Sophie ALLAIS

Maître de conférences en génétique animale à L'Institut Agro Rennes-Angers, centre de Rennes. Recherche au sein de l'UMR PEGASE et du département GA d'INRAE
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  • Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE)
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animal genetics quantitative genetics GWAS genomic selection

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Publications

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Research note: double digest Restriction site Associated DNA sequencing is a suitable alternative to high density SNP chips for genomic selection of layers

Mathilde Doublet , Lorry Bécot , Frédéric Lecerf , Sophie Allais

Poultry Science, 2025, 104 (7), pp.105115. ⟨10.1016/j.psj.2025.105115⟩

Article dans une revue hal-05019793v1
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Variant calling and genotyping accuracy of ddRAD-seq: Comparison with 20X WGS in layers

Mathilde Doublet , Fabien Degalez , Sandrine Lagarrigue , Laetitia Lagoutte , Elise Gueret et al.

PLoS ONE, 2024, 19 (7), pp.e0298565. ⟨10.1371/journal.pone.0298565⟩

Article dans une revue hal-04666242v1
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Restriction site-associated DNA sequencing technologies as an alternative to low-density SNP chips for genomic selection: a simulation study in layer chickens

Florian Herry , Frédéric Herault , Frédéric Lecerf , Laetitia Lagoutte , Mathilde Doublet et al.

BMC Genomics, 2023, 24 (1), pp.271. ⟨10.1186/s12864-023-09321-5⟩

Article dans une revue hal-04131807v1

Use of data from crossbred animals for genomic evaluation

David Picard Druet , Amandine Varenne , Frédéric Herault , Thierry Burlot , Sophie Allais et al.

International Hatchery Practice, 2020, 34 (1), pp.21-22

Article dans une revue hal-02505897v1
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Interest of using imputation for genomic evaluation in layer chicken

Florian Herry , David Picard Druet , Frédéric Herault , Amandine Varenne , Thierry Burlot et al.

Poultry Science, 2020, 99 (5), pp.2324-2336. ⟨10.1016/j.psj.2020.01.004⟩

Article dans une revue hal-02624102v1
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Reliability of genomic evaluation for egg quality traits in layers

David Picard Druet , Amandine Varenne , Florian Herry , Frédéric Herault , Sophie Allais et al.

BMC Genetics, 2020, 21 (1), ⟨10.1186/s12863-020-0820-2⟩

Article dans une revue hal-02500395v1

Mapping of QTL for chicken body weight, carcass composition, and meat quality traits in a slow-growing line

Sophie Allais , Christelle Hennequet-Antier , Cécile Berri , L Salles , Olivier Demeure et al.

Poultry Science, 2019, 98 (5), pp.1960-1967. ⟨10.3382/ps/pey549⟩

Article dans une revue hal-02123210v1
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Multi-tissue transcriptomic study reveals the main role of liver in the chicken adaptive response to a switch in dietary energy source through the transcriptional regulation of lipogenesis

Colette Désert , Elisabeth Baéza , Meziane Aite , Morgane Boutin , Aurélie Le Cam et al.

BMC Genomics, 2018, 19 (1), pp.1-19. ⟨10.1186/s12864-018-4520-5⟩

Article dans une revue hal-01727161v1
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Design of low density SNP chips for genotype imputation in layer chicken

Florian Herry , Frédéric Herault , David Picard--Druet , Amandine Varenne , Thierry Burlot et al.

BMC Genetics, 2018, 19, ⟨10.1186/s12863-018-0695-7⟩

Article dans une revue hal-01962845v1
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A comparison of methods for whole-genome QTL mapping using dense markers in four livestock species

Andres Legarra , Pascal Croiseau , Marie-Pierre Sanchez , Simon Teyssedre , Guillaume Salle et al.

Genetics Selection Evolution, 2015, 47 (1), pp.1-10. ⟨10.1186/s12711-015-0087-7⟩

Article dans une revue hal-01190172v1
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Fine mapping of quantitative trait loci underlying sensory meat quality traits in three French beef cattle breeds

Sophie Allais , Hubert H. Levéziel , Jean-François Hocquette , Sylvie Rousset , Christophe Denoyelle et al.

Journal of Animal Science, 2014, 92 (10), pp.4329-4341. ⟨10.2527/jas.2014-7868⟩

Article dans une revue hal-01207759v1
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Effects of polymorphisms in the calpastatin and µ-calpain genes on meat tenderness in three French beef breeds

Sophie Allais , Laurent Journaux , Hubert H. Levéziel , Nathalie Payet-Duprat , Patrice Raynaud et al.

Journal of Animal Science, 2011, 89 (1), pp.1-11. ⟨10.2527/jas.2010-3063⟩

Article dans une revue hal-01019862v1
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The two mutations, Q204X and nt821, of the myostatin gene affect carcass and meat quality in young heterozygous bulls of French beef breeds

Sophie Allais , Hubert H. Levéziel , Nathalie Payet-Duprat , Jean-François Hocquette , Jacques Lepetit et al.

Journal of Animal Science, 2010, 88 (2), pp.446-454. ⟨10.2527/jas.2009-2385⟩

Article dans une revue hal-01193527v1

Association de marqueurs du gène de la calpaïne 1 avec la tendreté de la viande dans trois races allaitantes françaises.

Sophie Allais , Hubert H. Levéziel , J. Lepetit , S. Rousset , C. Denoyelle et al.

La revue française de la recherche en viandes et produits carnés, 2008, pp.111-112

Article dans une revue hal-01211879v1
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Co-designing agroecological systems combining poultry and plants to enhance (eco)system services and identify genetic needs for poultry

Philippine Coeugnet , Julie Labatut , Michèle Tixier-Boichard , Xavier X Rognon , Sophie Allais et al.

76. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), EAAP, Aug 2025, Innsbruck, Austria. pp.642

Communication dans un congrès hal-05266781v1

Intérêt de l’utilisation de l’imputation pour l’évaluation génomique en poule pondeuse

Florian Herry , David Picard Druet , Frédéric Hérault , Amandine Varenne , Thierry Burlot et al.

13.Journées de la recherche avicole et des palmipèdes à foie gras, Mar 2019, Tours, France

Communication dans un congrès hal-02737801v1

Apport des informations sur des croisées dans le cadre de l’évaluation génomique sur la qualité des œufs chez la poule

David Picard--Druet , Amandine Varenne , Frédéric Hérault , Florian Herry , Sophie Allais et al.

13.Journées de la recherche avicole et des palmipèdes à foie gras, Mar 2019, Tours, France

Communication dans un congrès hal-02737371v1
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Étude du déséquilibre de liaison dans des lignées de poules de types génétiques "ponte" et "chair

Frédéric Hérault , Amandine Varenne , Thierry Burlot , Julien Recoquillay , Camille Macé et al.

13.Journées de la recherche avicole et des palmipèdes à foie gras, Mar 2019, Tours, France. pp.85-89

Communication dans un congrès hal-02360227v1
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Accuracy of genomic evaluation in pure line layers

David Picard--Druet , Florian Herry , Amandine Varenne , Frédéric Herault , Sophie Allais et al.

11. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Feb 2018, Auckland, New Zealand

Communication dans un congrès hal-01791814v1
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Design of a low density SNP chip for genotype imputation in layer chickens

Florian Herry , Frédéric Hérault , David Picard--Druet , Amandine Varenne , Thierry Burlot et al.

11. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Feb 2018, Auckland, New Zealand

Communication dans un congrès hal-01791813v1
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A linkage disequilibrium study in layers and broiler commercial chicken populations

Frédéric Hérault , Florian Herry , Amandine Varenne , Thierry Burlot , David Picard--Druet et al.

11. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Feb 2018, Auckland, New Zealand

Communication dans un congrès hal-01791806v1
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Impact of the size of the reference population and kinship degree on low density genotyping strategies for genotype imputation in layer chickens

Thierry Burlot , Florian Herry , Frédéric Hérault , David Picard--Druet , Amandine Varenne et al.

11. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Feb 2018, Auckland, New Zealand

Communication dans un congrès hal-01794798v1
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Select SNP 4 Imputation (SS4I) : un outil simple de sélection de SNP en fonction du DL

Frédéric Herault , Jérémy Yon , Florian Herry , Sophie Allais , Pascale Le Roy

Réunion du projet Selgen INCoMINGS, Oct 2016, La Rochelle, France

Communication dans un congrès hal-01455928v1

Cartographie fine de QTL de qualité de la carcasse et de la viande dans une lignée de poulets à croissance lente

Sophie Allais , Christelle Hennequet-Antier , Cécile Berri , Marie Chabault-Dhuit , Laurent Salles et al.

11. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2015, Tours, France

Communication dans un congrès hal-01210952v1
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Using genomic information provided by selection schemes to assess French dairy breeds diversity

Denis Laloë , Sophie Allais , Guillaume G. Baloche , Francis F. Barillet , Jérôme Raoul et al.

63. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2012, Bratislava, Slovakia. 476 p., ⟨10.3920/978-90-8686-761-5⟩

Communication dans un congrès hal-02745491v1

La génomique : un travail de longue haleine

Jean-François Hocquette , Brigitte B. Picard , Isabelle Cassar-Malek , Gilles G. Renand , S. S. Allais et al.

Satellite 3T (Actualité, Technicité, Nouveauté) des 3R, Institut de l'Elevage (IDELE). Service qualité des viandes, Paris, FRA., Dec 2011, Paris (FRA), France

Communication dans un congrès hal-01000788v1

Effects of polymorphisms in the calpastatin and µ-calpain genes onmeat tenderness in three French beef breeds

Sophie Allais , Hubert H. Levéziel , Nathalie Duprat , Jean-François Hocquette , Jacques Lepetit et al.

9. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2010, Leipzig, Germany

Communication dans un congrès hal-01193771v1

Effets de marqueurs des gènes RORC, leptine, DGAT1, TG et FABP4 sur le gras de carcasse et de viande dans trois races bovines allaitantes françaises

Sophie Allais , Hubert H. Levéziel , Jean-François Hocquette , Christophe Denoyelle , Carine Bernard-Capel et al.

13. Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes, Oct 2010, Clermont-Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-01193663v1

A particular myosin heavy chain isoform variable between beef breeds

Brigitte Picard , Sophie Allais , Catherine Jurie , Isabelle Cassar-Malek , Hubert H. Levéziel et al.

61. Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP), Aug 2010, Heraklion, Greece

Communication dans un congrès hal-01193606v1

Une isoforme de chaîne lourde de myosine particulière, variable entre les races à viande bovines

Brigitte Picard , Sophie Allais , Catherine Jurie , Hubert H. Levéziel , L. Journaux et al.

16. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2009, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01193578v1

Detection of quantitative trait loci affecting carcass and meat quality in two French beef breeds

Sophie Allais , Hubert H. Levéziel , Jacques Lepetit , Jean-François Hocquette , Sylvie Rousset et al.

60. Annual Meeting of the European Association for Animal Production, Aug 2009, Barcelone, Spain

Communication dans un congrès hal-01193459v1

Primo-localisation de QTL de qualité de la viande dans deux races bovines allaitantes françaises

Sophie Allais , Hubert H. Levéziel , Jean-François Hocquette , Jacques Lepetit , Sylvie Rousset et al.

16. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2009, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01193554v1

Qualités des carcasses et des viandes de jeunes bovins hétérozygotes pour les mutations Q204x et nt821 du gène de la myostatine dans trois races allaitantes françaises

Sophie Allais , Hubert H. Levéziel , Jean-François Hocquette , Jacques Lepetit , Christophe Denoyelle et al.

15. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2008, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01211924v1

Association de marqueurs du gène de la calpaïne 1 avec la tendreté de la viande dans trois races allaitantes françaises.

Sophie Allais , Hubert H. Levéziel , J. Lepetit , S. Rousset , C. Denoyelle et al.

12èmes Journées des Sciences du Muscle et Technologies de la Viande, Oct 2008, Tours, France

Communication dans un congrès hal-01211964v1
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Co-concevoir des systèmes agro-écologiques couplant volailles/cultures afin de favoriser les services (éco)systémiques et identifier les besoins génétiques pour les volailles de ces systèmes

Philippine Coeugnet , Julie Labatut , Gwendal Restoux , Michèle Tixier-Boichard , Xavier X Rognon et al.

PEPR Agroécologie et Numérique, Jan 2025, Dijon, France

Poster de conférence hal-05266814v1

Variant calling and genotyping accuracy of ddRAD-seq: comparison with WGS in layers

Mathilde Doublet , Frédéric Lecerf , Fabien Degalez , Sandrine Lagarrigue , Laetitia Lagoutte et al.

74. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), Aug 2023, Lyon, France. Wageningen Academic Publishers, Book of abstracts, 29, pp.796, 2023, Book of abstracts of the 74th annual meeting of the european federation of animal science

Poster de conférence hal-04286708v1
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Estimation of additive and dominant variance of egg quality traits in pure-line layers

David Picard Druet , Llibertat Tusell , Frédéric Herault , Florian Herry , Sophie Allais et al.

XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics

Poster de conférence hal-02460149v1
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Use of data from crossbred animals for a genomic evaluation of pure line layer

David Picard Druet , Amandine Varenne , Frédéric Herault , Thierry Burlot , Sophie Allais et al.

XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics

Poster de conférence hal-02352494v1
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Interest of Genotyping-by-Sequencing technologies as an alternative to low density SNP chips for genomic selection in layer chicken

Florian Herry , Frédéric Herault , David Picard Druet , Philippe Bardou , Camille Eché et al.

XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics

Poster de conférence hal-02460147v1

Accuracy of whole-genome sequence genotype imputation in a layer line

Sophie Allais , Florian Herry , Frédéric Herault , David Picard Druet , Philippe Bardou et al.

XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics

Poster de conférence hal-02500398v1
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Genetic determinism of abdominal fat tissue and relationships with body weight and egg quality in Rhode Island Red

Nicolas Bedere , David Picard Druet , Frédéric Herault , Florian Herry , Sophie Allais et al.

XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics

Poster de conférence hal-02352490v1
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Création d’une puce basse-densité pour la sélection génomique en poule pondeuse

Florian Herry , Frédéric Herault , Amandine Varenne , Thierry Burlot , Pascale Le Roy et al.

12. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, Apr 2017, Tours, France. ITAVI - Institut Technique de l'Aviculture, Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, 2017, Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras

Poster de conférence hal-01606008v1
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Design of a low density SNP chip for genomic selection in layer chicken

Florian Herry , Frédéric Herault , Amandine Varenne , Thierry Burlot , Pascale Le Roy et al.

10. European Symposium on Poultry Genetics (ESPG), Jun 2017, Saint-Malo, France. 2017, Proceedings of the 10th European symposium on poultry genetics

Poster de conférence hal-01605421v1
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Fine mapping of QTL for carcass and meat quality traits in a chicken slow-growing line

Sophie Allais , Christelle Hennequet-Antier , Cécile Berri , Marie Chabault-Dhuit , François d'Abbadie et al.

10. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Aug 2014, Vancouver, Canada. 2014, 10. World Congress of Genetics Applied to Livestock Production

Poster de conférence hal-01210644v1

Fine mapping of QTL of carcass and meat quality traits in a chicken slow-growing line

Sophie Allais , Christelle Hennequet-Antier , Cécile Berri , Marie Chabault-Dhuit , François d'Abbadie et al.

64. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2013, Nantes, France. Wageningen Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, 64, 2013, Annual Meeting of the European Association for Animal Production

Poster de conférence hal-01210523v1
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Fine mapping of QTLs of meat quality in three French beef breeds using the Bovine SNP50® chip

Sophie Allais , Jean-François Hocquette , Hubert H. Levéziel , Jacques Lepetit , Sylvie Rousset et al.

21. Plant and Animal Genome (PAG), Jan 2013, San Diego, United States. , 2013, Plant and Animal Genome XXI

Poster de conférence hal-01189939v1
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Détection fine de QTL de tendreté de la viande dans trois races allaitantes françaises

Sophie Allais , Laurent Journaux , Jacques Lepetit , Sylvie Rousset , Christophe Denoyelle et al.

14. Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes, Nov 2012, Caen, France. 2012

Poster de conférence hal-01193865v1

The effects of polymorphisms in the calpastatin and µ-calpain genes on beef tenderness are breed-specific

Sophie Allais , Jean-François Hocquette , Hubert H. Levéziel , Nathalie Duprat , Jacques Lepetit et al.

61. Annual meeting of the European Association for Animal Production, Aug 2010, Heraklion, Greece. Wageningen Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, Book of Abstracts N°16, 398 p., 2010, Annual Meeting of the European Association for Animal Production

Poster de conférence hal-01193772v1

La sélection des bovins pour une amélioration génétique de la qualité de la viande

Gilles Renand , Sophie Allais

Muscle et viande de ruminant, Editions Quae, 2010, Synthèses (INRA), 978-2-7592-0877-7

Chapitre d'ouvrage hal-01193671v1