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Olivier CUVIER

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  • Centre de Biologie Intégrative (CBI)
  • Unité de biologie Moléculaire, Cellulaire et du Développement (MCD)
  • Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
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Nous étudions comment la dynamique de la chromatine régit le destin et la prolifération des cellules souches par le biais de :

a) le contrôle de l’accessibilité des caractéristiques génomiques clés telles que les promoteurs de gènes, les corps de gènes ou les enhancers, notamment par le positionnement des nucléosomes.

b) le repliement en 3D de la chromatine qui joue un rôle clé dans la régulation de la transcription, de la réplication et de la réparation de l’ADN, ce qui implique un regroupement en 3D ou des hubs et des boucles d’ADN entre des éléments fonctionnels distincts.

c) la régulation des ARN non codants (ARNnc) par des cofacteurs spécifiques tels que les ARN hélicases.

d) la démarcation épigénétique par les barrières chromatiniennes et les modifications histoniques couplées à la transcription – les histones méthyltransférases de H3K36 (dNSD/Mes-4, dSet2/Hypb, etc.), qui participent à la régulation des oncogènes en fonction du positionnement des nucléosomes et des plaques tournantes de la chromatine.

À cette fin, nous utilisons la biochimie, la génétique moléculaire, la biologie cellulaire combinée à la biologie computationnelle des données de séquençage à haut débit pour aborder les aspects clés de l’organisation de la chromatine.

Domaines de recherche

Sciences du Vivant [q-bio]

Compétences

Genomics and computational biology Biochemistry (purification of native complexes) Molecular Biology Cell biology DNA-protein interactions

Publications

Publications

Crosstalk between chromatin and Shavenbaby defines transcriptional output along the Drosophila intestinal stem cell lineage

Alexandra Mancheno-Ferris , Clément Immarigeon , Alexia Rivero , David Depierre , Naomi Schickele et al.
iScience, 2024, 27 (1), pp.108624. ⟨10.1016/j.isci.2023.108624⟩
Article dans une revue hal-04830148 v1
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Crosstalk between chromatin and Shavenbaby defines transcriptional output along the Drosophila intestinal stem cell lineage

Alexandra Mancheno-Ferris , Clément Immarigeon , Alexia Rivero , David Depierre , Naomi Schickele et al.
iScience, 2024, 27 (1), pp.108624. ⟨10.1016/j.isci.2023.108624⟩
Article dans une revue hal-04704313 v1
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Uncovering the functions and mechanisms of regulatory elements-associated non-coding RNAs

Olivier Fosseprez , Olivier Cuvier
Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , 2024, 1867 (4), pp.195059. ⟨10.1016/j.bbagrm.2024.195059⟩
Article dans une revue hal-04830149 v1
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PAPγ associates with PAXT nuclear exosome to control the abundance of PROMPT ncRNAs

Xavier Contreras , David Depierre , Charbel Akkawi , Marina Srbic , Marion Helsmoortel et al.
Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.6745. ⟨10.1038/s41467-023-42620-9⟩
Article dans une revue hal-04288401 v1
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Chromatin in 3D distinguishes dMes-4/NSD and Hypb/dSet2 in protecting genes from H3K27me3 silencing

David Depierre , Charlène Perrois , Naomi Schickele , Priscillia Lhoumaud , Mahdia Abdi-Galab et al.
Life Science Alliance, 2023, 6 (11), pp.e202302038. ⟨10.26508/lsa.202302038⟩
Article dans une revue hal-04830141 v1

POLE3 is a repressor of unintegrated HIV-1 DNA required for efficient virus integration and escape from innate immune sensing

Olivier Cuvier
Science Advances , 2023, 9, pp.3642
Article dans une revue hal-04830147 v1
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Condensin positioning at telomeres by shelterin proteins drives sister-telomere disjunction in anaphase

Léonard Colin , Céline Reyes , Julien Berthezene , Laetitia Maestroni , Laurent Modolo et al.
eLife, 2023, 21 (12), pp.RP89812. ⟨10.7554/eLife.89812.1⟩
Article dans une revue hal-04282018 v1

POLE3 is a repressor of unintegrated HIV-1 DNA required for efficient virus integration and escape from innate immune sensing

Suzie Thenin-Houssier , Shinichi Machida , Cyprien Jahan , Lucie Bonnet-Madin , Scarlette Abbou et al.
Science Advances , 2023, 9 (44), ⟨10.1126/sciadv.adh3642⟩
Article dans une revue hal-04284687 v1
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The histone variant macroH2A1.1 regulates RNA polymerase II-paused genes within defined chromatin interaction landscapes

Ludmila Recoules , Alexandre Heurteau , Flavien Raynal , Nezih Karasu , Fatima Moutahir et al.
Journal of Cell Science, 2022, 135 (7), pp.jcs259456. ⟨10.1242/jcs.259456⟩
Article dans une revue hal-03798057 v1
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Chromatin-associated MRN complex protects highly transcribing genes from genomic instability

Kader Salifou , Callum Burnard , Poornima Basavarajaiah , Giuseppa Grasso , Marion Helsmoortel et al.
Science Advances , 2021, 7 (21), pp.eabb2947. ⟨10.1126/sciadv.abb2947⟩
Article dans une revue hal-03875724 v1
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Insulator-based loops mediate the spreading of H3K27me3 over distant micro-domains repressing euchromatin genes

Alexandre Heurteau , Charlène Perrois , David Depierre , Olivier Fosseprez , Jonathan Humbert et al.
Genome Biology, 2020, 21 (1), pp.193. ⟨10.1186/s13059-020-02106-z⟩
Article dans une revue hal-04830136 v1
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Exploring histone loading on HIV DNA reveals a dynamic nucleosome positioning between unintegrated and integrated viral genome

Shinichi Machida , David Depierre , Heng-Chang Chen , Suzie Thenin-Houssier , Gaël Petitjean et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 117 (12), pp.6822-6830. ⟨10.1073/pnas.1913754117⟩
Article dans une revue hal-04829498 v1

Predicting double-strand DNA breaks using epigenome marks or DNA at kilobase resolution

Raphaël Mourad , Krzysztof Ginalski , Gaëlle Legube , Olivier Cuvier
Genome Biology, 2018, 19 (1), ⟨10.1186/s13059-018-1411-7⟩
Article dans une revue hal-02352388 v1
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Condensin controls cellular RNA levels through the accurate segregation of chromosomes instead of directly regulating transcription

Léonard Colin , Celine Reyes , Julien Berthezene , Laetitia Maestroni , Laurent Modolo et al.
Article dans une revue hal-02347214 v1
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TAD-free analysis of architectural proteins and insulators

Raphaël Mourad , Olivier Cuvier
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (5), pp.e27. ⟨10.1093/nar/gkx1246⟩
Article dans une revue hal-04829243 v1
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Dense neural networks for predicting chromatin conformation

Pau Farré , Alexandre Heurteau , Olivier Cuvier , Eldon Emberly
BMC Bioinformatics, 2018, 19 (1), pp.372. ⟨10.1186/s12859-018-2286-z⟩
Article dans une revue hal-04829370 v1

Insulators recruit histone methyltransferase dMes4 to regulate chromatin of flanking genes

Priscillia Lhoumaud , Magali Hennion , Adrien Gamot , Suresh Cuddapah , Sophie Queille et al.
EMBO Journal, 2014, 33 (4), pp.1599 - 1613. ⟨10.15252/embj.201385965⟩
Article dans une revue hal-02641018 v1
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Integrator complex regulates NELF-mediated RNA polymerase II pause/release and processivity at coding genes

Bernd Stadelmayer , Gaël Micas , Adrien Gamot , Pascal G.P. Martin , Nathalie Malirat et al.
Nature Communications, 2014, 5, pp.5531. ⟨10.1038/ncomms6531⟩
Article dans une revue hal-02641024 v1
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Chromatin insulator factors involved in long-range DNA interactions and their role in the folding of the Drosophila genome

Jutta Vogelmann , Antoine Le Gall , Stephanie Déjardin , Frédéric Allemand , Adrien Gamot et al.
PLoS Genetics, 2014, 10 (8), ⟨10.1371/journal.pgen.1004544⟩
Article dans une revue hal-02640560 v1
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Chromatin immunoprecipitation indirect peaks highlight long-range interactions of insulator proteins and pol II pausing

Jun Liang , Laurent Lacroix , Adrien Gamot , Suresh Cuddapah , Sophie Queille et al.
Molecular Cell, 2014, 53 (4), pp.672-681. ⟨10.1016/j.molcel.2013.12.029⟩
Article dans une revue hal-02640063 v1

Roles of chromatin insulator proteins in higher-order chromatin organization and transcription regulation.

Jutta Vogelmann , Alessandro Valeri , Emmanuelle Guillou , Olivier Cuvier , Marcello Nollmann
Nucleus, 2011, 2 (5), pp.358-69. ⟨10.4161/nucl.2.5.17860⟩
Article dans une revue hal-00667378 v1

Genome-wide mapping of boundary element-associated factor (BEAF) binding sites in Drosophila melanogaster links BEAF to transcription.

Nan Jiang , Eldon Emberly , Olivier Cuvier , Craig M Hart
Molecular and Cellular Biology, 2009, 29 (13), pp.3556-68. ⟨10.1128/MCB.01748-08⟩
Article dans une revue hal-00611765 v1
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BEAF Regulates Cell-Cycle Genes through the Controlled Deposition of H3K9 Methylation Marks into its Conserved Dual-Core Binding Sites

E. Emberly , R. Blattes , B. Schuttengruber , M. Hennion , N. Jiang et al.
PLoS Biology, 2008, 6 (12), pp.2896-2910. ⟨10.1371/journal.pbio.0060327⟩
Article dans une revue hal-00357134 v1

A Topoisomerase II-dependent mechanism for resetting replicons at the S-M phase transition

O. Cuvier , S. Stanojcic , Jm Lemaitre , M. Mechali
Genes and Development, 2008, 22 (7), pp.860-865. ⟨10.1101/gad.445108⟩
Article dans une revue hal-00275165 v1

Intrinsic ubiquitylation activity of PCAF controls the stability of the oncoprotein Hdm2

Laetitia K. Linares , Rosemary E. Kiernan , Robinson Triboulet , Christine Chable-Bessia , Daniel Latreille et al.
Nature Cell Biology, 2007, 9 (3), pp.331-8. ⟨10.1038/ncb1545⟩
Article dans une revue istex hal-00121691 v1

ORC is necessary at the interphase-to-mitosis transition to recruit cdc2 kinase and disassemble RPA foci

Olivier Cuvier , Malik Lutzmann , Marcel Méchali
Current Biology, 2006, 16 (5), pp.516-523. ⟨10.1016/j.cub.2006.01.059⟩
Article dans une revue hal-00069830 v1

Recruitment of Drosophila Polycomb group proteins to chromatin by DSP1

Jérôme Déjardin , Aurélien Rappailles , Olivier Cuvier , Charlotte Grimaud , Martine Decoville et al.
Nature, 2005, 434 (7032), pp.533-538. ⟨10.1038/nature03386⟩
Article dans une revue istex hal-00088540 v1

Recruitment of Drosophila Polycomb group proteins to chromatin by DSP1

Jérôme Déjardin , Aurélien Rappailles , Olivier Cuvier , Charlotte Grimaud , Martine Decoville et al.
Nature, 2005, 434 (7032), pp.533-538. ⟨10.1038/nature03386⟩
Article dans une revue istex hal-04853924 v1