Mariène WAN
Présentation
Diplômée d’un master en informatique, spécialité bio-informatique, j’ai choisi de poursuivre dans ce domaine car j’aime développer des outils pour répondre à des questions biologiques. Depuis 2018, je conçois et déploie des pipelines et des outils bio-informatiques, de la création au déploiement. J’ai notamment travaillé sur REPET (outil d’annotation, de détection et de classification d’éléments transposables), RepetDB (base de données d’éléments transposables), et Siduri (entrepôt de données FAIR développé dans le cadre du Grand Défi Ferments du Futur). J’ai également contribué à la structuration et à la gestion de données selon les principes FAIR, en m’appuyant sur divers outils. Actuellement, je suis ingénieure DevOps à l’URGI (INRAE), où je poursuis le développement d’outils liés à l’annotation des éléments transposables.
Publications
Publications
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CAULIFINDER: a pipeline for the automated detection and annotation of caulimovirid endogenous viral elements in plant genomesMobile DNA, 2022, 13, pp.31. ⟨10.1186/s13100-022-00288-w⟩ |
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Traces of transposable elements in genome dark matter co-opted by flowering gene regulation networksPeer Community Journal, 2022, 2, pp.e14. ⟨10.24072/pcjournal.68⟩ |
REPET v4.0: A Comprehensive Tool for Transposable Element AnalysisJOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux, France |
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RepetDB: a database of reference TE sequences and their informationAnnual meeting Mobil-ET, GDR CNRS 3546, Dec 2025, Paris, France |
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TE Detection and Annotation Using Repet V4.0International Plant & Animal Genome (PAG 32), Jan 2025, San diego (Californie), United States |
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REPET V4.0, making life easier for de novo TE annotation12th Repeat Explorer Workshop “Repetitive DNA Annotation in Genome Assemblies.”, May 2025, České Budějovice, Czech Republic |
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How to use REPET for de novo TE annotation11th RepeatExplorer Workshop on the Application of Next Generation Sequencing to Repetitive DNA Analysis, Laboratory of Molecular Cytogenetics of the Biology Centre CAS, May 2023, České Budějovice, Czech Republic |
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REPET novelties : a versatile and modular packageCNET 2023 : 24th National Congress on Transposable Elements 2023, French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2023, Perpignan, France |
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REPET evolutions: faster and easier23rd National Congress on Transposable Elements (CNET 2022), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2022, Gif-Sur-Yvette, France |
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Transposable elements, from their annotation to their integration into knowledge graphsJournée thématique - Annotation, Intelligence Artificielle et Text-mining, PEPI IBIS, Nov 2022, Jouy-en-Josas, France |
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RepetDB: a unified resource for transposable element referencesJournées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, SFBI; IFB; GDR BIM, Jul 2022, Rennes, France |
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Data stewardship strategy of the Ferments du Futur grand challengeJournées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques 2025, Jul 2025, Bordeaux, France. 2025 |
REPET v4.0: A robust and accessible tool for TE annotationJOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux, France |
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SIDURI: from an integrative information system to a user-friendly portal for data analysis and visualisation dedicated to fermentationJournées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques 2025, Jul 2025, Bordeaux, France. pp.1 |
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URGI – A scientific facility dedicated to plant bioinformaticsJOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux (France), France |
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Siduri : an integrative information system for next generation fermented foodsJOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. |
New REPET improvements: REPET V4.0, making life easierInternational Congress on Transposable Elements, Apr 2024, Saint-malo, France. |
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REPET evolutions: faster and easierAnnual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution (SMBE), Jul 2023, Ferrara, Italy. |
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REPET evolutions: faster and easierJobim 2022, Jul 2022, Rennes, France. |
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REPET evolutions: faster and easier6th Uppsala Transposon Symposium, Oct 2022, Uppsala, Sweden. |
REPET v3.02019 |