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Mariène WAN

Ingénieure DevOps - URGI-INRAE
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Diplômée d’un master en informatique, spécialité bio-informatique, j’ai choisi de poursuivre dans ce domaine car j’aime développer des outils pour répondre à des questions biologiques.

Depuis 2018, je conçois et déploie des pipelines et des outils bio-informatiques, de la création au déploiement.

J’ai notamment travaillé sur REPET (outil d’annotation, de détection et de classification d’éléments transposables), RepetDB (base de données d’éléments transposables), et Siduri (entrepôt de données FAIR développé dans le cadre du Grand Défi Ferments du Futur). J’ai également contribué à la structuration et à la gestion de données selon les principes FAIR, en m’appuyant sur divers outils.

Actuellement, je suis ingénieure DevOps à l’URGI (INRAE), où je poursuis le développement d’outils liés à l’annotation des éléments transposables.

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Publications

REPET V4.0, making life easier for de novo TE annotation

Johann Confais , Mariène Wan , Etienne Bardet , Somia Saidi , Hadi Quesneville
12th Repeat Explorer Workshop “Repetitive DNA Annotation in Genome Assemblies.”, May 2025, České Budějovice, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-05202100 v1

How to use REPET for de novo TE annotation

Johann Confais , Mariène Wan , Somia Saidi , Hadi Quesneville
11th RepeatExplorer Workshop on the Application of Next Generation Sequencing to Repetitive DNA Analysis, Laboratory of Molecular Cytogenetics of the Biology Centre CAS, May 2023, České Budějovice, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-04117937 v1

REPET novelties : a versatile and modular package

Johann Confais , Mariène Wan , Somia Saidi , Hadi H. Quesneville
CNET 2023 : 24th National Congress on Transposable Elements 2023, French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2023, Perpignan, France
Communication dans un congrès hal-04156193 v1

REPET evolutions: faster and easier

Johann Confais , Mariène Wan , Hadi Quesneville
23rd National Congress on Transposable Elements (CNET 2022), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2022, Gif-Sur-Yvette, France
Communication dans un congrès hal-03815061 v1

Transposable elements, from their annotation to their integration into knowledge graphs

Johann Confais , Mariène Wan , Somia Saidi , Nicolas Francillonne , Hadi Quesneville
Journée thématique - Annotation, Intelligence Artificielle et Text-mining, PEPI IBIS, Nov 2022, Jouy-en-Josas, France
Communication dans un congrès hal-03876510 v1

RepetDB: a unified resource for transposable element references

Mariène Wan , Nicolas Francillonne , Raphaël Flores , Françoise Alfama , Johann Confais et al.
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, SFBI; IFB; GDR BIM, Jul 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03819882 v1
Image document

Data stewardship strategy of the Ferments du Futur grand challenge

Erwan Le Floch , Agnès Barnabé , Jonathan Duperrier , Thomas Lacroix , Aaron Millan-oropeza et al.
Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques 2025, Jul 2025, Bordeaux, France. 2025
Poster de conférence hal-05149332 v2

REPET v4.0: A robust and accessible tool for TE annotation

Etienne Bardet , Mariène Wan , Johann Confais , Hadi Quesneville
JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux, France
Poster de conférence hal-05162223 v1
Image document

SIDURI: from an integrative information system to a user-friendly portal for data analysis and visualisation dedicated to fermentation

Agnès Barnabé , Erwan Le Floch , Jonathan Duperrier , Mariène Wan , Aaron Millan-oropeza et al.
Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques 2025, Jul 2025, Bordeaux, France. pp.1
Poster de conférence hal-05142051 v1
Image document

URGI – A scientific facility dedicated to plant bioinformatics

Mariène Wan , Françoise Alfama , Johann Confais , Nicolas Francillonne , Christina Gacic et al.
JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux (France), France
Poster de conférence hal-05186831 v1
Image document

Siduri : an integrative information system for next generation fermented foods

Mariène Wan , Aaron Millan-oropeza , Thomas Lacroix , Jonathan Mineau-Cesari , Sophie Schbath et al.
JOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France.
Poster de conférence hal-04633572 v1

New REPET improvements: REPET V4.0, making life easier

Johann Confais , Mariène Wan , Etienne Bardet , Hadi Quesneville
International Congress on Transposable Elements, Apr 2024, Saint-malo, France.
Poster de conférence hal-05009167 v1

REPET evolutions: faster and easier

Johann Confais , Mariène Wan , Hadi Quesneville
Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution (SMBE), Jul 2023, Ferrara, Italy.
Poster de conférence hal-04169996 v1

REPET evolutions: faster and easier

Mariène WAN , Johann Confais , Hadi Quesneville
Jobim 2022, Jul 2022, Rennes, France.
Poster de conférence hal-03819511 v1

REPET evolutions: faster and easier

Johann Confais , Mariène Wan , Hadi Quesneville
6th Uppsala Transposon Symposium, Oct 2022, Uppsala, Sweden.
Poster de conférence hal-03838081 v1