Paola Fournier

Chercheuse postdoctoral à l'INRAE Nouvelle-Aquitaine Bordeaux (UMR SAVE).
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Documents
Affiliations actuelles
  • Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)
  • Institut des Sciences de la Vigne et du Vin [Villenave d'Ornon] (ISVV)
  • Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE)
  • Pleiade, from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE)
Identifiants chercheurs

Présentation

Mes recherches visent à identifier des bioindicateurs microbiens de la santé des vignes. Dans le cadre de mon post-doc, financé par PLEIADE et la Fondation Bordeaux Université, je m’appuie sur des données de microbiote de la vigne collectées dans plusieurs projets menés par l’UMR SAVE, afin de concevoir des outils de diagnostic permettant de caractériser l’état de santé d’une plante en fonction de son microbiome. Ces jeux de données ont pour point commun de décrire le microbiome de vignes malades et saines, sensibles ou moins sensibles à des maladies, ou bien plus ou moins productives. J’applique des méthodes d’analyse traditionnelles qui traitent chaque taxon microbien séparément (comme les analyses d’abondance différentielle), ainsi que des techniques d’apprentissage automatique supervisé, telles que les forêts aléatoires (Random Forest) et des approches de réduction de dimension, comme la factorisation positive de matrice (NMF, pour non-negative factorisation), pour identifier des groupes de taxons liés à des variables d’intérêt.

Expériences professionnelles

  • 2025 – 2026 : Post-doctorante, UMR SAVE, INRAE Nouvelle-Aquitaine Bordeaux

  • 2021 - 2024 : Doctorante, UMR BIOGECO / UMR SAVE, INRAE Nouvelle-Aquitaine Bordeaux

  • 2021 : Stage de recherche de Master 2 (22 semaines), ECOBIO UMR6553 UR1-CNRS, Université de Rennes

  • 2020 : Stage de recherche de Master 1 (8 semaines), ECOBIO UMR6553 UR1-CNRS, Université de Rennes

  • 2017 : Technicienne de laboratoire (16 semaines), Unité mixte HCL bioMérieux, Centre hospitalier universitaire Lyon Sud

  • 2017 : Stage de recherche de DUT 2 (11 semaines), Unité mixte HCL bioMérieux, Centre hospitalier universitaire Lyon Sud

  • 2016 : Stage de recherche de DUT 1 (4 semaines), UMR 1213, Inserm - UCBL

Formations

  • 2021 - 2024 : Thèse de doctorat, Université de Bordeaux
    Ecole doctorale n°304 – Sciences et Environnement
    Spécialité de thèse : Écologie évolutive, fonctionnelle et des communautés

  • 2019 - 2021 : Master Biodiversité Ecologie Evolution, Université de Rennes
    Parcours modélisation en écologie

  • 2018 – 2019 : Licence 3 Sciences de la vie, Université de Rennes
    Parcours biologie des organismes, écologie, éthologie, évolution

  • 2015 – 2017 : DUT Génie biologique, Université Claude Bernard Lyon 1
    Spécialité agronomie

Domaines de recherche

Biodiversité et Ecologie Santé Sciences agricoles

Publications

Publications

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A new scenario of pathogen-microbiota interactions involving the oomycete Plasmopara viticola

Paola Fournier , Lucile Pellan , Julie Aubert , Patrice This , Corinne Vacher
FEMS Microbiology Ecology, 2025, 101 (12), pp.fiaf111. ⟨10.1093/femsec/fiaf111⟩
Article dans une revue hal-05369425 v1
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Revealing microbial consortia that interfere with grapevine downy mildew through microbiome epidemiology

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine C. Cambon , Alexandre Chataigner et al.
Environmental Microbiome, 2025, 20, pp.37. ⟨10.1186/s40793-025-00691-9⟩
Article dans une revue hal-05025610 v1
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Neighbourhood effect of weeds on wheat root endospheric mycobiota

Jie Hu , Claire Ricono , Paola Fournier , Samuel Mondy , Philippe Vandenkoornhuyse et al.
Journal of Ecology, 2023, 111 (5), pp.994-1008. ⟨10.1111/1365-2745.14073⟩
Article dans une revue hal-03850506 v1
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The functional microbiome of grapevine throughout plant evolutionary history and lifetime

Paola Fournier , Lucile Pellan , Didac Barroso-Bergadà , David Bohan , Thierry Candresse et al.
Advances in Ecological Research, 2022, Advances in Ecological Research, 67, pp.27-99. ⟨10.1016/bs.aecr.2022.09.001⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-03858395 v1

LTR-retrotransposon transcriptome modulation in response to endotoxin-induced stress in PBMCs

Marine Mommert , Olivier Tabone , Guy Oriol , Elisabeth Cerrato , Audrey Guichard et al.
BMC Genomics, 2018, 19 (1), ⟨10.1186/s12864-018-4901-9⟩
Article dans une revue hal-03117667 v1
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Development of a microfluidic quantitative PCR chip to monitor the dynamics of a synthetic microbial community on grapevine with potential biocontrol effects against downy mildew

Manon Chargy , Marie-Cecile Dufour , Aarti Jaswa , Valerie Martin , Sarah Audureau et al.
Apéro VITAE - webinaire interne, VITAE (Léa Cabrol-Froget), Feb 2025, Villenave-d'Ornon, France
Communication dans un congrès hal-05108055 v1
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Mining belowground and aboveground microbiome data to identify microbial biomarkers of grapevine health and yield

Corinne Vacher , Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Valérie Martin et al.
20. Congrès national de la SFM : Microbes dans un monde de transition (MICROBES 2025), Société Française de Microbiologie (SFM), Sep 2025, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-05300289 v1
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Révéler les consortiums microbiens qui interfèrent avec le mildiou de la vigne grâce à l'épidémiologie du microbiome.

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine C. Cambon , Alexandre Chataigner et al.
17e rencontres Plantes-Bactéries 2025, Jan 2025, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-05290878 v1

Mining microbiota data to identify antagonists of grapevine downy mildew.

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine C. Cambon , Alexandre Chataigner et al.
E3GP3 2025 - Webinaire “Microbiome & Santé des Plantes”, Jun 2025, Online, France
Communication dans un congrès hal-05290797 v1
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Apport des recherches sur le microbiote aux futures stratégies de biocontrôle - Résultats du projet VITAE

Corinne Vacher , Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Valérie Martin et al.
Séminaire Chaire ASVV & INNO’VIN – « Vins & Environnement » #8 | Le biocontrôle est-il opérant ?, Apr 2025, Villenave d'Ornon, France
Communication dans un congrès hal-05069786 v1
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Exploration des données du microbiote pour identifier les antagonistes du mildiou de la vigne

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine Cambon , Alexandre Chataigner et al.
Journée Scientifique Vigne & Vin 2025 – Les communautés microbiennes en œnologie, May 2025, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-05290835 v1

Towards pesticide-free viticulture: analysing the microbiota of grapevines and vineyard soils to develop microbial biocontrol of downy mildew

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine Cambon , Alexandre Chataigner et al.
IW 2025 - International scientific workshop French Priority Research Programme 'Growing and Protecting crops Differently', Sep 2025, Online, France
Communication dans un congrès hal-05290767 v1

Mining belowground and aboveground microbiome data to identify microbial biomarkers of grapevine health and yield

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Valérie Martin , Marine C Cambon et al.
23. GiESCO 2025 - 23. Group of International Experts of vitivinicultural Systems for CoOperation, Jul 2025, Geisenheim, Germany
Communication dans un congrès hal-05303323 v1
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Arbuscular mycorrhizal fungi as biomarkers of vineyard yield in Champagne

Lucile Pellan , Paola Fournier , Marc Brevot , Emilie Chancerel , Erwan Guichoux et al.
Centenary of the OIV - 45th world congress of vine and wine, OIV, Oct 2024, Dijon, France
Communication dans un congrès hal-05297879 v1

A new scenario of pathogen-microbiota interactions for the oomycete Plasmopara viticola

Paola Fournier , Lucile Pellan , Julie Aubert , Patrice This , Corinne Vacher
E3GP3 2024 - Réunion plénière du réseau "Ecologie, Evolution, Epidémiologie et Génétique des Populations des microorganismes Pathogènes de Plantes", Nov 2024, Paris, France
Communication dans un congrès hal-05304084 v1

Mining microbiome data to identify antagonists of grapevine downy mildew (Plasmopara viticola)

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Jessica Vallance , Emilie Chancerel et al.
Open GPB 2024 - Open Conference on Grapevine Physiology and Biotechnology, Jul 2024, Logrono La Riora, Spain
Communication dans un congrès hal-05296422 v1

Microbial bioindicators of vineyard resilience in Champagne

Lucile Pellan , Paola Fournier , Laurence Mercier , Emilie Chancerel , Erwan Guichoux et al.
Journées Jean Chevaugeon, Jan 2024, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-05300156 v1

Gérer le microbiote de la vigne pour réduire l’utilisation des pesticides - Synthèse des résultats du WP1 du projet VITAE et perspectives

Corinne Vacher , Simon Labarthe , Thierry Candresse , Manon Chargy , Marie-Cécile Dufour et al.
Assemblée générale du projet VITAE, PPR "Cultiver et Protéger Autrement", Mar 2024, Cognac, France
Communication dans un congrès hal-05298248 v1
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Deciphering ecological interactions between grapevine leaf microbiome and pathogens

Corinne Vacher , Paola Fournier , Didac Barroso-Bergadà , Charlie Pauvert , Lucile Pellan
"Phytobiomes Research for Plant Health” workshop – ICPP 2023, Aug 2023, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-05071549 v1

Towards microbiota-based disease management of downy mildew

Paola Fournier , Aarti Jaswa , Guilherme M Martins , Patrice This , Corinne Vacher
Mid-term general meeting of the VITAE project, PPR ‘Growing and Protecting crops Differently’, Apr 2023, Dijon, France
Communication dans un congrès hal-05298256 v1
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Towards microbiota-based disease management: analysis of grapevine microbiota in plots with contrasted levels of downy mildew infection

Paola Fournier , Aarti Jaswa , Lucile Pellan , Jessica Vallance , Emilie Chancerel et al.
22nd GiESCO (Group of international Experts for Cooperation on Vitivinicultural Systems) 2023, Jul 2023, Ithaca, New York, United States
Communication dans un congrès hal-04180612 v2

Recherche de bioindicateurs microbiens de la santé et de la résilience de l'écosystème viticole

Lucile Pellan , Paola Fournier , Laurence Mercier , Emilie Chancerel , Erwan Guichoux et al.
Le microbiote : Du sol et des plantes vers les intestins – Regards croisés entreprise/recherche, Vegepolys Valley, Carnot Plant2Pro®, Qualiment® et France Futur Elevage, Nov 2023, Paris, France
Communication dans un congrès hal-05300264 v1
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Recherche de bioindicateurs microbiens de la résilience de la vigne en Champagne

Lucile Pellan , Laurence Mercier , François Delmotte , Corinne Vacher , Paola Fournier et al.
La microbiologie du sol au service d’une agriculture durable : diagnostics et solutions innovantes, AdeBiotech, Think Tank One Health, Jun 2023, Romainville, France
Communication dans un congrès hal-05297877 v1

Vers une viticulture sans pesticides : analyse du microbiome de la vigne et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien du mildiou

Paola Fournier
Journée des doctorants de l'UMR SAVE (INRAE), Apr 2022, Pessac, France
Communication dans un congrès hal-05296496 v1

Vers une viticulture sans pesticide : analyse du microbiome de la vigne et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien de l’oïdium et du mildiou

Paola Fournier
Journée des doctorants de l'UMR SAVE (INRAE), Nov 2021, Pierroton-Cestas, France
Communication dans un congrès hal-05296518 v1