Nicolas Francillonne

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Publications

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Comprehensive annotation of olfactory and gustatory receptor genes and transposable elements revealed their evolutionary dynamics in aphids

Sergio Gabriel Olvera-Vazquez , Xilong Chen , Aurélie Mesnil , Camille Meslin , Fabricio Almeida-Silva et al.

Molecular Biology and Evolution, 2025, 42 (12), pp.msaf238. ⟨10.1093/molbev/msaf238⟩

Article dans une revue anses-05299488v1
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SNP discovery by exome capture and resequencing in a pea genetic resource collection

Grégoire Aubert , Jonathan Kreplak , Magalie Leveugle , Hervé Duborjal , Anthony Klein et al.

Peer Community In Genomics, 2023, 3, pp.art. e100. ⟨10.24072/pci.genomics.100237⟩

Article dans une revue hal-04267953v1

Traces of transposable elements in genome dark matter co-opted by flowering gene regulation networks

Agnès Baud , Mariène Wan , Danielle Nouaud , Nicolas Francillonne , Dominique Anxolabéhère et al.

Peer Community Journal, 2022, 2, pp.e14. ⟨10.24072/pcjournal.68⟩

Article dans une revue hal-03807713v1
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Oak genome reveals facets of long lifespan

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joelle Amselem , Thibault Leroy , Florent Murat et al.

Nature Plants, 2018, 4 (7), pp.440-452. ⟨10.1038/s41477-018-0172-3⟩

Article dans une revue hal-01820559v1

Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joëlle Amselem , Tina Alaeitabar , Valérie Barbe et al.

Molecular Ecology Resources, 2015, 16 (1), pp.254-265. ⟨10.1111/1755-0998.12425⟩

Article dans une revue istex hal-01579667v1

RepetDB: a database of reference TE sequences and their information

Nicolas Francillonne , Hadi Quesneville , Mariène Wan , Johann Confais

Annual meeting Mobil-ET, GDR CNRS 3546, Dec 2025, Paris, France

Communication dans un congrès hal-05407506v1

RepetDB: A transposable element database

Nicolas Francillonne , Johann Confais

Plant and Genome Conference PAG, Jan 2025, San Diego (California), United States

Communication dans un congrès hal-04946701v1
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Genetic Resources Data Exchange and Findability for the French Plant Genebanks Using BrAPI

Michael Alaux , Anne-Françoise Adam-Blondon , Alice Boizet , Raphael Flores , Nicolas Francillonne et al.

PAG 32, Jan 2025, San Diego (CA), United States

Communication dans un congrès hal-05528802v1
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Les services de FAIRification des données à l’URGI : cas d’utilisation par des projets/consortium nationaux et internationaux

Michaël Alaux , Anne-Françoise Adam-Blondon , Françoise Alfama , Etienne Bardet , Raphaël Flores et al.

Réunion annuelle de l'IFB, Dec 2025, Paris, France

Communication dans un congrès hal-05530229v1

Insertion et exploitation de données hétérogènes dans un graphe de connaissance

Johann Confais , Nicolas Francillonne , Maela Semery , Iphigénie Gonnet

Journées du PEPI IBIS 2023, PEPI Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS), Sep 2023, Paris, France

Communication dans un congrès hal-04208925v1

Linking heterogeneous data from model plant species in a graph database

Johann Confais , Nicolas Francillonne

Séminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data édition 2023, réseau IN-OVIVE "Intégration de sources/masses de données hétérogènes et ontologies", Oct 2023, Agde, France

Communication dans un congrès hal-04237621v1

Transposable elements, from their annotation to their integration into knowledge graphs

Johann Confais , Mariène Wan , Somia Saidi , Nicolas Francillonne , Hadi Quesneville

Journée thématique - Annotation, Intelligence Artificielle et Text-mining, PEPI IBIS, Nov 2022, Jouy-en-Josas, France

Communication dans un congrès hal-03876510v1

Mise en relation de données hétérogènes chez l’espèce modèle Arabidopsis thaliana dans une base de données graphe

Johann Confais , Nicolas Francillonne , Yanis Toumert

Work4Graph Integration, Dec 2021, Paris, France

Communication dans un congrès hal-03877594v1

RepetDB: a unified resource for transposable element references

Mariène Wan , Nicolas Francillonne , Raphaël Flores , Françoise Alfama , Johann Confais et al.

Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, SFBI; IFB; GDR BIM, Jul 2022, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-03819882v1
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An integrated information system dedicated to oak genomics and genetics

Joëlle Amselem , Nicolas Francillonne , Célia Michotey , Thomas Letellier , Jean-Marc Aury et al.

PAG XXVI Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.27 slides

Communication dans un congrès hal-01839185v1

Oak genome sequencing and evolution

Jerome J. Salse , Jean Marc Aury , Florent Murat , Sébastien Faye , Karine Labadie et al.

Genomics and Forest Tree Genetics Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p

Communication dans un congrès hal-02741698v1

Annotation of the oak genome sequence and associated bioinformatic resources

Joelle J. Amselem , Jean Marc Aury , Nicolas Francillonne , Tina Alaeitabar , Corinne da Silva et al.

IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p

Communication dans un congrès hal-02741128v1
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URGI – A scientific facility dedicated to plant bioinformatics

Mariène Wan , Françoise Alfama , Johann Confais , Nicolas Francillonne , Christina Gacic et al.

JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux (France), France

Poster de conférence hal-05186831v1
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RepetDB: A TE database

Nicolas Francillonne , Mariène Wan , Nathalie Choisne , Françoise Alfama , Raphaël Flores et al.

International congress on transposable elements ICTE, Apr 2024, Saint Malo, France

Poster de conférence hal-04570060v1
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Research Data Management Toolkit (RDMkit): guidelines for plant phenotyping data management and sharing

Erwan Le Floch , Anne-Françoise Adam-Blondon , Isabelle Alic , Bert Droesbeke , Stijn Dhondt et al.

7. International Plant Phenotyping Symposium (IPPS 2022), Sep 2022, Wageningen, Netherlands. , 2022, ⟨10.5281/zenodo.7148792⟩

Poster de conférence hal-03800325v1

Detection of WUE positional candidate genes by combining QTL maps and BAC sequencing with the annotated oak genome sequence

Nicolas Francillonne , Catherine Bodenes-Brezard Bodénès , François Ehrenmann , Célia Michotey , Antoine Kremer et al.

Genomics and Forest Tree Genetics Conference, May 2016, Arcachon, France. , 134 p., 2016, Book of abstracts

Poster de conférence hal-02741266v1
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Benchmarks for transcript assembly and differential gene expression (new isoforms) analysis in the context of transposable elements

Tina Alaeitabar , Nicolas Francillonne , Mikaël Loaec , Hadi Quesneville , Joelle J. Amselem

Assemblée Générale France Génomique 2015, Nov 2015, Paris, France. 2015

Poster de conférence hal-01243323v1
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A computational architecture designed for genome annotation: oak genome sequencing project as a use case

Nicolas Francillonne , Tina Alaeitabar , Françoise Alfama-Depauw , Loïc Couderc , Claire Guerche et al.

JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-ferrand, France. 2015

Poster de conférence hal-01246649v1