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Mariène WAN

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Présentation

Education ---------- - 2018 : Master Informatique (Computer science) - Université Pierre et Marie Curie - Paris, France . Spécialité Bio-Informatique et Modélisation (Bio-Informatics and Modeling Specialty) - 2016 : Licence Informatique (Computer science) - Université Pierre et Marie Curie - Paris, France (A major in computer science and a minor in biology) Experiences ----------- ### Job October 2023 - Now : BioInformatics engineer, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement in Jouy-en-Josas at MaIAGE (Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement), France. October 2018 - July 2023 : BioInformatics engineer, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement in Versailles at URGI (Unité de Recherche Génomique Info) , France. ### Internship 2018 : Impact de la « matière noire » des génomes sur l’évolution des gènes, encadré par Hadi Quesneville, Institut National de la Recherche Agronomique in Versailles, France - Creation of analysis pipelines with Jupyter Notebook and python - transposable element dating
Formation --------- - 2018 : Master Informatique - Université Pierre et Marie Curie-Paris. Spécialité Bio-Informatique et Modélisation - 2016 : Licence Informatique- Université Pierre et Marie Curie-Paris. Majeure Informatique et mineure Biologie Expériences ----------- #### Professionnelles Octobre 2023 - Présent Ingénieur d’études en bio-informatique, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement de Jouy-en-josas dans l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement (MaIAGE). - Développement d'un entrepôt de données dans le cadre du projet Ferment du Futur Octobre 2018 - Juillet 2023 : Ingénieur d’études en bio-informatique, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement de Versailles dans l'Unité de Recherche Génomique Info (URGI) - Utilisation de script Ansible pour déployer des logiciels sur des machines vituelles sur le cloud. - Utilisation de conteneurs Docker. - Industrialisation de l’annotation des éléments transposables en utilisant des scripts Python et Jupyter Notebook. - Insertion de données dans la base de données RepetDB (base de données pour les éléments transposables). - Mise à jour de RepetDB. Création de base de données. - Analyses de données. - Création de pipeline en Snakemake #### Stages 2018 : Impact de la « matière noire » des génomes sur l’évolution des gènes, encadré par Hadi Quesneville, Institut National de la Recherche Agronomique de Versailles. - Création de pipeline d’analyse en Python , datation d’éléments transposable.

Publications

How to use REPET for de novo TE annotation

Johann Confais , Mariène Wan , Somia Saidi , Hadi Quesneville
11th RepeatExplorer Workshop on the Application of Next Generation Sequencing to Repetitive DNA Analysis, Laboratory of Molecular Cytogenetics of the Biology Centre CAS, May 2023, České Budějovice, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-04117937v1

REPET novelties : a versatile and modular package

Johann Confais , Mariène Wan , Somia Saidi , Hadi H. Quesneville
CNET 2023 : 24th National Congress on Transposable Elements 2023, French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2023, Perpignan, France
Communication dans un congrès hal-04156193v1

REPET evolutions: faster and easier

Johann Confais , Mariène Wan , Hadi Quesneville
23rd National Congress on Transposable Elements (CNET 2022), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2022, Gif-Sur-Yvette, France
Communication dans un congrès hal-03815061v1

RepetDB: a unified resource for transposable element references

Mariène Wan , Nicolas Francillonne , Raphaël Flores , Françoise Alfama , Johann Confais
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, SFBI; IFB; GDR BIM, Jul 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03819882v1

Transposable elements, from their annotation to their integration into knowledge graphs

Johann Confais , Mariène Wan , Somia Saidi , Nicolas Francillonne , Hadi Quesneville
Journée thématique - Annotation, Intelligence Artificielle et Text-mining, PEPI IBIS, Nov 2022, Jouy-en-Josas, France
Communication dans un congrès hal-03876510v1

REPET evolutions: faster and easier

Johann Confais , Mariène Wan , Hadi Quesneville
Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution (SMBE), Jul 2023, Ferrara, Italy.
Poster de conférence hal-04169996v1

REPET evolutions: faster and easier

Johann Confais , Mariène Wan , Hadi Quesneville
6th Uppsala Transposon Symposium, Oct 2022, Uppsala, Sweden.
Poster de conférence hal-03838081v1

REPET evolutions: faster and easier

Mariène WAN , Johann Confais , Hadi Quesneville
Jobim 2022, Jul 2022, Rennes, France.
Poster de conférence hal-03819511v1