Johann J. Confais
,
Guillaume G. Morgant
,
Pierre P. Leroux
9ème conférence internationale sur les maladies des plantes, Dec 2009, Tours, France
Communication dans un congrès
hal-02751721
v1
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Use of replicative genomic libraries to clone fungicide resistance alleles
Catherine C. Lanen
,
Johann J. Confais
,
Christiane Auclair
,
Sabine, Helma S. H. Fillinger-David
3rd Botrytis Genome Workshop, Sep 2008, Tenerife, Spain
Communication dans un congrès
hal-02819504
v1
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Genetic diversity and structuring factors for Botrytis cinerea french populations
Anne Sophie A. S. Walker
,
Véronique Decognet
,
Marc Fermaud
,
Alexandre Bout
,
Johann J. Confais
et al.
7. Journées Jean Chevaugeon, Jan 2008, Aussois, France
Communication dans un congrès
hal-02753395
v1
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Resistance to fungicides and genetic diversity among Botrytis cinerea populations. Abstract
Anne Sophie A. S. Walker
,
Johann J. Confais
,
Pierre P. Leroux
,
Laurence L. Bill
,
Véronique Decognet
et al.
14. International Botrytis Symposium, Oct 2007, Cape Town, South Africa
Communication dans un congrès
hal-02757498
v1
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Genetic diversity and structuring factors for Botrytis cinerea french populations
Anne Sophie A. S. Walker
,
Véronique Decognet
,
Marc Fermaud
,
Alexandre Bout
,
Johann J. Confais
et al.
14. International Botrytis Symposium, Oct 2007, Cape Town, South Africa
Communication dans un congrès
hal-02757549
v1
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Effect of host plants on sympatric genetic differentiations in french populations of Botrytis cinerea. Abstract
Elisabeth E. Fournier
,
Johann J. Confais
,
Véronique Decognet
,
Marc Fermaud
,
Alexandre Bout
et al.
14. International Botrytis Symposium, Oct 2007, Cape Town, South Africa
Communication dans un congrès
hal-02756534
v1
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Feeding behavior of neonate oblique banded leafroller: determination of ingested volumes by fluorescence spectroscopy
Johann J. Confais
,
Charles Vincent
,
Benoit Rancourt
50th Annual Meeting of the Entomological Society of America, Nov 2002, Fort Lauderdale, United States
Communication dans un congrès
hal-02828735
v1
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