Nicolas Francillonne

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Présentation

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Publications

Comprehensive annotation of olfactory and gustatory receptor genes and transposable elements revealed their evolutionary dynamics in aphids

Sergio Gabriel Olvera-Vazquez , Xilong Chen , Aurélie Mesnil , Camille Meslin , Fabricio Almeida-Silva et al.
Molecular Biology and Evolution, 2025, ⟨10.1093/molbev/msaf238⟩
Article dans une revue anses-05299488 v1
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SNP discovery by exome capture and resequencing in a pea genetic resource collection

Grégoire Aubert , Jonathan Kreplak , Magalie Leveugle , Hervé Duborjal , Anthony Klein et al.
Peer Community In Genomics, 2023, 3, pp.art. e100. ⟨10.24072/pci.genomics.100237⟩
Article dans une revue hal-04267953 v1

Traces of transposable elements in genome dark matter co-opted by flowering gene regulation networks

Agnès Baud , Mariène Wan , Danielle Nouaud , Nicolas Francillonne , Dominique Anxolabéhère et al.
Peer Community Journal, 2022, 2, pp.e14. ⟨10.24072/pcjournal.68⟩
Article dans une revue hal-03807713 v1
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Oak genome reveals facets of long lifespan

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joelle Amselem , Thibault Leroy , Florent Murat et al.
Nature Plants, 2018, 4 (7), pp.440-452. ⟨10.1038/s41477-018-0172-3⟩
Article dans une revue hal-01820559 v1

Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joëlle Amselem , Tina Alaeitabar , Valérie Barbe et al.
Molecular Ecology Resources, 2015, 16 (1), pp.254-265. ⟨10.1111/1755-0998.12425⟩
Article dans une revue istex hal-01579667 v1

RepetDB: A transposable element database

Nicolas Francillonne , Johann Confais
Plant and Genome Conference PAG, Jan 2025, San Diego (California), United States
Communication dans un congrès hal-04946701 v1

Insertion et exploitation de données hétérogènes dans un graphe de connaissance

Johann Confais , Nicolas Francillonne , Maela Semery , Iphigénie Gonnet
Journées du PEPI IBIS 2023, PEPI Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS), Sep 2023, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04208925 v1

Linking heterogeneous data from model plant species in a graph database

Johann Confais , Nicolas Francillonne
Séminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data édition 2023, réseau IN-OVIVE "Intégration de sources/masses de données hétérogènes et ontologies", Oct 2023, Agde, France
Communication dans un congrès hal-04237621 v1

Transposable elements, from their annotation to their integration into knowledge graphs

Johann Confais , Mariène Wan , Somia Saidi , Nicolas Francillonne , Hadi Quesneville
Journée thématique - Annotation, Intelligence Artificielle et Text-mining, PEPI IBIS, Nov 2022, Jouy-en-Josas, France
Communication dans un congrès hal-03876510 v1

Mise en relation de données hétérogènes chez l’espèce modèle Arabidopsis thaliana dans une base de données graphe

Johann Confais , Nicolas Francillonne , Yanis Toumert
Work4Graph Integration, Dec 2021, Paris, France
Communication dans un congrès hal-03877594 v1

RepetDB: a unified resource for transposable element references

Mariène Wan , Nicolas Francillonne , Raphaël Flores , Françoise Alfama , Johann Confais et al.
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, SFBI; IFB; GDR BIM, Jul 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03819882 v1
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An integrated information system dedicated to oak genomics and genetics

Joëlle Amselem , Nicolas Francillonne , Célia Michotey , Thomas Letellier , Jean-Marc Aury et al.
PAG XXVI Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.27 slides
Communication dans un congrès hal-01839185 v1

Oak genome sequencing and evolution

Jerome J. Salse , Jean Marc Aury , Florent Murat , Sébastien Faye , Karine Labadie et al.
Genomics and Forest Tree Genetics Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p
Communication dans un congrès hal-02741698 v1

Annotation of the oak genome sequence and associated bioinformatic resources

Joelle J. Amselem , Jean Marc Aury , Nicolas Francillonne , Tina Alaeitabar , Corinne da Silva et al.
IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p
Communication dans un congrès hal-02741128 v1
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URGI – A scientific facility dedicated to plant bioinformatics

Mariène Wan , Françoise Alfama , Johann Confais , Nicolas Francillonne , Christina Gacic et al.
JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux (France), France
Poster de conférence hal-05186831 v1
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RepetDB: A TE database

Nicolas Francillonne , Mariène Wan , Nathalie Choisne , Françoise Alfama , Raphaël Flores et al.
International congress on transposable elements ICTE, Apr 2024, Saint Malo, France
Poster de conférence hal-04570060 v1
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Research Data Management Toolkit (RDMkit): guidelines for plant phenotyping data management and sharing

Erwan Le Floch , Anne-Françoise Adam-Blondon , Isabelle Alic , Bert Droesbeke , Stijn Dhondt et al.
7. International Plant Phenotyping Symposium (IPPS 2022), Sep 2022, Wageningen, Netherlands. , 2022, ⟨10.5281/zenodo.7148792⟩
Poster de conférence hal-03800325 v1

Detection of WUE positional candidate genes by combining QTL maps and BAC sequencing with the annotated oak genome sequence

Nicolas Francillonne , Catherine Bodenes-Brezard Bodénès , François Ehrenmann , Célia Michotey , Antoine Kremer et al.
Genomics and Forest Tree Genetics Conference, May 2016, Arcachon, France. , 134 p., 2016, Book of abstracts
Poster de conférence hal-02741266 v1
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A computational architecture designed for genome annotation: oak genome sequencing project as a use case

Nicolas Francillonne , Tina Alaeitabar , Françoise Alfama-Depauw , Loïc Couderc , Claire Guerche et al.
JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-ferrand, France. 2015
Poster de conférence hal-01246649 v1
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Benchmarks for transcript assembly and differential gene expression (new isoforms) analysis in the context of transposable elements

Tina Alaeitabar , Nicolas Francillonne , Mikaël Loaec , Hadi Quesneville , Joelle J. Amselem
Assemblée Générale France Génomique 2015, Nov 2015, Paris, France. 2015
Poster de conférence hal-01243323 v1