Timothée Flutre

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chercheur INRAE, UMR GQE - Le Moulon, équipe DEAP

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Publications

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Revival of traditional agricultural systems – A multidisciplinary on‐farm survey of maize‐bean intercropping reveals unexpected competition effects on beans

Noa Vazeux-Blumental , Laura Mathieu , Théo Trabac , Carine Palaffre , Bernard Lagardère et al.

Plants, People, Planet, 2025, pp.1-16. ⟨10.1002/ppp3.70049⟩

Article dans une revue hal-05113322v1

Clusters of grapevine genes for a burning world

Aude Coupel-Ledru , Adrianus J. Westgeest , Rami Albasha , Mathilde Millan , Benoît Pallas et al.

New Phytologist, 2024, 242 (1), pp.10-18. ⟨10.1111/nph.19540⟩

Article dans une revue hal-04515282v1
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Enhancing grapevine breeding efficiency through genomic prediction and selection index

Charlotte Brault , Vincent Segura , Maryline Roques , Pauline Lamblin , Virginie Bouckenooghe et al.

G3, 2024, 14 (4), pp.jkae038. ⟨10.1093/g3journal/jkae038⟩

Article dans une revue hal-04563189v1

Des projets engagés dans la diversification végétale

Jérôme Enjalbert , Timothée Flutre , Stéphane Lemarié , Philippe Martin , Jean Benoît Morel et al.

Phytoma , 2024, 771, pp.31-36

Article dans une revue hal-04478335v1
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Contrasted reaction norms of wheat yield in pure vs mixed stands explained by tillering plasticities and shade avoidance

Meije Gawinowski , Jérôme Enjalbert , Paul-Henry P.-H. Cournède , Timothée Flutre

Field Crops Research, 2024, 310, pp.109368. ⟨10.1016/j.fcr.2024.109368⟩

Article dans une revue hal-04644963v1
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New insights towards breeding for mixed cropping of spring pea and barley to increase yield and yield stability

Benedikt Haug , Monika Messmer , Jérôme Enjalbert , Isabelle Goldringer , Timothée Flutre et al.

Field Crops Research, 2023, 297, pp.108923. ⟨10.1016/j.fcr.2023.108923⟩

Article dans une revue hal-04139254v1
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Efficient Bayesian automatic calibration of a functional-structural wheat model using an adaptive design and a metamodeling approach

Emmanuelle Blanc , Jérôme Enjalbert , Timothée Flutre , Pierre Barbillon

Journal of Experimental Botany, In press, ⟨10.1093/jxb/erad339⟩

Article dans une revue hal-04190551v1
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The ecologically relevant genetics of plant-plant interactions

Claude Becker , Richard Berthomé , P Delavault , Timothée Flutre , Hélène Fréville et al.

Trends in Plant Science, 2023, 28 (1), pp.31-42. ⟨10.1016/j.tplants.2022.08.014⟩

Article dans une revue hal-03800896v1
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Across-population genomic prediction in grapevine opens up promising prospects for breeding

Charlotte Brault , Vincent Segura , Patrice This , Loïc Le Cunff , Timothée Flutre et al.

Horticulture research, 2022, 9, pp.uhac041. ⟨10.1093/hr/uhac041⟩

Article dans une revue hal-03694172v1
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From cultivar mixtures to allelic mixtures: opposite effects of allelic richness between genotypes and genotype richness in wheat

Germain Montazeaud , Timothée Flutre , Elsa Ballini , Jean-Benoit Morel , Jacques David et al.

New Phytologist, 2022, 233 (6), pp.2573-2584. ⟨10.1111/nph.17915⟩

Article dans une revue hal-03559043v1
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A genome-wide association and prediction study in grapevine deciphers the genetic architecture of multiple traits and identifies genes under many new QTLs

Timothée Flutre , Loïc Le Cunff , Agota Fodor , Amandine Launay , Charles Romieu et al.

G3, 2022, 12 (7), pp.jkac103. ⟨10.1093/g3journal/jkac103⟩

Article dans une revue hal-03697272v1
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Advances in breeding for mixed cropping – incomplete factorials and the producer/associate concept

Benedikt Haug , Monika M Messmer , Jérôme Enjalbert , Isabelle Goldringer , Emma Forst et al.

Frontiers in Plant Science, 2021, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.620400⟩

Article dans une revue hal-03317725v1
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Harnessing multivariate, penalized regression methods for genomic prediction and QTL detection of drought-related traits in grapevine

Charlotte Brault , Agnes Doligez , Loïc Le Cunff , Aude Coupel-Ledru , Thierry Simonneau et al.

G3, 2021, 11 (9), pp.jkab248. ⟨10.1093/g3journal/jkab248⟩

Article dans une revue hal-03342409v1
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The wild grape genome sequence provides insights into the transition from dioecy to hermaphroditism during grape domestication

Hélène E Badouin , Amandine Velt , François Gindraud , Timothée Flutre , Vincent Dumas et al.

Genome Biology, 2020, 21 (1), pp.223. ⟨10.1186/s13059-020-02131-y⟩

Article dans une revue hal-02946414v1
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Adoption and Optimization of Genomic Selection To Sustain Breeding for Apricot Fruit Quality

Mariem Nsibi , Barbara Gouble , Sylvie Bureau , Timothée Flutre , Christopher Sauvage et al.

G3, 2020, 10 (12), pp.4513-4529. ⟨10.1534/g3.120.401452⟩

Article dans une revue hal-03057805v1
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Two main genetic clusters with high admixture between forest and cultivated chestnut (Castanea sativa Mill.) in France

Cathy Bouffartigue , Sandrine Debille , Olivier Fabreguettes , Ana Ramos Cabrer , Santiago Pereira-Lorenzo et al.

Annals of Forest Science, 2020, 77 (3), pp.74. ⟨10.1007/s13595-020-00982-w⟩

Article dans une revue hal-02924577v1

VviUCC1 Nucleotide Diversity, Linkage Disequilibrium and Association with Rachis Architecture Traits in Grapevine

Javier Tello , Rafael Torres-Pérez , Timothée Flutre , Jérôme Grimplet , Javier Ibáñez

Genes, 2020, 11 (6), pp.598. ⟨10.3390/genes11060598⟩

Article dans une revue hal-04236442v1

PlantBreedGame : a serious game that puts students in the breeder’s seat

Timothée Flutre , Julien Diot , Jacques David

Crop Science, 2019, 59, pp.1-2. ⟨10.2135/cropsci2019.03.0183le⟩

Article dans une revue hal-02164159v1

A novel high-density grapevine (Vitis vinifera L.) integrated linkage map using GBS in a half-diallel population

Javier Tello , Catherine Roux , Hajar Chouiki Alilou , Valerie Laucou , Gautier Sarah et al.

TAG Theoretical and Applied Genetics, 2019, 132, pp.2237-2252. ⟨10.1007/s00122-019-03351-y⟩

Article dans une revue hal-02628952v1
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Quantitative assessment of grapevine wood colonization by the dieback fungus Eutypa lata

Cédric Moisy , Gilles Berger , Timothée Flutre , Loïc Le Cunff , Jean-Pierre Peros

Journal of Fungi, 2017, 3 (2), 15 p. ⟨10.3390/jof3020021⟩

Article dans une revue hal-01527690v1

The Genotype-Tissue Expression (GTEx) pilot analysis: multitissue gene regulation in humans

Timothée Flutre

Science, 2015, 348 (6235), pp.648-660. ⟨10.1126/science.1262110⟩

Article dans une revue hal-01157916v1

Twenty Tips for High-School Students Engaging in Research with Scientists

Berta Andújar , Gerard Campderrós , María García , Macarena Marino , Marta Mas et al.

Frontiers for Young Minds, 2015, 3, 7 p. ⟨10.3389/frym.2015.00007⟩

Article dans une revue hal-01235876v1
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The epigenomic landscape of African rainforest hunter-gatherers and farmers

Maud Fagny , Etienne Patin , Maxime Rotival , Julia L. Macisaac , Timothée Flutre et al.

Nature Communications, 2015, 6, 11 p. ⟨10.1038/ncomms10047⟩

Article dans une revue pasteur-01238387v1
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A statistical framework for joint eQTL analysis in multiple tissues

Timothée Flutre , Xiaoquan Wen , Jonathan Pritchard , Matthew Stephens

PLoS Genetics, 2013, 9 (5), ⟨10.1371/journal.pgen.1003486⟩

Article dans une revue hal-01190566v1
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The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project

John Lonsdale , Emile Thomas , Mike Salvatore , Phillip Phillips , Edmund Lo et al.

Nature Genetics, 2013, 45 (6), pp.580 - 585. ⟨10.1038/ng.2653⟩

Article dans une revue hal-01374823v1
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TriAnnot: A Versatile and High Performance Pipeline for the Automated Annotation of Plant Genomes.

Philippe Leroy , Nicolas Guilhot , Hiroaki Sakai , Aurélien Bernard , Frédéric Choulet et al.

Frontiers in Plant Science, 2012, 3, pp.5. ⟨10.3389/fpls.2012.00005⟩

Article dans une revue hal-00753407v1
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The ABO blood group is a trans-species polymorphism in primates

Laure L. Segurel , Emma E. E. E. Thompson , Timothée T. Flutre , Jessica J. Lovstad , Aarti A. Venkat et al.

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (45), pp.18493 - 18498. ⟨10.1073/pnas.1210603109⟩

Article dans une revue hal-00956369v1

Research community: Pilot scheme for misconduct database

Timothée Flutre , Thomas Julou , Livio Riboli-Sasco , Claire Ribrault

Nature, 2011, 478 (37), ⟨10.1038/478037c⟩

Article dans une revue hal-02642815v1

In search of lost trajectories: recovering the diversification of transposable elements

Timothée T. Flutre , Emmanuelle E. Permal , Hadi H. Quesneville

Mobile Genetic Elements, 2011, 1 (2), pp.151-154. ⟨10.4161/mge.1.2.17094⟩

Article dans une revue hal-00956371v1
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Considering transposable element diversification in de novo annotation approaches

Timothée T. Flutre , Elodie E. Duprat , Catherine C. Feuillet , Hadi H. Quesneville

PLoS ONE, 2011, 6 (1), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0016526⟩

Article dans une revue hal-00956366v1
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Extensive synteny conservation of holocentric chromosomes in Lepidoptera despite high rates of local genome rearrangements.

E. d'Alençon , H. Sezutsu , Fabrice Legeai , E. Permal , S. Bernard-Samain et al.

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2010, 107 (17), pp.7680-5. ⟨10.1073/pnas.0910413107⟩

Article dans une revue inria-00537908v1

Genome sequence of the metazoan plant-parasitic nematode Meloidogyne incognita

Pierre Abad , Jerome Gouzy , Jean-Marc Aury , Philippe Castagnone-Sereno , Etienne Danchin et al.

Nature Biotechnology, 2008, 26 (8), pp.909-915. ⟨10.1038/nbt.1482⟩

Article dans une revue hal-01189285v1

Plant-plant interactions in crop breeding

Timothée Flutre

QLife Quantitative biology winter school "Polygenic Adaptation : from Quantitative Genetics to Population Genomics", PSL; ENS Ulm, Mar 2025, Paris, France

Communication dans un congrès hal-05212910v1
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Quantifying the genetic basis of mixing ability and investigating its genetic architecture: case studies in wheat varietal mixtures and wheat-pea intercrops

Timothée Flutre , Maxence Remérand , Jemay Salomon , Jérôme Enjalbert

XIX Conference of EUCARPIA Biometrics in Plant Breeding, Eucarpia Biometrics, Sep 2025, Edinburgh, Scotland, United Kingdom

Communication dans un congrès hal-05543942v1

Contrasted reaction norms of wheat yield in pure vs mixed stands explained by tillering plasticities and shade avoidance

Meije Gawinowski , Jérôme Enjalbert , Paul-Henry P.-H. Cournède , Timothée Flutre

ESA 2024, Aug 2024, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-04936930v1

Génétique des interactions plantes-plantes et application en sélection

Timothée Flutre

Rencontre chercheurs - acteurs du PPR CPA, Mar 2024, Paris, France

Communication dans un congrès hal-04517169v1
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Utilisation de la diversité naturelle de la vigne pour l'étude des caractères d'adaptation

Agnes Doligez , Vincent Segura , Nicolas Saurin , Aude Coupel-Ledru , Charles Romieu et al.

14. Journée Scientifique Vigne-Vin - JSSV 2023, L'Institut Agro Montpellier; INRAE; Université de Montpellier, Mar 2023, Montpellier, France. pp.54-59

Communication dans un congrès hal-04189361v1
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Developing WHEAMM, a new FSPM for the simulation of wheat cultivar mixtures. Feedbacks on model conception, sensitivity analysis and automatic calibration in Julia

Meije Gawinowski , Jérôme Enjalbert , Paul-Henry P.-H. Cournède , Timothée Flutre

Presentation for the Wageningen FSPM group, Apr 2023, Online, France

Communication dans un congrès hal-04936906v1
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Etude des mélanges de variétés de blé tendre avec une approche interdisciplinaire entre expérimentation au champ et modélisation mécaniste

Meije Gawinowski , Jérôme Enjalbert , Paul-Henry P.-H. Cournède , Timothée Flutre

ECOScience, Mar 2023, Palaiseau, France

Communication dans un congrès hal-04936903v1

La diversité génétique au service de la création variétale : disponibilité et utilisation optimale pour l’innovation variétale

Patrice This , Loïc Le Cunff , Charlotte Brault , Prashant Singh , Agnes Doligez et al.

14. Journée Scientifique Vigne-Vin - JSSV 2023, Montpelleir Vine and Wine sciences, Mar 2023, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-04188524v1

Towards the statistical inference of WHEAMM's parameters

Meije Gawinowski , Jérôme Enjalbert , Paul-Henry P.-H. Cournède , Timothée Flutre

Réunion du groupe de travail Modélisation du projet MoBiDiv, Feb 2022, En ligne, France

Communication dans un congrès hal-04936882v1

Genomic and phenomic predictions for accelerating grapevine breeding

Charlotte Brault , Agnes Doligez , Timothée Flutre , Juliette Lazerges , Miguel Thomas et al.

13. International Symposium on Grapevine Breeding and Genetics: Pioneering Wines (PIWIs) - Innovation and Tradition, Institute for Grapevine Breeding Geilweilerhof, Jul 2022, Landau in der Pfalz, Germany

Communication dans un congrès hal-04188639v1

Comprendre le comportement de génotypes en mélange : expérimentations et modélisations appliquées au blé tendre

Meije Gawinowski , Jérôme Enjalbert , Timothée Flutre

Journée Agroécologie du réseau C-BASC, Mar 2022, Paris, France

Communication dans un congrès hal-04936885v1
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WHEAMM: a new functional-structural plant model to study plastic responses to competition for light in wheat cultivar mixtures

Meije Gawinowski , Jérôme Enjalbert , Paul-Henry P.-H. Cournède , Timothée Flutre

PlantComp2022, Oct 2022, Gand, Belgium

Communication dans un congrès hal-04936896v1

Comprendre les normes de réactions dans les mélanges intraspécifiques à l'aide d'un modèle et d'une expérience à l'échelle de la plante

Meije Gawinowski , Jérôme Enjalbert , Paul-Henry P.-H. Cournède , Timothée Flutre

Colloque interne de l'UMR GQE - Le Moulon, Jun 2021, Gif-sur-Yvette, France

Communication dans un congrès hal-04936828v1
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Estimation des proportions variétales de grains de blé par SPIR et imagerie hyperspectrale

Adrien Belny , Martin Ecarnot , Timothée Flutre

Rencontres HelioSPIR 2021, Jun 2021, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-03317724v1

WHEAMM : a functional-structural model to study the quantitative genetics of wheat variety mixtures

Meije Gawinowski , Jérôme Enjalbert , Paul-Henry P.-H. Cournède , Timothée Flutre

Séminaire INRAE-CIRAD sur la modélisation des cultures, Dec 2021, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-04936879v1

Normes de réaction et plasticité phénotypique des plantes selon l'hétérogénéité de leur voisinage: cas du blé en monoculture versus mélange variétal

Meije Gawinowski , Paul-Henry P.-H. Cournède , Jérôme Enjalbert , Timothée Flutre

Petit Pois Déridé, May 2022, Lille, France

Communication dans un congrès hal-04936889v1

Developping WHEAMM, a functional-structural model of wheat variety mixtures to study the genetic basis of phenotypic plasticity in an agricultural context

Meije Gawinowski , Jérôme Enjalbert , Paul-Henry P.-H. Cournède , Timothée Flutre

Réunion annuelle du GDR PlasPhen, Nov 2020, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-04936827v1

New sweet cherry genomic tools and their use in marker-assisted breeding

Elisabeth Dirlewanger , Loïck Le Dantec , Mathieu Fouché , N H Zaracho Echagüe , J. A. Campoy et al.

30. International Horticultural Congress, ISHS, Aug 2018, Istanbul, Turkey. pp.533 - 542, ⟨10.17660/actahortic.2020.1297.70⟩

Communication dans un congrès hal-03356206v1

Genomic selection - which prospects in Prunus armeniaca?

Mariem Nsibi , Carole Confolent , Barbara Gouble , Sylvie Bureau , Alain Blanc et al.

17. International Symposium on Apricot Breeding and Culture, Jun 2019, Malatya, Turkey

Communication dans un congrès hal-03600763v1

Integrating novel genotyping and phenotyping technologies for grape genetics. International Congress on Grapevine and Wine Sciences

Javier Tello Moro , Catherine Roux , Valerie Laucou , Gautier Sarah , Luc Bidel et al.

International Congress on Grapevine and Wine Sciences, Nov 2018, Logrono, Spain. 242 p

Communication dans un congrès hal-02736417v1
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Multivariate statistical modelling for QTL detection and marker selection in a bi-parental grapevine population

Charlotte Brault , Marie Perrot-Dockès , Agnes Doligez , Julien Chiquet , Loic Le Cunff et al.

17. Meeting of the EUCARPIA Section Biometrics in Plant Breeding, Sep 2018, Gand, Belgium

Communication dans un congrès hal-01868802v1

New physiological and genetic approaches to breed grapevines challenging climate warming

Charles Romieu , Antoine Bigard , Matthieu Breil , Rezk Shahood , Stefania Savoi et al.

12. Congress of the international plant molecular biology, Aug 2018, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-01857673v1
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A novel high-density grapevine integrated linkage map using GBS in a multi-parental population: preliminary results

Javier Tello Moro , Catherine Roux , Valerie Laucou , Gautier Sarah , Timothée Flutre et al.

12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2018, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-01857671v1
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VITIRAMA: A program to characterize disease susceptibility in French ampelographic collections

Viviana Rodriguez Cano , Thierry Lacombe , Cécile Marchal , Sabine Merdinoglu-Wiedemann , O. Yobrégat et al.

12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2018, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-01868812v1
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Conservation and usage of chestnut diversity : a case study of partnership research

Cathy Bouffartigue , Timothée Flutre , Nathalie Couix , Teresa Barreneche , Luc Harvengt et al.

Solibam final congress - Diversity strategies for organic and low input agricultures and their food systems, 2018, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-02733777v1
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Genome-wide association study of a diverse grapevine panel to uncover the genetic architecture of numerous traits of interest

Timothée Flutre , Roberto Bacilieri , Gilles Berger , Yves Bertrand , Jean-Michel Boursiquot et al.

12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2018, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-02734488v1
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Twelve new QTLs for phenological traits in Vitis vinifera L.

Agnes Doligez , Yves Bertrand , Pilar Gago , Michel Grolier , Gilles Berger et al.

12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2018, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-01857674v1
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Resistance to sharka in Stone Fruit trees : Genetic and genomic technologies for new breeding strategies

Véronique Decroocq , Stephane Decroocq , David Tricon , Timothée Flutre , Thierry Pascal et al.

9. International Rosaceae Genomics Conference, Jun 2018, Nanjing, China

Communication dans un congrès hal-01819033v1

Developing grapevine FAIR Data

Cyril Pommier , Eric Duchêne , Thierry Lacombe , Timothée Flutre , Michael Alaux et al.

PAG Conference 2018, Jan 2018, San Diego, United States

Communication dans un congrès hal-02738117v1
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Combining genotyping by sequencing and genomic prediction within bi-parental crosses to speed up selection of grapevine cultivars

Timothée Flutre , Amandine Launay , Agnes Doligez , Eric Duchêne , Elisa Marguerit et al.

12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2018, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-01848564v1

Conservation and usage of chestnut biodiversity: a case study of partnership research

Cathy Bouffartigue , Nathalie Couix , Timothée Flutre , Teresa Barreneche , Laurent Hazard

Diversifood Final Congress ‘Cultivating Diversity and Food Quality’, Dec 2018, Rennes, France. 105 p

Communication dans un congrès hal-02733705v1
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Genomic selection - which prospects in Prunus armeniaca? Preliminary results issued from fruit quality traits and phenology

Mariem Nsibi , Carole Confolent , Barbara Gouble , Sylvie Bureau , Alain Blanc et al.

9. International Rosaceae Genomics Conference, Jun 2018, Nanjing, China

Communication dans un congrès hal-01830311v1

New sweet cherry genomic tools and their use in marker-assisted breeding

Elisabeth Dirlewanger , Loïck Le Dantec , Teresa Barreneche , Bénédicte Wenden , Timothée Flutre et al.

30. International Horticultural Congress, ISHS, Aug 2018, Istanbul, Turkey

Communication dans un congrès hal-02877345v1

Towards genome-wide association studies under abiotic stress in Vitis vinifera

Agnes Doligez , Loic Le Cunff , Timothée Flutre , Amandine Launay , Stephane Nicolas et al.

Genetic resources section meeting of Eucarpia, May 2017, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-01603111v1
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Evaluer la sélection génomique au sein de croisements bi-parentaux d’espèces pérennes fruitières génotypés par séquençage : point d’étape du projet FruitSelGen

Timothée Flutre , Amandine Launay , Caroline Denance , Helene Muranty , Jean Marc Audergon et al.

Séminaire SelGen 2017 : "La sélection génomique, bilan et perspectives", Sep 2017, Paris, France. pp.1

Communication dans un congrès hal-01819030v1
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Croisement Syrah x Grenache: générateur de diversité entre recherche et application

Timothée Flutre

Journée d’information et d’échanges sur la création de variétés résistantes organisée par l’Institut Rhodanien, Mar 2016, Orange, France. pp.19

Communication dans un congrès hal-01291707v1

Screening germplasm for adaptation to drought and temperature

Lucie Pinasseau , Agnes Doligez , Angelique Adiveze , Agnès Ageorges , Dalel Ahmed et al.

Innovine, innovation in vineyard, 2016, Toulouse, France. 2 p

Communication dans un congrès hal-02798435v1

Phenotyping berries from the grapevine Vitis vinifera L. by means of Fourier transform infrared spectroscopy

Agnes Destrac-Irvine , Timothée Flutre , Christel Renaud , Elena Morin , Louise Durand et al.

OENO Symposium, Jun 2015, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-03041049v1

The use of Fourier transform infrared spectroscopy in phenotyping berries from the grapevine Vitis Vinifera L.

Agnes Destrac , Timothée Flutre , Christel Renaud , Elena Morin , Louise Durand et al.

19. Journées Internationales de Viticulture GiESCO, May 2015, Gruissan, France. 810 p

Communication dans un congrès hal-01269230v1
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Recherche de zones du génome impliquées dans la tolérance et/ou la résistance aux prinipaux pathogènes des maladies du bois au sein des variétés de vigne cultivées

Cedric Moisy , Timothée Flutre , Amandine Michon , Khadidiatou Fall , Gilles Berger et al.

Journées Maladies du bois de la Vigne de l’Institut Français de la Vigne, Nov 2015, COLMAR, France

Communication dans un congrès hal-02742085v1

Projet EDGARR de sélection génomique chez la vigne pour la filière rosé

Timothée Flutre

Séminaire du projet R2D2, Nov 2015, Le Teich, France. 34 p

Communication dans un congrès hal-01235879v1

Statistical inference of tissue-consistent and tissue-specific eQTLs

Timothée Flutre , Xiaoquan Wen , Jonathan Pritchard , Matthew Stephens

62. Annual Meeting of the American Society of Human Genetics, Nov 2012, San Francisco, United States

Communication dans un congrès hal-01190089v1

Fungal genome analysis of transposable elements: expansion vs RIP silencing

Joelle J. Amselem , Timothée T. Flutre , Victoria Fabia Dominguez del Angel , Jonathan J. Kreplak , Sébastien Duplessis et al.

Plant and Animal Genome: 19. Conference, Jan 2011, San Diego, United States. n.p

Communication dans un congrès hal-00956370v1

REPET, pipelines for the detection and annotation of transposable elements in genomic sequences

Timothée Flutre

19. International Triticeae Mapping Initiative - 3rd COST Tritigen, Aug 2009, Clermont-Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-02821787v1
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Leveraging a broad gradient of plant-plant interactions to efficiently breed for cereale-legume mixtures

Jemay Salomon , Jérôme Enjalbert , Timothée Flutre

XIX Conference of EUCARPIA Biometrics in Plant Breeding, Sep 2025, Edinburgh, Scotland, United Kingdom

Poster de conférence hal-05546246v1
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Joint analysis of monovarietal and mixed stand performances to study the genetic architecture of indirect genetic effects in wheat cultivar mixtures

Maxence Remérand , Jérôme Enjalbert , Timothée Flutre

XIX Conference of EUCARPIA Biometrics in Plant Breeding, Sep 2025, Edinburgh, Scotland, United Kingdom

Poster de conférence hal-05548238v1

Genetic determinants of indirect genetic effects: GWAS in a bread wheat MAGIC population

Maxence Remérand , Jérôme Enjalbert , Timothée Flutre

XVIIIth Eucarpia Biometrics in Plant Breeding Conference, Sep 2022, Gif-sur-Yvette, France.

Poster de conférence hal-03795170v1
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WHEAMM: a functional-structural model to study plant growth and interactions with neighbors in wheat variety mixtures

Meije Gawinowski , Jérôme Enjalbert , Paul-Henry P.-H. Cournède , Timothée Flutre

FSPM 2020 : 9th International Conference on FUNCTIONAL-STRUCTURAL PLANT MODELS, Oct 2020, Hanovre (Virtual Conference), Germany

Poster de conférence hal-02961398v1

Comparison of univariate and multivariate models for marker selection and genomic prediction

Charlotte Brault , Agnes Doligez , Julien Chiquet , Loic Le Cunff , Patrice This et al.

6. International Conference of Quantitative Genetics, Nov 2020, Brisbane, Australia

Poster de conférence hal-02972998v1
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Sélection génomique - Quelles perspectives chez les Prunus ?

Mariem N'Sibi , Carole Confolent , Patrick Lambert , Sylvie Bureau , Barbara Gouble et al.

Séminaire SelGen 2017 : "La sélection génomique, bilan et perspectives", Sep 2017, Paris, France. 1 p, 2017

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Towards genome-wide association studies under abiotic stress in <em>Vitis vinifera</em>

Agnes Doligez , Loic L. Le Cunff , Timothée Flutre , Amandine Launay , Stephane S. Nicolas et al.

ClimWine 2016 (Sustainable grape and wine production in the context of climate change), Apr 2016, Bordeaux, France. 152 p., 2016, Sustainable grape and wine production in the context of climate change

Poster de conférence hal-02742772v1
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Statistical inference of eQTL sharing among many tissues

Timothée Flutre , Xiaoquan Wen , Jonathan Pritchard , Matthew Stephens

63rd Annual Meeting of the American Society of Human Genetic, Oct 2013, Boston, United States. , 2013

Poster de conférence hal-01268700v1
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Use cases and improvements of REPET package : pipeline and tools to identify and annotate TEs in genomic sequences

Véronique Jamilloux , Olivier Inizan , Sandie Arnoux , Timothée Flutre , Claire Hoede et al.

17. Congrès National des Elements Transposables, Jul 2011, Lyon, France. 2011

Poster de conférence hal-01190364v1
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L'annotation des éléments transposables par la compréhension de leur diversification

Timothée Flutre

Sciences du Vivant [q-bio]. Université Paris-Diderot - Paris VII, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩

Thèse tel-00560242v1
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L'annotation des éléments transposables par la compréhension de leur diversification

Timothée Flutre

Sciences du Vivant [q-bio]. Université Paris Diderot - Paris 7, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩

Thèse tel-02824845v1
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Caring about reproducibility in scientific research

Timothée Flutre

Master. EvoGEM, MNHN, Paris, France. 2025, pp.45

Cours hal-05294281v1
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Adaptation, atténuation, diversification : de la génétique végétale pour l’agroécologie

Timothée Flutre

École d'ingénieur. AgroParisTech, 22 place de l’Agronomie, 91120 Palaiseau, France. 2025, pp.158

Cours hal-05014269v1
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Génétique des interactions plante-plante et perspectives d’utilisation en sélection

Timothée Flutre

Master. Formation du projet MoBiDiv, Montpellier, France. 2025, pp.31

Cours hal-05029417v1
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Adaptation, atténuation, diversification : de la génétique végétale pour l’agroécologie

Timothée Flutre

École d'ingénieur. AgroParisTech, 22 place de l’Agronomie, 91120 Palaiseau, France. 2024, pp.78

Cours hal-04592709v1
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Les mélanges de génotypes vus par la génétique quantitative (et un peu par l’écologie)

Timothée Flutre

Doctorat. Réunion du projet CoBreeding, Lusignan, France. 2023, pp.54

Cours hal-04240813v1
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Presentation of "Incorporation of Competitive Effects in Forest Tree or Animal Breeding Programs” by Muir in Genetics (2005)

Timothée Flutre

Doctoral. Journal club of WP4 in the MoBiDiv project, France. 2023, pp.41

Cours hal-04099164v1
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Caring about reproducibility in scientific research

Timothée Flutre

Master. EvoGEM, ENS Ulm, Paris, France. 2023, pp.39

Cours hal-04279303v1
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Introduction à la génétique quantitative des interactions sociales

Timothée Flutre

Master. Sélection pour la diversification intra-parcelle, France. 2022

Cours hal-03875268v1
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A quantitative geneticist’ journey from grapevine vineyards to wheat mixtures

Timothée Flutre

Doctoral. CiBreed Seminar Series, Germany. 2021

Cours hal-03125471v1
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Modèles de sélection des aptitudes au mélange

Emma Forst , Timothée Flutre

Master. Sélection pour la diversification intra-parcelle, France. 2020

Cours hal-03172130v1

Interactions plante-plante : Bases éco-évolutives et génétique d'association

Germain Montazeaud , Timothée Flutre

Master. Sélection pour la diversification intra-parcelle, France. 2020

Cours hal-03172150v1
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Modèles dynamiques des interactions plantes x plantes

Jérôme Enjalbert , Emmanuelle Blanc , Timothée Flutre

Master. Sélection pour la diversification intra-parcelle, France. 2020

Cours hal-03172205v1
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Introduction à la sélection

Timothée Flutre

Master. Amélioration des plantes et ingénierie végétale méditerranéennes et tropicales (Atelier de prédiction et sélection génomique), 2018

Cours hal-02787828v1
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Qu'est-ce que la modélisation statistique ? Une tentative de réponse

Timothée Flutre

Licence. LabScience, France. 2017

Cours hal-02790022v1
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Prédiction génomique

Timothée Flutre

Master. Amélioration des plantes et ingénierie végétale méditerranéennes et tropicales (Atelier de prédiction et sélection génomique), 2016

Cours hal-02793019v1
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Premiers pas de modélisation statistique par simulation avec la régression linéaire simple

Timothée Flutre

Master. Amélioration des plantes et ingénierie végétale méditerranéennes et tropicales (Atelier de prédiction et sélection génomique), France. 2016

Cours hal-02798157v1
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Pathogènes de la vigne et choix du matériel végétal: prévention et création variétale

Timothée Flutre

Cursus ingénieur (Module "diagnostic agronomique"), 2016

Cours hal-02798135v1
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Bref état des lieux de la gestion des données au sein de la communauté "vigne

Timothée Flutre

Doctorat. France. 2016

Cours hal-02792961v1
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model4all: une initiative collaborative pour la modélisation statistique

Timothée Flutre , Marie Denis

Master. France. 2016

Cours hal-02795664v1
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Tutoriel sur les tests multiples (et au-delà)

Timothée Flutre

Doctorat. France. 2015

Cours hal-02792527v1
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Tutorial on (un)compressing files

Timothée Flutre

Doctoral. France. 2015

Cours hal-02792210v1
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Caring about reproducibility in scientific research

Timothée Flutre

Doctoral. France. 2014

Cours hal-02795975v1