Mariène WAN
Présentation
Diplômée d’un master en informatique, spécialité bio-informatique, j’ai choisi de poursuivre dans ce domaine car j’aime développer des outils pour répondre à des questions biologiques.
Depuis 2018, je conçois et déploie des pipelines et des outils bio-informatiques, de la création au déploiement.
J’ai notamment travaillé sur REPET (outil d’annotation, de détection et de classification d’éléments transposables), RepetDB (base de données d’éléments transposables), et Siduri (entrepôt de données FAIR développé dans le cadre du Grand Défi Ferments du Futur). J’ai également contribué à la structuration et à la gestion de données selon les principes FAIR, en m’appuyant sur divers outils.
Actuellement, je suis ingénieure DevOps à l’URGI (INRAE), où je poursuis le développement d’outils liés à l’annotation des éléments transposables.
Publications
Publications
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CAULIFINDER: a pipeline for the automated detection and annotation of caulimovirid endogenous viral elements in plant genomesMobile DNA, 2022, 13, pp.31. ⟨10.1186/s13100-022-00288-w⟩
Article dans une revue
hal-03883611
v1
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Traces of transposable elements in genome dark matter co-opted by flowering gene regulation networksPeer Community Journal, 2022, 2, pp.e14. ⟨10.24072/pcjournal.68⟩
Article dans une revue
hal-03807713
v1
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REPET V4.0, making life easier for de novo TE annotation12th Repeat Explorer Workshop “Repetitive DNA Annotation in Genome Assemblies.”, May 2025, České Budějovice, Czech Republic
Communication dans un congrès
hal-05202100
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How to use REPET for de novo TE annotation11th RepeatExplorer Workshop on the Application of Next Generation Sequencing to Repetitive DNA Analysis, Laboratory of Molecular Cytogenetics of the Biology Centre CAS, May 2023, České Budějovice, Czech Republic
Communication dans un congrès
hal-04117937
v1
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REPET novelties : a versatile and modular packageCNET 2023 : 24th National Congress on Transposable Elements 2023, French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2023, Perpignan, France
Communication dans un congrès
hal-04156193
v1
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REPET evolutions: faster and easier23rd National Congress on Transposable Elements (CNET 2022), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2022, Gif-Sur-Yvette, France
Communication dans un congrès
hal-03815061
v1
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Transposable elements, from their annotation to their integration into knowledge graphsJournée thématique - Annotation, Intelligence Artificielle et Text-mining, PEPI IBIS, Nov 2022, Jouy-en-Josas, France
Communication dans un congrès
hal-03876510
v1
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RepetDB: a unified resource for transposable element referencesJournées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, SFBI; IFB; GDR BIM, Jul 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès
hal-03819882
v1
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Data stewardship strategy of the Ferments du Futur grand challengeJournées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques 2025, Jul 2025, Bordeaux, France. 2025
Poster de conférence
hal-05149332
v2
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REPET v4.0: A robust and accessible tool for TE annotationJOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux, France
Poster de conférence
hal-05162223
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SIDURI: from an integrative information system to a user-friendly portal for data analysis and visualisation dedicated to fermentationJournées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques 2025, Jul 2025, Bordeaux, France. pp.1
Poster de conférence
hal-05142051
v1
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URGI – A scientific facility dedicated to plant bioinformaticsJOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux (France), France
Poster de conférence
hal-05186831
v1
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Siduri : an integrative information system for next generation fermented foodsJOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France.
Poster de conférence
hal-04633572
v1
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New REPET improvements: REPET V4.0, making life easierInternational Congress on Transposable Elements, Apr 2024, Saint-malo, France.
Poster de conférence
hal-05009167
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REPET evolutions: faster and easierAnnual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution (SMBE), Jul 2023, Ferrara, Italy.
Poster de conférence
hal-04169996
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REPET evolutions: faster and easierJobim 2022, Jul 2022, Rennes, France.
Poster de conférence
hal-03819511
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REPET evolutions: faster and easier6th Uppsala Transposon Symposium, Oct 2022, Uppsala, Sweden.
Poster de conférence
hal-03838081
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REPET v3.02019
Logiciel
hal-02790461
v1
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