Paola Fournier
- Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)
- Institut des Sciences de la Vigne et du Vin [Villenave d'Ornon] (ISVV)
- Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE)
- Pleiade, from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE)
Présentation
Mes recherches visent à identifier des bioindicateurs microbiens de la santé des vignes. Dans le cadre de mon post-doc, financé par PLEIADE et la Fondation Bordeaux Université, je m’appuie sur des données de microbiote de la vigne collectées dans plusieurs projets menés par l’UMR SAVE, afin de concevoir des outils de diagnostic permettant de caractériser l’état de santé d’une plante en fonction de son microbiome. Ces jeux de données ont pour point commun de décrire le microbiome de vignes malades et saines, sensibles ou moins sensibles à des maladies, ou bien plus ou moins productives. J’applique des méthodes d’analyse traditionnelles qui traitent chaque taxon microbien séparément (comme les analyses d’abondance différentielle), ainsi que des techniques d’apprentissage automatique supervisé, telles que les forêts aléatoires (Random Forest) et des approches de réduction de dimension, comme la factorisation positive de matrice (NMF, pour non-negative factorisation), pour identifier des groupes de taxons liés à des variables d’intérêt.
Expériences professionnelles
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2025 – 2026 : Post-doctorante, UMR SAVE, INRAE Nouvelle-Aquitaine Bordeaux
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2021 - 2024 : Doctorante, UMR BIOGECO / UMR SAVE, INRAE Nouvelle-Aquitaine Bordeaux
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2021 : Stage de recherche de Master 2 (22 semaines), ECOBIO UMR6553 UR1-CNRS, Université de Rennes
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2020 : Stage de recherche de Master 1 (8 semaines), ECOBIO UMR6553 UR1-CNRS, Université de Rennes
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2017 : Technicienne de laboratoire (16 semaines), Unité mixte HCL bioMérieux, Centre hospitalier universitaire Lyon Sud
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2017 : Stage de recherche de DUT 2 (11 semaines), Unité mixte HCL bioMérieux, Centre hospitalier universitaire Lyon Sud
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2016 : Stage de recherche de DUT 1 (4 semaines), UMR 1213, Inserm - UCBL
Formations
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2021 - 2024 : Thèse de doctorat, Université de Bordeaux
Ecole doctorale n°304 – Sciences et Environnement
Spécialité de thèse : Écologie évolutive, fonctionnelle et des communautés -
2019 - 2021 : Master Biodiversité Ecologie Evolution, Université de Rennes
Parcours modélisation en écologie -
2018 – 2019 : Licence 3 Sciences de la vie, Université de Rennes
Parcours biologie des organismes, écologie, éthologie, évolution -
2015 – 2017 : DUT Génie biologique, Université Claude Bernard Lyon 1
Spécialité agronomie
Domaines de recherche
Publications
Publications
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Development of a microfluidic quantitative PCR chip to monitor the dynamics of a synthetic microbial community on grapevine with potential biocontrol effects against downy mildewApéro VITAE - webinaire interne, VITAE (Léa Cabrol-Froget), Feb 2025, Villenave-d'Ornon, France
Communication dans un congrès
hal-05108055
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Mining belowground and aboveground microbiome data to identify microbial biomarkers of grapevine health and yield20. Congrès national de la SFM : Microbes dans un monde de transition (MICROBES 2025), Société Française de Microbiologie (SFM), Sep 2025, Bordeaux, France
Communication dans un congrès
hal-05300289
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Révéler les consortiums microbiens qui interfèrent avec le mildiou de la vigne grâce à l'épidémiologie du microbiome.17e rencontres Plantes-Bactéries 2025, Jan 2025, Aussois, France
Communication dans un congrès
hal-05290878
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Mining microbiota data to identify antagonists of grapevine downy mildew.E3GP3 2025 - Webinaire “Microbiome & Santé des Plantes”, Jun 2025, Online, France
Communication dans un congrès
hal-05290797
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Apport des recherches sur le microbiote aux futures stratégies de biocontrôle - Résultats du projet VITAESéminaire Chaire ASVV & INNO’VIN – « Vins & Environnement » #8 | Le biocontrôle est-il opérant ?, Apr 2025, Villenave d'Ornon, France
Communication dans un congrès
hal-05069786
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Exploration des données du microbiote pour identifier les antagonistes du mildiou de la vigneJournée Scientifique Vigne & Vin 2025 – Les communautés microbiennes en œnologie, May 2025, Montpellier, France
Communication dans un congrès
hal-05290835
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Towards pesticide-free viticulture: analysing the microbiota of grapevines and vineyard soils to develop microbial biocontrol of downy mildewIW 2025 - International scientific workshop French Priority Research Programme 'Growing and Protecting crops Differently', Sep 2025, Online, France
Communication dans un congrès
hal-05290767
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Mining belowground and aboveground microbiome data to identify microbial biomarkers of grapevine health and yield23. GiESCO 2025 - 23. Group of International Experts of vitivinicultural Systems for CoOperation, Jul 2025, Geisenheim, Germany
Communication dans un congrès
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Arbuscular mycorrhizal fungi as biomarkers of vineyard yield in ChampagneCentenary of the OIV - 45th world congress of vine and wine, OIV, Oct 2024, Dijon, France
Communication dans un congrès
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A new scenario of pathogen-microbiota interactions for the oomycete Plasmopara viticolaE3GP3 2024 - Réunion plénière du réseau "Ecologie, Evolution, Epidémiologie et Génétique des Populations des microorganismes Pathogènes de Plantes", Nov 2024, Paris, France
Communication dans un congrès
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Mining microbiome data to identify antagonists of grapevine downy mildew (Plasmopara viticola)Open GPB 2024 - Open Conference on Grapevine Physiology and Biotechnology, Jul 2024, Logrono La Riora, Spain
Communication dans un congrès
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Microbial bioindicators of vineyard resilience in ChampagneJournées Jean Chevaugeon, Jan 2024, Aussois, France
Communication dans un congrès
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Gérer le microbiote de la vigne pour réduire l’utilisation des pesticides - Synthèse des résultats du WP1 du projet VITAE et perspectivesAssemblée générale du projet VITAE, PPR "Cultiver et Protéger Autrement", Mar 2024, Cognac, France
Communication dans un congrès
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Deciphering ecological interactions between grapevine leaf microbiome and pathogens"Phytobiomes Research for Plant Health” workshop – ICPP 2023, Aug 2023, Lyon, France
Communication dans un congrès
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Towards microbiota-based disease management of downy mildewMid-term general meeting of the VITAE project, PPR ‘Growing and Protecting crops Differently’, Apr 2023, Dijon, France
Communication dans un congrès
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Towards microbiota-based disease management: analysis of grapevine microbiota in plots with contrasted levels of downy mildew infection22nd GiESCO (Group of international Experts for Cooperation on Vitivinicultural Systems) 2023, Jul 2023, Ithaca, New York, United States
Communication dans un congrès
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Recherche de bioindicateurs microbiens de la santé et de la résilience de l'écosystème viticoleLe microbiote : Du sol et des plantes vers les intestins – Regards croisés entreprise/recherche, Vegepolys Valley, Carnot Plant2Pro®, Qualiment® et France Futur Elevage, Nov 2023, Paris, France
Communication dans un congrès
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Recherche de bioindicateurs microbiens de la résilience de la vigne en ChampagneLa microbiologie du sol au service d’une agriculture durable : diagnostics et solutions innovantes, AdeBiotech, Think Tank One Health, Jun 2023, Romainville, France
Communication dans un congrès
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Vers une viticulture sans pesticides : analyse du microbiome de la vigne et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien du mildiouJournée des doctorants de l'UMR SAVE (INRAE), Apr 2022, Pessac, France
Communication dans un congrès
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Vers une viticulture sans pesticide : analyse du microbiome de la vigne et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien de l’oïdium et du mildiouJournée des doctorants de l'UMR SAVE (INRAE), Nov 2021, Pierroton-Cestas, France
Communication dans un congrès
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Developing a culturomic approach to build a collection of grapevine foliar microorganisms with potential biocontrol activity against downy mildew14. Journées Jean Chevaugeon - Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Jan 2024, Aussois, France.
Poster de conférence
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Towards microbiota-based disease management: analysis of grapevine microbiota in plots with contrasted levels of downy mildew infection22. GiESCO International Meeting, Jul 2023, Ithaca, United States. , 2023, IVES Conference Series Vine & Wine
Poster de conférence
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Plan d'expérience pour identifier des antagonistes microbiens de Plasmopara viticola, un agent pathogène foliaire majeur de la vigne cultivée (Vitis vinifera L.)13. Journées Jean Chevaugeon - Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Sep 2022, Aussois, France
Poster de conférence
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Des microorganismes déjà présents au vignoble pour lutter contre le mildiou2025
Autre publication scientifique
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Revealing microbial consortia that interfere with grapevine downy mildew through microbiome epidemiology2025
Autre publication scientifique
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Vers une viticulture sans pesticide : analyse du microbiome de la vigne et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien du mildiouSciences et techniques de l'agriculture. Université de Bordeaux, 2024. Français. ⟨NNT : 2024BORD0306⟩
Thèse
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