Mariène WAN
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Documents
Identifiants chercheurs
- mariene-wan
- 0009-0000-4066-7238
Présentation
Education
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- 2018 : Master Informatique (Computer science) - Université Pierre et Marie Curie - Paris, France . Spécialité Bio-Informatique et Modélisation (Bio-Informatics and Modeling Specialty)
- 2016 : Licence Informatique (Computer science) - Université Pierre et Marie Curie - Paris, France (A major in computer science and a minor in biology)
Experiences
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### Job
October 2023 - Now : BioInformatics engineer, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement in Jouy-en-Josas at MaIAGE (Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement), France.
October 2018 - July 2023 : BioInformatics engineer, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement in Versailles at URGI (Unité de Recherche Génomique Info) , France.
### Internship
2018 : Impact de la « matière noire » des génomes sur l’évolution des gènes, encadré par Hadi Quesneville, Institut National de la Recherche Agronomique in Versailles, France
- Creation of analysis pipelines with Jupyter Notebook and python - transposable element dating
Formation
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- 2018 : Master Informatique - Université Pierre et Marie Curie-Paris. Spécialité Bio-Informatique et Modélisation
- 2016 : Licence Informatique- Université Pierre et Marie Curie-Paris. Majeure Informatique et mineure Biologie
Expériences
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#### Professionnelles
Octobre 2023 - Présent Ingénieur d’études en bio-informatique, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement de Jouy-en-josas dans l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement (MaIAGE).
- Développement d'un entrepôt de données dans le cadre du projet Ferment du Futur
Octobre 2018 - Juillet 2023 : Ingénieur d’études en bio-informatique, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement de Versailles dans l'Unité de Recherche Génomique Info (URGI)
- Utilisation de script Ansible pour déployer des logiciels sur des machines vituelles sur le cloud.
- Utilisation de conteneurs Docker.
- Industrialisation de l’annotation des éléments transposables en utilisant des scripts Python et Jupyter Notebook.
- Insertion de données dans la base de données RepetDB (base de données pour les éléments transposables).
- Mise à jour de RepetDB. Création de base de données.
- Analyses de données.
- Création de pipeline en Snakemake
#### Stages
2018 : Impact de la « matière noire » des génomes sur l’évolution des gènes, encadré par Hadi Quesneville, Institut National de la Recherche Agronomique de Versailles.
- Création de pipeline d’analyse en Python , datation d’éléments transposable.
Publications
- 11
- 8
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CAULIFINDER: a pipeline for the automated detection and annotation of caulimovirid endogenous viral elements in plant genomesMobile DNA, 2022, 13, pp.31. ⟨10.1186/s13100-022-00288-w⟩
Article dans une revue
hal-03883611v1
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Traces of transposable elements in genome dark matter co-opted by flowering gene regulation networksPeer Community Journal, 2022, 2, pp.e14. ⟨10.24072/pcjournal.68⟩
Article dans une revue
hal-03807713v1
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How to use REPET for de novo TE annotation11th RepeatExplorer Workshop on the Application of Next Generation Sequencing to Repetitive DNA Analysis, Laboratory of Molecular Cytogenetics of the Biology Centre CAS, May 2023, České Budějovice, Czech Republic
Communication dans un congrès
hal-04117937v1
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REPET novelties : a versatile and modular packageCNET 2023 : 24th National Congress on Transposable Elements 2023, French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2023, Perpignan, France
Communication dans un congrès
hal-04156193v1
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REPET evolutions: faster and easier23rd National Congress on Transposable Elements (CNET 2022), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2022, Gif-Sur-Yvette, France
Communication dans un congrès
hal-03815061v1
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RepetDB: a unified resource for transposable element referencesJournées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, SFBI; IFB; GDR BIM, Jul 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès
hal-03819882v1
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Transposable elements, from their annotation to their integration into knowledge graphsJournée thématique - Annotation, Intelligence Artificielle et Text-mining, PEPI IBIS, Nov 2022, Jouy-en-Josas, France
Communication dans un congrès
hal-03876510v1
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REPET evolutions: faster and easierPoster de conférence hal-04169996v1 |
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REPET evolutions: faster and easierPoster de conférence hal-03838081v1 |
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REPET evolutions: faster and easierPoster de conférence hal-03819511v1 |
Traces of transposable elements in genome dark matter co-opted by flowering gene regulation networks2020
Pré-publication, Document de travail
hal-02956027v1
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REPET v3.02019
Logiciel
hal-02790461v1
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